Оговорка относительно первого тома труда Толстого была вызвана тем, что С. Д. Николаев начал свою работу проверки вариантов евангельских текстов тогда, когда первый том в издании «Посредника» был уже отпечатан. Всего С. Д. Николаевым было отмечено в первом томе пятнадцать неточностей в ссылках на варианты и сделан ряд уточнений в переводах. Судя по этой цифре, количество исправлений в двух других томах было еще более значительным. Таким образом, было выполнено настойчивое желание Толстого, неоднократно им выражавшееся, — проверки ссылок на древние греческие списки Евангелий.
25 июня 1908 г. типографией Кушнерева были представлены в Московский комитет по делам печати экземпляры отпечатанных второго и третьего томов «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Комитет сейчас же наложил арест на книгу, так что издательством была получена только некоторая часть из общего количества пяти тысяч экземпляров. 3 июля Комитет направил заявление — теперь уже прокурору Московской судебной палаты — о том, что он просит «возбудить против автора названной книги графа Л Н. Толстого, а также против представителя книгоиздательства «Посредник» судебное преследование по статьям 73 и 129 (возбуждение к ниспровержению существующего строя) Уголовного уложения. Путем приведения ряда цитат Комитет доказывал, что «книга является таким же, как и первый том, дерзостно-кощунственным произведением печати, направленным к разрушению в народе веры христианской и главным образом православной и к уничтожению в нашем отечестве и в других христианских государствах всякого общественного и государственного строя». Толстой, «задавшись преступной мыслью поколебать все устои, на которых зиждется государственный и общественный строй, и главным образом веру христианскую», «искажает, под предлогом научного исследования, текст и смысл св. Евангелия четырех евангелистов, толкуя их так, чтобы толкование подтверждало его буйственные затеи».
В то время (летние месяцы 1908 г.) приближался 80-летний юбилей Толстого, о котором много писала прогрессивная печать. Это несомненно оказало влияние на позицию, занятую в данном деле Московской судебной палатой. Товарищ прокурора Московской судебной палаты в заключении своем от 11 августа 1908 г. находил, что содержание книги не дает оснований для привлечения автора и издателя по 129 статье; что же касается обвинения по статье 73, то привлечение к ответственности по этой статье должно исходить от прокурора Московского окружного суда, которому и должно направить переписку по этому делу. Московская судебная палата в заседании от 18 октября 1908 г. утвердила мнение прокурора.
Постановление судебной палаты не затрагивало, однако, судьбу книги, изданной «Посредником». Эта судьба была решена постановлением Московского окружного суда от 8 декабря 1910 г. Суд постановил: уголовное преследование против редактора «Посредника» И. И. Горбунова-Посадова по 73 и 90 статьям Уголовного уложения (статья 90 говорила о привлечении к ответственности за совращение православных в секту) прекратить, а изданную им книгу уничтожить. Тот ореол, которым в первые месяцы после смерти Толстого было окружено его имя в русском обществе, давал И. И. Горбунову-Посадову надежду добиться пересмотра приговора об уничтожении книги. Им была подана апелляция. Московский окружной суд, пересмотрев дело в двух заседаниях, 8 марта и 14 октября 1911 г., утвердил прежний приговор в части, касающейся прекращения преследования против Горбунова и отменил приговор об уничтожении книги.
Постановлением суда остался недоволен товарищ прокурора, который и подал в Московскую судебную палату апелляционный протест. Московская судебная палата рассмотрела дело 10 декабря 1912 г. и нашла, «что рассматриваемое сочинение графа Толстого заключает в себе возбуждение к переходу православных в секту, то есть признаки преступления, предусмотренного 90 ст. Угол. улож., так как Толстой во вступлении к исследованию Евангелия говорит, что та вера, которую исповедует наша иерархия и которой она учит народ, есть не только ложь, но и безнравственный обман (т. I, ст. 4); что свободно мыслящие люди доказали ясно, что вся эта христианская вера со всеми ее разветвлениями давно отжила, что пришла пора новой веры (т. I, стр. 6); что теперь, когда толкование церкви о сыне Божием и Боге, о Боге в трех лицах, о деве, родившей без повреждения девства, о теле и крови Бога, съедаемом в виде хлеба и т. п. не может вместиться в здоровую голову, довод церкви о том, что нельзя допустить толкование писания для каждого, не имеет никакого смысла (т. I, стр. 8). Отрицая как ветхозаветную Библию как богооткровенный закон, так и новозаветные книги, Толстой говорит, что книги еврейские могут быть занятны для нас как объяснение тех форм, в которых выразилось христианство; чуждая нам вера евреев занимательна для нас, как вера, например, браминов (т. I, стр. 9 и 10). Церковь погрешила тем, что, желая сильнее отринуть не признанное ею и придать больше веса тому, что она признала, она положила огулом на все признанное печать непогрешимости. Всё свято: и чудеса, и деяния апостольские, и советы Павла о вине, и бред Апокалипсиса. Приняв все на словах, церковь должна была на деле отказаться от некоторых книг. Таковы вполне Апокалипсис и отчасти Деяния апостолов, часто не только не имеющие ничего поучительного, но прямо соблазнительное. Очевидно, что чудеса писались Лукою для утверждения в вере, но теперь нельзя найти более кощунственной книги, более подрывающей веру (т. I, стр. 11). Послание апостола Павла Толстой называет безобразным (т. III, стр. 128). Крест Толстой называет виселицей, говоря: «поразительно недоразумение об учении Христа, начавшееся при его жизни, приведшее его на виселицу и продолжающееся до сих пор» (т. III, стр. 57). Воскресение Христово, равно как и его чудеса, Толстой называет басней и бессмыслицей (т. I, стр. 121, т. II, стр. 11З и 227). Ложь о воскресении Христа была во времена апостолов и мучеников первых веков главным доказательством истинности учения Христа; правда, эта же басня о воскресении и была главным поводом к неверию в учение. Язычники во всех житиях первых мучеников христианских называют их людьми, верующими в то, что их распятый воскрес, и совершенно законно смеются над этим. Но христиане не видали этого, так же как не видят теперь попы в Киеве, что их набитые соломой мощи суть, с одной стороны, поощрение веры, с другой — главные преграды для веры (т. III, стр. 240). О рождестве Иисуса Христа Толстой говорит: «Была девица Мария; девица эта забеременела неизвестно от кого. Обрученный с нею муж пожалел ее и, скрывая ее срам, принял ее. От нее-то и неизвестного отца родился мальчик. Мальчика назвали Иисус. Значение этого места то, что оправдывается позорное рождение Иисуса Христа от девы» (т. I, стр. 45—46). Изгнание Иисусом Христом из храма продавцов и менял Толстой называет двукратным исполнением Христом полицейских обязанностей насчет чистоты храма, толкуя соответствующие тексты Евангелия в том смысле, что Иисус Христос пришел в храм и выбросил все то, что нужно для молитвы, точно так же как теперь бы сделал тот, кто, придя в нашу церковь, выкидал бы все просвиры, вино, мощи, кресты, антиминсы и все те штуки, которые считаются нужными для обедни (т. 1, стр. 126). Действия и слова Иисуса в храме выражают: «Ваше богослужение есть мерзкая ложь, вы не знаете настоящего Бога, и обман вашего богослужения вреден, и его надо уничтожить» (т. I, стр. 128). Отрицая таинства, Толстой именует Иоанна Крестителя «Иоанн Купало», а относительно таинства причащения говорит: «зачем нужно пить вино и есть хлеб, называя это телом и кровию; как ни толкуй, это останется не только непонятным, но, очевидно, чем-то безобразным» (т. II, стр. 121). По поводу толкования слов Спасителя: «что вы свяжете на земле» — Толстой говорит: «и вдруг оказывается, что Иисус этими словами попам велел исповедывать и собирать яйца. Это было бы смешно, если бы не было так грустно...» (т. III, стр. 17)... что, таким образом, изданное фирмою «Посредник» сочинение гр. Толстого под заглавием «Соединение, перевод и исследование 4-х Евангелий», как заключающее в себе признаки преступления, предусмотренного 90 ст. Угол. улож., подлежит, согласно 36 и 38 ст. Угол. улож. уничтожению полностью, так как, кроме вышеприведенных выписок из этого сочинения, все три тома его наполнены не только толкованиями, возбуждающими к переходу православных в секту, но и в высшей степени кощунственными выражениями».
На основании этих соображений Московская судебная палата вынесла постановление: все три тома книги Толстого «Соединение, перевод и исследование четырех Евангелий», изданные фирмой «Посредник», «уничтожить полностью».
Некоторое количество тиража изданного «Посредником» труда Толстого все-таки удалось спасти и распределить по книжным магазинам.
В 1918 г. московскими издательствами «Свобода» и «Единение», под редакцией В. Г. и А. К. Чертковых, было переиздано «Изложение Евангелия с примечаниями», причем редакторы, как сказано в предисловии, «решили еще возможно больше исчерпать примечания из подробного исследования Евангелия» (стр. 5). Всего примечаний в этом издании дано сто девяносто два.
