Английский торговый агент и дипломат А. Дженкинсон, посетивший Вологду в 1566 году, характеризовал ее как большой город, который раскинулся уже по обоим берегам реки: «Дома построены из еловых бревен, они квадратной формы, без каких-либо железных или каменных частей, крыты берестой или тесом поверх ее. Все церкви деревянные, по две на каждый приход, одна, которую можно топить зимою, другая летняя».
При Иване Грозном в городе начинается строительство каменного детинца — кремля и собора. Идея превращения этого крупного торгово-ремесленного центра Севера, стоящего на путях к Белому морю, в сильную крепость объясняется внутригосударственной политикой Ивана Грозного. Стремясь ликвидировать последние остатки политической раздробленности, он устанавливает в 1565 году опричнину. В этот выделенный и обособленный «государев удел» среди прочих городов была включена и Вологда.
Вероятно, царь задумал создать здесь большой архитектурный комплекс типа кремля, превратив его в свою северную резиденцию. Уже в первый свой объезд новых «опричных» владений в конце 1565 года Иван Грозный «заложил город Вологду камен, и повеле рвы копати и подшву бити, и [на] городовое здание к весне повеле готовити всякие запасы». На протяжении 1565–1571 годов он неоднократно и подолгу жил в городе, занимаясь различными государственными делами, ведя дипломатические переговоры, а также наблюдая за строительством.
Кремль возводили не в районе старого центра Вологды, возле «Ленивой площадки», а на новом месте, стратегически более выигрышном, — ниже по течению реки, при впадении в нее речушки Золотухи. Всеми градостроительными работами руководил один из выдающихся русских инженеров XVI века (согласно летописи «родом литвин») Размысл Петров, зарекомендовавший себя еще при взятии Казани. Одновременно шло сооружение огромного каменного городского собора.
Разразившаяся по всей Руси в 1571 году эпидемия — «мор велик», докатилась и до Вологды. Иван Грозный спешно отбыл в столицу. По образному выражению местного летописца, «того ради великий государь изволил итти в царствующий град Москву, и тогда Вологды строение преста». Последовавшая вскоре ликвидация опричнины, очевидно, изменила замыслы Грозного в отношении Вологды. Кремль так и остался недостроенным.
Местные легенды и предания по-своему объясняют быстрый и неожиданный отъезд царя из Вологды. Народная фантазия окружила реальные события многими вымышленными, но удивительно красочными поэтическими подробностями, приписав отъезд «несчастливому» осмотру Грозным нового собора. Вот как об этом повествует одна из старинных песен.
Посреди града он церковь склал,
Церковь лепую соборную,
Что во имя божьей матери,
Ея честного успения:
Образец он взял с московского
Со собору со Успенского.
А как стали после свод сводить,
Туда царь сам не коснел ходить,
Надзирал он над наемники,
Чтобы божий крепче клали храм,
Не жалели б плинфы красныя
И той извести горючия.
Когда царь о том кручинился,
В храме новоем похаживал,
Как из своду туповатова
Упадала плинфа красная,
Попадала ему в голову,
Во головушку во буйную,
В мудру голову во царскую.
Тут наш Грозный царь прогневался,
Взволновалась во всех жилах кровь,
Закипела молодецка грудь,
Ретиво сердце взъярилося,
Выходил из храма нового,
Он садился на добра коня,
Уезжал он в каменну Москву,
Насон-город проклинаючи.
К XVI веку Вологда становится также крупнейшим церковно-духовным центром Севера. Здесь ведется обширное летописание, составляются жития святых, записываются различные сказания и т. д. В начале века при дворе епископа Филофея была создана Вологодско-Пермская летопись, содержащая одну из древнейших редакций выдающегося произведения — «Сказания о Мамаевом побоище» — и особую редакцию «Повести о стоянии на Угре» в 1480 году. Основанная еще в 1492 году, в противовес новгородской епископии, Вологодско-Пермская епархия в «опричные» годы принимает «под свое крыло» Двину, Вагу и Каргополь, распространяя свою власть на громадную территорию.
Следующий период истории Вологды связан с событиями польско-шведской интервенции. До 1608 года из города посылались деньги и ратные люди «московскому воинству», но когда чужеземцы появились под его стенами, жители города стали непосредственными участниками военных событий. Вражеские отряды периодически грабили, жгли, разоряли посады, города и окрестные села. В первый раз поляки захватили Вологду в результате измены воеводы.
Однако население города, «схватив воеводу и дьяка Ковернева, всех поляков и пленных, отрубили им головы и трупы бросили в реку Золотуху, где их пожирали свиньи и собаки».
Через некоторое время к Вологде вновь подступили отряды интервентов. Для защиты от неприятеля по инициативе вологжан было спешно собрано ополчение северных городов — Великого Устюга, Сольвычегодска, Тотьмы и др. Разбив противника под Вологдой, северное войско двинулось на выручку Костромы, Галича, Ярославля. Но все же в 1612 году из-за оплошности военачальников и горожан Вологда была снова разграблена и выжжена. Успокоенные известиями об успехах ополчения, упившиеся «на радостях» стрелки не смогли оказать сколь-либо серьезного сопротивления отряду интервентов. «Все делалось хмелем. Пропили город Вологду воеводы», — писал архиепископ Сильвестр князю Пожарскому в Москву. «Сентября 22 польские и литовские люди с черкесами и казаками и русскими ворами, пришед на Вологду, безвестно, изгоном и всяких людей посекли, церкви и престолы разорили и город и посады выжгли до основания».
Отстроившийся и оправившийся от страшных бедствий интервенции город в 1632 году «опричь дальних посадов погоре». В 1654 году тяжелый «мор» постиг население Вологды. Во избавление от «моровой язвы» по обычаю тех лет вологжане за одни сутки возвели деревянную церковь Спаса — «Спас обыденный».
Дальнейшая жизнь города, как бы сполна получившего свою долю несчастий, протекала мирно и не примечательна какими-либо внешними событиями.
Значение Вологды с конца XVII века заметно уменьшается. С построением Петербурга Вологда оказывается в стороне от торговых путей и превращается в заштатный провинциальный город.
В исторически сложившейся планировке и застройке города принято различать четыре основные части, на которые прежде подразделялась вся его территория — Город, Верхний и Нижний посады и Заречье (илл. 2).
