С началом войны на входном фарватере были установлены фугасы с электрическим подрывом.
Сил, имеющихся в крепости, было недостаточно для надёжной обороны всего района, ведь противник мог захватить и другие районы на побережье, поэтому требовались маневренные силы, которые мог предоставить флот. Хотя Николаевск создавался как база флота, после переноса главного порта во Владивосток здесь постоянно базирующихся морских сил не было (для минных постановок могли применяться только плавсредства крепости). С началом войны возникла необходимость в переброске в Николаевск-на-Амуре боевых кораблей для атак флота противника в море. В качестве боевых единиц были избраны миноноски, построенные после Русско-турецкой войны 1877—1878 гг. Десять из них были переброшены с Балтики, а четыре из Владивостока (всего в разное время во Владивостоке находились 9 миноносок). Девять из них имели аппараты для торпед (мин Уайтхеда), а пять — для метательных мин. Каждая из миноносок помимо минных аппаратов имела по два 37-мм орудия. Их водоизмещение составляло 23 т. Максимальная скорость, достигнутая на испытаниях, составляла 13 узлов. Недостатками миноносок были чрезмерная для устья Амура осадка и выступавшие на 76 см ниже киля руль и винт. Из-за одного винта была низкая манёвренность. Миноноски Сибирской флотилии имели неподвижные ТА, что снижало их боевые возможности. Поскольку миноноски были уже устаревшими кораблями, в США заказали партию из 10 моторных катеров фирмы Никсона. Но до конца боевых действий они на Дальний Восток не попали и после войны были оставлены на Балтике. Рассматривался вопрос о переброске на Амур теплоходов «Вандал» и «Сармат» с Волги для превращения в плавучие батареи. Кроме миноносок в Николаевске во время войны находились транспорты «Тунгуз» и «Камчадал», в мирное время занимавшиеся охраной природных ресурсов региона. Эти пароходы был вооружены 4-фунтовыми орудиями.
На Амур была отправлена и подводная лодка лейтенанта Яновича, переоборудованная из педальной подводной лодки Джевецкого{127}. Переоборудование лодки производилось за счёт Особого комитета по усилению флота на добровольные пожертвования. Из его средств были выделены 11 тыс. рублей. На эту лодку установили бензиновый двигатель мощностью 14 л.с. (для этого в корпус врезали дополнительную 2,5-м вставку, увеличив длину корпуса в полтора раза), и она участвовала в обороне устья Амура. Для неё из числа матросов Сибирского флотского экипажа дополнительно отправили на Амур трёх человек — они и стали первыми тихоокеанскими подводниками, ведь остальные моряки попадали на лодки ещё на Балтике{128}. По специальности это были сигнальщик, марсовый и строевой матросы. Остальные чины — минно-машинный квартирмейстер, минный квартирмейстер и минные машинисты — были из состава 8-го флотского экипажа. Лодка Яновича (катер малой видимости) «Кета»[20] не могла полностью погружаться под воду, для работы бензинового двигателя на поверхности должен был оставаться всасывающий патрубок подачи воздуха к мотору. Из-за этого её иногда называют полуподводной лодкой. Но лодка могла погружаться на несколько минут под воду (за это время она проходила 4 — 5 каб.), погружаясь на глубину до 8 м, используя для работы двигателя запас воздуха из корпуса лодки. Однако такие нырки приводили к опасному разрежению атмосферы в лодке и считались нежелательными. После испытаний силовую установку на лодке заменили более мощной. Планировалось вооружить подводную лодку 37-мм орудием, но, по данным исторического отчёта её командира, на ней были установлены два двигателя по 60 л.с., две торпедных решётки и пулемёт.
С этими моторами лодка развивала скорость до 12 узлов{129}. Водоизмещение лодки составило 3 т. Экипаж состоял из трёх человек. В него входили машинный и минный квартирмейстеры и старший минный машинист. Из состава Сибирского флотского экипажа были выделены сигнальщик и два матроса. Они были отправлены в Хабаровск для прибытия на лодку 21 мая 1905 г.{130} По железной дороге 12 апреля 1905 г. лодку отправили на Амур.
Поскольку для перевозки не требовались специальные транспортёры, уже 12 мая она прибыла в Сретенск. Лодку установили на деревянную баржу, применявшуюся для воинских перевозок. Эту баржу пароход «Семён Дежнёв» по Шилке и Амуру отбуксировал в Николаевск-на-Амуре. Там 3 июня лодку краном спустили на воду, после чего она своим ходом ушла в отведённое для неё место. К 10 июня лодка завершила испытания, пройдя 70 миль. Во время испытаний провели стрельбы торпедами и из орудия. На барже была оборудована база для экипажа и приписанных к лодке моряков. Командир лодки получил право действовать самостоятельно, в строевом отношении он не был подчинён начальнику морской обороны крепости Николаевск-на-Амуре капитану 2-го ранга Тундерману.
С 15 июня (после проверки командиром порта контр-адмиралом А.И. Русиным) лодка вышла к мысу Лазарева и Де-Кастри для ведения боевых действий. Планировалось, что лодка будет выходить в торпедные атаки с тыла на проходящие в лиман корабли, а также задерживать рыбацкие шхуны японцев. Баржа маскировалась деревьями у мыса Казакевича, где оборудовали наблюдательный пост. Планировалось, что лодка будет взаимодействовать с береговыми батареями на м. Чныррах и Мео. Но затем лодку перевели к мысу Лазарева, при этом она буксировала свою базу.
Подобные «Кете» боевые единицы строились немцами в годы Второй мировой войны. Это ныряющие торпедные катера «Бибер» с экипажем из одного человека.
Реальная угроза появления японцев у Николаевска-на-Амуре возникла после поражения российского флота у Цусимы и высадки японского десанта на Сахалине. Движение японских войск на север острова поддерживали небольшие корабли флота, и для выяснения обстановки японский флот высаживал корабельные десанты в бухтах и заливах на материке. Так, 10 июля ЭМ «Хасидатэ» и 9-й отряд миноносцев японского флота обстреляли Де-Кастри, Императорскую гавань и Виахту. А 11 июля ЭМ «Фубуки» и «Харусамэ» высадили десант у маяка Клостер-Камп после перестрелки с оборонявшим район отрядом капитана Виноградова, усиленного двумя орудиями. После высадки десанта отряд отошёл в тыл, а противник, проведя на берегу 1,5 часа, вернулся на корабли. Затем 13 июля корабли японцев обстреляли пост на мысе Лазарева.
17 июля ЭМ «Ариакэ» и «Арарэ» вновь высадили десант у Де-Кастри. Ружейным огнём русским удалось ранить трёх японских солдат, но затем обороняющиеся отошли, оставив на позиции два неисправных орудия. Японцы вернулись на корабли, увезя с собой орудия{131}. Действия японцев заставили усилить гарнизон мыса Лазарева (туда прибыла пехотная рота с двумя горными орудиями) и направить туда «Кету». На материковый берег пролива начали прибывать отдельные бойцы из сахалинских частей. От них узнали, что японские войска подходят к мысу Погиби.
31 июля миноносцы противника (ЭМ «Харусамэ», «Фубуки», «Ариакэ» и «Арарэ», имевшие при себе моторный катер с КР «Ниссин», вооружённый пулемётом) пытались атаковать посёлок на мысе Лазарева («Фубуки» и «Арарэ») и высадить там десант, но, встреченные огнём из винтовок защитников, потеряли одного человека убитым и двух ранеными, отошли. В отражении японского десанта принимали участие моряки под командованием лейтенантов Остен-Сахена и Борнсдорфа. Всего гарнизон на мысу составлял 3 офицера и 10 нижних чинов{132}. Эсминцы ограничились лишь обстрелом и смогли высадить десант лишь после отхода гарнизона. После того как японцы сожгли пустое здание телеграфной конторы, они вернулись на корабли. Поскольку командир лодки находился на берегу для согласования действий с гарнизоном, лодка в море не выходила. Противник не заметил замаскированной баржи. После того как лодка вышла в море, и 1 августа были замечены вновь эти два миноносца. Командир (С.А. Янович) попытался выйти на них в атаку, но наткнулся на песчаную отмель в 5 — 6 кабельтовых от противника. Пока лодка снималась с мели, противник успел удалиться. Ещё раз увидев противника, лодка не смогла выйти в атаку из-за большой дистанции. Лодка оставалась в Татарском проливе до 20 сентября, когда на транспорте «Тунгус» вернулась в Николаевск. Всего за 1905 г. лодка прошла 948 миль. В 1908 г. подводную лодку, вышедшую в первую в отечественном флоте атаку, сдали на слом{133}.
А японцы повторили набег 11—12 августа, когда обстреляли мысы Джаоре и Лазарева, а 3 сентября японскими кораблями был захвачен американский пароход «Барракуда» с грузом соли.
Действия же надводных кораблей (миноносок) сводились лишь к ожиданию нападения японского флота на Николаевск-на-Амуре. Хотя нельзя сказать, что офицеры этих маленьких корабликов лично не имели смелости для рискованных действий. Они осматривали берега при непосредственной опасности оказаться захваченными десантами японцев. Так, 28 августа вернулись лейтенанты Пещуров, Чепелев и Унковский, которые на пароходе добрались до м. Меншикова, а затем берегом на лодках обогнули северную часть Сахалина и у деревни Висково обнаружили японские войска. Кроме того, они связались с действовавшим на острове отрядом капитана Благовещенского и полковника Новосельского и вернулись берегом к Погиби, а оттуда на материк. На пароходе была начата перевозка русских отрядов на мыс Лазарева{134}.
