1 июля (14 июля по н. ст.). Китайские войска обстреляли на р. Амур русский пароход «Михаил», следовавший с боеприпасами в г. Благовещенск. Во время перестрелки были ранены: пограничный комиссар подполковник Кольшмит, 4 казака и 2 лоцмана. В это время в Благовещенске оставалось всего 1300 пехотинцев при 8 орудиях. Противник в этом районе (на правом берегу Амура) сконцентрировал 2500 чел. и 6 орудий в Айгуне, 500 человек и 2 орудия в Сахаляне, 200 человек в Махо и по Амуру до 3000 человек постоянного китайского гарнизона. Для защиты Благовещенска были сформированы 3 отряда: Хабаровский, полковника Сервианова (3 батальона, 8 орудий и 1 сотня), Сретенский, полковника Шверина, в с. Покровке (2 батальона, 16 орудий и 1 сотня) и Забайкальский, генерал-майора Ранненкампфа (4 батальона, 18 орудий и 1 сотня).
В этот же день экспедиционные войска России, Великобритании, США, Франции и Японии (5000 человек) взяли Таньцзин. При штурме крепости погиб командир 9-го пехотного полка полковник Е. Лискум.
2 июля (17 июля по н. ст.). Китайская артиллерия начала регулярные артобстрелы города Благовещенска. В ответ на это произошла массовая расправа над жившими в городе китайцами. Русские отряды под командованием генерал-майора Чичагова (1500 чел, 6 орудий) и генерал-майора Айгустова (5000 чел., 12 орудий) пересекли границу, подавили огневые точки противника и взяли крепость Хуньчунь (Хун-чун).
8 июля (21 июля по н. ст.). Принято решение перевести на военное положите войска Сибирского военного округа и Семиреченской области Туркестана. На Дальнем Востоке начали формировать 4 армейских корпуса: 1-й Сибирский в провинции Чжили и Квантуне (Китай), 2-й Сибирский в г. Хабаровск, 3-й Сибирский в г. Чита, Десантный — в г. Владивосток. В Благовещенске вышел приказ атамана Уссурийского казачьего войска: «Ввиду появления в Китае мятежа и образования разбойничьих и мятежных шаек в большом числе считаю необходимым принять меры к охранению пограничного казачьего населения». Губернатор Приморья генерал Н. Гродеков утвердил «Положение об охране селений Приморской области, объявленных на военном положении», на основании которого началось формирование 32 дружин (сотен) народного ополчения, в т.ч. двух — из проживающий в области корейцев (общая численность — 4131 чел.).
13 июля (26 июля по н. ст.). Русские отряды под командованием полковника П. Мищенко захватили европейский квартал Инкоу и вскоре установили контроль над городом.
14 июля (27 июля по н. ст.). Кайзер Германии Вильгельм II принимает решение об отправке германских войск в Китай. Перед экспедиционными войсками он произнес торжественную речь: «Как некогда гунны под водительством Аттилы стяжали себе незабываемую в истории репутацию, так же пусть и Китаю станет известна Германия, чтобы ни один китаец впредь не смел косо взглянуть на немца». Командование германскими войсками, направленными в Китай, возлагалось на бывшего начальника Генерального штаба Германской империи Альфреда фон Вальдерзее. Позже он возглавил все коалиционные силы в Китае.
Кровопролитие продолжалось. Ихэтуани атаковали Хайлар. В ответ на это 20 июля (2 августа по н. ст.) русские войска под командованием полковника Сервианова, генерал-майора П. Ренненкампфа и генерала Нидермиллера (из Забайкалья) пересекли российско-китайскую границу и предприняли контрнаступление, в результате которого был деблокирован Харбин.
21 июля (3 августа по п. ст.). Началось общее наступление всех коалиционных сил. Экспедиционные войска (7000 русских, 3000 англичан, 2500 американцев, 800 французов; 106 орудий) под общим командованием русского генерал-лейтенанта Н. Линевича перешли в наступление на г. Пекин. Русские войска генерала Нидермиллера в двухдневном сражении (2—3,08) наголову разбили айгунскую группировку китайских войск, угрожавшую Благовещенску.
26 июля (8 августа по н. ст.). Ихэтуани попытались взять под контроль портовый город Инкоу, однако их атака была отражена гарнизоном русских солдат и двумя канонерскими лодками «Отважный» и «Гремящий».
31 июля (13 августа по н.ст.). Коалиционные войска подошли к Пекину. Первыми атаку города начали русские войска. Узнав о начале штурма укреплений русскими, японская армия тоже попыталась прорваться в город. К этому моменту, русские части уже вели уличные бои. В это время к городу подошли американцы. Они решили прорваться прямо сквозь степу, разрушив се, и попросили русских артиллеристов открыть огонь по северо-западной части степы. Однако из-за оказанного ихэтуанями и китайскими войсками сопротивления союзным войскам в город войти не удалось. В тот же день русский казачий отряд генерал-майора П. Ренненкампфа выбил ихэтуаней с перевала Малый Хинган в Маньчжурии, 4 августа взял г. Мергень, а спустя 10 дней (15 августа по ст. ст.), пройдя с боями 400 верст в 3 недели из района г. Благовещенска, город Цицикар. Отряд генерала Ранненкампфа насчитывал к этому времени 460 казаков и 8 орудий. Ему противостояли китайские части общей численностью 6700 человек под командованием генерал-губернатора Хейлундзянской провинции Шеу (при подходе русских частей покончил жизнь самоубийством). Вскоре после сдачи города к нему подошел большой отряд полковника (генерал-майора) Орлова (2 бат-на Забайкальского казачьего войска, 1 конно-артиллерийская батарея ЗКВ и Верхнеудинский казачий полк), взявшего за несколько дней до этого ж/д станцию Ангунь и г. Хайлар. Таким образом, правобережье р. Амур напротив Благовещенска было полностью очищено от китайских войск.
3 августа (16 августа по н. ст.) значительная часть Пекина была взята под контроль коалиционными силами, однако ихэтуани совершили наступление в Маньчжурии, вновь приблизившись к Благовещенску. 12 августа (25 августа по н. ст.) МИД Российской империи заявил, что российские войска покинут Пекин и Маньчжурию, как только там будет наведен порядок. 15 августа (28 августа по н. ст.) коалиционные войска взяли штурмом императорский дворец. Колониальные части британцев из Индии вошли в столицу последними. Цыси накануне штурма покинула императорский дворец и бежала из Пекина вместе с регентом империи в Сиань. За императрицей Пекин без боя покинули все части китайской армии.
Убедившись, что ихэтуани не в состоянии победить коалиционные войска, императрица Цыси перешла на сторону союзных держав. Она издала указ, призывавший начать расправы с ихэтуанями по всей стране. В это же время в Тяньцзинь прибыл германский экспедиционный корпус под командованием фельдмаршала А. фон Вальдерзее, назначенного командующим союзными войсками в Китае, а в Шаньхайгуане при поддержке артиллерии броненосца «Сисой Великий» высадились российские войска, которые с ходу взяли город. 17 сентября (30 сентября по н. ст.) русские части под командованием генерала Суботича заняли г. Мукден.
В октябре войска Российской империи полностью оккупировали Маньчжурию. С цинским наместником в этом регионе был подписан договор о восстановлении гражданского правления и выводе всех китайских войск из Маньчжурии. Началось восстановление разрушенной КВЖД. 26 декабря Цыси пошла на уступки странам коалиции и начала вести переговоры о мирном урегулировании конфликта.
Однако на этом вооруженное противостояние не закончилось.
Уцелевшие после подавления восстания ихэтуани проникли в Маньчжурию и объединились в «Армию честности и справедливости». Всего армия насчитывала 200 000 человек. Возглавили ее Ван Хэда и Дун И. Однако их борьба продолжалась недолго. К маю 1901 г., после череды небольших столкновений, все ихэтуани в окрестностях Пекина были ликвидированы. Однако в отдельных провинциях сопротивление продолжалось вплоть до середины 1902 г. В августе этого года русским казачьим отрядом в Маньчжурии был ликвидирован последний отряд повстанцев — 6 человек во главе с В. Хэда.
Всего в подавлении Боксерского восстания участвовало 66 000 человек: 13 200 русских, 21 000 японцев, 8400 англичан, 8200 немцев, 6800 французов, 5600 американцев, 2500 итальянцев и 500 австрийцев. Боевые операции обеспечивали корабли Русского императорского флота: эскадренные броненосцы «Сисой Великий», «Петропавловск», «Наварин»; крейсера «Дмитрий Донской», «Россия», «Адмирал Корнилов»; минные крейсера «Гайдамак», «Всадник»; канонерские лодки: «Гремящий», «Кореец», «Манджур», «Бобр», «Гиляк», «Сивуч» «Отважный»; миноносцы «№ 203», «204», «№ 206», «№ 207»; пароход стрелкового полка.
В результате восстания китайский народ и вся Цинская империя оказались в худшем положении, чем до его начала. Коалиционные силы навязали Китаю очередной неравноправный договор, названный Заключительным протоколом, или Боксерским протоколом. Протокол был подписан еще до окончания военных действий 7 сентября 1901 г. С одной стороны договор заключило Цинское правительство, с другой — США, Япония, Германская империя, Австро-Венгрия, Российская империя, Великобритания, Франция, Италия, Испания, Бельгия и Нидерланды.
