Во исполнение проекта, изложенного в «Регламенте», духовные училища семинарского типа стали открываться в разных городах России. В Санкт-Петербурге в 1721 году открыты были сразу две школы: одна - в Александро-Невском монастыре архиепископом Феодосием, другая - на Карповке архиепископом Феофаном. В том же году открылась семинария в Нижнем Новгороде, в 1722 году - в Харькове и Твери, в 1723 году - в Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне, в 1724 году - в Рязани и Вологде, в 1725 году - в Пскове.
Но дети духовенства по-прежнему неохотно шли в семинарии. В школах не хватало учителей, не хватало книг, из-за недостатка средств жизнь семинаристов оказалась на самом деле крайне «стужительной» и часто полуголодной. И всё же главной причиной недоверия к латинским семинариям и страха перед ними была их оторванность от церковной жизни. Великорусское духовенство смотрело на латинскую школу как на чуждую «латино-польскую колонию» в родной земле. Многих смущало и то обстоятельство, что почти все учителя были «черкасами» - выходцами из Малороссии и Польши. К тому же эти учителя порой смотрели на своих питомцев высокомерно, смеялись над ними и презирали их.
Детей часто свозили в школы под стражей, чтобы они не разбежались по дороге. Некоторые убегали; беглецов укрывали родители, которым новые школы казались хуже острога. Иные из догадливых «дезертиров» науки прикидывались юродивыми. В предвидении этих уловок «Регламент» требовал, чтобы неспособных учеников испытывали в семинарии целый год, «не притворяют ли они себе тупости», как другие «притворяют себе телесную немощь от солдатства», и только по годичным испытании исключались те, кто окажутся «детинами непобедимой злобы». Но несмотря на все полицейские строгости, несмотря на то, что беглецов ловили и возвращали в семинарию в кандалах, в списках учащихся против многих фамилий значилось «semper fugitiosus» (постоянно в бегах). Лишь немногие из воспитанников дотягивали до последних богословских классов. Большинство же уходило либо на приходы, либо на светскую службу, не пройдя и половины семинарского курса. И часто выпускники духовных школ, ученые «латынники», оказывались хуже подготовленными к пастырскому служению, чем «псалтирники», обученные при родном храме по церковным книгам.
В петровскую эпоху в руках ученых киевских монахов оказалась не только духовная школа, но и богословская наука. Одним из самых замечательных сочинений этой эпохи явился «Камень веры» митрополита Стефана (Яворского), направленный против протестантских доктрин и, косвенным образом, против замыслов захваченных протестантским духом реформаторов Русской Церкви. В полемике с враждебной Православию реформацией митрополит Стефан часто повторяет аргументы католических богословов. Как и все почти выученники Киевской школы, в своих догматических воззрениях он близок к Фоме Аквинату и Беллярмину.
Но ввиду нависшей тогда над Русской Церковью опасности протестантской реформы, «Камень веры» высоко ценили и православные люди, те, кто совершенно чужд был латинского, «падежеского» направления. Посошков, природный великоросс и даже ревнитель петровских реформ государственной жизни, но встревоженный «люторским безумным мудрованием», писал: «Ради утверждения в вере и ради охранения от люторския и кальвинския и от прочих иконоборцев напечатать книг колико надлежит «Камень веры» и книг по пяти-шести в школу отослать, и чтобы тот многоценный Камень желающие пресвитерства затвердили его на память». По словам протоиерея Георгия Флоровского, «Стефан, богословствуя от Беллярмина, тем самым в действительности оберегал Русскую Церковь от вводимой в нее Реформации».
Противником католического богословия был архиепископ Феофан (Прокопович). Современники не без основания подозревали его в протестантском уклоне. В его академических лекциях Писанию отдается решительное предпочтение перед Священным Преданием. В богословской системе Феофана нет места мистическому учению о Церкви.
Лютеранский характер носит и его истолкование учения о спасении. В трактате «Об иге неудобоносимой» (1712 г.) он проводит мысль об оправдании верою без дел закона, «не имеющих совершительнои силы». Оправдание - это действие благодати Божией, которым кающийся и уверовавший грешник объявляется правым; и ему не вменяются уже его грехи, а вменяются правда и верность Христова.
Столь откровенное повторение лжеучения Лютера вызвало большую тревогу у ревнителей Православия. Полемизируя с Феофаном, архиепископ Феофилакт (Лопатинский) написал сочинение «Об иге Господнем благом».
В богословской мысли России начала ХVIII века сложилось два направления. Несмотря на то, что в церковно-административной области Феофан сумел захватить ключевые позиции, в богословской науке и в духовной школе на первых порах возобладало направление митрополита Стефана. Лекции, прочитанные Феофаном в Киевской Академии, изданы были при Екатерине II.
Самым великим творением русской духовной литературы петровской эпохи явились «Четьи-Минеи» святителя Димитрия, митрополита Ростовского. Святитель Димитрий, в миру Даниил Саввич Туптало, родился в 1651 году в местечке Макарове под Киевом в семье благочестивого сотника. Образование получил в Киево-Могилянской Академии. Учителем и наставником Даниила был выдающийся проповедник и полемист архимандрит Иоанникий (Голятовский). В 12 лет юноша принял постриг под именем Димитрия. Своей кротостью, смирением, молитвенностыо он изумлял собратий. В 1675 году архиепископ Черниговский Лазарь (Баранович) вызвал юного подвижника из Киевского Кириллова монастыря в Чернигов, рукоположил в иеромонаха и назначил проповедником. Святой Димитрий проповедовал в монастырских и приходских краях Малороссии, Белоруссии, Литвы.
В 1684 году Киево-Печерский архимандрит Варлаам (Ясинский), зная о высокой духовности Димитрия, о его образованности и несравненном даре слова, вызвал его к себе и предложил составить жития святых на весь год. Совершая этот труд ради послушания, ученый монах собрал многочисленные книги, из Москвы ему доставили «Великие Четьи Минеи» митрополита Макария. Святой Димитрий использовал также южнорусские и южнославянские жития святых, прологи, труды греческих агиографов и издания Болландистов - Асtа Sanctorum, «Церковную историю» кардинала Барония. Труд над составлением новых Четьих Миней требовал сверхчеловеческого напряжения сил, без Божией помощи совершить его было немыслимо. По словам автора, душа его при писании Миней наполнилась образами святых, которые укрепляли его дух и тело и вселяли в него веру в успех предприятия. В 1689 году в Киево-Печерской типографии вышел первый из четырех томов Четьих Миней: за сентябрь, октябрь и ноябрь. В 1693 году закончена была вторая четверть, в 1700 году отпечатана третья; и лишь к концу своей жизни, в 1705 году, святитель завершил свое великое творение. Четьи-Минеи святителя Димитрия стали самой читаемой книгой в России. Едва ли какая еще книга, кроме Евангелия, оказала столь благотворное воздействие на духовную жизнь русского народа, на формирование его религиозных и нравственных идеалов, его представлений о том, чего искать в жизни и как жить. Жития святых изложены в Минеях изумительным языком - ярким, живым, одухотворенным. Это творение написано на века. Современники называли книгу святителя Димитрия боговдохновенной.
Работая над Четьими Минеями, святой подвижник одновременно настоятельствовал в монастырях Западной Руси. В 1701 году Петр I вызвал архимандрита Димитрия в Москву. В Успенском соборе Кремля состоялась его хиротония в митрополита Тобольского, но из-за телесных немощей святитель не смог выехать в Сибирь и вскоре получил новое назначение - на древнюю Ростовскую кафедру. В Ростове святитель создал духовную школу, в которую открыл доступ детям из всех сословий. Обучение в школе строилось по латинскому, киевскому образцу. Но в отношениях между воспитанниками и учителями не было бездушного формализма и казенщины; они согревались взаимной заботой, доброжелательством, христианской любовью. Ученики много гуляли, катались в лодках по озеру Неро; по праздникам произносили «предики», ставили на сцене пьесы на темы библейской и христианской истории, которые писал для них сам святитель. Святой Димитрий часто посещал классы, в долгие зимние вечера толковал особенно даровитым воспитанникам Ветхий Завет, а летом - Новый. Он исповедовал и причащал учеников, дарил им деньги, угощал их в архиерейском доме и у себя на даче за городом. Для развлечения семинаристов заведена была по образцу латинских коллегий игра: лучший ученик именовался «императором», и его с церемониями усаживали за особое место. Рядом с «императором» сидел второй ученик - «сенатор». Вся обстановка в семинарии, скорее семейная, чем официальная, скрашивала жизнь оторванных от родного дома школяров.
