В Комиссию вошли президент Синода преосвященный Дмитрий (Сеченов), возведенный в сан митрополита, архиепископ Санкт-Петербургский Гавриил (Кременецкий), епископ Переяславский Сильвестр, а также обер-прокурор князь А. Козловский, князь А. Б. Куракин, князь С. Гагарин, граф И. И. Воронцов, и Г. Теплов. Результатом работ этой комиссии явился знаменитый Церковный Указ о церковных владениях, изданный 26 февраля 1764 года, которым проводилась последняя черта под многовековым спором о монастырских вотчинах.
Указ окончательно упразднял церковное землевладение в России. Все церковные имения передавались Коллегии экономии, и церковные учреждения совершенно устранялись от управления ими. Часть средств, поступавших от секуляризованных имений, после ряда сокращений всего лишь 1/7, Коллегия экономии должна была выдавать на содержание епархиальных кафедр, монастырей и приходских причтов. Остальное шло на государственные нужды. Епархии разделялись на три класса, и содержание их назначалось в зависимости от класса. Для монастырей вводились так называемые «штаты». Большая часть обителей оказалась за рамками штатов, и, как правило, такие монастыри упразднялись.
Указ о секуляризации церковных владений явился страшным ударом по монастырям и монашеству. Изъятие церковных имений в казну проводилось под предлогом лучшего устроения церковных дел и государственной пользы. На деле же эта реформа не только не влекла за собой разорение церковной жизни, она не принесла большей выгоды государственной казне, ибо значительная часть секуляризованных имений роздана была фаворитам императрицы. Ревностные архиереи, монахи и клирики, благочестивые миряне с сердечной болью переживали страшное разорение монастырей. Но мало кто решился на открытое возражение.
Резкий протест выразил митрополит Ростовский Арсений (Мацеевич). Родился он в 1697 году на Волыни в семье священника шляхетского рода. Образование получил во Львове и в Киевской Академии. Рукоположенный после пострига в сан иеромонаха, он был назначен экзаменатором ставленников при Московской синодальной конторе.
Единомышленник святителей Стефана (Яворского) и архиепископа Феофилакта (Лопатинского), он защищал православную веру от западного религиозного влияния. Возражая на «Молоток» Феофана, он давал апологетическую биографию своего учителя митрополита Стефана. С горечью обращался он в «Возражении» к Феофану; «Ты, не нашея веры и Церкви человек, сделался Церкви нашея указчик или уставщик». Утешение он находил, однако в том, что «хотя и Синод вместо Патриарха у нас имеется, однако тебе, врагу и сопернику Церкви нашея, выторжка не обретается, понеже по твоему хотению не сделалося, дабы, как ваш регент, так и пасторы ваши в Синоде присутствовали. Но как прежде Патриарх Российский, так и ныне Синод в той же Церкви Божиею милостию состоит, в которой четверо престольные Патриархи православно-восточные начальствуют».
В 1734 году иеромонах Арсений отправился духовником с морской экспедицией на Камчатку. После этого он несколько лет служил экзаменатором ставленников в Петербурге. В 1741 году совершенно неожиданно его хиротонисали в митрополита Тобольского. Присягая возведенному на престол младенцу Иоанну VI, святитель отказался давать присягу его матери-регентше, которая оставалась лютеранкой. Новый переворот спас бесстрашного архиерея от расправы. Митрополит Арсений был переведен на древнюю Ростовскую кафедру, он участвовал в коронации Елизаветы и был введен в Синод, но в связи с отказом от присяги по установленной при Петре форме его отослали из Петербурга на кафедру в Ростов.
Опекая семинарию, устроенную в Ростове при святителе Димитрии, митрополит показал себя противником царившей в семинариях латинской схоластики. Он писал: «Школы при архиереях не иные нужны, только русские; понеже в церквах у нас не по латыни, ниже другими иностранными языками читается и поется, и служба Божия совершается по-русски».
Когда в начале царствования Екатерины II поднят был вопрос о церковных землях, митрополит Арсений встревожился о судьбе Церкви. В самый разгар работы комиссия по церковным владениям, в 1763 году, в Неделю Православия, он велел в чине анафематизмов расширить клятву на отнимающих у Церкви «села и винограды». Один за другим стал он подавать протесты в Синод. «Горе нам, бедным архиереям, писал он тогда, яко не от поганых, но от своих мнящихся быти овец правоверных толикое мучительство претерпеваем».
Святитель страшился за судьбу монастырей, опасался их совершенного исчезновения в России. Если дела и далее пойдут в том же духе, то, предрекал он, «тако нашему государству приходить будет не токмо со всеми академиями, но и с чинами или на раскольничье, или на лютеранское или кальвинское или на атеистское государство».
Протесты встревоженного архипастыря доведены были до сведения императрицы. Екатерина вознегодовала и возненавидела «мятежного» архиерея, называла его «лицемером, пронырливым и властолюбивым бешеным вралём»; и, наконец, велела его судить Синоду. Суд над митрополитом Арсением состоялся 14 апреля 1763 года в Москве. Синод приговорил его к лишению архиерейского сана. Главным судьей был давний недоброжелатель подсудимого Новгородский митрополит Димитрий.
В Кремлевских Патриарших Крестовых палатах при стечении большой толпы народа, заполонившей Синодальный двор, состоялось снятие сана с осужденного. Народ пришел не из одного любопытства, но и от сострадания к гонимому святителю. Когда с осужденного срывали святительское облачение, он предсказал совершавшим над ним эту позорную церемонию плачевный конец. Митрополиту Димитрию он сказал, что тот задохнется собственным языком. Крутицкому архиепископу Амвросию (Зертис-Каменскому), своему прежнему другу, он предсказал смерть от руки мясника: «Тебя, яко вола, убиют», а епископу Псковскому Гедеону (Криновскому) предрек: «Ты не увидишь своей епархии». Так все и исполнилось впоследствии: митрополит Димитрий умер в 1767 году от опухоли языка, архиепископ Амвросий был убит в 1771 году в Москве во время холерного бунта, а епископ Гедеон, вскоре после суда удалённый в свою епархию, умер по дороге, не доехав до Пскова. 4 июня в Кремле рухнула церковь Трех Святителей Московских, смежная с Крестовой палатой, в которой судили опального архиерея.
Между тем, лишенный сана исповедник, в одеянии простого монаха, был под караулом отвезен на Север, в Николо-Корельский монастырь, в тот самый, где в заточении скончался архиепископ Феодосий (Яновский), переименованный в Федоса.
Ненависть царицы к исповеднику не угасла даже после расправы над ним. В 1767 году, когда стало известно, что митрополит Арсений не переменил своих взглядов и считал себя беззаконно осужденным, Екатерина потребовала предать его новому суду. На этот раз страдальца лишили монашества и заточили в Ревельскую крепость в крохотную камеру под именем «преступника Андрея Враля». Коменданту крепости Тизенгаузену Екатерина писала: «У вас к крепкой клетке есть важная птичка. Береги, чтоб не улетела». Офицерам и солдатам запрещено было вступать в разговор с заключенным. По некоторым сведениям, узнику затыкали рот.
28 февраля 1772 года муки узника закончились великий страдалец за Церковь отошел на суд Нелицеприятного Судии. Священник, напутствовавший его перед смертью, в страхе вышел из каземата со словами: «Вы мне говорили, что надо исповедовать и приобщать преступника, а предо мной стоит на коленях архипастырь». На стене его тюрьмы остались слова, которые узник начертал углем: «Благо, яко смирил мя еси». Несмотря на все старания правительства изгладить имя исповедника из народной памяти, православный народ тайно чтил страдальца за Церковь. Поместный Собор 1917-1918 гг. отменил неправедный приговор Синода о митрополите Арсении и посмертно возвратил ему архиерейское достоинство.
Страшная участь этого ревнителя произвела жуткое впечатление на иерархию и позволила правительству без всякого риска провести секуляризацию церковных земель в великорусских епархиях. В 1786 году такого же рода реформа была проведена в Малороссии, а через два года в Слободской Украине. Деятельным помощником правительства в проведении секуляризации на юге России был Киевский митрополит Самуил (Миславский).
После секуляризации церковных земель и расправы над митрополитом Арсением правительство стало относиться к Церкви с бесцеремонностью, которая заставляла вспомнить о временах бироновщины. Обер-прокурором в Синод назначен был И. И. Мелиссино, который не скрывал своих деистских воззрений. В 1767 году, когда подавались всякого рода законодательные проекты в Комиссию по Новому уложению, Мелиссино представил на рассмотрение Синода проект, в котором, помимо введения неограниченной веротерпимости, предлагал ослабить и сократить посты, отменить вечерни и всенощные, а вместо них ввести краткие молитвы с поучениями народу, прекратить содержание монахов, епископов и белого духовенства из казны, епископам дозволить «с законными женами сожитие иметь», отменить «поминовение усопших» и даже воспретить причастие младенцев в возрасте до 10 лет. Нелепость этого проекта потрясла членов Синода, и они попросту отказались принимать этот враждебный Православию документ на рассмотрение.
