Получив известие о грандиозных приготовлениях французов в портах Средиземноморья, английский адмирал Д. Джервис 9 мая послал из Гибралтара к Тулону для разведки контр-адмирала Г. Нельсона с отрядом из трех линейных кораблей, двух фрегатов и корвета. 17 мая он был невдалеке от Тулона, но 19 мая у южного побережья Франции разразился сильный шторм Это заставило англичан спуститься к берегам Сардинии, разъединив линейные корабли Г. Нельсона с его фрегатами. Так Нельсон остался без легких судов, без разведки.
Узнав о входе англичан в Средиземное море, Бонапарт торопился с выходом экспедиции и 19 мая с попутным ветром вышел из Тулона. В пути к ней присоединились отряды из Генуи, с Корсики и из Чивита-Веккьи.
31 мая Нельсон, будучи уже неподалеку от Тулона, получил сведения, что 12 дней назад, именно тогда, когда шторм отбросил английские корабли от берега, французский флот ушел из Тулона в неизвестном направлении. Куда двинулся генерал Бонапарт со своими 13 линейными кораблями и 300 транспортами, никто не знал. Подготовка Египетской экспедиции являет собой образец сохранения военной тайны.
Экспедиция 7 июня прошла Сицилию, а утром 9-го подошла к Мальте. Этот остров представлял собой важную морскую станцию на средиземноморских путях. Им владели мальтийские рыцари. Великим магистром ордена был русский император Павел I.
На следующий день на остров были высажены войска, а 12 июня Мальта и расположенные около нее небольшие острова Гоццо и Гомино капитулировали. Взятие Мальты было обставлено документально. Конвенция об уступке Мальты Франции, заключенная на острове при посредничестве Испании, подписана 12 июня 1798 г. (24 прериаля 6-го года).
Простояв четыре дня у Мальты, Египетская экспедиция 18 июня тронулась с попутным ветром в Египет. При благоприятном ветре французский флот шел прямо на восток. 30 июня французы пришли на вид острова Кандия, а 1 июля — к Александрии. Флот вошел в залив Марабу, и началась поспешная высадка войск. Бонапарт опасался, что появится английский флот. К вечеру 3 июля все войска были высажены.
В сражениях у Шебрейса 13 июля и у пирамид 21 июля французская армия разбила конницу мамелюков Мурад-бея. 24 июля Бонапарт вступил в Каир. Французы заняли дельту Нила, а затем и Верхний Египет.
Между тем Г. Нельсон, эскадра которого была усилена 11 линейными кораблями, теряясь в догадках о назначении французской экспедиции, тщетно обыскивал итальянское побережье. 13 июня он был в Таламанском проливе против острова Эльба, а 17 июня подошел к Неаполю. Узнав, что французы направились к Мальте, Г. Нельсон немедленно вышел в море. 21 июня англичане находились всего в 22 милях от французов, но не знали этого и шли на юго-запад, малейшая случайность могла привести к встрече противников. Только 22 июня Г. Нельсон от коммерческого судна, встретившего накануне французов, узнал, что они уже ушли с Мальты и идут на восток с попутным ветром Это подтвердило его предположения, что французы направляются в Египет, и он принял немедленное решение их преследовать, для чего поставил все возможные паруса.
Судьба Египетской экспедиции висела на волоске, но счастье опять улыбнулось Бонапарту. Не сдерживаемый транспортами, Нельсон продвигался быстрее французов, но отсутствие фрегатов у англичан ограничивало их разведку. Г. Нельсон взял курс прямо на Александрию, а французы приблизились к острову Кандия. В результате Г. Нельсон 24 июня обогнал французов, и хотя в продолжение целых суток был в расстоянии 26 миль, он их не увидел. 28 июня английский флот подошел к Александрии, но рейд оказался пуст. Нельсон пожалел, что ушел так далеко на восток. Ему представилось, что именно теперь французы ведут операцию по занятию Сицилии, порученной его охране. Не отдыхая ни минуты, английский адмирал решил вернуться, но теперь ему пришлось лавировать, и первый же галс увел его далеко от берегов Египта в направлении противоположном тому, с которого приближались французы. Нельсон возвратился к Сицилии, где получил известие о высадке французов в Египте, Английская эскадра вновь берет курс на Александрию.
Французам удалось перебросить морем большую массу войск в условиях господства противника на море.
Французам необходимо было сохранить флот на все время пребывания армии в Египте, иначе она оказывалась отрезанной. Бонапарт дал правильную директиву Ф.П. де Брюэсу — выбрать стоянку, обеспеченную от нападения. Предлагалось ввести флот во внутреннюю гавань Александрии, а если это окажется невозможным, то укрыться в Корфу.
Но французский адмирал не спешил выполнить указание командующего экспедицией генерала Бонапарта о переходе кораблей в безопасные порты Александрии или Корфу, под защиту батарей, и не организовал разведки и охранения. Эскадра Ф.П. де Брюэса перешла в залив Абукир в 13 милях к востоку от Александрии. Залив представлял собою открытый рейд, простиравшийся от Абукирского мыса до устья Розеттского рукава Нила.
Английская эскадра (14 линейных кораблей) под командованием контр-адмирала Г. Нельсона 1 августа подошла к Александрии и, не обнаружив в порту французских кораблей, повернула на восток и пошла вдоль берега. В заливе Абукир была обнаружена эскадра Ф.П. де Брюэса. После двухмесячной бесплодной погони по всему Средиземному морю англичане наконец увидели французский флот. В 16 часов эскадра Г. Нельсона подошла к бухте. Стремясь создать превосходство в силах, Г. Нельсон решил атаковать сначала всеми своими кораблями авангард и центр французской эскадры, разгромить их, а затем сосредоточить все силы против арьергарда противника. Абукирское сражение (битва у Нила) началось около 19 часов и продолжалось до утра 2 августа, а последний французский корабль сдался 3-го.
В Абукирском сражении французы потеряли 11 линейных кораблей, 2 фрегата и около 3,5 тыс. чел; англичане — 218 убитых и 678 раненых.
В результате морской победы англичан 30-тысячная экспедиционная армия Бонапарта оказалась отрезанной от Европы и закупоренной в Египте. В сентябре 1798 г. Турция объявила войну Франции. В целях предотвратить наступление турецкой армии и в соответствии со стратегическими планами Бонапарт с 13-тысячным отрядом в феврале 1799 г. предпринял поход в Сирию. Овладев Яффой и Хайфой, французские войска 18 марта подошли к крепости Акра, но после двухмесячной осады и неудачного штурма 21 мая вынуждены были отступить и 14 июня возвратиться в Египет. Турецкие войска, оборонявшие Акру, поддерживали английские корабли (два линейных корабля под командованием капитана С. Смита). Положение французской армии было безнадежным. Она уже не могла угрожать англичанам, а о походе в Индию не стоило и мечтать.
Абукир помог английским политикам создать в 1798 г. вторую коалицию против Франции. Установление французского контроля в Голландии и Швейцарии, захват Бонапартом Мальты и его поход в Египет вновь подтолкнул ряд держав к объединению. Разгром французского флота и упрочение английских позиций в Средиземном море содействовали достижению договоренности между Англией, Россией, Австрией, Испанией, Неаполем, Турцией, образовавшими вторую коалицию.
Вторжение французов в Египет, откуда Бонапарт хотел угрожать Индии, затрагивало не только интересы Англии и Турции, но и интересы России, ибо укрепление французов в Египте и в восточной части Средиземного моря грозило превращением Греции во французского вассала, появлением французского флота в Черном море и уничтожением всего того, что было достигнуто Россией в результате двух войн с Турцией.
Упрочение французского влияния в Центральной Европе, захват французами Северной Италии, находившейся под властью Австрии, обусловили участие Австрии в новой войне против Франции. А вторжение французской экспедиционной армии в Египет превратило Турцию в непримиримого врага Франции.
Вступив на престол, Павел I решил поберечь истощенные предыдущими войнами силы России, вернул из Англии эскадру М.К. Макарова и отменил поход А.В. Суворова в Европу. Но не прошло и двух лет, как из опасения, что Франция, перекраивая карту Европы, нападет на русские черноморские владения, правительство Павла I опять было вынуждено принять деятельное участие в войне против Франции. В спешном порядке две эскадры были отправлены в Северное море, а третья — в Средиземное море. Там уже вовсю хозяйничали солдаты Бонапарта: на Занте арестовали нашего консула, на Ионических островах под страхом смерти запретили грекам вступать в какие-либо сношения с Россией, захватили Мальту.
Английский посол в Петербурге привел в движение все пружины при дворе Павла. «Великому магистру» внушили мысль, что захват Мальты Бонапартом — не только угроза всем европейским государям, но и личный оскорбительный вызов ему самому. Павел вступил в союз с Англией и Австрией против Франции.
18/29 декабря 1798 г. в С-Петербурге был заключен русско-английский союзный договор. Целью его было «...содействовать к остановке дальнейших успехов французского оружия, <...> принудить Францию… возвратиться в границы, которые она имела до революции…»