19 декабря 1834 года Лазарев был окончательно утвержден в должности командующего Черноморским флотом. Начальником штаба флота он определил своего друга и сослуживца А.И. Авинова, а когда тот стал болеть, подыскал ему достойную замену в лице ВА Корнилова П.С. Нахимов в это время тоже успешно продвигался по служебной лестнице, командуя кораблями, а потом и корабельными соединениями.
Новый командующий, прежде всего, доложил Министерству о необходимости срочно восполнить убыль в стареющих судах и в связи с этим ходатайствовал о развитии подрядной постройки или вольнонаемного труда при сооружении кораблей на казенных верфях. В ответ Николай I потребовал строить за счет штатных ассигнований ежегодно по линкору и в 2 года по фрегату, а по дополнительным суммам — в течение 4-х лет еще по линкору. Так началось возрождение Черноморского флота из грейговского небытия.
Отметим, что первым делом, которым занялся Лазарев, став главным командиром Черноморского флота и портов, было т.н. парусиновое дело. Дело в том, что используя свою отдаленность от столицы, Грейг выстроил собственную схему закупки корабельной парусины на единственном тогдашнем производителе этого продукта — Александровской мануфактуре. В отличие от Балтийского флота, который закупал там достаточно качественную парусину по фиксированной государственной цене, Черноморский флот в лице Грейга и Критского закупал на той же Александровской мануфактуре самую худшую по качеству парусину (т.е. фактический брак) по рыночным ценам. Не надо быть семи пядей во лбу, чтобы понять, что при данной схеме существовала отлаженная система взаимных финансовых откатов. Из личного письма М.П. Лазарева о качестве закупаемой Грейгом парусины: «Надеюсь, что года через два прежней парусины более на флоте не останется — так была редка, что сквозь парус можно было брать высоту солнца, и так слаба, что беспричинно рвалась». Помимо этого Грейг организовал и собственную небольшую парусную мастерскую некоего Вольфа (компаньона M Серебряного), который также получал от главного командира немалые денежные суммы. Но производимая Вольфом парусина, несмотря на свою астрономическую стоимость, оказалась еще хуже Александровской. Из отчета командира линейного корабля «Норд Адлер» капитана 1-го ранга И.И. Сторжевского: «У самых швов так растягиваются, что начинают сначала сквозить, или, как будто, дыры по швам покажутся. А после немедленно по сим местам рвутся». Через некоторое время «парусиновый» проект Грейга и Лии окончательно лопнул
Из воспоминаний адмирала И.А. Шестакова: «Лазарев, назначенный главным начальником флота, застал его (Черноморский флот. — В.Ш.) отдыхавшим на лаврах последней турецкой кампании. Насколько отдых этот был основателен, известно уже из истории; что он был положительно вреден, как всякий продолжительный отдых, доказала Босфорская экспедиция 1833 года. Ее значение и цель наших морских сил на юге выказались осязательно, но вместе с тем уяснилась необходимость всегдашней готовности, вечного бодрствования, на которые тогдашний личный состав и состояние материальной части никак не дозволяли рассчитывать. Опыт в подчиненном положении, где недостатки усматриваются легче и удобнее, в особенности знакомство с личностями не в тумане канцелярской атмосферы, а на доступном безошибочной оценке поле живой действительности, приобретенные адмиралом во время командования Босфорской экспедицией, утвердили его взгляд и укрепили решимость изменить совершенно существовавший порядок. Он провел эту решимость до конца, не останавливаясь с препятствиями, не колеблясь в мерах и стоически вынося оскорбления из Петербурга, на которые не скупились в начале предпринятой им реформы. Когда дело наладилось, когда убедились, что перемены не были безотчетным взметом новой метлы, а указывались насущной необходимостью, положение деятеля изменилось, и ему протягивали дружескую руку помощи; но вначале тьма препятствий остановила бы человека иного закала.
Усовершенствование материальной части не представляло затруднений. Познания и ревность при данных правительством средствах скоро подвинули дело, в котором адмирал находил истинное наслаждение и отдохновение душе, болевшей от интендантских и канцелярских уязвлений. Не в кораблях и адмиралтействах было главное и труднейшее дело. В величественные массы, в затейливые механизмы нужно было вдунуть дыхание жизни, провести в них электрический ток, одарить их силой мысли, духом ревности. Предстояло создать людей.
Прискорбны гонения вообще, в особенности — поднимаемые на целые сословия, общества или расы. Но если крепко сплотившаяся ассоциация упорно держится привычек, вредящих общей пользе, если, слепая к новым требованиям, она отвергает прогресс только потому, что им изменяется существующее, если, вдобавок, за упорство и недвижимость закоснелых староверов может в будущем пострадать государство, общественному деятелю, крепкому убеждением и преданностью родине, никто не может вменить в преступление ожесточенной борьбы с подобными элементами. Он не должен поступать иначе; грустная доля жертвовать многими в его положении осветляется уверенностью, что обеспечивается польза и спокойствие всех. Наряду с усилиями по возрождению флота, вместе с приглашениями прежних сослуживцев прийти помочь ему в многотрудном деле, Лазарев начал преследовать греческий элемент тем с большей ревностью, что нестрогие принципы местного греческого общества возмущали его как человека».
Из письма Лазарева тех лет: «Я попался в сети, крайне для меня неприятные, тем более, что должность береговая, и черт знает, что еще. Вот третий уже год, что флот здесь не ходил в море, и бог знает от каких причин. А сегодня Севастополь вообще так пуст, что хоть шаром покати — ни одной сажени веревки, ни одного дерева, чтобы сделать стеньгу или марс-рей. Предвижу много преград, но бесполезным быть не хочу».
Из высказываний Истомина: «Для всех носивших морской мундир Лазарев казался божеством».
Из высказываний Нахимова: «За год пребывания Лазарева в Черноморском флоте команды кораблей научились выполнять сложные операции с парусами менее чем за 3 минуты вместе прежних 17-ти минут. Матрос есть главный двигатель на корабле, а мы только пружины, которые на него действуют, — говорил он».
Интересно, почему наши историки всегда с завидным упорством приписывают последнюю фразу Нахимову, в то время как он сам указал ее истинного автора?
Журнал «Русский архив» № 2 за 1881 год писал: «Считая необходимостью здоровому духу дать здоровое тело, Лазарев безотлагательно приступил к улучшенному кораблестроению. Тяжела была борьба его с установившимися подрядными порядками. Евреи и инженеры, как свидетельствует переписка, возбуждали в нем неодолимую энергию для борьбы, и в скором времени Лазаревское адмиралтейство стало образцовым. Из недр этого адмиралтейства за восемнадцатилетнее управление Черноморским флотом вышел определенный комплект линейных судов, в том числе 14 кораблей и 6 фрегатов. Суда эти, отличаясь прочностью и изяществом отделки, обращали на себя внимание не только соотечественников, во и чужеземцев. Быстрый рост морской силы на юге России уже возбуждал ревнивые опасения всемирных мореплавателей; велика должна была быть их затаенная радость в сознании, что недостаток денежных средств лишит Лазарева возможности довести дело не до конца, определенного положенными штатами, а до конца, намеченного его государственным умом. Замечательный хозяин, Лазарев, высчитывая ограниченные средства, отпускаемые на кораблестроение, считает грехом рисковать хотя бы ничтожною суммою; прислушиваясь к мнениям иностранных знатоков и приглядываясь к их опытам, Лазарев боится еще не вполне определившихся достоинств винтового двигателя и стоит за колесные пароходы. Страх ошибки и непроизводительной затраты сдерживает его порывы; холодный расчет и знание ответственности пред государем и родиной в расходовании народных денег заставляют его принимать только то, что уже не подлежит сомнению. Но и колесные пароходы большого ранга не даются Лазареву. Недостаток средств кладет преграду его деятельности! Для постройки судов сооружены адмиралтейства в Николаеве и Новороссийске, и вырабатывается план и приготовляется место для такового же в Севастополе. Этому последнему не суждено, однако, было возникнуть при жизни Михаила Петровича; но по смерти его, по высочайшему повелению, оно названо Лазаревским. По свидетельству лиц, составлявших лазаревский некролог, Гидрографическое депо, почти не существовавшее в 1833 году, приведено в состояние, согласное требованиям времени; в нем выгравировано много прекрасных карт, напечатано много правил, положений, руководств, лоций и других книг, относящихся до морского искусства; из них издание атласа Черного моря можно назвать трудом совершенным и изящным. Параллельно со специальными работами по флоту идут классические постройки в Севастополе, и ни одна мелочь не ускользает от внимания главного руководителя. Дважды воздвигается библиотека для морских офицеров — сначала в 1844 году, а потом, по истреблении пожаром, в 1849-м. Приводится к окончанию капитальная постройка севастопольских доков; строится в античном, греческом, стиле церковь Петра и Павла, дом Морского собрания, девичье училище и т.п. Укрепленный Севастополь растет год от году и служит предметом общего удивления. Адмирал все недоволен, и шире, шире растут его замыслы, уже подтачиваемые в корне смертельною болезнью».