Tomes, Nancy (1998). The Gospel of Germs: Men, Women and the Microbe in American Life. Harvard University Press.
Turney, J. (2003). Lovelock and Gaia: Signs of Life. Icon Books.
Upbin, Bruce (2013). Yogurt is probiotic, why not your steering wheel? Forbes.com, 3/01/2013.
Van Nood, Els, et al (2013). Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. New England Journal of Medicine, 368: 407–415.
Waller, John (2002). The Discovery of the Germ. Icon Books.
Wilcox, Christie (2013). Fake Feces To Treat Deadly Disease: Scientists Find They Can Make Sh*t Up. scientificamerican.com January 10.
Williams, Anna (2014). Your death microbiome could catch your killer // New Scientist, 27 August.
Wolf, M. (2014). Is there really such a thing as ‘one health’? Thinking about a more than human world from the perspective of cultural anthropology. Social Science & Medicine 2014.06.018.
Wopereis, Harm, et al (2014). The first thousand days – intestinal microbiology of early life: establishing a symbiosis. Pediatric Allergy and Immunology, March.
Wrangham, Richard (2009). Catching Fire: How Cooking Made Us Human. Basic Books.
Wylie, Kristine, et al (2012). Emerging view of the human virome. Translational Research, 160: 283–290.
Xiao, Shuiming, et al (2013). A gut microbiota-targeted dietary intervention for amelioration of chronic inflammation underlying metabolic syndrome. FEMS Microbial Ecology, 87: 357–367.
Xu, Jian, and Jeffrey Gordon (2003). Honor thy symbionts. Proceedings of the National Academy of Sciences, 100: 10452–10459.
Yatsuneko, Tanya, et al (2012). Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature, 486: 222–228.
Yong, Ed (2014). Searching for a ‘Healthy’ Microbiome. http://www.pbs.org/wgbh/nova/next/body/microbiome-diversity, 29 Jan 2014.
Youngster, Ilan, et al (2014). Oral, capsulized, frozen fecal microbiota transplantation for relapsing Clostridium difficile infection. Journal of the American Medical Association, Oct 11, doi: 10.1001/jama. 2014.13875.
Zhao, L. (2013). The gut microbiota and obesity: from correlation to causality. Nature Reviews Microbiology. 11: 639–647.
Zimmer, Carl (2008). Microcosm: E. coli and the new science of life. Heinemann.
Zimmer, Carl (2011). A Planet of Viruses. University of Chicago Press.
Zipursky, Jonathan, et al (2012). Patient Attitudes Toward the Use of Fecal Microbiota Transplantation in the Treatment of Recurrent Clostridium difficile Infection. Clinical Infectious Diseases, 55: 1652–1658.
Материал для дополнительного чтения
Количество исследований микробиома человека (и других существ) быстро растет, и область соответствующих изысканий стремительно ширится. В этой книге даются кое-какие полезные указания на то, что следовало бы искать в грядущих результатах. Среди упомянутых мною нерешенных вопросов большинство будет проясняться постепенно, а не путем внезапного прорыва.
Впрочем, вполне понятно, что такая обширная тема подразумевает наличие важных работ, которые я не осветил. В наши дни основная часть таких публикаций появляется в журналах с открытым доступом, что замечательно. Кроме того, литература в этой сфере рассеяна в самых разных местах. Микробиомные статьи появляются и в журналах общего профиля, занимающихся науками о живом, и в специализированной медицинской периодике, и в ежемесячниках, посвященных иммунологии, клеточной биологии, экологии… Из моих примечаний и библиографии можно составить представление о том, где какие исследования обычно печатаются. Вам помогут и новостные страницы научных журналов Science и Nature, и более снисходительный к неспециалистам Scientific American.
Новые материалы лучших интерпретаторов исследований в этой области легко отслеживать в Сети. Так, блоги британца Эда Ёнга «Тоже мне, бином Ньютона» (Ed Yong, «Not Exactly Rocket Science») и американца Карла Циммера «Ткацкий станок» (Carl Zimmer, «The Loom») регулярно представляют весьма вдумчивые сообщения о новых микробиомных исследованиях. Оба блога можно читать на сайте National Geographic: http://phenomena.nationalgeographic.com/blog/not-exactly-rocket-science и http://phenomena.nationalgeographic.com/blog/the-loom.
Кроме того, исследователь Джонатан Айзен регулярно выкладывает посты в «Древе жизни» (http://phylogenomics.blogspot.co.uk), помогая нам, авторам-популяризаторам, оставаться честными и беспристрастными: он регулярно присуждает ироническую премию «За чрезмерные похвалы микробиому».
Все эти славные люди есть и в твиттере – как и Элибазет Бак (@MicrobiomDigest), которая на сайте http://www.microbiomedigest.com ежедневно держит своих читателей в курсе новых статей и профессиональных комментариев, касающихся результатов микробиомных исследований. Приятного чтения!
UNIVERSUM
О науке и ее творцах – самое интересное и невероятное
Поразительно, но факт: в каждом взрослом человеке живет около 4 кг самых разных микросуществ – бактерий, грибков, вирусов! Для них мы – убежище, дом. Все эти существа вместе образуют то, что ученые называют микробиомом. Если наш микробиом живет с нами в гармонии, мы здоровы и счастливы: пища перерабатывается правильно, иммунная система работает как надо и на душе легко и спокойно. Если же какой-то член микробиома вдруг начинает бунтовать и бурно размножаться, или же в микробиоме появляется непрошеный гость, – к нам приходит болезнь. Человеческий микробиом – живая, подвижная система, о невероятной важности которой ученые совсем недавно и не подозревали.
Джон Тёрни, известный английский популяризатор науки, рассказывает о том, что такое микробиом и какое влияние он оказывает на нашу жизнь. Прочитав эту книгу, вы уже не сможете воспринимать себя по-прежнему.
Вы в этом мире не одни, вы – суперорганизм.
Человек мягок, податлив и довольно изменчив. Клетки – тоже. Поэтому не так-то просто подсчитать, сколько клеток у среднего взрослого. Часто приводят грубую оценку – от 10 до 100 триллионов. Согласно одной из недавних более осторожных оценок, учитывающей объемы и основные типы клеток различных органов, это количество составляет чуть больше 37 триллионов [Bianconi, 2013]. Короче говоря, их триллионы и триллионы. Сойдемся на этом.
Некоторые подразумевают под микробиотой совокупность всех микроорганизмов, обитающих в каком-то ограниченном пространстве, а под микробиомом – общий массив генетического материала, который эти микроорганизмы в себе несут. Второй термин, придуманный генетиком Джошуа Ледербергом, несколько двусмысленен, что (на мой взгляд) даже полезно. Термин этот можно воспринимать как результат слияния слов микроб и биом, причем биом здесь воспринимается в экологическом значении – как набор различных взаимодействующих видов. Более свежая версия: термин возник благодаря соединению слова микроб и суффикса – ом, имеющегося в таких терминах, как «геном», «протеом» и другие «-омы», столь любимые нынешними биологами. В этом как бы проявляется напряжение (и сотрудничество), существующее между различными ветвями биологии, изучающими проблемы микробиома. Похоже, на практике термины «микробиота» и «микробиом» взаимозаменяемы, и второй в наши дни часто вытесняет первый. Здесь я буду использовать термин «микробиом» в смысле «все организмы», если только из контекста не явствует, что речь идет лишь о ДНК.
Многие приводят цифру «100 триллионов» (по сравнению с 10 триллионами клеток тела), однако эта оценка нашего бактериального населения проведена давно и основана на анализе одного грамма кала [Smith, 2014]. Впрочем, точное количество не играет роли в наших дальнейших рассуждениях.
Когда я писал черновик этого раздела, в самом обширном каталоге числилось 987 9896 генов [Li, 2014]. К тому времени, как текст книги отправился в типографию, это количество перевалило за 10 миллионов [Karlsson, 2014].
Применительно к данному контексту термин предложен опять же Джошуа Ледербергом. Этот парень вообще повлиял на многое в науке.
Строго говоря, честь описания первого микроба принадлежит Гуку: он наблюдал грибок, о котором написал как о «маленьких грибах многообразных форм» [Gest, 2004]. Зато Левенгук стал первым, кто описал бактерии.
Kroes, 1999.
ОМОБ – термин, взятый мною у Питера Конрада, специалиста по медицинской социологии, предположившего, что микробная и генетическая теории следуют одному образцу [Conrad, 1999].
Эта история хорошо изложена в: John Waller, The Discovery of the Germ [«Открытие микроба»], 2002.
Fowler, 1986.
См.: Nicholas Bakalar, Where the Germs Are [«Где живут микробы»], 2003. Это превосходный, великолепно сбалансированный обзор хороших и плохих микробов (хотя упор в нем делается все-таки на плохих).
Не всякую рекламу лизола приятно читать. В одном довоенном журнале предпринята по сути серьезная атака на микробиом: в рекламном объявлении утверждалось, будто лизол «по-настоящему очищает вагинальный канал даже в присутствии слизистого вещества. А значит, лизол куда действеннее полумер вроде мыла, соли или соды. Гарантирована безупречная изысканность: устраняется сам источник предосудительного запаха». Женщины, вам следует делать это, чтобы «оставаться желанными». Впрочем, нелишне отметить, что это объявление представляет собой не столько текст о борьбе с нежелательным запахом, сколько не очень-то замаскированную рекламу лизола как спермицида.
