Столь сильные и смелые обличения не могли быть оставлены без внимания, во всяком случае об их авторе вспомнили сразу же, когда в 1277 г. парижский епископ Этьен Тампе объявил еретическими и торжественно осудил 200 философских положений, бывших в ходу в университетском преподавании. В числе их были и некоторые положения, принадлежащие Бэкону. В первую очередь были осуждены его астрологические выводы: Бэкон заявил, что возникновение и падение религий зависит от сочетаний небесных тел. В «Третьем сочинении» (кстати, Роджер Бэкон предполагал создать «Opus Principale», Большее, Меньшее и Третье сочинения были только подготовительными, но осуществить свой замысел не смог) он писал, что существует ряд главных сект: секта Сатурна — египетская, секта Венеры — сарацинская, секта Марса — халдейская, секта Меркурия — христианская. Христианская религия, по Бэкону, возникла вследствие противостояния планет Юпитера и Меркурия, противостояние же Луны и Юпитера послужит причиной уничтожения всех религиозных верований, в том числе и христианских. Учение об исторически преходящем характере христианства было, конечно, явлением из ряда вон выходящим и вызвало протест церкви. Бэкон был осужден в 1278 г., заключен в тюрьму, где находился 14 лет. Только в 1292 г. он был освобожден Раймундом Гофреди, сменившим непреклонного, фанатичного Бонавентуру на посту генерала францисканского ордена. Бэкону было 78 лет, но ни нравственные, ни интеллектуальные силы не покинули его. После выхода из тюрьмы он написал новое сочинение «Compendium Theologiae», которое оказалось последним.
В числе проявлений средневекового свободомыслия — критическое отношение к официальному вероучению и попытки построения новой концепции христианства. Аббат Иоахим, великий пророк XI–XII вв., изображенный Данте в «Раю», принадлежал к первым реформаторам католического вероисповедания. Он долго вел жизнь странника, что в те времена было своеобразной формой протеста против упадка христианской веры, посетил святые места. Вернувшись на родину, вступил в цистерцианский орден, но затем вновь отправился в странствия. Спустя некоторое время его сделали настоятелем им же основанного монастыря св. Иоанна у Фиоре, расположенного в горах Калабрии (почему в некоторых трудах он именуется Иоахимом Калабрийским).
Там он написал «Вечное Евангелие», оказавшее сильное влияние на последующих реформаторов. Суть «Вечного Евангелия» в следующем: Иоахим историю человечества делит на три периода. Первый период — период отца, продолжавшийся с начала мира до Иоанна Крестителя; второй период — период сына — от воплощения сына божия до 1260 г.; третий период — период святого духа, который должен начаться с 1260 г. и стать окончательным периодом в человеческом жизнеустройстве. Последний период Иоахим считает самым важным, ибо, по его мнению, это есть время правильного, глубокого и совершенного понимания писания, что и составляет содержание «Вечного Евангелия», о котором говорится в Апокалипсисе.
Первый и второй периоды в свою очередь делятся на несколько частных эпох, или времен. По мнению Иоахима, самым тяжелым периодом будет время с 1200 по 1260 г. В эти годы явятся предтечи антихриста и будут посланы страшные испытания. Но они будут посланы церкви для ее очищения. В помощь своей церкви господь пошлет монашеский орден, члены которого будут проповедовать истинное Евангелие, и не только словом, но и примером собственной жизни в духе апостолов.
Критическая направленность произведения Иоахима, глубоко осуждающая весь современный ему уклад церковной жизни, не могла не волновать умы. Появляются ученики Иоахима, не только продолжившие учение калабрийского аббата, но и в значительной степени радикализировавшие его. Они заявляли, что «Вечное Евангелие» есть третья, заключительная часть писания и потому важнее, чем Новый завет. Последователи Иоахима утверждали: Ветхий завет подобен коре, Новый — скорлупе, а Вечное Евангелие — ядру. В соответствии с этим христианство без своего завершения в Вечном Евангелии признавалось иоахитами только подготовительным, а потому несовершенным этапом. Таким образом, иоахиты принижали значение Нового завета и, следовательно, роль Христа в мироискуплении. Они высказывали мнение, что церковь до наступления третьего периода не обладает истинными свойствами благодатного общества святого духа и потому не возрождает верующих для новой жизни. Иоахиты утверждали: когда просияет дело Иоахима, именуемое Вечным Евангелием, или Евангелием св. духа, то упразднится евангелие Христа.
Иоахиты от слов стали переходить к делу. Образовались секты, радикальнейшая из которых получила название «фратичелли». Эта секта проповедовала крайние представления о евангельской бедности, отрицала, папское единовластие, юрисдикцию епископов, клятву. Церковь жестоко преследовала эту секту. Только за 5–6 лет на кострах было сожжено 115 ее членов. Однако, несмотря на суровые гонения, иоахитство получило широкое распространение в Западной Европе. По существу основные идеи иоахизма, и прежде всего недовольство церковью и клиром и проповедь евангельской простоты, легли в основу многочисленных средневековых ересей.
Если богословы-философы, подобно Абеляру, своими построениями подрывали основы миропонимания, выработанного католицизмом, то иоахиты открыли путь для прямой борьбы с церковью и папизмом. Средневековый антиклерикализм в значительной мере явился следствием того, что церковь, занимаясь мирскими делами, сама обмирщалась. Кроме того, имела место все нараставшая порча нравов клира, постоянно обогащавшегося за счет мирян. Недовольство церковью нарастало. Все более широкое распространение получала идея очищения церкви в духе апостольских времен. И из среды священнослужителей (Арнольд Брешианский), и из среды мирян (Герардо Сегарелли, фра Дольчино и др.) выходили борцы с церковью. Их задача, естественно, определялась контекстом времени, очищением церкви, возрождением и обновлением идей, которым церковь должна служить.
Сегарелли был простым ремесленником из местечка Альцано близ Пармы. Около 1248 г. он приходит в Пармский монастырь и просит настоятеля принять его. Но его не приняли, потому что он показался недостаточно образованным. Сам по себе отказ уже был обиден, но вдвойне горько было Сегарелли слышать такую мотивировку от представителя францисканского ордена, основанного Франциском Ассизским как орден евангельской бедности и простоты. Мечтательный юноша, просиживавший часами в церкви и смотревший на изображения апостолов, одетых в бедные одежды и обутых в простые сандалии, принимает решение стать проповедником покаяния и нищеты.
Вокруг нового проповедника, обращающегося к встречным со словом «Покайся», немало случайных слушателей, но появляются и ученики, проникшиеся идеями учителя. Образовался кружок так называемых апостольских братьев, или апостоликов. Вначале они ставили скромную цель — возродить в чистоте идеал св. Франциска, извращенный представителями его ордена под влиянием папской курии. Однако вскоре к проповеди нищеты они присоединяют острую критику многих сторон церковной жизни, особенно роскошного, сугубо светского образа жизни многих монахов и папской курии.
Преследования апостоликов укрепляют их во мнении, которое мужественно и смело Сегарелли высказал своим судьям на инквизиционном процессе, что римская церковь есть не что иное, как блудница Апокалипсиса, но никак уж не истинная Христова церковь. Апостолики называли свое общество истинной церковью и отказывались признавать власть папы и повиноваться ему. В 1294 г. преследования апостоликов ужесточились. В Пармском округе совершались казнь за казнью. Сегарелли был схвачен и брошен в тюрьму. Судебный процесс закончился вынесением ему смертного приговора. Сегарелли был сожжен на костре.
Борьбу с господствующей церковью продолжил Дольчино, преемник и ученик Сегарелли. В конце 1303 г. после многолетних скитаний, вызванных преследованием со стороны церкви, Дольчино появляется в северном Пьемонте со своими ближайшими последователями. Он пропагандирует идеи Сегарелли, присоединяя к ним собственные критические взгляды в отношении социального устройства общества. Содержание проповедей известно из его посланий, дошедших до нас в письменном виде. Первое относится к августу 1300 г. (месяц спустя после смерти Сегарелли), второе — к декабрю 1300 г. Послания обращены ко всем верным христианам, но в первую очередь к единомышленникам Дольчино.
В первом послании Дольчино утверждает, что его община духовна, следовательно, она должна жить апостольской в собственном смысле этого слова жизнью, в настоящей бедности и вне обязанностей внешнего подчинения. В послании Дольчино высказывает свое враждебное отношение не только к церкви и монашеству, но и к сильным мира сего. Он утверждает, что слугами дьявола являются белое духовенство, купцы и богатые ремесленники, монахи. Из-за враждебных отношений с ними, говорит Дольчино, ему и приходится скрываться.