Новым царствованием в истории России открывалась эпоха временщиков, внезапного возвышения одних и стремительного падения других. Страшное падение выпало и на долю первого вице-президента Синода архиепископа Новгородского Феодосия. После смерти Петра он осмелился открыто заговорить об унижении Церкви светской властью, о бесправии архиереев, о тайном разорении монастырских вотчин и расстройстве монастырей. Покойного царя он по жестокости сравнивал с Иваном Грозным, с пренебрежением высказывался о новой императрице, а против всесильного временщика Меньшикова позволял и оскорбительные выпады. Неосторожность переоценившего свои силы иерарха дала сильное оружие против него его главному сопернику архиепископу Феофану, обвинившему его в государственной измене.
В апреле 1725 года архиепископ Феодосий был арестован и подвергнут розыску. В ходе расследования обнаружилось, что своих слуг он обязал присягой на верность себе, вроде государственной присяги. Суд приговорил его к лишению сана, и под именем чернеца Федоса некогда всесильный церковный сановник был заточен в тюрьму Корельского монастыря на далеком севере, где через пять месяцев страданий скончался.
Вместо него Новгородскую кафедру занял сам Феофан, ставший первым членом Синода. Но вторым членом Синода стал давний обличитель Феофана архиепископ Феофилакт (Лопатинский), а третьим членом - Ростовский митрополит Георгий (Дашков), выходец из старинной боярской семьи, сильный связями в родовитом дворянстве.
После смерти Екатерины I престол перешел к Петру II, сыну царевича Алексея. В царствование этого отрока государственная власть оставалась в руках временщиков-верховников, самым влиятельным из которых вначале был Александр Меньшиков, а после его падения и ссылки в Сибирь - князья Долгорукие. При правлении Долгоруких стали открыто проявляться стремления к реставрации допетровских порядков. В связи с этим в Синоде усиливается позиция великорусской «партии». Митрополит Георгий настоял на вводе в Синод уволенного еще при Петре I престарелого опального архиерея митрополита Игнатия (Смолы) и архимандрита Льва (Юрлова), возведенного вслед за этим на Воронежскую кафедру. Архиепископ Феофилакт держался в стороне от сторонников митрополита Георгия, но как и архиереи-великороссы, он был убежденным противником церковно-политической линии Феофана, который остался единственным в Синоде ревнителем петровских идей. В церковных кругах открыто стали вести разговоры о восстановлении патриаршества. Над головой Феофана, больше всех потрудившегося над упразднением патриаршества, к тому же причастного к трагедии отца императора - царевича Алексия, собиралась гроза.
Но в ночь на 19 января 1730 года скончался пятнадцатилетний император, последний из русских царей, которого погребли в Москве, в Архангельском соборе Кремля. Верховный Тайный Совет призвал на престол старейшую в роде Романовых племянницу Петра I Анну Иоанновну, вдову Курляндского герцога. С ее воцарением «верховники» связывали надежды на то, чтобы «впредь самодержавию не быть». К Анне Иоанновне в Митаву вместе с приглашением на престол высланы были и так называемые «пункты», подписав которые, она в сущности ограничивала самодержавную власть подобием аристократической конституции. Приверженцы петровских реформ встревожились. Одновременно с официальным посольством от «верховников» в Митаву направились и негласные, тайные посланцы от графа Головкина и архиепископа Феофана. Феофан, рискуя головой, включился в авантюру по срыву «затейки» «верховников». В Митаве Анна подписала «пункты», но в Москве, на собрании московского и провинциального дворянства, с подозрением относившегося к «затейке» «верховников», порвала бумагу с этими «пунктами». Архиепископ Феофан торжествовал победу. «Верховники» пали. Подорваны были и позиции опиравшихся на них сторонников восстановления патриаршества. Стала проводиться политика возвращения к заветам Петра. На деле часто в карикатурном виде восстанавливались худшие стороны петровской политики. В области церковного управления проводником этой линии стал Феофан.
Императрица Анна в домашнем быту была по-старинному благочестива. Но, по словам современников, обрядовое благочестие царицы не смягчило ее черствого сердца. А хуже всего было то, что, совершенно неспособная к государственным делам, самодержица передоверила управление Россией своему любимцу Бирону, который был хорошим знатоком лошадей, но в России не понимал и к русскому народу относился с презрением, и к кабинету министров, заменившему прежний Верховный Тайный Совет. В Кабинете большинство составляли немцы. Во главе его стоял «честный немец» Остерман, фанатичный приверженец петровских реформ, понятых им узколобо, в полицейско-абсолютистском смысле. «Честный» Остерман и бесчестный Бирон, гонитель и ненавистник Православия, развязали в стране настоящий террор, который проводился под знамением восстановления петровских начал правления. Всесильным орудием Кабинета была канцелярия тайных розыскных дел во главе с генералом Ушаковым, в которой допрашивали и пытали людей. Тысячи невинных жертв были брошены в тюрьмы по подозрению в недовольстве правительством. Сборы недоимок с помещиков и крестьян, производившиеся военными командами, по описанию современников, были подобны «нашествиям инопленных». Это была эпоха лютого насилия над Россией, которая получила в истории название бироновщины. Жертвой бироновщины пали лучшие русские люди, десятки тысяч невинных людей были умерщвлены, заточены или сосланы в остроги Сибири.
Умирая под топорами палачей, многие из них явили себя истинными христианами. Князь Иван Долгорукий, когда палач четвертовал его, отрубая одну за другой руки и ноги, в смертных муках проговорил: «Благодарю Тебя, Господи, яко сподобил мя еси познать Тебя, Владыко». К клике иностранцев, терзавших православный русский народ, примкнул и архиепископ Феофан, специальностью которого стало ведение «архиерейских процессов». Первым из иерархов был осужден архиепископ Воронежский Лев (Юрлов). Его обвинили в том, что на следующий день после получения известия об избрании на престол Анны, совпавший с празднованием Недели Православия, он не отслужил торжественного молебна, а за богослужением велел возносить имя бабки умершего царя, великой княгини Евдокии, без упоминания ее монашеского имени Елены. Дело это рассматривалось в Синоде. Архиепископа Льва поддержали митрополиты Георгий и Игнатий. Но Феофан постарался придать всему делу характер государственной измены, и пользуясь поддержкой кабинета, заставил Синод лишить обвиняемого священного и монашеского сана и предать его гражданскому суду. В постановлении Синода сказано: «А какого он, Лев – епископ телесного наказания и истязания достоин, о том суду духовному определять не надлежит». Архиепископа Льва расстригли и под именем Лаврентия сослали в Крестный монастырь на Белом море. В месте с ним по этапу отправлен был приказ: держать его там «за караулом, в келье неисходно, никого к нему не пускать, чернил и бумаги не давать и в церковь ходить под караулом».
Но Феофану было мало одной жертвы. Он готовил обвинительный материал против покровителей заключенного архиерея - митрополитов Игнатия и Георгия. Главной уликой против них была попытка замять дело архиепископа Льва. Митрополит Георгий в ходе расследования, не дожидаясь его конца, попросился на покой, но и этот шаг не спас его от расправы. 28 декабря 1730 года он был лишен архиерейского сана и простым монахом отправлен в Спасо-Каменный монастырь на Кубенском озере. Митрополита Игнатия после лишения священного сана сослали в Свияжский Богородицкий монастырь.
Архиерейские процессы шли своим чередом. Ссылаясь на неопределенность известий из столиц, молебен о воцарении Анны отказался служить Киевский архиепископ Варлаам (Вонатович). Феофан назначил розыск. По заключению следственной комиссии Синод лишил преосвященного Варлаама сана и выслал его простым монахом в Кирилло-Белозерский монастырь.
Осужденным архиереям не давали покоя и в местах заточения. За ними денно и нощно велась слежка. Феофан считал всего безопасней для себя сжить их со света. В 1731 года заведено было следствие о дружеском отношении митрополита Казанского Сильвестра к сосланному в Свияжский монастырь митрополиту Игнатию. Подслушаны были слова, сказанные в сердцах преосвященным Игнатием митрополиту Сильвестру об императрице: «Вот де лишили меня сана напрасно, а ей ли, бабе, архиерея судить». Взяли бумаги митрополита Сильвестра, и среди них обнаружили его заметки о неправославии Феофана, критические суждения, о петровских указах, о монастырских имениях. Тайная канцелярия приговорила перевести митрополита Игнатия в Никольско-Корельский монастырь в Архангельске, а митрополит Сильвестр, по постановлению Синода, был уволен на покой в Александро-Невский монастырь без права архиерейского служения, потом его лишили сана и заточили в Выборгскую крепость.
