В общем строение катакомб одинаково, где бы мы ни наблюдали их; но в частностях замечается много особенностей, которые зависели или от свойства почвы, в которой они вырыты, или от местных погребальных обычаев. Римские катакомбы, вырытые на глубине от 8 до 25 метров, иногда состоят из одного этажа, иногда из двух, трех и даже четырех, — причем нижние этажи сообщаются с верхним и с поверхностью земли посредством высеченных в туфе лестниц, кое-где выстланных мраморными плитами. Эти лестницы, то узкие и крутые, то отлогие и широкие, ведут или прямо в подземные ходы, или наперед в небольшие комнаты с выбитыми иногда в стенах их местами для сидения. Начинаясь у оснований лестниц или только что отмеченных передних, эти ходы или галереи прорезывают подземное пространство во всевозможных направлениях, тянутся по прямой или ломаной линии на значительное протяжение, причем то и дело пересекаются под прямым или тупым углом другими галереями; эти, в свою очередь, перекрещиваются новыми путями, разбегающимися в стороны, подобно сложной сети нервов в организме. Катакомбные галереи — это длинные узкие коридоры, высеченные в туфе довольно правильно, в противоположность аренариям, вырытым не по плану, а по направлению залежей добываемого материала, По одним из этих галерей могут свободно двигаться двое в ряд, по другим с трудом можно пройти одному. В некоторых усыпальницах галереи низки, едва превышают человеческий рост; в иных достигают нескольких саженей. В плоских или сводистых плафонах коридоров изредка пробиты так называемые luminaria — четырехугольные или круглые отверстия, которые, посредством труб сообщаясь с поверхностью земли, слабо освещают подземные пути и несколько освежают их удушливую атмосферу. Стены коридоров в несколько рядов, расположенных горизонтально один над другим, наподобие полок в шкафу, покрыты продолговатыми четырехугольными углублениями. Это loci, loculi — различной величины местечки, куда клали по одному, по два, по три и даже по четыре тела умерших, плотно заделывая отверстие черепичной или мраморной плитой, на которой писали эпитафию, сопровождая ее символическими или историческими изображениями. По длине галерей, в стенах их, находятся проломы — своего рода двери, которые ведут в комнаты, там и здесь разбросанные в сети коридоров и известные под именем кубикул и крипт. В древнехристианских надгробных надписях не существует строгого разграничения между названиями cubicula и crypta, и оба выражения употребляются безразлично; но на языке новых исследователей принято отличать кубикулы от крипт и разуметь под первыми отдельные, меньшие по размерам, комнаты. Кубикулы суть не что иное, как фамильные склепы, предназначавшиеся для погребения членов одного, в большинстве случаев, семейства. И до сих пор сохранились внутри кубикул надписи, в которых можно читать имена их владельцев, например, cubiculum Domitiani, cubiculum Gaudentii, Argentarii и других. Будучи, как и крипты, разнообразными по форме: квадратными, многоугольными, круглыми и т. п., кубикулы изрезаны по стенам, подобно галереям, многочисленными локулами. Есть из них такие, в которых насчитывается до семидесяти и более локулов разной величины, расположенных в десять и более рядов. Переднюю, главную и наиболее выдающуюся часть кубикулы составляет monumentum arcuatum и arcosolium. Что это за принадлежность? Это сводообразная, вроде устьев русской печи, высеченная в стене кубикулы ниша, заключавшая в себе или мраморный саркофаг с останками умершего, или, чаще, более или менее значительное углубление, сделанное вертикально по направлению к полу и служившее гробницей для погребаемых тел. Отсюда происходит и самое название этой аркообразной с гробом ниши: monumentum arcuatum или arcosolium, т. е. памятник под аркой. Слово solium означало у римлян урну, где хранили прах от сож-женого тела и даже саркофаг; христиане употребляли это название для обозначения полукруглых углублений в стене, куда вообще клались тела, но особенно того из них, которое содержало мощи мученика. Останки его, положенные в это углубление, закрывались плитою на известном расстоянии от пола, причем сводообразная часть ниши оставалась совершенно открытой. Горизонтальная плита, прикрывавшая гробницу мученика, называлась mensa и служила престолом, на котором совершалось таинство евхаристии. К этому-то престолу и относится следующее место у поэта Пруденция: «Сей жертвенник, — замечает последний, сказавши об устройстве престола на гробнице св. Ипполита, — раздаятель таинства и вместе верный страж своего мученика, сохраняет останки его в гробнице до ожидаемого пришествия Вечного Судии и питает святою снедью жителей Тибра».
Несколько сложнее было устройство крипт, под которыми новые исследователи катакомб разумеют соединение в одном целом двух, трех и даже более подземных комнат. Превосходя кубикулы своими размерами, а нередко и внутренним убранством, особенно обилием архитектурных орнаментов и фресковых изображений, покрывающих их потолки и стены, крипты преимущественно и служили местами, куда собирались римские христиане для молитв и богослужения. Их нередко называют теперь капеллами и даже базиликами, как помещения, до некоторой степени приноровленные к целям общественного богослужения и устроенные на средства церковной общины, а не частных лиц. Наибольшей известностью из катакомбных крипт пользуется церковь в усыпальнице св. Агнессы, открытая в 1842 году патером Марки и относимая учеными по времени своего происхождения не позднее, как к началу III века. Представляя в общем продолговатый четырехугольник (46 футов длины и около 8 шир.), она состоит из пяти квадратных кубикул, соединенных между собой по одной прямой линии. Обычная катакомбная галерея разрезает этот продольник почти под прямым углом на две неравные половины: одну — в две кубикулы, другую — в три. Отправляясь от обычая древней церкви отделять мужчин от женщин при богослужении, Марки и другие полагают, что меньшая половина, в которой кроме обломков от мраморных плит ничего не сохранилось, служила помещением для женщин, а большая — в три залы, предназначалась для мужчин и алтаря. Последний занимал целую кубикулу и отделялся от двух остальных, вероятно, решетками, линия которых обозначена полуколоннами из туфа, выбитыми при входе в эту третью переднюю кубикулу и служившими, по-видимому, и опорою для решеток, и пограничной чертой между местом для мирян и алтарем. В передней стороне последнего устроена небольшая полукруглая ниша, а в ней — высеченное из камня епископское место, вроде кресла с ручками, по сторонам которого находятся каменные грубой работы скамьи для пресвитеров. Не уцелело престола, но должно предполагать его посреди алтаря, перед седалищем епископа. В стороне от описанной церкви находятся еще две кубикулы, соединенные с ней и между собой общим коридором. Они имели или одно погребальное назначение, или служили местом для оглашенных, а может быть, удовлетворяли и другим потребностям христианского богослужения.
Излишне говорить о том, как важно для истории архитектуры христианского храма изучение катакомбных церквей — этого архитектурного прототипа христианских богослужебных зданий. Но, к сожалению, эта интересная сторона дела при теперешнем состоянии катакомб разъясняется лишь отчасти, и из структуры крипт далеко нельзя вывести целостного представления об устройстве и расположении катакомбного храма. Некоторые из этих указателей уничтожены временем, а уцелевшие дают понятие лишь о главных и существенных чертах внутреннего устройства подземного храма, оставляя в стороне его подробности. Далее, не всегда можно доверять и тем показаниям, какие здесь находятся. Шаткость монументальных данных, представляемых катакомбной архитектурой, зависит от двух условий: от нетвердости хронологических дат при определении времени происхождения и окончательного устройства той или другой катакомбной крипты и, во-вторых, от субъективного взгляда исследователей и эластичности, так сказать, делаемых ими объяснений.
Хронологические данные об устройстве той или другой крипты и даже целого кладбища часто основываются на догадках ученых; многое, что считается принадлежащим глубокой христианской древности, на самом деле появилось позднее. Катакомбы расширялись и обстраивались постепенно, а у исследователей часто недостает критерия для безошибочных хронологических заключений. А без этого критерия не может быть и речи о действительном прототипе или первооснове церковной архитектуры. Эластичность объяснения тех или других катакомбных форм состоит в том, что исследователи объясняют уцелевшие черты катакомбной архитектуры по аналогии с установившимися теперь формами; от этого многое получает несвойственное назначение и неверное освещение. Так, например, многие ученые находили и находят в катакомбных церквах отдельные помещения для мужчин и женщин, притвор для оглашенных, отделение для жертвенника, но на основаниях недостаточно устойчивых, твердых и больше априорных. Можно утверждать положительно лишь одно, что в катакомбных церквах сохранились несомненные черты древнеалтарного устройства, и в этом отношении крипты действительно могут служить первичным типом христианского алтаря. Мы уже сказали, как устраивался в катакомбах престол в форме аркосолиума; но кроме этой формы встречается здесь и другая — это престол четырехугольный, поддерживаемый четырьмя ножками или колонками по углам. Передняя часть крипты часто выдвигается полукруглым выступом, занятым гробом мученика или седалищем епископа; эта абсидальная форма алтаря была принята потом в базиликах и в храмах византийских и доселе удерживается как на востоке, так и на западе. В замечательной сохранности и немалом количестве сохранились в катакомбах епископские кафедры — первичные образцы теперешнего горного места, откуда епископы проповедовали и учили народ. Кафедры эти не были отдельными возвышенными седалищами, но в большинстве случаев вырубались в передней стене крипты в виде невысокого кресла с глухими стенками. По бокам главной кафедры и несколько ниже ее устроялись сидения для пресвитеров — своего рода сопрестолие. Они имеют вид невысокой каменной скамьи по окружности абсиды или же вдоль стен алтаря. Последний вместе с аркосолиумом иногда отделялся или, лучше сказать, защищался от напора присутствующих резной решеткой, следы которой до сих пор сохранились в усыпальницах Прискиллы, Каллиста и некоторых других. Алтарный пол изредка устроялся несколько выше помоста остальной части храма. Вот главные и, нам кажется, бесспорно древние формы катакомбной архитектуры, которые сделались типическими для храмового зодчества и выдерживались во внутреннем плане последующих церквей христианских: вот в каком смысле может быть признано верным замечание многих археологов, что в подземных храмах, в катакомбах находится прототип дальнейшего церковного зодчества.