В первые часы 1 января 1994 года — дня, когда вступал в силу договор о НАФТА, — возникшие из ночного тумана и небытия истории тысячи вооруженных индейцев в масках занимают семь муниципальных центров Чьяпаса, включая главный туристический город штата — Сан-Кристобаль-де-Лас-Касас. Восставшие называют себя Сапатистской Армией Национального Освобождения, объявляют войну мексиканскому правительству и обязуются соблюдать международное законодательство о ведении военных действий. Восстание на юге Мексики становится информационной бомбой. Пока власти и мир пребывают в состоянии полной растерянности, сотни вооруженных и едва говорящих по-испански индейцев беседуют на улицах Сан-Кристобаля с удивленными туристами и горожанами. В словах восставших нет призывов к мести или ненависти. Их поведение, их взгляды и их слова значат одно — «Мы здесь». «Мы пришли». «Мы существуем». «Что вы дальше с этим будете делать?!». Единственный метис среди восставших, которого его товарищи называют субкоманданте Маркосом, — военный командир армии. Все въездные пути в город перекрыты сапатистами. Никого не впускают и никого не выпускают. Одна из туристок возмущается тем, что у нее срывается уже оплаченный тур к руинам города майя Паленке, находящимся поблизости. «Извините за неудобства, но это революция», — отвечает ей Маркос.
На следующий день, оправившись от неожиданности, федеральные войска атакуют Сан-Кристобаль и другие города штата, захваченные восставшими. В большинстве случаев, избегая прямых столкновений с войсками, сапатисты отходят в горы. В этот же день, 2 января отборные подразделения САНО атакуют казармы федералов в Ранчо-Нуэво, чтобы отвлечь основные силы противника и прикрыть отход своих товарищей. Бронетехника федералов направляется к индейским общинам, и авиация начинает бомбежки сельвы. На улицы Мехико и других городов страны стихийно выходят сотни тысяч людей, требуя от правительства прекращения бойни и начала переговоров. Имидж правительства, уничтожающего своих индейцев, оказывается для президента слишком дорогой ценой за военные успехи, и 12 января он заявляет об одностороннем прекращении огня, издает закон об амнистии для всех восставших и, получив от сапатистского руководства категорический отказ, соглашается на начало переговоров о мире. К этому моменту в национальной и международной прессе и Интернете уже циркулируют первые декларации и интервью сапатистов, объясняющие причины и цели восстания.
С 21 февраля по 2 марта 1994 года в соборе Сан-Кристобаля при посредничестве городского епископа Самуэля Руиса проходит мирный диалог между командованием САНО и представителем правительства Мануэлем Камачо Солисом. Диалог заключается в передаче властям требований восставших и получении ответа и предложений правительства для их обсуждения в общинах.
12 июня 1994 года, после их обсуждения во всех гражданских общинах, САНО отвергает условия правительственных предложений о мирном урегулировании конфликта, однако при этом она обязуется соблюдать соглашение о прекращении огня и созывает Гражданскую Демократическую Конвенцию, для проведения которой в сельве, в районе селения Гуадалупе-Тепейак строится первый Агуаскальентес — нечто наподобие центра для контактов с гражданским обществом. Цель Конвенции — встреча всех демократических сил страны для создания широкого единого социального движения для свержения диктатуры ИРП. Гражданская Демократическая Конвенция проходит с 6 по 9 августа, в ней участвуют около семи тысяч делегатов со всей страны.
19 декабря в обход военных застав и КПП сапатисты прорывают кольцо военного окружения и мирно занимают позиции в новых селениях, которые раньше находились вне зоны конфликта.
В феврале 1995 года начинается новый раунд переговоров между правительством и САНО. Тем не менее, 9 февраля, в нарушении договора о прекращении огня, федеральные силы неожиданно атакуют Гуадалупе-Тепейак — место, где расположен генеральный штаб сапатистов, с целью физического уничтожения руководства движением. Войска разрушают Агуаскальентес, библиотеку, школы и жилища и оккупируют часть повстанческих общин. САНО отступает в горы. Вместе с ней в горы, спасаясь от репрессий военных, уходят более 30 тысяч гражданских жителей. Одновременно с военным ударом, правительство «разоблачает» «настоящую личность Маркоса»: это Рафаэль Себастьян Гильен Висенте, 39 лет, выходец из семьи торговцев мебелью города Тампико, закончивший философский факультет Мексиканского национального автономного университета (УНАМ), бывший, до ухода в подполье, преподавателем теории коммуникационных технологий Столичного автономного университета.
В апреле 1995 года в поселке Сан-Андрес-Ларраинсар, переименованном сапатистами в Сакамч’ен-де-лос-Побрес, возобновляются переговоры между сапатистами и правительствам. Повстанческую делегацию возглавляет команданте Тачо. Переговоры продолжаются в течение десяти месяцев, в работе обеих сторон участвуют советники и специалисты самой разной политической ориентации. Подписанные САНО и федеральным правительством первые «соглашения Сан-Андреса», предполагающие изменение конституции Мексики и признания в ней прав и культуры индейских народов, а также права на автономию и самоуправление индейских общин и населяемых ими территорий, так и остались на бумаге, и их существование просто игнорируется нынешними властями.
С 27 августа по 3 сентября 1995 года САНО проводит национальную и международную консультацию по поводу методов своей борьбы. На их вопросы отвечает более миллиона человек в Мексике и более ста тысяч за границей. Большинство опрошенных требуют от правительства и сапатистов поиска мирного решения конфликта и заявляют о своей поддержке требований восставших.
1 января 1996 года создается Сапатистский Фронт Национального Освобождения — общенациональная гражданская организация, выступающая с теми же требованиями, что и САНО, но легально и без оружия.
С 27 июля по 3 августа 1996 года САНО проводит на территории пяти новых сапатистских Агуаскальентес Первую Межконтинентальную Встречу за Человечество и против Неолиберализма. В ней участвуют более 5 тысяч делегатов из 42 стран. На встрече принято решение о создании всемирной сети за человечество и против неолиберализма для поддержания связи и обмена опытом между различными участниками сопротивления «новому мировому порядку».
В 1997 году усиливается военное давление на сапатистские территории: с одной стороны, продолжается милитаризация Чьяпаса, а с другой, — власти и местные отделения ИРП проводят подготовку ультраправых боевиков из соседних с сапатистскими «традиционных» общин с тем, чтобы спровоцировать столкновения между индейцами и создать повод для вмешательства армии.
В сентябре САНО отправляет в Мехико 1111 сапатистов для встреч с гражданским обществом и независимыми организациями. Цель этих встреч — организация мирных мобилизаций с требованием выполнения договоров Сан-Андреса, демилитаризация Чьяпаса и освобождение десятков заключенных сапатистов.
Официальные власти все чаще говорят о необходимости «восстановления национального суверенитета» над сапатистскими территориями. Боевики регулярно убивают представителей гражданских сапатистских властей и угрожают иностранным наблюдателям. Жители многих сапатистских селений под давлением боевиков вынуждены бежать из родных мест в лагеря для беженцев, находящиеся под контролем международного Красного креста и неправительственных организаций. 4 ноября, накануне визита Папы Римского, происходит покушение на епископа Сан-Кристобаля Самуэля Руиса — последовательного защитника прав индейцев и через два дня — на его сестру.
22 декабря, несмотря на все предупреждения и заверения властей о «полном контроле над ситуацией», ультраправые боевики учиняют в деревушке Актеаль бойню, жертвами которой становятся 45 человек, в большинстве своем женщины и дети. Расправа длилась больше 6 часов, все это время в 200 метрах от места трагедии находилась полиция, вмешавшаяся только после окончания бойни, чтобы… помочь преступникам спрятать трупы.
1998 год начинается в обстановке крайней напряженности. Войска, полиция и боевики продолжают нападения на гражданские общины, гибнут и пропадают без вести десятки мирных жителей, власти ведут охоту на генеральное командование САНО. Из Мексики депортируют множество иностранцев — журналистов, сотрудников неправительственных организаций и наблюдателей за соблюдением прав человека. Все они обвиняются во вмешательстве во внутренние дела страны. Пока в Мехико правительство говорит о стремлении к возобновлению диалога и отсутствии у него агрессивных намерений, федеральные силы штурмуют безоружные индейские селения, 38 танкеток по четыре раза в день проводят «военные парады» в самом центре общины Ла-Реалидад и военная авиация ведет постоянные маневры, пикируя на хижины индейцев в сельве. В течение практически всего этого года САНО пребывает в молчании, отдавая приоритет организации ненасильственных гражданских акций давления на правительство с целью выполнения договоренностей Сан-Андреса. В конце года САНО выступает с инициативой о проведении «Национальной консультации для признания индейских народов и прекращения войны на уничтожение». Одновременно с этим САНО заявляет, что в сложившейся ситуации диалог с правительством совершенно невозможен и определяет в качестве своего единственного собеседника гражданское общество.
