Мы видели, как духовенство русское могущественно содействовало утверждению единовластия; но когда московские единовластители вступили в последнюю борьбу с остатками старины, с притязаниями князей и дружины, то духовенство приняло на себя священную обязанность – среди этой борьбы сдерживать насилие, не допускать торжествующее начало употреблять во зло свою победу; усердно помогая московскому государю сломить притязания князей и членов дружины, духовенство в то же время брало этих князей и членов дружины под свой покров, блюло над их жизнию как членов церкви; так утвердился обычай, что митрополит и вообще духовенство печаловались за опальных и брали их на поруку.
Митрополит Макарий, получивший митрополию вследствие торжества Шуйских, являлся по просьбе молодого Иоанна ходатаем пред Шуйскими за Воронцова, причем подвергался оскорблениям; он пережил Шуйских, пережил волнения, последовавшие за их падением, умел не сталкиваться с Сильвестром и, если верить Курбскому, защищал последнего при его падении, видел возобновление казней и умер в 1563 году; он хотел несколько раз оставить митрополию, но был удерживаем царем и владыками.
Преемником Макария был монах Чудова монастыря Афанасий, бывший прежде духовником государевым. Выговаривая себе неограниченное право казнить своих лиходеев, учреждая опричнину, Иоанн жаловался на духовенство, что оно покрывало виновных, и требовал у него отречения от обычая печаловаться. Афанасий был свидетелем учреждения опричнины, получил позволение отпечаловать боярина Яковлева, князя Воротынского и в 1566 году оставил митрополию по болезни. В преемники Афанасию был назначен Герман, архиепископ казанский; но беседы его, по словам Курбского, не понравились любимцам Иоанновым; Германа отстранили и вызвали соловецкого игумена Филиппа, сына боярина Колычева; Филипп объявил, что он согласится быть митрополитом только под условием уничтожения опричнины; Иоанн рассердился; наконец Филипп уступил убеждениям, что его обязанность нейти прямо против царской воли, но утолять гнев государя при каждом удобном случае.
Филипп дал запись: «В опричнину ему и в царский домовый обиход не вступаться, а после поставленья за опричнину и за царский домовый обиход митрополии не оставлять». Но, отказавшись от вмешательства в опричнину, Филипп не отказался от права печаловаться. Начались казни вследствие дела Козлова; опричнина буйствовала; вельможи, народ умоляли митрополита вступиться в дело; он знал, что народ привык видеть в митрополите печальника, и не хотел молчать. Тщетно Иоанн избегал свиданий с митрополитом, боясь печалований; встречи были необходимы в церквах, и здесь-то происходили страшные сцены заклинаний. «Только молчи, одно тебе говорю: молчи, отец святый! – говорил Иоанн, сдерживая дух гнева, который владел им. – Молчи и благослови нас!» Филипп: «Наше молчание грех на душу твою налагает и смерть наносит». Иоанн: «Ближние мои встали на меня, ищут мне зла; какое дело тебе до наших царских советов?» Филипп: «Я пастырь стада Христова!» Иоанн: «Филипп! Не прекословь державе нашей, чтоб не постиг тебя гнев мой, или лучше оставь митрополию!» Филипп: «Я не просил, не искал чрез других, не подкупом действовал для получения сана: зачем ты лишил меня пустыни?»
Царь выходил из церкви в большом раздумье, это раздумье было страшно опричникам; они решили погубить Филиппа и нашли сообщников между духовными, во владыках новгородском, суздальском, рязанском, благовещенском протопопе, духовнике царском; последний явно и тайно носил речи неподобные Иоанну на Филиппа; отправились в Соловецкий монастырь, привезли оттуда преемника Филиппова, игумена Паисия, доносы которого легли в основание обвинений на суде соборном; защитников Филиппу не было, все молчало.
8 ноября 1568 года опричники с бесчестием вывели Филиппа из Успенского собора, народ бежал за ним со слезами. Местом изгнания для Филиппа назначен был Тверской Отроч монастырь. В 1569 году, проезжая Тверь на походе на Новгород, Иоанн заслал к Филиппу одного из самых приближенных опричников, Малюту Скуратова, взять благословение; но Филипп не дал его, говоря, что благословляют только добрых и на доброе; опричник задушил его. Так пал непобежденным великий пастырь русской церкви, мученик за священный обычай печалования. На место Филиппа возведен был троицкий архимандрит Кирилл.
В 1569 году дошел черед и до того, за приверженность к которому уже многие погибли, дошел черед до двоюродного брата царского, князя Владимира Андреевича. Мы упоминали о клятвенной записи, насильно взятой с Владимира в 1553 году; в следующем, 1554 году, после рождения другого царевича, Ивана, государь взял с двоюродного брата другую запись: держать этого Ивана вместо царя в случае смерти последнего. До какой степени уже Иоанн не доверял брату после своей болезни, доказывает следующее обещание Владимира: «Жить мне в Москве на своем дворе; а держать мне у себя на дворе своих людей всяких… (число людей стерто), а больше того мне людей у себя на дворе не держать, а всех своих служилых людей держать в своей отчине». Иоанн определил поведение Владимира и в том случае, если начнутся междоусобия между молодым царем и родным его братом; Владимир обязывается: «Если который брат родной станет недругом сыну твоему, царевичу Ивану, и отступит от него, то мне с этим его братом в дружбе не быть и не ссылаться с ним; а пошлет меня сын твой, царевич Иван, на этого своего брата, то мне на него идти и делать над ним всякое дело без хитрости, по приказу сына твоего, царевича Ивана. Князей служебных с вотчинами, бояр, дьяков, детей боярских и всяких людей сына твоего мне никак к себе не принимать. Которые бояре, дьяки ваши и всякие люди нагрубили мне чем-нибудь при тебе, царе Иване, и мне за те их грубости не мстить им никому. Без бояр сына твоего, которые написаны в твоей духовной грамоте, мне никакого дела не делать и, не сказавши сыну твоему и его матери, мне никакого дела не решать. Если мать моя, княгиня Евфросинья, станет подучать меня против сына твоего, царевича Ивана, или против его матери, то мне матери своей не слушать, а пересказать ее речи сыну твоему, царевичу Ивану, и его матери вправду, без хитрости. Если узнаю, что мать моя, не говоря мне, сама станет умышлять какое-нибудь зло над сыном твоим, царевичем Иваном, над его матерью, над его боярами и дьяками, которые в твоей духовной грамоте написаны, то мне объявить об этом сыну твоему и его матери вправду, без хитрости; не утаить мне этого никак, по крестному целованию. А возьмет Бог и сына твоего, царевича Ивана, и других детей твоих не останется, то мне твой приказ весь исправить твоей царице, великой княгине Анастасии, по твоей духовной грамоте и по моему крестному целованию».
В следующем месяце того же года взята была со Владимира третья запись с некоторыми против прежней дополнениями; удельный князь обязался не держать у себя на московском дворе более ста восьми человек.
В 1563 году, говорит летопись, государь положил гнев свой на княгиню Евфросинию и на сына ее: прислал к царю в слободу служивший у князя Владимира Андреевича дьяк Савлук Иванов бумагу, в которой писал многие государские дела, что княгиня Евфросинья и сын ее многие неправды к царю чинят и для того держат его, Савлука, в оковах в тюрьме; царь велел Савлука к себе прислать, по его словам многие сыски были, неисправления их сысканы, и пред митрополитом и владыками царь княгине Евфросинье и сыну ее неправды их известил. После этого Евфросинья постриглась; у Владимира были переменены все бояре и слуги; мы видели, что и отец Иоанна употребил то же средство в отношении к одному из братьев своих.
Посланники к Ефросинье во время болезни царя. Миниатюра Лицевого летописного свода. XVI в.
В 1566 году царь переменил брату удел: вместо Старицы и Вереи дал ему Дмитров и Звенигород. По одному иностранному известию, в 1568 году князь Владимир Андреевич замышлял поддаться Сигизмунду-Августу; в генваре 1569 он погиб.
Страшный огонь жег внутренность Иоанна, и для этого огня не было недостатка в пище: летом 1569 года явился к царю какой-то Петр, родом волынец, и донес, что новгородцы хотят предаться польскому королю, что у них уже написана и грамота об этом и положена в Софийском соборе за образом Богоматери. Иоанн отправил в Новгород вместе с волынцем доверенного человека, который действительно отыскал грамоту за образом и привез к государю; подписи – архиепископа Пимена и других лучших граждан – оказались верными; говорят, что этот Петр, бродяга, наказанный новгородцами, из желания отомстить им, сам сочинил грамоту и необыкновенно искусно подписался под руку архиепископа и других граждан. Иоанн решился разгромить Новгород.
В декабре 1569 года он двинулся туда из Александровской слободы и начал разгром с границ тверских владений, с Клина; по всей дороге, от Клина до Новгорода, производились опустошения, особенно много пострадала Тверь.