Скопин вёл сложные переговоры со шведами на труднейшем участке западного фронта, в Новгороде, Пскове, Ивангороде, и собирал ополчение в Заволжье. В результате его дипломатической деятельности вокруг Москвы сплотились северные города: Вологда, Великий Устюг, Кострома, Галич; а король Карл IX, в обмен на незначительные уступки Скопина, заключил мир с Россией и послал в подкрепление русскому войску 15-тысячный отряд отборных шведских наёмников. Эти профессиональные солдаты заметно усилили ополчение северных городов, состоявшее по большей части из земледельцев и ремесленников.
Заслышав о движении Скопина-Шуйского, Сапега и Лисовский засуетились. В ночь на 27 мая 1609 года они предприняли отчаянный штурм Троице-Сергиевой Лавры. «Но, - как пишет А.Д.Нечволодов, - защитники монастыря были наготове; архимандрит и ветхие старцы-иноки пребывали в жаркой молитве перед гробом Святого Сергия, а воины, все иноки, способные носить оружие, и женщины [бежавшие в крепость из окрестных сёл] стояли на стенах с оружием, камнями, смолой, извёсткою и серою, чтобы грудью встретить врага... отчаянный бой продолжался до самого рассвета; обе стороны дрались с большим ожесточением, но к утру малочисленные защитники Лавры отбили все приступы ляхов и воров, и, видя их бегущими от своих стен, тотчас же сделали смелую вылазку, забрам при этом множество пленных, оружия и стенобитных снарядов». То же самое повторилось и 28 мая, когда к осаждавшим подошло подкрепление пана Зборовского. В дальнейшем ляхи на большие штурмы не отваживались, хотя осада святой обители продолжалась ещё несколько месяцев.
В Москве же начались попытки свержения Шуйского. Уже 17 февраля 1609 года, на Масленицу, 300 заговорщиков схватили патриарха Гермогена и стали требовать, чтоб он подписал грамоту о низложении Царя. Святителя силой выволокли на Лобное место, толкали, осыпали грязью, трясли за грудь. Всё без толку. Могучий духом патриарх не уступил угрозам. Хотя Гермоген сам считал Шуйского негодным, нечестно избранным Государем, но он стоял только за эту единственно законную власть, благодаря которой Держава сохраняла целостность, несмотря на захват её части врагами. И надо отдать должное Царю Василию. Плохой правитель, интриган, он в то же время обладал воинским и вообще человеческим мужеством. Когда заговорщики окружили его, он ответил на их угрозы: «Хотите убить меня... я готов; но свести меня с престола без бояр и всей Земли вы не можете». Не получив согласия патриарха и поддержки народа, заговорщики оставили Шуйского и бежали в Тушино. Гермоген же им вслед послал две грамоты, призывая изменников к покаянию. Начинались обе грамоты похожими словами: «бывшим Православным Христианам...» и «бывшим братиям нашим, а теперь не знаем, как и называть вас... дела ваши в наш ум не вмещаются...»
Вторая попытка свергнуть Шуйского путём убийства в Вербное Воскресенье также сорвалась. Заговор был раскрыт, главаря пытали и казнили. В день Святой Троицы произошла новая битва на Ходынке. Полки ляхов поначалу взяли верх, но были опрокинуты, и ратники московские ворвались бы в Тушино, если бы не казаки Заруцкого, сумевшие прикрыть арьергард отступавших.
Между тем, настало лето. С Карлом IX незадолго до этого заключили «вечный мир». Отборная шведская рать (15000) прибыла к Новгороду. Ею командовал 27-летний Якоб Делагарди. Между ним и 23-летним князем Михаилом Скопиным-Шуйским завязалась дружба. И вместе они разбили под Старой Руссой пана Кернозицкого, очистили от воров Торопец, Торжок, Порхов, Орешек. Только князь Мещерецкий не преуспел под Псковом, и Скопин его отозвал. Зборовский и Шаховской (освобождённый из заключения) спешили поддержать псковских воров. Под Торопцом они разбили передовой шведский отряд, но опасаясь подхода всей московской рати, отступили к Твери. В июле 1609 года Скопин-Шуйский настиг Зборовского и разгромил. «Воровская петля» порвалась сразу в нескольких местах. По всей линии вокруг Москвы князь Михаил Васильевич одерживал победы: у Калязина он разбил Сапегу, в октябре занял Переславль-Залесский, затем Александровскую слободу. Поздней осенью на соединение с ним подошёл воевода Ф.И.Шереметьев. Движение Шереметьева вверх по Волге и вдоль Оки побудило население тех областей подняться против Тушинского вора. Мужицкие ополчения образовались во многих местах. Они, конечно, не были так подготовлены к войне, как польская шляхта и казаки. Но всё же, благодаря успехам Шереметьева и Скопина-Шуйского, блокада столицы была прорвана.
Царь Василий теперь мог рассчитывать и на победу, только сам он победы не удостоился.
Пользуясь смутой, король Сигизмунд открыл военные действия. Под предлогом, что Шуйский заключил союз с его врагом Карлом Шведским, Сигизмунд двинул армию на Смоленск. Этот город, как мы помним, был предметом вожделения поляков. 21 сентября 1609 года королевская рать уже стояла под его стенами, имея в составе 5000 пехоты, 12000 конницы, 10000 запорожских казаков и огромный отряд литовских татар. Однако стены Смоленска оказались неприступными.
Смоляне, пишет Н.М.Карамзин, «заключились в крепости и выдержали осаду, если не знаменитейшую Псковской и Троицкой, то ещё долговременнейшую и равно блистательную в летописях нашей славы». Двадцать месяцев длилась героическая оборона Смоленска. Защитники города отбили все приступы под шквальным огнём польской артиллерии. Но мало того, они и вылазки совершали беспримерные. Однажды средь бела дня шестеро героев смолян верхами примчались к стану маршала Дорогостайского, на глазах у всех сорвали литовское знамя и без потерь ускакали обратно. Так закончился 1609 и наступил 1610 год.
Весть об осаде Смоленска поляками волновала всех - и московских бояр, и тушинцев. Паны, служившие Вору, не хотели делить добычу с королём в случае его успеха. От исхода «смуты» они ожидали для себя огромных прибылей. Шуйский же тревожился за свой престол. При этом Царь Василий боялся возможной победы Сигизмунда едва ли больше, чем успехов своего доблестного племянника, князя Михаила. Вся Россия с надеждой смотрела на Скопина-Шуйского - воеводу популярного во всех отношениях: могучего телом и духом, прекрасного собою, умного, доброго, честного. Его любили примерно так же, как в Древнем Риме когда-то любили полководца Германика. Но за эту всенародную любовь Германика извели отравой завистливые родственники. Таковые же имелись и у князя Михаила. Более всех завидовал племяннику брат Царя, бездарный князь Дмитрий Шуйский, женатый на родной сестре убиенной Царицы Марии Годуновой.
Покуда шли бои вокруг Москвы, окружению Царя Василия было не до интриг. Скопин-Шуйский должен был выступить к Смоленску, но он не мог сделать этого, пока не отогнал Сапегу, вновь приступившего к Александровской слободе. Князь Дмитрий Пожарский тем временем очищал от воров Коломенскую дорогу, по которой в столицу возили хлеб.
Сигизмунд рассылал всем лукавые письма. Он изливался в любезностях Шуйскому и патриарху Гермогену, а в воровской лагерь отправил примирившегося с ним пана Стадницкого. Прибытие Стадницкого в Тушино вызвало переполох. Рожинский призывал не слушать королевского посла, не верить обещаниям Сигизмунда. Тем не менее, очень многие польстились на крупные суммы выплат, обещанных королём за переход на его сторону. Шляхта волновалась. Положение Вора стало поистине жалким. Паны не ставили его ни во что, и только следили, чтобы он не удрал. При первой попытке бежать с четырьмя сотнями казаков царик был пойман и возвращён. Однако в начале января 1610 г. ему всё-таки удалось улизнуть, переодевшись простым мужиком. Вместе с шутом Кошелевым на навозных санях Вор бежал в Калугу. Поляки после этого почти все перешли к королю. Казаки начали убегать вслед за Вором. Рожинский преследовал беглые отряды, наносил им поражения, истреблял, но всё равно побеги продолжались.
В Калуге Вора встретили хлебом-солью, и там он неплохо укрепился. Казацкие силы стекались в его лагерь, а Марина ещё не знала, на что решиться. Ехать со Стадницким домой в Польшу «Русская Царица» не намеревалась; оставаться в Тушине, где ей почти все изменили, кроме Заруцкого, тоже не имело смысла. И Марина решилась на побег в Калугу, «к мужу». Не к законному, конечно, и тем паче, не к любимому, но к тому негодяю, в мнимом браке с которым она продолжала считаться «Царицей».
Сапега, сняв осаду с Лавры 12 января, едва не захватил Марину, но увидев боевой настрой казаков, её сопровождавших, отступил. И может быть, именно тогда начался роман гордой польки с прекрасным собою донским атаманом. Заруцкий стал её «спасителем», верным рыцарем, а «мужа» царика за его побег Марина могла теперь открыто презирать и не пускать на свою половину.
Из содержания писем Марины Мнишек к папе Павлу, к папскому нунцию, к королю Сигизмунду и панам-сенаторам польский историк Валишевский делает вывод о её тогдашнем психическом состоянии: «В головке этой женщины, честолюбивой до безумия, к самым тяжёлым и важным заботам постоянно примешивались пошлые мысли и хлопоты о пустяках... доводы, один другого глупее и смехотворнее».
