В результате этой ревизии частичная автономия, предоставленная Академиям в 1906 году, была отменена. В 1910 году вышел новый Устав Духовных Академий, некоторые дополнения были внесены в него в 1912 году. Устав предусматривал расширение преподавательского персонала, введение практических занятий для студентов, увеличение числа кафедр: вновь открывались кафедры истории Византийской и Славянских церквей. Особое внимание уделялось религиозному и нравственному воспитанию студентов и укреплению дисциплины. Посещение Богослужений стало обязательным и для студентов и для преподавателей. Устав отмечал важность соблюдения постов студентами. Для повышения авторитета администрации для ректора Академии устав предусматривал епископский сан, а для инспектора сан архимандрита. От преподавателей Академий устав требовал читать лекции в строго православном духе. Предпочтение отдавалось профессорам и преподавателям в священном сане. То обстоятельство, что в профессорских корпорациях преобладали миряне, вызывало озабоченность Святейшего Синода: в Московской Академии из 27 преподавателей лишь 9 состояли в священном сане, а в Петербургской даже через 7 лет после издания нового устава из 33 преподавателей 27 оставались мирянами. Устав предоставлял более широкие административные права ректору Академии и усиливал власть епархиальных архиереев над высшими Духовными школами.
Научный уровень академического богословия в эту эпоху был весьма высок. На рубеже столетий богословская мысль переживала расцвет, который, однако, таил в себе серьезную опасность отрыва от церковного Предания.
Замечательным библеистом был профессор Московской Академии М. Д. Муретов, автор текстологического исследования о Четвероевангелии и работ о ветхозаветном храме, о Филоне Александрийском. Он написал блестящую апологетическую книгу против Ренана, которая из-за неразумного цензурного запрета (чтобы опровергать Ренана, автору пришлось изложить его доводы) опоздала на 15 лет. Профессор М. Д. Муретов занимался также переводами творений святых отцов на русский язык.
Одним из крупнейших богословов был профессор Н. Н. Глубоковский (1863-1937). Выпускник Московской Академии, он читал лекции в Петербургской Академии. На студенческой скамье Н. Н. Глубоковский написал двухтомное магистерское сочинение «Блаженный Феодорит, епископ Кирский», напечатанное в 1890 году. Этот труд принес ученому мировую известность. Крупнейший труд Н. Н. Глубоковского по Новозаветной экзегетике и исагогике озаглавлен «Благовестие апостола Павла по происхождению и существу» (1905-1912). Это исследование является примером блестящего применения историко-филологического метода для анализа новозаветного текста. Книга поражает энциклопедической эрудицией автора, глубиной и тонкостью его аналитической мысли.
Событием в богословской науке стало издание в 1895 году магистерской диссертации иеромонаха Сергия (Страгородского), будущего Патриарха, «Православное учение о спасении».
Одним из самых талантливых духовных писателей рубежа веков был Преосвященный Антоний (Храповицкий), впоследствии митрополит (1864-1936). Он родился в дворянской семье. После окончания гимназии поступил в Петербургскую Духовную Академию. В 21 год принял постриг. После окончания Академии началась его церковно-педагогическая служба. С 1887 года он преподавал в Петербургской Академии. В 1890 году архимандрит Антоний был назначен ректором Московской Академии. Из Москвы его перевели в Казанскую Академию, в 1897 году состоялась его хиротония во епископа Чистопольского. С 1900 года епископ Антоний занимал Уфимскую кафедру, потом Волынскую, и, наконец, с 1914 года Харьковскую. В 1918 году митрополит Антоний был избран на Киевскую кафедру.
Его статьи и лекции по пастырскому богословию отличались свежестью взгляда и вдохновением. Пастырство для преосвященного Антония это прежде всего дар деятельной, сострадательной любви, дар духовного единения пастыря с пасомыми.
Учение Преосвященного Антония о пастырстве органически связано с его пониманием догмата искупления. Он писал: «вопреки школьным богословским системам, Божественное искупление заключается, главным образом, именно в восстановлении сего новоблагодатного единения любви и послушания людей с Богом, со Спасителем и между собой». Основным в искупительном подвиге Христа он считал Гефсиманское борение, оставляя в тени и Голгофу и Воскресение. В этом смещении акцентов проявилась главная слабость его догматической и пасторологической системы: чрезмерный морализм и психологизм. Для епископа Антония пастырство заслоняло священство. Сакраментальный момент в жизни Церкви в его статьях остается нераскрытым. Справедливо упрекая схоластическое богословие в безжизненности и отвлеченности, епископ Антоний стал искать выхода в нравственном раскрытии догмата. Объясняя смысл Голгофы, он писал: «Телесные муки и телесная смерть Христова нужна прежде всего для того, чтоб верующие оценили силу Его душевных страданий, как несравненно сильнейших, нежели телесные муки Его». Не на таком языке говорили о тайне Крестной смерти святые отцы.
В своей антропологии епископ Антоний недалек от вполне пелагианского первородного греха. «Адам, писал он, был не только виновником нашей греховности, сколько первым по времени грешником, и если бы мы не были его сынами, то все равно согрешили бы», Отрыв моралистического богословия епископа Антония от сотериологии святых отцов очевиден.
Широкая популярность епископа Антония в церковных кругах объяснялась в значительной мере его особой чуткостью к современным общественным проблемам. У него было острое чувство независимости Церкви от мира. Будучи монархистом, он, подобно славянофилам, был непримиримым противником синодальной системы и обличал ее с редким бесстрашием, которое ставило его в постоянно натянутые отношения с обер-прокурорами Синода. Громче всех своих современников он высказывался за восстановление Патриаршества.
Стремясь усилить воздействие Церкви на мир, епископ Антоний особые надежды возглавлял на ученое монашество, и в бытность ректором Академий он многих студентов убедил принять постриг.
Но в монашестве он, вопреки церковной традиции, видел не сколько поприще аскетического подвижничества, собирания души, сколько своеобразный церковный авангард, призванный оказывать действенное влияние на церковную и политическую жизнь страны.
Крайним представителем «морализма» в русском богословии был профессор М. М. Тареев (1866-1934). Он занимал в Московской Академии кафедру нравственного богословия. Главный труд Тареева назван «Основы христиантва». В этой книге содержится открытая критика «исторического христианства». Тареев убежден в том, что мир внешний, исторический, в котором действуют свои естественные законы, и мир личной человеческой жизни по Евангелию совершенно разомкнуты. Церковь из этого мира приобретает своих чад, но христианству нечего делать в истории и в мире. Для Тареева «Церковь» есть «второстепенная» или «производная реальность в христианстве». «Внутреннее христианство всецело божественно, писал он, Церковь же имеет земной вид, носит черты человеческой условности, исторически развивается».
В своей последней книге «Христианская философия» (1917) Тареев ставит под сомнение святоотеческое учение, подозревает его в искажении первоначального христианства. Учение святых отцов он обвиняет в гностицизме, сводит патристику к национально-греческому, византийскому типу миросозерцания, чуждому духовному складу русского народа. Весьма скептически относится Тареев и к догматике, противопоставляя ей христианскую этику. «Догматист, писал он со странной под пером православного богослова иронией, учит о том, что было, когда ничего не было, что происходит на небе и что будет за гробом, а о том, что происходит в христианской душе, здесь на земле, теперь, у него и терминов нет, слов нет». В «христианской философии» М. М. Тареев повторял те возражения против церковного учения и святоотеческого Предания, которые несколько веков назад были выдвинуты зачинщиками Реформации.
Моралистическому уклону в богословии начала века противостояла онтологическая школа религиозно-философской и богословской мыли. К этому направлению принадлежали профессора Сергей Николаевич и Евгений Николаевич Трубецкие, Сергей Николаевич Булгаков (впоследствии протоиерей), священник Павел Александрович Флоренский (1882-1943): философ, богослов, математик, искусствовед, автор «Столпа и утверждения истины» (1914). Это очень личная книга, в ней отразился опыт личного восприятия святоотеческого Предания, в котором автор особенно дорожил «александрийским направлением», связанным с платоновским онтологизмом. «Столп и утверждение истины» труд не сколько богослова-догматиста, сколько религиозного философа, который стремился подчинить свою мысль суду церковного разума.
