Во главе российского епископата в эти годы стоял первоприсутствующий в Синоде митрополит Петербургский Антоний (Вадковский). Он родился в 1846 году в семье священника Тамбовской епархии. Образование получил в Казанской Академии, завершив его защитой магистерской диссертации. Овдовев и потеряв детей, он в 1883 г. принял постриг. В 1887 году его назначили ректором Петербургской Академии с возведением в сан епископа Выборгского. С 1898 году после смерти митрополита Петербургского Палладия (Раеева), Пресвященный Антоний занимал столичную кафедру.
Это был человек редкой доброты, мягкости и доступности, настоящий бессеребреник. Он посещал приюты, больницы, тюрьмы, раздавая нуждавшимся все свое архиерейское содержание. После кончины митрополита в 1912 году оказалось, что он, получавший самое высокое жалование среди русских архипастырей, не оставил никаких средств, так что погребать его пришлось за счет Александро-Невской Лавры. Ученый богослов со степенью доктора, митрополит Антоний был покровителем Духовных школ, богословской науки и церковной печати. Он болезненно переживал непомерное бюрократическое давление на Церковь со стороны обер-прокурора и светского правительства. В 1905 году Пресвященный Антоний возглавил церковное движение, направленное на возрождение соборности.
Правительственные сферы вынуждены были обратить внимание на нужды Церкви в связи с законодательством о свободе вероисповедания, подготовка которого началась в канун революции и завершилась апрельским манифестом 1905 года «Об укреплении начал веротерпимости». При подготовке манифеста выяснилось, что с его изданием Православная Церковь, находившаяся под жестким правительственным контролем, оказалась в худшем положении, чем привыкшие к большей независимости старообрядческие, инославные и даже иноверные общины.
Епископ Сергий (Страгородский), выступая на религиозно-философских собраниях, прямо заявил, что объявить полную свободу совести «значило бы всем развязать руки, а деятелей Церкви оставить связанными». 17 февраля 1905 года на молебне в память об основании Петербургской Академии ее ректор Епископ Сергий выступил с речью по поводу предстоявшего манифеста: «После столетий мирного пребывания под защитой закона, за крепкой стеной государственной охраны, наша Церковь выходит теперь беззащитная, не прикрытая никем, прямо на поле брани под удары врагов… В дальнейшем потребуют от нас уже не красных фраз и не заученных силлогизмов, не пестрого народа показной учености, от нас потребуют духа и жизни, потребуют веры… потребуют, чтобы мы писали не чернилами, да еще заимствованными, быть может, из чужих чернильниц, а кровью из нашей собственной груди».
В Особое совещание был приглашен первенствующий член Синода митрополит Антоний. Он заявил: «Если не изменить правового положения господствующей Церкви, она одна будет оставлена стесненной опекой государства». Эта опека связывает самодеятельность духовенства и «делает голос Церкви совсем неслышным ни в частной, ни в общественной жизни». Митрополит подал меморандум, в котором потребовал «устранить или хотя бы несколько ослабить ту постоянную опеку и тот слишком бдительный контроль светской власти над жизнью церковной, которой лишает Церковь самостоятельности и инициативы».
С. Ю. Витте в марте 1905 года подал составленную неизвестным автором пространную записку «О современном положении Православной Церкви», в которой резкой критике подвергались бюрократизация синодального правления и обер-прокурорский произвол.
В «Записке» выдвинута была мысль о созыве Собора и восстановлении Патриаршества. Болезненно задетый этим документом, обер-прокурор К. П. Победоносцев выступил с «Соображениями по вопросам о желательных преобразованиях в постановке у нас Православной Церкви», в которых категорически отвергал целесообразность восстановления Патриаршества, утверждая, что Патриаршество противоречит «соборному началу в Церкви», а обер-прокурорский надзор является надежным гарантом коллегиальности и соборности. По ходатайству Победоносцева вопрос о проведении церковных реформ был изъят из ведения Особого совещания и переведен в Синод.
После трех заседаний Синода 22 марта 1905 года императору Николаю II был подан доклад с предложением «пересмотреть нынешнее государственное положение Церкви в России», «возглавить Синод Патриархом», и «созвать в Москве для обсуждения церковных преобразований Поместный Собор». 31 марта государь наложил на докладе резолюцию, в которой признавалась необходимость созыва Собора, но, по настоянию Победоносцева, царь объявил неудобным созыв Собора «в настоящее тревожное время». Николай II дал разрешение на открытие Предсоборного совещания.
Указом Синода от 27 июля 1905 года епархиальным архиереям было поручено представить свои соображения о желательных церковных преобразованиях. Отзывы архиереев поступили к концу года и сразу же были напечатаны. В них дана разумная и смелая оценка существовавшего положения. Резче всех о неканоничности синодального строя отозвался архиепископ Волынский Антоний (Храповицкий). Решительное большинство архиереев высказалось за созыв Поместного Собора. Разногласия вызвал вопрос о составе Собора: одни Преосвященные настаивали на исключительно епископском его составе, другие предлагали призвать на Собор представителей клириков и мирян.
В обсуждении ожидавшихся церковных преобразований приняло участие и белое духовенство. На имя митрополита Антония была подана записка от лица петербургских священников, так называемой «группы 32-х», составленная в духе расплывчатого церковного либерализма, с развязной критикой прошлого и настоящего положения Русской Церкви, с демагогическим лозунгом всестороннего обновления, с призывом к духовенству сосредоточить внимание на проблемах земной жизни, с требованием ввести в Церковь выборное начало на всех уровнях. «Группа 32-х» высказалась против единоличной власти Патриарха. Патриарх, считали они, не должен быть чем-то большим, чем председателем Поместного Собора. Архиереи в своих «Отзывах» категорически отвергли домогательства церковных либералов.
17 декабря 1905 года Николай II дал аудиенцию трем высшим иерархам: митрополитам Петербургскому - Антонию, Московскому - Владимиру (Богоявленскому), Киевскому - Флавиану (Городецкому), и обсудил с ними вопрос о созыве Собора. Через 10 дней состоялась вторая встреча. Царь заверил митрополитов о том, что он считает неотложно необходимым проведение преобразований в структуре Церкви. 16 января 1906 года государь утвердил состав «Предсоборного присутствия» во главе с митрополитом Антонием. В него было включено 10 архиереев, 7 священников, 21 профессор богословия.
Предсоборное Присутствие заседало в Александро-Невской Лавре с марта по декабрь 1906 года. Участники заседаний единодушно высказались за восстановление Патриаршества. В Присутствии прозвучали решительные требования освободить Церковь от мелочной обер-прокурорской опеки. Большинство выступавших поддержало предложение о многократном увеличении числа епархий. Обсуждались также вопросы о благоустройстве приходской жизни, о состоянии Духовных школ. В основу работы Присутствия легли «Отзывы» архиереев. Главной темой совещаний была подготовка Поместного Собора. Но когда работа предсоборного присутствия завершилась и материалы его были предложены государю, он наложил резолюцию: «Нахожу созыв Собора неблаговременным».
Через два дня после издания Октябрьского манифеста о гражданских свободах и созыве законодательной палаты - Государственной Думы К. П. Победоносцев, не одобривший этого шага, вышел в отставку с поста обер-прокурора. Его преемником стал князь Д. А. Оболенский, благожелательно относившийся к мысли о Соборе, но через полгода Оболенского сменил князь А. А. Ширинский-Дихглатов, продержавшийся в обер-прокурорском кресле всего 2 месяца. С июля 1906 по 1909 годы обер-прокурором был П. И. Извольский, чиновник с либеральными воззрениями, относившийся к православному духовенству неблагосклонно, но оказавшись на закате жизни в эмиграции, он сам принял священство и скончался в 1928 году в Брюсселе приходским настоятелем. С 1909 по 1911 годы обер-прокурором Синода был С. М. Лукьянов, который пытался поддерживать хорошие отношения с Думой, откуда раздавалась крикливая и неосновательная критика в адрес Синода.
В 1911 году государь назначил обер-прокурором многоопытного синодального чиновника В. К. Саблера (1847-1929), который еще с 1881 года служил в канцелярии обер-прокурора. Многие годы он был ближайшим помощником К. П. Победоносцева, с изрядным административным талантом проводил его церковно-политический курс. С архиереями он умел ладить, и, несмотря на свое немецкое положение, в церковных кругах считался строго православным человеком. В 1905 году у него вышло разногласие с Победоносцевым по вопросу о созыве Собора. В. К. Саблер выступил тогда в поддержку иерархии, стремившейся к возрождению соборности. Поэтому назначение В. К. Саблера обер-прокурором в церковных кругах принято было с удовлетворением.
