В 1768 году Мелиссино был уволен с поста обер-прокурора. Его заменил П. П. Чебышев, невежественный солдафон в чине бригадира, который, понаслышке узнав о «современных идеях», открыто щеголял атеизмом, и в присутствии членов Синода не сдерживался от употребления «гнилых слов». Чебышев всячески препятствовал изданию апологетических сочинений, направленных против деизма и неверия. По подозрению духовенства в «фанатизме» из ведения Синода изъяты были все дела о нарушении благочиния, о богохульстве, о колдовстве и суевериях. Мнения членов Синода часто не принимались во внимание при решении важных для Церкви вопросов.
Большим авторитетом зато пользовался духовник Екатерины протоиерей Иоанн Памфилов. По существу это был один из временщиков. Своё влияние он часто использовал для заступничества за белое духовенство против архиереев и монашествующих, которых сильно недолюбливал. Духовник царицы первым из протоиереев был награжден митрой, что воспринято было иерархией что воспринято было иерархией как унижение архиерейского сана.
В царствование Екатерины II окончательно рушится прежняя монополия малороссийского монашества на занятие архиерейских кафедр. События церковной жизни убедили правительство в том, что малороссы проявляют больше упорства, меньше гибкости и уступчивости. Епископы из великороссов ближе к сердцу принимали государственные интересы России, они проявляли больше терпения и смирения в отношениях с правительством и потому не вызывали у власти особых опасений. А главное, с расцветом Московской Академии, с подъемом уровня образования в семинариях отпала нужда в подборе ставленников на архиерейство исключительно из числа киевских «академиков».
Уже при Елизавете на первенствующее место в российской иерархии выдвинулся архиепископ Новгородский Димитрий (Сеченов), который сразу по воцарении Екатерины возведен был в сан митрополита. Впоследствии виднейшими иерархами стали митрополит Гавриил (Петров), митрополит Платон (Левшин), архиепископ Иннокентий (Нечаев), архиепископ Амвросий (Подобедов).
За время царствования Екатерины II в связи с расширением пределов империи и приведением епархиального деления в соответствие с административным делением страны по губерниям число епархий Русской Церкви увеличилось до 36. Значительно выросло за эти годы и православное население России.
Французская революция, начавшаяся в 1789 году и приведшая к казни королевской четы, заставила императрицу заново продумать вопрос о влиянии просветительских, деистских и вольтерианских идей, которыми охотно кокетничала она до тех пор, на общественную и политическую жизнь. Напуганная грязными европейскими событиями, Екатерина приняла решение: «Закроем высокоумные наши книги и примемся за букварь». Последовал ряд действенных мер против масонства, против всех вообще тайных обществ, против бесконтрольного ввоза книг из Франции. Но одними запретами и ограничилась реакция правительства на противохристианский дух новейшей европейской философии, который до революции почти насаждался в высшем обществе, а теперь был признан опасным и подрывным. Более глубоких перемен не последовало. В душе Екатерина по-прежнему оставалась далекой от православия.
В 1796 году Екатерина II скончалась. Престол перешел к ее сыну Павлу Петровичу, которого до тех пор тщательно устраняли от всякого участия в государственных делах. Отчуждение от двора внушило Павлу острую неприязнь ко всем начинаниям своей матери, к самому духу, царившему при дворе. В противоположность вольтерьянской атмосфере Екатерининского двора, Павел взращивал в себе религиозные и почти клерикальные настроения.
За короткое время своего царствования он сделал много доброго для Церкви: освободил духовных лиц от телесного наказания, увеличил штатные оклады духовенству, принял меры по обеспечению вдов и сирот духовного звания, повысил ассигнования на духовные школы. Но всячески жалуя духовенство, Павел прибегал к странным и неуместным мерам: он стал награждать духовных лиц светскими орденами, лентами, аксельбантами. Сохранился портрет Псковского епископа Иринея с аксельбантами. Митрополит Платон (Левшин), законоучитель царя в его отроческие годы, узнав о намерении Павла наградить его орденом, просил воздержаться от этой милости и дать ему умереть архиереем, а не кавалером.
Человек неуравновешенный, вспыльчивый, почти душевнобольной, Павел изливал на духовных лиц не одни только милости, но часто и ничем не вызванный гнев, подвергал их несправедливой опале, при нем пострадал митрополит Петербургский Гавриил (Петров), которого он невзлюбил за одно то уже, что к его уму и такту с уважением относилась Екатерина II.
Император России сознавал себя вождем европейской реакции, воевавшей против революции. Поэтому он считал своим долгом всячески поддерживать папу, иезуитов, Мальтийский орден. В них он видел опору в борьбе с крамолой. «Романтическая» церковность Павла носила черты, чуждые православному духу. Он первым из русских самодержавцев дерзнул официально назвать себя главой Церкви. Во внутренней политике Павел проявлял подчеркнутый антиаристократизм, стремился стать «народнымцарем», что ставило его в весьма натянутые отношения с придворными кругами. Неожиданная переориентация внешней политики, угрожавшая британским интересам, стоила Павлу жизни. 11 марта 1801 года совершился очередной государственный переворот, инспирированный английским посольством. Император Павел был убит заговорщиками.
В Белоруссии и на правобережной Украине православный русский народ, оставшийся под польским гнетом, терпел в XVIII веке неслыханные страдания. Чрезвычайно влиятельное в Польше католическое духовенство, фанатично враждебное православной вере, подталкивало правительство на ужесточение притеснительных мер против Православной Церкви и православных подданных. В 1717 году запрещено было строить новые православные храмы и чинить ветхие. В 1736 году по требованию католических епископов издан был универсал, по которому для рукоположения православного священника требовалось соизволение короля.
Ксендзы подстрекали католическую шляхту и чернь на преследование православных. Православную веру поносили и оскорбляли, называли её «собачьей», «холопской», клеймили как арианскую ересь. Для оскорбления религиозных чувств православных их храмы продавали арендаторам-евреям, которые взимали плату за то, чтобы открыть храм для богослужения, и при этом хулили Христа и христианство. За недоимки арендаторы закрывали храмы, предавали священников суду, выгоняли их из домов и даже добивались их казни. Украина и Белоруссия официально именовались в католических церковных инстанциях partes infidelium (страны неверных). Туда направлены были толпы миссионеров - иезуитов и базилиан, которые мечом и огнем загоняли православных в унию.
Православных священников били плетьми, сажали в тюрьмы, морили голодом, травили собаками, отрубали им саблями пальцы, ломали руки и ноги. На монастыри нападали толпы бесновавшейся черни, грабили и сжигали святые обители, монахов мучили и убивали. Архиепископ Георгий (Конисский) так описывал жизнь православных в Польше: «Духовные и сильные мирскою властью гоняли православный народ, как овец, в костел или униатский храм. Во время самого чтения Евангелия входил в храм приказчик, бил народ плетью и гнал его, как скот из хлева… Детей били розгами пред глазами матерей, матерей - пред глазами детей… На моих глазах несколько раз секли девицу сперва розгами, потом шиповником, чтобы отреклась от веры и - не отреклась. Женщину с грудным младенцем полгода держали в тюрьме, младенца она лишилась там же, а муж бит и замучен особо; ей самой жгли пальцы, чтоб отреклась нашей веры, и - не отреклась. Другая закована была в кузницу (железный ошейник) и удавлена».
С 1707 по 1728 годы Могилевскую кафедру занимал епископ Сильвестр (князь Четвертинский), который много потерпел от врагов Православия. Самая жизнь его постоянно находилась в опасности.
Великим страдальцем и борцом за Православие был архиепископ Георгий (Конисский). Он был подданным России, родился в 1717 году в Нежине в дворянской семье. Учился в Киевской Академии и принял там монашеский постриг. В 1751 году он был назначен ректором Академии, а через 4 года состоялась его хиротония во епископа Могилевского. Это была тогда единственная православная епархия на территории Речи Посполитой. Святитель Георгий страдал от изуверского фанатизма католиков еще больше своих предшественников - епископов Сильвестра, Арсения, Иосифа и Иеронима.
