С IV-ro века катакомбы начинают утрачивать свое первоначальное назначение; с этого времени римские первосвященники перестают хорониться в них, и папа Мелхиад (314 г.) был последний, которому пришлось найти посмертный покой in coemeterio Callisti. Преемник его — св. Сильвестр, столь известный в ряду современников Константина Вел., был положен уже не в подземной крипте, а в надземной базилике, нарочно для того построенной и получившей название от имени этого папы. Примеру представителей клира стал следовать народ. Хотя и в V веке погребение еще продолжалось в катакомбах, но большинство верующих начало предпочитать подземельям надземные кладбища, прилегавшие к тем мемориям или открытым зданиям, которые с очень раннего времени начали возводить христиане на местах своего погребения преимущественно над усыпальницами мучеников и других наиболее чтимых своих усопших собратий. Сокращение числа надгробных надписей, сохранившихся в катакомбах от этого периода, довольно ясно показывает на уменьшение в них числа погребений. Впрочем, это не мешало римским катакомбам пользоваться громкой известностью и благоговейным почитанием в христианском мире. Священные воспоминания, связанные с этими дорогими для христианского чувства подземельями, не могли сразу выйти из недр земли на ее поверхность и по-прежнему влекли сюда набожных чтителей христианской святыни. В IV–V веках многочисленные толпы богомольцев, движимые желанием поклониться на могилах апостолов, мучеников и исповедников, направляются в римские пещеры. Оставляя на стенах катакомб, особенно возле гробниц с мощами святых, следы своих посещений в виде изображений и надписей, некоторые из этих поклонников заносили свои наблюдения в путевые записки, которые в связи с мартирологиями и до сих пор служат для исследователя важным пособием при изучении катакомб. Но скоро не стало побуждений к посещению святых подземного Рима. После разгрома и страшных опустошений, произведенных готами, вандалами и другими народами в Риме и его окрестностях, римские первосвященники по разным побуждениям стали выносить из катакомб останки наиболее чтимых святынь в пригородные и городские базилики, и это перенесение продолжалось в течение нескольких столетий. Как усердно действовали папы на этом поприще, доказывают официальные перечни вынесенных ими реликвий и известия летописные. Папа Бонифаций IV, по случаю освящения пантеона в христианскую церковь, вывез, по преданию, из катакомб тридцать две повозки с мощами святых. В IX веке, при папе Пасхалии, как гласит надпись в базилике Пракседы, было извлечено из катакомб две тысячи триста святых мощей. Вследствие этого обстоятельства, а также благодаря постепенному запустению священных подземелий, сильно уменьшилось число их поклонников. В конце IX века путешествия в римские катакомбы почти прекращаются, а в XI–XII стол. лишь изредка упоминаются одиночные случаи подобных посещений. Подземный Рим, привлекавший к себе взоры всего древнехристианского мира, приходит в забвение в темную средневековую эпоху: по нелегко объяснимой причине даже надземный Рим почти совсем забывает свое славное кладбище и все то сравнительно немногое, что было написано о нем.
Триста лет тому назад, в 1578 году 31 мая, рабочие, разрывавшие землю близ Рима для добывания строительных материалов, неожиданно наткнулись на каменные плиты, покрытые древними надписями и изображениями. Местность, где произошло это случайное открытие, находится in via Salaria — на Салярской дороге, ведущей в Рим с севера. Находка возбудила большой интерес, и слух о ней скоро разнесся в Риме и его окрестностях, привлекая, как и всегда, к месту раскопок толпы любопытных. Никто не мог тогда предугадать великих последствий для науки, связанных с этим ничтожным, по-видимому, открытием, а между тем, благодаря ему, археологическая наука начала с тех пор свое существование и, можно сказать, впервые появилась на свет вместе с подземным Римом и великим множеством сохранившихся в нем памятников древнехристианского искусства. Но откуда взялся этот подземный мир, что вызвало его к жизни, и кому он обязан был своим происхождением, — вопросы эти долго не поддавались удовлетворительному решению, и только в сравнительно недавнее время удалось, наконец, овладеть ключом к объяснению и прийти к положительным выводам. Происхождение римских катакомб связано с погребальными обычаями древних и ближайшим образом объясняется из условий погребения в Риме и из положения христиан в этом городе. Два главных способа погребения существовали в древнем мире: сожжение трупа (crematio) и зарывание его в землю (inhumatio) или погребение в собственном смысле. Народы семитические держались последнего способа; в Греции существовали оба, но преобладающей формой было трупосожжение. В Италии по городам также было в обычае трупосожжение, но в сельском быту, особенно между простыми и бедными людьми, держалось стародавнее обыкновение хоронить покойников в землю. В местностях гористых чаще всего для каждого покойника высекали в скале особое местечко — отверстие, которое заваливали камнем или заставляли плитой. Иногда для той же цели пробивали по склонам целые помещения, наподобие больших комнат или склепов, по стенам которых вырубали небольшие углубления, куда и клали покойников вроде того, как кладут их в гроб. Известен был и особый тип подземных могил, когда вместо камер в скале вырывали в более мягких слоях почвы подземные галереи с комнатами, куда и сносили покойников, размещая их рядами по стенам в приготовленных нишах. Эти-то подземные галереи, простирающиеся иногда на весьма значительное расстояние, и составляют то, что называют теперь катакомбами.
Как ведущие начало из погребального обычая, широко практиковавшегося в древности, катакомбы, разумеется, не могут быть приурочены к какой-либо определенной местности. Теперь найдено, что они принадлежат чуть ли не всей Европе, в немалом числе встречаются в Азии и Африке, а при дальнейших изысканиях обещают сделаться достоянием всего древнего христианского мира. Наибольшей известностью в современной археологической науке по древности и богатству монументального материала, кроме главных — римских, пользуются еще катакомбы неаполитанские, галльские, сицилийские и большая галерея близ Александрии с найденной в ней любопытной фреской евхаристического содержания. Все катакомбы, как западные, так и восточные, помимо сходства в своем устройстве, имеют еще ту особенность, что выходят на большие дороги и лежат за городской чертой — extra muros, согласно обычаю, которым запрещалось в видах гигиенических хоронить кого-либо в самом городе. Это требование по отношению к Риму выражено в законе ХII-ти таблиц следующим образом: Hominem mortuum in urbe ne sepelito neve urito, т. е. мертвого в городе не должно ни хоронить, ни сжигать. А так как закон этот был обязательным для всех, то и вышло так, что и христианские, и еврейские, и римские могилы очутились в одном месте, в недальнем расстоянии от города.
Представляя собой сеть подземных коридоров, идущих в разных направлениях, римские катакомбы занимают огромное пространство, но еще значительнее их протяжение в длину. Хотя они и не заходят далее трех миль за черту города и держатся постоянно в этом районе, но число галерей так велико, пересекаются они столь часто, что в целом получается весьма сложный лабиринт со множеством разветвлений и в несколько этажей. Если бы эти коридоры и переходы развернуть в одну линию, то они заняли бы протяжение чрезвычайно длинное. Хотя точные размеры катакомб еще не приведены в полную известность, но, по вычислениям патера Марки, пространство, ими занимаемое, равняется 1200 километрам, а по позднейшим, более точным, вычислениям Микеля Росси исследованная их сеть простирается до 876 километров или 120 географических миль (120x7 = 840 верстам). Обработка такого обширного пространства, имевшего первоначально несомненно более скромные размеры и расширявшегося постепенно, составляла труд нескольких столетий. В этом все исследователи христианской древности согласны между собой, но они сильно расходятся в решении вопроса о времени и способе образования этого замечательного подземного кладбища.
До очень недавнего времени было почти общепринятым мнение, что подземные галереи близ Рима и Неаполя были вырыты задолго до христиан римлянами или же первобытными обитателями Италии для собственной надобности. Одни из защитников этого мнения, и между ними Бозио, утверждали, что катакомбы суть не что иное, как древнеримские каменоломни, откуда рабочие извлекали строительный материал (туф). Так как спрос на камни и песок был весьма большой, то и самые каменоломни приняли со временем значительные размеры. Чтобы не повредить верхнего грунта, необходимого для земледельческих работ, римляне вели эти подземные шахты на значительном углублении, причем верхний слой почвы оставался нетронутым. Эти каменоломни, о которых упоминает Цицерон, говоря об убийстве в них одного римского гражданина, назывались у римлян arenariae — lathomiae и находились за чертой города. С течением времени эти каменоломни были заброшены. В эпоху гонений христиане воспользовались этими малоизвестными и недоступными подземельями, как местом убежища. Здесь они хоронили своих единоверцев и отправляли свое богослужение. Воспользоваться этими оставленными подземельями и затем укрепить их за собой они могли тем легче, что работы в каменоломнях производились рабами и людьми низших классов, к которым принадлежало большинство первых римских христиан. Известно также, что римское правительство имело обыкновение не только назначать христиан на земляные и строительные работы, но и ссылать их в рудники за исповедание веры. Так, при импер. Траяне св. Климент Римский был сослан в инкерманские каменоломни близ Херсонеса — нынешнего Севастополя. Работавшие в каменоломнях христиане сообщили о них своим единоверцам, как о безопасном убежище от преследований врагов, и, будучи хорошо знакомы с расположением пещерных ходов, легко могли сделаться их руководителями в этом подземном лабиринте.
