Среди множества революционеров различных направлений, которые вели революционную пропаганду и в 1870-е, и в 1880-е, и в 1890-е годы, Кропоткин занимал совершенно особое место. Может быть, главное, что отличало его — это внимание к нравственности, и именно в связи с революцией. Когда зреет революция и в обществе ожидаются перемены к лучшему, происходит изменение нравственных критериев. Возникает стремление к их обновлению, очищению. Повсюду сталкиваются старые и новые представления. Прогресс в развитии общества зависит от того, восторжествует ли новое на всех уровнях общества, во всех его классах, слоях и группах.
Кропоткинская концепция революции существенно отличалась от марксистской, объяснявшей неизбежность революционного переворота необходимостью смены способа материального производства и исходившей из абсолютной непримиримости классовых противоречий. Кропоткин же, подчеркивая приоритет человеческих интересов, считал нежизненным, схематизированным подходом сведение этих интересов лишь к экономическому переустройству. Никакая схема не может вобрать в себя все богатство и разнообразие жизни.
Взгляды Кропоткина на революцию отличались и от бакунинских. Если Бакунин видел причину революции в отчаянии обнищавших народных масс, а цель ее — в разрушении, то Кропоткин полагал, что только надежда на преобразование общества и ориентация на самые высокие идеалы, на созидание могут быть двигателем революции.
По существу, в кропоткинских статьях дальнейшее развитие получили идеи, высказанные в его «Записке» 1873 года, начинавшейся вопросом: «Должны ли мы заняться рассмотрением идеала будущего строя?» Он остался верен этим идеям. Однако в русском народовольческом движении произошел резкий поворот от, в общем-то, антинечаевских, подчеркнуто нравственных принципов к принципам в какой-то степени нечаевским. К этому времени в среде революционеров наблюдалось разочарование, поскольку никакого заметного, значительного эффекта от пропаганды среди народа и особенно среди крестьян не было. Среди народовольцев нарастало нетерпение. Возобновился индивидуальный террор. В России продолжалась смертоносная дуэль правительства с революционно настроенной интеллигенцией. Исполнительный комитет «Народной воли» вынес смертный приговор Александру II и неуклонно двигался по пути к его осуществлению.
5 февраля 1880 года столяром Степаном Халтуриным был устроен взрыв в Зимнем дворце. Но Александр и на этот раз остался жив — погибло лишь 50 ни в чем не повинных солдат Финляндского полка из дворцовой охраны. Неудачей окончилась и попытка взорвать царский поезд под Москвой. В результате усилился правительственный террор против революционеров. Александр дал указания генерал-губернаторам: всех, кого удастся схватить, казнить незамедлительно. За два года было повешено 23 человека. Казнь гимназиста Осипа Розовского, приговоренного к виселице только за расклеивание прокламаций, описана Львом Толстым в романе «Воскресение».
В то же время в правительственных кабинетах шла подготовка проекта конституции, работу над которой возглавил министр внутренних дел граф М. Т. Лорис-Меликов. Проект должен был поступить в Государственный совет, но тут Александр снова стал колебаться. Только утром 1 марта 1881 года он назначил день для слушания проекта в Совете министров. И как раз в этот день Россию и Европу потрясло известие о том, что русский император, за которым так долго охотились народовольцы, был, наконец, убит. Брошенная Игнатием Гриневицким бомба смертельно ранила обоих — царя и террориста. Члены Исполнительного комитета «Народной воли» Желябов, Перовская и другие, готовя покушение, твердо знали, что платой за него будут их жизни. Но они верили в то, что убийство царя приблизит долгожданную народную революцию, ради которой им не жаль погибнуть.
Очень скоро стало ясно, что смерть Александра II ничего не изменила — напротив, в борьбе придворных партий победила та, которая выступала против конституции. Александр III, еще допускавший в первый год своего правления возможность созыва Земского собора из представителей всех губерний, вскоре от этой мысли отказался, провозгласив своей целью укрепление самодержавия. В начале апреля пятеро народовольцев были повешены. Кропоткин откликнулся на казнь «первомартовцев» прокламацией протеста против этой беспощадной расправы, которую сам расклеивал на улицах Женевы. 21 апреля он выступил главным оратором на митинге, где заявил, что жестокая казнь приведет лишь к дальнейшему разжиганию террора. После митинга его допросили в полиции.
В июле 1881 года на Международном социалистическом конгрессе в Лондоне Кропоткин высказался против увлечения революционеров «химией и пиротехникой», иначе говоря, террором с помощью взрывов. По существу, он поставил вопрос о революционной морали, отведя ей важнейшую роль в революции. Далеко не все с ним согласились. Но он продолжал отстаивать свою точку зрения, отрицая террор как метод революционной борьбы. После конгресса Кропоткин провел месяц в поездках по Англии, побывал, в частности, в Ньюкасле, где познакомился с Джозефом Коуэном, издателем местной газеты, которому обещал присылать статьи на «русские темы».
Через Париж он вернулся в Кларан, где осталась жена Соня и где его ждали не очень приятные новости. Новый русский царь Александр III, обеспокоенный распространением террора, поддержал созданную в его окружении для охраны лично его и самодержавного строя тайную организацию «Священная дружина». Летом 1881 года она вынесла смертный приговор «мятежному князю» Кропоткину. Он узнал об этом еще в Лондоне, получив письмо от Петра Лаврова. Весть дошла по цепочке от знаменитого писателя-сатирика М. Е. Салтыкова-Щедрина и известного врача-психиатра В. М. Бехтерева. Заключив тайный союз, представители высшей аристократии и бюрократии — генералы, министры, великие князья, лично знавшие Кропоткина, — встали на защиту самодержавного государства от нигилистов-революционеров. Первым среди них был назван Кропоткин. Логика была простой: Петр Алексеевич как самая крупная фигура политической эмиграции, по-видимому, руководит из-за границы российскими народовольцами-террористами. Именно он организовал, как считали великосветские «охранники», покушение на Александра II. Ему-то и надо отомстить за гибель Царя-освободителя.
В Женеву послали агента охранки Климова, который, чтобы познакомиться с Кропоткиным, наладил издание якобы революционной газеты под названием «Правда» (не его ли использовали потом большевики для своего печатного органа?). Кропоткин, узнав о заговоре, принял меры: он напечатал в газете «Le Révolté» сообщение о том, что ему стали известны имена организаторов покушения и все материалы заговора будут опубликованы в европейских газетах, если на него совершат нападение. «Священная дружина» отказалась от своих планов, а спустя 25 лет в России был опубликован дневник члена тайной полиции группы генерала Смельского, в котором вся эта история была раскрыта.
Тогда по договоренности между правительствами России и Швейцарии Кропоткину было объявлено о выдворении его из пределов альпийской республики. В 1881 году ему пришлось покинуть Кларан: он поселился с женой в приграничном французском городке Тонон, на берегу Женевского озера. Жаль было расставаться с Швейцарскими Альпами, которые они оба очень полюбили. Горы манили Кропоткина, напоминая о сибирских походах юности, и своих друзей, которые приезжали в Швейцарию, он всегда приглашал подняться в горы, к зеленым альпийским лугам и величественным ледникам. Так, с Иваном Поляковым они побывали на знаменитом Большом Алечском леднике, о котором еще в далекой Сибири читали в книге английского физика Джона Тиндаля. Он совершал прогулки в Альпы также с Дмитрием Клеменцем, Николаем Морозовым и Верой Засулич. С Николаем Морозовым они много говорили не только о революционной борьбе, споря о допустимости в ней террора, но и обсуждали научные проблемы естествознания…
Скоро над Кропоткиным нависла новая угроза. Как и почти десять лет назад, в Петербурге, ареста можно было бы избежать, но обстоятельства не позволяли покидать домик в Тононе. Кропоткин был арестован в тот момент, когда не мог думать только о себе. В его квартире умирал от чахотки брат жены. Он скончался в ночь на 21 декабря, и всего через три часа, на рассвете, в дом ввалились жандармы с ордером на арест. Он просил оставить его с женой, скованной горем, до похорон ее брата под честное слово, обещая к назначенному сроку явиться в тюрьму. Но жандармы были неумолимы. Его увезли в Лионскую тюрьму. Вскоре приехали вызванные телеграммой верный друг Элизе Реклю и друзья из Женевы. За гробом брата Софьи Кропоткиной шла половина населения Тонона, знавшая, кто поселился в этом тихом городишке и кого арестовали в ту ночь, когда умер мало кому известный молодой русский.