30 июля 1940 г. впервые поднялся в воздух Ju 90V6 (WNr. 4918, D-AOKD) — военно-транспортный самолет с моторами BMW 139 (1500 л.с.), представлявшего собой очередной шаг на пути к более перспективному Ju 290.
Ha Ju 90V7 (все фото на с.36) отрабатывалась конструкции «трапоклаппе». позволявшего загружать даже легкий полугусеничный бронетранспортер Sd.Kfz. 250
В конце 1939 г. в распоряжение «Юнкерса» передали три бывших чешских конструкторских бюро, и работы по созданию Ju 90s перенесли в Прагу. Для конструкторских работ, изготовления макета и проведения статических испытаний использовался бывший завод «Летов» в Летнянах — предместье Праги. На флагманский завод «Юнкерса» в Дессау возложили изготовление опытных самолетов, а завод в Бернбурге отвечал за серийное производство. В 1940 г. временное, внутрифирменное, обозначение Ju 90s было заменено на официальное Ju 290.
Некоторые решения для Ju 290 отрабатывались на прототипах Ju 90V7 (WNr. 4919; D-APFH; первый полет 6 сентября 1941 г.) и Ju 90V8 (WNr. 4920; D-AQJA; 28 марта 1942 г.), переоборудованных из Ju 90В-1 и Ju 90Z-3 соответственно. Первый из них получил дополнительную фюзеляжную секцию длиной 2 м, вставленную за крылом. Общая длина фюзеляжа увеличилась с 26,5 до 28,7 м, что позволило улучшить курсовую устойчивость машины и восстановить центровку, нарушенную вследствие установки более мощных и тяжелых двигателей. Одновременно была усилена центропланная секция крыла. Ju 90V8, рассматривавшийся как прототип разведывательной модификации, помимо удлиненного фюзеляжа получил ещё и подфюзеляжную гондолу. В ней смонтировали 20-мм пушку MG 151/20, стреляющую вперед, и 13,2-мм пулемет MG 131, стреляющий назад. Ещё одну такую же пушку установили в верхней башне с гидроприводом, а третью — в хвостовой установке. Наконец, в боковых окнах предусмотрели установку пары пулеметов MG 131.
16 июля 1942 г. впервые поднялся в воздух опытный образец Ju 290V1 с моторами BMW 801А, выполненный в транспортной конфигурации — с подфюзеляжной грузовой рампой, снабженной гидроприводом (т.н. «трапоклаппе»).
Схема «трапоклаппе»
Ju 290А-7
Дальний разведчик Ju 290 в полете
Эта машина также не строилась «с нуля», а была переделана из Ju 90В-1 и имела промежуточное обозначение Ju 90V11. Самолет получил крыло увеличенного размаха (с 35,6 до 42 м) и площади (с 183,8 до 203,5 кв. м), а характерные округлые шайбы вертикального оперения получили трапециевидную форму. Прототипы Ju 90V7 и Ju 90V8 также получили новые обозначения — Ju 290V3 и Ju 290V2 и новые заводские номера (WNr. 110152 и WNr. 110151 соответственно). Чтобы ещё более запутать работу будущих исследователей, эти два прототипа параллельно проходили и под обозначением предсерийных машин Ju 290А-0.
В октябре 1942 г. начался выпуск серийных машин. Первая модификация Ju 290А-1 представляла собой военно-транспортный самолет с «трапоклаппе» длиной 4,93 м и шириной 2,34 м. Двигатели BMW 801L (1560 л.с.). Вооружение изначально отсутствовало, но в частях Ju 290А-1 вооружались двумя 7,92-мм пулеметами MG 15, стрелявшими через боковые окна. Построено шесть самолетов (WNr. 110153, 110154, 110156-110159), ещё один планер (WNr. 110155) остался недостроенным и использовался для статических испытаний. Первая серийная машина получила также «опытное» обозначение Ju 290V4, а три последние впоследствии переоборудовали в морские разведчики Ju 290А-2. Такие самолеты отличались дополнительными топливными баками в фюзеляже и расширенным составом оборудования. В частности, они получили радиовысотомер FuG 101 с антеннами под крылом и РЛС обнаружения морских целей FuG 200 «Хоэнвиль» (её антенны располагались в носовой части фюзеляжа). Оборонительное вооружение состояло из верхней башни с 20-мм пушкой MG 151/20. Один Ju 290А-2 передали испытательному центру в Рехлине, остальные два поступили в строевую часть — группу FAGr. 5.
Решение «переквалифицировать» Ju 290А из транспортного самолета в морской разведчик было вызвано устареванием использовавшихся в этом качестве самолетов «Фокке-Вульф» FW 200 «Кондор». «Юнкерсы», оборудованные гораздо более мощными двигателями, выглядели в этом качестве предпочтительнее. Поэтому практически все последующие Ju 290А строились именно в разведывательном варианте.
Начиная с июня 1943 г. было выпущено пять самолетов Ju 290А-3 (WNr. 110160-110164). Если на первых трех экземплярах этой модификации стояли моторы BMW 801L- 2, то остальные два получили BMW 801D-1, приспособленные для работы на 96-октановом бензине и развивающие мощность 1700 л.с. Стрелковое вооружение состояло из четырех 20-мм пушек MG 151/20 (по одной в двух верхних башнях с гидроприводом, а также в подвижных установках в носовой части подфюзеляжной гондолы и в хвосте фюзеляжа). Их дополняли три 13,2-мм пулемета MG 131 (по одному в хвостовой части подфюзеляжной гондолы и боковых окнах). Экипаж состоял из семи человек.
Ju 290А-1
Стойка основного шасси Ju 290
Следующая серия из пяти машин Ju 290А-4 (WNr. 110165-110169) также оборудовалась двигателями BMW 801D. Вооружение соответствовало Ju 290А-3. «Трапоклаппе» изначально отсутствовал, была введена бронезащита кабины пилотов. Стремление к дальнейшему повышению боевой живучести привело к появлению модификации Ju 290А-5. На этом самолете было введено протектирование топливных баков и установлена система аварийного слива топлива, а также усилено бронирование рабочих мест членов экипажа. Первый Ju 290А-5 был облетан 1 ноября 1943 г. Всего построили 11 таких самолетов (WNr. 110170- 110180). На последнем из них было усилено оборонительное вооружение — в боковых окнах вместо пулеметов MG 131 установили 20-мм пушки MG 151/20. Первая же машина в марте 1944 г. получила новые двигатели BMW 801TL.
Три Ju 290А-5 переоборудовали в 50-местные пассажирские самолеты Ju 290А-6. Два из них передали «Люфтганзе», и оба закончили свою карьеру в Мюнхене. Самолет с заводским номером WNr. 110174 и гражданской регистрацией D-ATIP был уничтожен в результате бомбардировки 27 декабря 1944 г., а вторая машина (WNr. 110176) получила повреждения при посадке в мюнхенском аэропорту 7 апреля 1945 г. и в дальнейшем не восстанавливалась. Третий Ju 290А-6 (WNr. 110178 «Байерн») предназначался для летного отряда фюрера (Fuhrer-Kurierstaffel). На этой машине собирались применить герметичную кабину, но неудачно — требуемой герметичности добиться не удалось.
Все ранее строившиеся разведчики Ju 290А были чистыми разведчиками — подвеска бомб на них не предусматривалась. Оно и понятно — времена, когда «Кондоры» безнаказанно бомбили в океане одиночные суда, безвозвратно канули в лету. Однако создание в Германии управляемых авиабомб и противокорабельных ракет, позволяющих поражать цели без входа в зону зенитного огня, дало второй шанс неповоротливым четырехмоторникам. Поэтому на модификации Ju 290А-7 установили три бомбодержателя ЕТС — два под внешними частями крыла и под фюзеляжем. На них предполагалось подвешивать противокорабельные управляемые ракеты Hs 293 или управляемые авиабомбы FX 1400 (возможной была также подвеска обычных авиабомб калибром до 1000 кг). В очередной раз было усилено стрелковое вооружение — в новой остекленной части фюзеляжа установили дополнительную пушку MG 151/20, такие же пушки (по образцу самолета WNr. 110180) установили в боковых окнах. Таким образом, общий состав вооружения довели до семи пушек и одного пулемета. Максимальный запас топлива увеличился до 16780 кг, что позволило довести дальность полета до 7540 кг. Численность экипажа составляла 9 человек.