В 1758 году на Тобольскую кафедру был назначен преосвященный Павел (Конюскевич). Он родился в 1705 году в галицком городе Самборе, в семье православного мещанина. Образование получил в Киевской Академии, где обратил на себя внимание смирением и кротостью нрава, которые соединялись у него с непреклонной твердостью характера и блестящими успехами в науках. По окончании курса его оставили в Академии преподавателем пиитики. В 28-летнем возрасте молодой профессор принял монашеский постриг. Вскоре его вызвали в Москву и назначили проповедником в Славяно-греко-латинскую Академию. Потом в течение 15 лет он был архимандритом Юрьевского монастыря в Новгороде.
Рукоположенный в сан митрополита Тобольского, преосвященный Павел (Конюскевич) немедленно выехал в Сибирь. Много внимания уделял он Духовной школе. До него в Тобольской семинарии не было последнего богословского класса. Чтобы открыть этот класс, митрополит вызвал из Киева трех ученых монахов. Он строил и освящал церкви в городах и селах своей огромной епархии, открыл несколько новых монастырей. С подчиненным ему духовенством архипастырь обходился строго и требовательно, к нерадивым клирикам относился круто, часто назначал провинившихся на черные работы, но к нуждавшимся священникам и причетникам, к вдовам и сиротам духовного сословия был сострадателен и милостив.
В своей наполовину инородческой епархии, где к тому же среди русских людей много было старообрядцев, особую заботу проявлял он о миссионерстве. Святитель посылал миссионеров и в языческие селения, и к мусульманам, и к старообрядцам. Весть о секуляризации церковных земель встревожила деятельного архипастыря. Он опасался, что предстоявшее ограбление Церкви приведет к закрытию монастырей, служивших очагами миссионерства в Сибири.
Вслед за страдальцем митрополитом Арсением (Мацеевичем) Тобольский святитель подал в Синод записку, в которой откровенно и резко изложил свое мнение. Синод, по повелению Екатерины II открыл дело. В 1767 году митрополит Павел был вызван в Москву на заседание Святейшего Синода. Но он отказался оставить свою кафедру и выехал лишь после самых настоятельных требований из Петербурга.
Приехав в Москву, митрополит Павел подал в Синод прошение об увольнении его на покой в Киево-Печерскую Лавру. Желая угодить императрице, Синод приговорил исповедника к лишению сана, но Екатерина II не утвердила приговор Синода. Выехав на покой в родную Лавру, святитель предался суровым аскетическим подвигам. 4 ноября 1770 года опальный архипастырь отошел ко Господу и был погребен в склепе под великой лаврской церковью Успения Пресвятой Богородицы.
Прошло больше полувека. Киевский митрополит Евгений (Болховитинов) устраивал новый архиерейский склеп в Лавре, и для этого гроба переносились во вновь устроенные могилы. Когда обнаружили гроб неизвестного архиерея, о нем доложили митрополиту, и спросили его, прикажет ли он переносить и этот гроб. Митрополит ответил, что прежде нужно осмотреть гроб. А в следующую ночь преосвященному Евгению во сне привидилась буря. Дом его колебался и он проснулся. И тут он услы-шал, что кто-то идет по архиерейским покоям твердым и мерным шагом. Двери спальни отворились, и в темноте вошел неизвестный муж в излучавшем сияние архиерейском облачении. Приблизившись к митрополиту, он сурово проговорил: «Чи даси нам почиваты, чи ни? Не даси нам почиваты, но дам тебе и я николы почиваты». Утром митрополит велел открыть крышку неизвестного гроба. Пред ним в митре и облачении покоился нетронутый тлением архиерей, в котором он сразу узнал мужа, навестившего его ночью. Вскоре разыскали, что это останки митрополита Тобольского Павла.
В Восточной Сибири в ХVIII веке подвизались прославленные Церковью святители-миссионеры. В 1727 году на Иркутскую кафедру назначили святителя Иннокентия. Родился он около 1680 году на Черниговщине в дворянской семье Кульчицких, учился в Киевской Академии. В возрасте 30 лет принял постриг и нес послушание в Московской Академии, исполняя там обязанности профессора и префекта, а потом в Александро-Невской Лавре в должности обер-иеромонаха флота и наместника Лавры. В 1721 году святитель Иннокентий был хиротонисан во епископа Переяславского, и его назначили главой Пекинской Духовной миссии. Китайское правительство, придравшись к неудачному выражению в верительной грамоте, составленной в Сенате, отказалось выдать разрешение на въезд в Китай «великому господину». Несколько лет святитель провел в Селенгинском монастыре у китайской границы и наконец был назначен на кафедру в Иркутск.
По недосмотру Сената святитель до самой своей кончины не получал жалования, и тем не менее ему в этом полудиком крае удалось открыть две школы: русскую и миссионерскую-монгольскую. Для устроения церковной жизни в Восточной Сибири святитель Иннокентий строил церкви, часто проповедовал, рассказывал о житие святых, рассылал по епархиям окружные послания, отправлял миссионеров к бурятам и якутам.
В трудах и молитвах святой архипастырь стяжал дар прозорливости. В 1728 году в Прибайкалье свирепствовала засуха, угрожавшая голодом. По благословению святителя, после каждой литургии в храмах епархии совершались молебны о прекращении засухи. Моления, сказал святитель, должны окончиться в Ильин день. И когда настал этот день, в Иркутске разразилась буря с прошедшим дождем. Люди были спасены от голода. Преставился святитель Иннокентий 27 ноября 1731 года.
Его преемником на Иркутской кафедре был епископ Иннокентий (Нерунович) (†1741 г.) при котором, кроме бурят, крещено было также много тунгузов (эвенков) и якутов.
В 1753 году, после нескольких лет вдовства Иркутская кафедра обрела нового архипастыря подвижника высокой духовной жизни святителя Софрония. Святой Софроний (в миру Стефан Кристалевский) родился в 1707 году под Черниговом, образование получил в Киевской Академии. Приняв монашеский постриг и удостоившись сана иеромонаха, святой Софроний проходил послушание в разных монастырях Киевской епархии, потом в Александро-Невской Лавре. С 1746 по 1753 годы он был наместником Лавры. Перед отъездом в Сибирь святитель испросил благословение на свое служение у Киево-Печерских чудотворцев. По приезде в Иркутск он помолился на могиле святителя Иннокентия. Много трудов понадобилось святому Софронию для устроения монастырской жизни в епархии. В сан архимандрита Вознесенского монастыря он возвел своего давнего друга и сподвижника иеромонаха Синесия, который 33 года до самой кончины нес это послушание. Монастырь стал при нем очагом духовной жизни и миссионерства в Восточной Сибири.
Много внимания святитель Софроний уделял благоговейному совершению Богослужений, и сам служил всегда с молитвенным трепетом. Одной из главных забот святителя Софрония была проповедь Евангелия язычникам. Он посылал проповедников в инородческие селения, сам часто служил в храмах, где прихожанами были крещеные туземцы, заботился об устройстве быта инородцев, новокрещенным отводил для поселения монастырские земли, чтобы приучить их к оседлости.
Не пренебрегал святитель и своей внутренней духовной жизнью. Его келейник писал о нем: «Пищу употреблял самую простую и в малом количестве, служил весьма часто, ночи проводил в молитве, спал на полу, овечий ли мех, оленья или медвежья кожа и малая простая подушка вот и вся его постель для непродолжительного сна». Последние дни своей земной жизни святитель Софроний провел в непрестанной молитве. Скончался он 30 марта 1771 года.
В 1743 году Святейший Синод отправил Духовную миссию на Камчатку во главе с архимандритом Иоасафом (Хотунцезским). Миссия обнаружила на Камчатке три церкви с одним священником и около 6000 православных христиан, оставшихся после первых проповедников слова Божия на этой земле. Труды миссии были чрезвычайно успешны. В 1751 году архимандрит Иоасаф сообщал Синоду, что на Камчатке крещены все и крестить более некого. Было построено несколько церквей и часовен, открыто 4 школы, в которых в 1748 году обучалось до 200 учеников по тем временам это удивительно много. Но в 1761 году Камчатская миссия была закрыта, и в правление Екатерины миссионерство на Камчатке стало приходить в упадок. Многие из туземцев, крещенных, но не утвержденных в вере, отпадали от Церкви и снова шли к шаманам и заклинателям.
Наряду с заботами о просвещении инородцев Православная Церковь не оставляла желания возвратить в свое лоно отпавших от нее в старообрядческий раскол. Архиепископ Тверской Феофилакт (Лопатинский) составил «Увещание православным против лжеучителей», в котором содержались умные, веские, основательные возражения на «Поморские ответы» раскольников братьев Денисовых. Текстом этого увещания с успехом пользовались православные миссионеры в полемике с раскольниками. В 1737 году пространное обличение на старообрядцев составил Василий Федоров, присоединившийся к Православной Церкви из раскола. В 1766 году с увещанием к старообрядцам, составленным в снисходительном и любящем тоне, обратился иеромонах Платон (Левшин). Это увещание возымело успех. В старообрядческих общинах углубилось сознание ненормальности их положения, усилилась тяга к соединению с Православной Церковью. И вот в 1778 году появились первые единоверческие приходы на Ингуле в Нижнем Поволжье, в Старедубье, и на юге России. В них поставленные православными епископами священники совершали службу по старым книгам дониконовской печати. В 1800 году были утверждены составленные митрополитом Платоном «Правила единоверия».
