Разобрался Филарет и с делом Дионисия, призвав на помощь патриарха Феофана, сведущего в греческих книгах. Тот подтвердил правоту Дионисия, который с честью был отпущен в монастырь. Зато келарь Авраамий Палицын был сослан на Соловки, где и умер в 1627 году, оставив после себя «Сказание», где с превеликим усердием описывал собственные несуществующие подвиги.
Князь Дмитрий Тимофеевич Трубецкой, претендовавший на владение царской волостью, был сослан воеводой в Тобольск.
Вновь были подкреплены царским указом права Дмитрия Михайловича Пожарского на владение вотчинами. К Пожарскому Филарет, а следовательно, Михаил относились с подчеркнутым уважением. В 1619 году он был назначен начальником Ямского приказа, ведал сбором налогов в казну. С 1620 по 1624 год он служил воеводой в Новгороде, где требовалось навести порядок после шведской оккупации. Для приостановления разгула разбойничьих шаек Пожарского назначили начальником Разбойного приказа, а в тридцатые годы он поочередно руководил Поместным и Судным приказами.
В 1624 году Михаил женился на дочери князя Владимира Тимофеевича Долгорукого Марии. Дружкой жениха на свадьбе был Дмитрий Пожарский. Брак оказался неудачным — молодая царица неожиданно заболела на следующий день после свадьбы и умерла через три месяца. В 1626 году Михаил женился вновь, на незнатной дворянке Евдокии Лукьяновне Стрешневой, будущей матери царевича Алексея. Боясь новых придворных козней, ее ввели во дворец только за три дня до свадьбы, и снова дружкой царя был князь Пожарский.
Во время двойного управления отца и сына на Руси постепенно устанавливалась мирная, спокойная жизнь. Для справедливого определения сбора податей, пошлин и других повинностей была проведена перепись населения, зафиксированная в писцовых книгах. При помощи иностранных специалистов стала развиваться отечественная промышленность, были заведены железоделательные, стекольные, кожевенные и кирпичные заводы. Развивалось фруктовое, цветочное и аптекарское садоводство, во дворцовых садах появилась новинка — заграничные розы. В Немецкой слободе Москвы проживало более тысячи семей иностранных специалистов.
Потерявшая значительную часть своих владений на западе, Россия усилила свое влияние на востоке. Кроме служилых, преимущественно казаков, ядро тогдашнего русского населения в Сибири составляли пашенные крестьяне, которые набирались из добровольцев — вольных, гулящих людей. Им давали земли, деньги на подмогу и льготы на несколько лет. Эти пашенные крестьяне обязывались пахать десятую часть в казну, и этот хлеб, называемый десятинным, шел на прокормление служилых людей.
Патриарх, который еще в молодости тайком учил латынь и увлекался чтением римских авторов, заботился о развитии российской культуры. Им была учреждена в Чудовом монастыре греко-латинская школа, выпускники которой были призваны исправлять церковно-богослужебные книги. На Никольской улице была вновь выстроена типография.
Истекал срок Деулинского перемирия, и Россия активно готовилась к войне. Двум иностранным офицерам, полковнику Лесли и подполковнику Фандаму, было поручено нанять за границей полк ратных людей разных наций, но только не католиков, с платою вперед на четыре месяца. Ими же были куплены десять тысяч мушкетов с фитилями, порох, ядра и металлические полосы для ковки сабель.
В апреле 1632 года скончался польский король Сигизмунд. В России решили воспользоваться междуцарствием. Был созван Земский собор, который постановил отомстить полякам за прежние неправды и отнять города, захваченные ими у русских. Князю Дмитрию Михайловичу Пожарскому вновь был поручен сбор средств для выдачи жалованья ратникам.
Начальство над главным войском в тридцать две тысячи человек (всего в русском войске было шестьдесят шесть тысяч ратников и сто пятьдесят восемь орудий) было поручено князьям Черкасскому-Мастрюкову и Борису Лыкову, но из-за взаимных обвинений обоих рассорившихся бояр отставили от воеводства.
Вместо Черкасского царь назначил Михаила Шеина, а на место Лыкова — Пожарского. Однако Дмитрий Михайлович, изнуренный частыми припадками, вынужден был отказаться. Вместо него вторым воеводой назначили его старого сослуживца по ополчению Артемия Измайлова.
Когда герой смоленской обороны Михаил Шеин был приглашен в связи с его назначением к государю, он разразился бурными упреками в адрес бояр, заявив царю, что «его службы выше всех перед всею его братьею боярами; что его братья бояре, в то время как он служил, многие по запечью сидели, и сыскать их было нельзя».
Царь на эту дерзкую речь старого воеводы ничего не ответил, промолчали и слушавшие Шеина бояре, однако злобу на него затаили.
Поначалу поход складывался удачно для русского войска. В декабре армия Шеина подошла к Смоленску, однако штурм успеха не принес. Оставалось надеяться, что польский гарнизон, не выдержав голода, сдастся на милость победителей. Осада длилась восемь месяцев, и поляки действительно уже было решились начать переговоры о сдаче, как вдруг под Смоленском появился с двадцатидвухтысячным войском Владислав, избранный к тому времени королем. Еще до того польским дипломатам удалось натравить на Русь крымских татар. Москва срочно готовилась к обороне. В июле 1633 года татары прорвали оборону русских на Оке, вышли к Серпухову, а затем неожиданно повернули, минуя Каширу, в рязанские земли. Однако угроза нападения на Москву еще не миновала, и поэтому помощь Шеину новыми силами оказать было невозможно.
А Шеину с Измайловым приходилось туго. Часть войска — дворяне из южных мест — покинула войско, чтобы защитить свои поместья от набега татар. Королевские войска захватили Дорогобуж, где находился обоз русского войска, оставив его без продовольствия. Заняв высоты вокруг расположения русского лагеря, поляки открыли артиллерийскую пальбу, вынудив воинов искать спасения за бревенчатыми стенами выстроенного острожка. Теперь сам Шеин оказался в осаде. Наступила осень, многие болели и умирали от голода и холода. Шеин слал отчаянные письма в Москву с просьбой о помощи. Однако в это время скончался патриарх Филарет, и влияние бояр на царя вновь непомерно возросло. Они решили отомстить обидчику Шеину. Заверяя его о скорой помощи, дума в то же время медлила с приказом идти под Смоленск армии, стоящей в Можайске, придумывая все новые и новые отговорки. Так, 2 февраля 1634 года они послали в Можайск князя Волконского советоваться, как бы поскорее помочь Шеину. Воеводы ему ответили, что они только того и ждут, готовы идти на помощь не мешкая. В Москве похвалили их за такие мысли и 8 февраля прислали долгожданное указание идти к Смоленску, но… предварительно соединившись с воеводами Ржева и Калуги. Пока шла эта переписка, Шеин вынужден был сдаться. Это случилось 16 февраля. Оставив противнику все пушки и повергнув к ногам победителей свои знамена, русские были вынуждены, осыпаемые грубыми насмешками, пройти сквозь строй врагов и пешими брести к Можайску. Королевское войско не последовало за ними. Владислав осадил крепость Белую, но так и не сумел ее взять. Из Польши пришли тревожные известия о готовящемся вторжении турок. С севера шведы угрожали захватить Пруссию, денег на жалованье войску не осталось, и Владислав запросил мира.
