Такой исход испытаний сильно удивил тульских конструкторов Волкова и Ярцева, чья пушка раньше МП-6 прошла наземные полигонные испытания и выдержала их. Но полигон посчитал целесообразным допустить пушку ВЯ к лётным испытаниям после окончания лётных испытаний МП-6. Проще говоря, туляков «подвинули», поставив судьбу их изделия в зависимость от МП-6. Это не устроило Волкова и Ярцева, и они бросились защищать своё детище самым эффективным в то время способом – 30 ноября 1940 г. написали письмо И. В. Сталину с изложением своего видения хода и результатов испытаний. Это письмо обошлось без последствий – положение с доводкой МП-6 тогда ещё не выглядело критическим. Но из письма Волкова и Ярцева был толк – руководство страны узнало, что у ВВС, на всякий случай, уже есть запасная пушка!
С ноября 1940 г. начался процесс организации серийного производства пушек МП-6. В соответствии с Постановлением КО №423сс от 16 ноября 1940 г. оно должно было осуществляться на заводе №2 НКВ (г. Ковров), несколько позднее к нему присоединился и завод №66 НКВ (г. Тула). Совместное Постановление СНК СССР и ЦК ВКП (б) №2470-1100сс «О мероприятиях по обеспечению программы Наркомавиапрома на 1941 год» устанавливало объём заказа пушек МП-6 на 1941 г. в количестве 7550 штук с началом выпуска первых серийных образцов на заводе №2 с 20 января 1941 г. и на заводе №66 с 15 февраля того же года. Но практически одновременно с началом организации серийного производства МП-6 с ней начали происходить нехорошие явления. Пушка принималась на вооружение с магазинным питанием, хотя с самого начала было ясно, что необходим её перевод на ленточное питание. Складывалась странная ситуация: заводы начинают осваивать производство пушки с магазином, а параллельно с этим с середины декабря 1940 г. ОКБ-16 в авральном порядке дорабатывает пушку под ленту. В этой работе Таубина с одной стороны «подгонял» Нарком вооружения Б. Л. Ванников, с другой – конструктор штурмовика БШ-2 С. В. Ильюшин, нуждающийся в доработке места для пушки в крыле самолета. К 27 декабря 1940 г. штурмовик БШ-2 был готов, но пушки МП-6 с ленточным питанием по-прежнему не было. Тогда Ильюшин принял решение ставить на штурмовик пушку МП-6 с магазином и в этом виде готовить его к государственным испытаниям, назначенным на 10 января 1941 г. МП-6 с ленточным питанием удалось изготовить в первых числах января, буквально накануне испытаний. С 10 по 22 января состоялись сравнительные испытания пушек ВЯ и МП-6 с ленточным питанием на двух БШ-2 и обе пушки прошли их успешно. Но Ильюшин выбрал для штурмовика пушку ВЯ, мотивировав свое решение меньшим значением усилия её отдачи.
С отдачей МП-6 вышла некрасивая история. В середине октября 1940 г. С. В. Ильюшин запросил у Таубина значение усилия отдачи его пушки для его учёта при проектировании штурмовика БШ-2. Тот сообщил усилие в 2200 кгс. И вот в ходе испытаний выясняется, что пушка МП-6 имеет значительно более сильную отдачу, чем изначально предполагалось. Проведенные в ЦАГИ исследования показали её значение около 5000-5200 кг, т.е. более чем в 2 раза больше, чем заявлено Таубиным. Ильюшина такая отдача не устроила, он стал отказываться от МП-6, ссылаясь на сильные вибрации крыла самолета во время стрельбы и возможность его разрушения. Таубин отвечал Ильюшину результатами испытания пушки на Ме-110, прошедших без повреждений самолета, доработал гидротормоз, уменьшив усилие отдачи до 3500-3800 кг, но всё равно Ильюшин пушку Таубина брать не хотел. Временное решение проблемы нашлось быстро – 17 января вышел приказ НКАП №147 «О вооружении самолёта Ил-2», определивший: на серийные штурмовики должны устанавливаться менее мощные, но надёжные 20-мм пушки ШВАК.
Позднее, в 1943 г., когда Таубина уже не было в живых и шла Великая Отечественная война, на НИИ АВ ВВС КА было установлено, что отдача ВЯ тоже превышает «заветные» 2200 кг и составляет около 4000 кг. При этом Ил-2 успешно провоевал с пушками ВЯ всю войну, без каких либо нареканий со стороны лётчиков на отдачу. Можно предположить, что Ильюшин знал о приемлемости отдачи пушки МП-6 при её использовании в крыльевой установке. Основания для таких заключений у него были – жалоб у летчиков БШ-2 на большую отдачу МП-6, а также нарушений конструкций самолета в ходе неоднократных лётных испытаний не отмечалось. Но видя, как тяжело идет отработка МП-6, Ильюшин предугадал её печальную судьбу. И, чтобы не ставить срок запуска Ил-2 в серию в зависимость от пушки МП-6, он нашёл благовидный предлог отказаться от неё. История с отдачей МП-6, ставшая известной, в высоких сферах выглядела так, что Таубин обманул авиаконструкторов и поставил под угрозу срыва запуск в серию новых боевых самолетов и даже безопасность их эксплуатации. Одного этого было достаточно для строгого разбирательства с трудно прогнозируемыми последствиями. Но этот вольный или невольный «прокол» Я. Г. Таубина был далеко не последним.
Возня вокруг усилия отдачи МП-6 продолжалась ещё какое-то время и закончилась «громко». Пушка МП-6 должна была устанавливаться на истребителе ЛаГГ-3, и в течение 1940 г. ОКБ-16 совместно с авиационными и моторными КБ решало вопрос об её установке в моторном отсеке самолета. К весне 1941 г. выяснилось, что из-за значительной отдачи МП-6 в месте её соединения с двигателем М-105П образуются трещины, и пушку можно использовать только при условии усиления его картера. Налицо был срыв задачи по вооружению пушками современных истребителей! В то время это оценивалось как явное вредительство. И тогда нарком авиационной промышленности А. И. Шахурин, спасая положение, пошёл на самоуправство – разрешил изготовление моторов М-105П с усиленным картером, не согласовав этот шаг с Правительством, Совнаркомом и ЦК ВКП(б). Но когда информация о самоуправстве Шахурина дошла до И. В. Сталина, нетерпимо относившегося к нарушениям регламента, последовало незамедлительное наказание. Постановлением СНК и ЦК ВКП(б) от 4 марта 1941 г. А. И. Шахурин был обвинён в несогласованном утяжелении мотора М-105 в целях его приспособления к пушке Таубина и предупреждён, что в дальнейшем за подобные действия последует более строгое взыскание. Но «жертва», принесённая Шахуриным, оказалась напрасной – 12 апреля в ходе очередных испытаний ЛаГГ-3 с усиленным картером мотора и МП-6 – крепление пушки снова было сорвано отдачей… В ходе этих испытаний МП-6 из первой серийной партии завода №66 показала себя крайне ненадёжной – задержки возникали в среднем одна на 15 выстрелов (у пушки ШВАК – одна задержка на 220 выстр.), часто случались поломки. Испытывавшиеся одновременно с МП-6 на том же истребителе пушки ВЯ и СГ тоже вели себя «не ах» – возникло немало задержек, поломок и даже несколько случаев выстрела при незапертом канале ствола, но положение этих пушек, по сравнению с таубинской, не вызывало особой тревоги. Ведь они были опытными, а МП-6 являлась СЕРИЙНОЙ!
В конце марта 1941 г. начались новые сравнительные испытания пушек ВЯ и МП-6 с ленточным питанием на серийных штурмовиках Ил-2. Они шли с перерывами на доработку установок и пушек до начала мая, за это время пушка МП-6 была «вылизана» конструкторами ОКБ-16 и показала удовлетворительные результаты по безотказности, не уступив пушке ВЯ. Но Государственная комиссия рекомендовала к серийному производству всё же пушку ВЯ. Такое решение появилось не на пустом месте – к марту 1941 г. руководству НКВ стало окончательно ясно – освоение производства МП-6 идёт плохо. К 20-м числам января заводы №2 и №66 практически завершили разработку технологии, калибров, инструмента, оснастки и приспособлений под её производство, а завод №66 даже частично переоснастил цеха новой оснасткой и выпустил первые 5 пушек. По плану до конца 1941 г. предстояло выпустить 12 600 пушек МП-6 – почти в 6 раз больше, чем ШВАК, и она должна была стать основной пушкой новых боевых самолетов. Заводы начали производство МП-6, но их качество было низким. На заводских испытаниях в Туле и Коврове часто случались поломки и, что критично, массовые случаи выстрелов при незапертом канале ствола. Директора, объясняя аварии, ссылались на конструктивное несовершенство механизма противоотскока, что понятно – объяснить их только неточным изготовлением одного и того же узла сразу на двух заводах не получалось. Таубин же считал причиной аварий заводской брак. Что бы там ни было причиной, выпустить серию пригодных для поставки на авиазаводы пушек не получалось. И в этой обстановке, когда не удаётся добиться выпуска работоспособных пушек, Таубин готовит новый вариант МП-6 с ленточным питанием, что означает для заводов в ближайшей перспективе ломку с трудом организуемого производства пушек с магазинным питанием! Но надежда заставить работать МП-6, в которую было вложено столько сил и средств, ещё сохранялась. В начале мая 1941 г. на совещании у секретаря ЦК ВКП(б) Г. М. Маленкова в резкой форме обсуждался вопрос о возможности доработки ранее выпущенных пушек МП-6 в отношении надёжности. В итоге МП-6 сняли с серийного производства и работу над ней прекратили (4). Этот провал в работе ОКБ-16 и лично Я. Г. Таубина мог и не повлечь для него трагических последствий – прецеденты подобного неудачного хода разработок вооружения имелись. Беда была в том, что этот провал стал не единственным, произошедшим в описываемый (и довольно узкий – всего три месяца) промежуток времени. Наибольший резонанс вызвала работа Таубина над 12,7-мм авиационным пулемётом АП-12,7.