Затронули репрессии не только рядовых адвентистов, но и адвентистское руководство в СССР. За малым исключением к 1934 г. практически почти все церковные служители и активные члены адвентистского движения в СССР были репрессированы. Эта участь постигла и поместные церкви (общины), вследствие чего к этому же времени значительная часть церквей прекратила свою деятельность. Что касается высших и наиболее активных руководителей и членов адвентистского движения, то практически все они прошли через аресты, ссылки, заключение, многие из них погибли, другие провели в местах изоляции десятки лет. Обвинение было стандартным: «за религиозную пропаганду», за «использование религиозной пропаганды в политических целях». Чаша испытаний миновала лишь одного из видных деятелей адвентистского движения в СССР – Г. А. Григорьева, который во второй половине тридцатых годов и в начале сороковых по существу в единственном числе представлял руководство адвентистов седьмого дня в стране. Общее число репрессированных членов и служителей Церкви АСД в СССР к концу 1983 г. превысило 3000 человек, а из 200 имевшихся тогда адвентистский проповедников репрессировано было 198. Почти все 29 участников последнего расширенного пленума ВСАСД, который проходил 26-29 декабря 1931 г., вскоре были арестованы и осуждены.
Управление Церковью адвентистов седьмого дня усложнилось еще тем, что большевики по сути дела уже в 1931 г. ликвидировали центральные органы управления Церковью АСД в СССР, заменив их легко манипулируемым институтом Уполномоченных Центрального Совета Церкви адвентистов седьмого дня (позже переименованный во ВСАСД). Это произошло на пленуме Союза АСД в 1931 г., о котором известно лишь по обращению, с которым Исполнительный орган Союза адвентистов седьмого дня обратился к членам церкви АСД. Из всех же уполномоченных позднее на свободе остался, как сказано выше, только один Григорьев.
В решениях пленума отмечалось свертывание деятельности Церкви АСД в СССР в связи с ужесточением политики государства по отношению к религии. Присутствовавший на Пленуме С. П. Кулыжский, член центрального управления Церковью, вспоминал позднее: «На пленуме рассматривался вопрос по реорганизации руководящего органа на будущее время. Существовавшие отделы – местные объединения, общины и союзы, как это было прежде – ликвидированы. По всем областям и краям, где имелись общины, были поставлены уполномоченные ВСАСД. Численность таковых была 17 человек. В связи с новой реорганизацией была проведена перерегистрация общин и групп и, как видно из протокола заседания, таковых оказалось 203 единицы».
Так по существу процесс разгрома Церкви адвентистов седьмого дня, как и других протестантских движений, а также Православной Церкви к началу сороковых годов практически был завершен. Несколько изменилась ситуация в связи с началом Великой Отечественной войны.
Во время Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. члены Церкви адвентистов седьмого дня, как и весь советский народ, пережили все испытания и тяготы этой страшной войны. Война принесла горе в каждую семью, на фронтах и в тылу погибли миллионы и миллионы советских людей, многие покинули свои родные города и села, многие оказались под игом фашистской оккупации. Вместе со всем народом адвентисты делали все возможное для скорейшего окончания войны. В осажденном Ленинграде ставшие медицинскими сестрами адвентистки выхаживали в госпиталях раненых, мужчины работали на сооружении оборонительных объектов. Они, как и другие жители блокадного Ленинграда, боролись за свое существование, боролись тем самым и за существование города. Многих из них не стало за время блокады. Служили адвентисты и в Красной Армии, выполняя свой гражданский долг в медицинских частях, переводчиками, шоферами и связистами, военными музыкантами, награждались правительственными наградами, попадали, раненными, в фашистский плен. Многие адвентисты, отказывавшиеся нести оружие в руках, с начала войны призывались в трудовую Армию, работая на строительстве военных и гражданских объектов, в шахтах, на лесоповале. Впрочем, это никоим образом не повлияло в то время на отношение государства к адвентистам: они по-прежнему подвергались репрессиям. Так, в 1941 г. адвентисты из числа российских немцев разделили участь своих соотечественников других исповеданий. Многие из них были депортированы и впоследствии находились на спецпоселении.
…Начиная с 1942 г. в СССР наметилась тенденция к потеплению в отношении верующих и Церкви. Нынешние историки указывают на то, что главной причиной таких изменений явились переговоры во время войны с США и Англией относительно открытия второго фронта, одним из условий чего было требование лидеров западных стран внести коррективы в отношение советского государства к свободе совести. Думается, что были и иные причины, побудившие Сталина изменить свое отношение к религии. Прежде всего это осознание им огромных возможностей влияния Церкви на население страны и проявление патриотизма со стороны верующих всех конфессий и вероисповеданий, выражавшегося в том числе и в виде материальной поддержки: общий сбор духовенства и верующих, например, на строительство танков во время войны составил 69.189.563 рубля. Так или иначе с 1942 г. начинается либерализация церковно-государственных отношений в стране. В 1943 г. была восстановлена Московская патриархия, были открыты духовные академии и семинарии, восстанавливались монастыри, были созданы более-менее нормальные условия для деятельности Русской Православной Церкви.
В эти же годы политика потепления в государственно-церковных отношениях распространилась и на российских адвентистов седьмого дня. Из мест заключения (лагерей, тюрем и ссылок) стали возвращаться домой адвентистские руководители и простые члены Церкви АСД. Этим потеплением не преминули воспользоваться недавно вышедшие на волю лидеры Церкви и стали воссоздавать и обустраивать структуру своей организации. Большую роль в воссоздании адвентистской организации уже в годы войны сыграл единственный оставшийся на свободе уполномоченный ВСАСД Г. А. Григорьев. В то время он был не только уполномоченным, но и с 1934 г. проповедником, с регистрационной справкой от Моссовета, Московской общины церкви. Возвратившись в августе 1942 г. из Сибири, куда по распоряжению Моссовета были еще в 1941 г. эвакуированы все религиозные учреждения, Григорьев взялся активно за восстановление деятельности как местной общины, так и всей адвентистской организации в масштабе всей страны, преодолевая при этом всевозможнейшие препятствия. Большой урон Церкви нанесли не только большевистские власти, но и фашистские оккупанты, преследовавшие адвентистов, как и других верующих на захваченной ими территории. Как только какой-то регион освобождался от оккупации и восстанавливалась почтовая связь, на адрес общины или местного руководителя Церкви приходило ободряющее письмо, в котором он сообщал о необходимости восстановления организации.
Как только открылась возможность, Григорьев взялся за организацию Всесоюзного Совета. Из освобожденной Латвии был приглашен П. А. Мацанов в качестве заместителя председателя ВСАСД. Из Мелитополя был приглашен Ф. В. Мельник и стал пастором Московской общины. Из средней Азии освобожденный из тюрьмы приехал А. Г. Галладжиев и стал секретарем-казначеем Всесоюзного Совета и одновременно пастором московской церкви. Из Украины был приглашен В. Д. Яковенко, недавно возвратившийся из мест заключения. Благодаря стараниям Г. А. Григорьева, уже в 1943 г. практически был восстановлен и получил признание со стороны власти Всесоюзный Совет адвентистов седьмого дня (ВСАСД). Адвентисты всей страны по всеобщему единодушному, хотя и без всяких процедур и голосования, невозможных в то трудное, военное время, согласию признали Г. А. Григорьева председателем этого Совета. Признали его в качестве главы высшего адвентистского органа в те годы и власти страны. Его кипучая организационная деятельность не ограничивалась восстановлением одного только центрального руководства; со временем была сформирована по существу вся организационная структура адвентизма СССР – от местных объединений, общин до республиканских союзов. Быстро восстанавливался и самый фундамент адвентистского движения в стране – поместные церкви (общины), создавались новые. Ведь в это время наблюдался новый приток верующих, принимавших адвентистское вероучение.
Причиной подъема религиозности среди населения были, конечно, страдания, перенесенные людьми во время войны. Адвентистское вероучение в силу своей специфики и могло предоставить исстрадавшимся людям утешение и покой. Проповедь религиозного фатализма, извечного предопределения, неизбежности и даже богоугодности страданий – неотъемлемые черты адвентистского вероучения, которые и делали это религиозное движение привлекательным, дарующим успокоение многострадальным жителям нашей бескрайней страны. К тому же адвентисты всегда отличались не только проповеднической, но и активной миссионерско-организационной деятельностью. Они создавали общины, в которых царил дух коллективизма, взаимопомощи, христианской любви и поддержки, что позволяло неофитам, пришедшим в общины, независимо от возраста и пола, социального происхождения, чувствовать себя как в родной семье. Если же учесть тот факт, что многие люди потеряли в войне своих родных и близких, оказались наедине с военными и послевоенными трудностями, то понятным станет значительный рост адвентистских рядов в годы войны и особенно после нее. Этому способствовал и тот факт, что с 1946 г. в стране возобновилась регистрация религиозных общин. Церковь АСД в СССР в 1946 г. насчитывала 13.300 членов, объединенных в 300 общин, в которых работало около 75 служителей. К 1958 г. там была достигнута та численность верующих адвентистов, какой адвентистская церковь достигала в годы наибольшего своего развития – в 1925-1927 гг. – 21 тысяча верующих.