Достигнув желаемого, став самодержавной императрицей, Екатерина не спешила с воплощением в жизнь своих планов. Она понимала, что нельзя было пугать подданных слишком резкими движениями, необходимо было упрочить свое положение, оглядеться, выяснить стремления тех, кто возвел ее на трон и от кого она продолжала зависеть, изучить расстановку политических сил в стране. И она начала с того, с чего и следовало, — со знакомства с состоянием государственных дел. Знакомство это на первых порах не вселило ей оптимизма. Какой бы сферы управления она ни коснулась, везде дела были донельзя запущенны: казна пуста, армия давно не получала жалованья, а сенаторы не ведали о том, сколько в Российской империи городов (узнав об этом на заседании Сената, Екатерина дала служителю 5 рублей и послала в книжную лавку за атласом). К тому же бунтовали монастырские и приписные крестьяне, духовенство было недовольно секуляризацией церковных земель, а дворянство — заключенным Петром III миром с Пруссией. Очень быстро Екатерина убедилась, что для достижения тех идеальных целей, которые она провозгласила, потребуется широкомасштабная реформа всех областей государственной жизни, включая и управление.
Императрица прежде всего отменила нововведения своего незадачливого супруга и учредила ряд комиссий, которым поручила выработать законопроекты в разных областях. Этим она убивала сразу двух зайцев: и оттягивала время, и как бы передавала право подготовки реформы в руки самих подданных. Для умиротворения же крестьян был послан князь А. А. Вяземский — человек твердый и исполнительный. Ему было строго велено прежде всего разобраться в причинах волнений, постараться их устранить, договориться с бунтующими и только в крайнем случае применять силу. Вяземский успешно справился с данным ему поручением, и в результате его доклада появился указ Екатерины Берг-коллегии от 9 апреля 1763 г., в котором отмечалось, что сиятельные заводчики приписывали к своим предприятиям самых лучших крестьян, оставляя в деревнях физически слабых, что сразу же ухудшило положение крестьян. Отягощение произошло и вследствие несправедливого распределения работы между деревней и фабрикой, причем «налог работ усмотрен столь велик, что работник того в день выработать отнюдь не может ни пеший, ни конный, что на него налагается». Далее говорилось о несправедливой зарплате, увозе крестьян на далекое расстояние от дома и их семей и прочее. Естественным следствием этого, заключала императрица, были волнения приписных крестьян, и теперь заводчикам надлежит самим с крестьянами «на некоторой договор примиретельной пойти, потому что и для самих содержателей заводов не полезно, чтоб крестьяне, приписанные к заводам, совершенно были разорены». Одновременно правительство начало выкупать заводы у крупных вельмож в казну. Эта мера на некоторое время погасила волнения приписных крестьян, но на развитии промышленности сказалась не слишком благоприятно, поскольку у государства не было достаточных средств для развития тяжелой индустрии, и уже к концу века она стала отставать от ведущих европейских стран.
Ловко играя на противоречиях в своем ближайшем окружении, Екатерине довольно быстро удалось стать достаточно независимой и получить, таким образом, возможность самостоятельно принимать решения. Она была подчеркнуто внимательна к советам, которые ей давали, сама просила о них, но следовала им, лишь когда была уверена в их правильности. Так был отвергнут проект Н. И. Панина — фактически главы оппозиции в екатерининском окружении — о создании совета при императрице, который бы значительно ограничил ее реальную власть. Но не для того она боролась за власть, чтобы сразу же расстаться хотя бы с ее частью. Несколько лет спустя совет был создан, но как чисто совещательный орган, без всяких властных полномочий.
А вот другую рекомендацию Панина Екатерина приняла. В 1763 г. по его проекту была осуществлена сенатская реформа. Необходимость коренной реорганизации Сената, этого детища Петра Великого, назрела давно. Преемники царя-реформатора то низводили его до ничтожного состояния, то вновь подымали. В результате указы Сената на местах практически не исполнялись, дела рассматривались годами, а сами сенаторы давно перестали ощущать себя коллективным alter ego государя, какими хотел их видеть Петр. В ходе реформы 1763 г. правительствующий Сенат был разделен на шесть департаментов со строго определенными функциями каждого. Во главе департаментов были поставлены обер-прокуроры, подчинявшиеся генерал-прокурору. В ведение каждого департамента передавалась определенная сфера государственного управления и конкретные государственные учреждения. Сенат по-прежнему сочетал административную, контрольную и судебную функции, хотя номинально лишился функции законодательной. В результате реформы он стал работать оперативнее и квалифицированнее. На некоторое время проблема реформы центрального управления потеряла былую остроту. И лишь в последнее десятилетие своей жизни Екатерина вновь вернулась к идее реформы Сената, подготовила обширный проект, но реализовать его так и не успела.
Другая проблема, решение которой откладывать было невозможно, была связана с церковными имениями. 12 августа 1762 г. Екатерина своим указом ликвидировала созданную Петром III Коллегию экономии и вернула духовенству его вотчины и крестьян. Но проблема осталась. Во-первых, сам факт владения Церковью подобными богатствами не вписывался в екатерининскую концепцию идеального государства, не соответствовал ее взглядам на роль Церкви. Во-вторых, государство остро нуждалось в деньгах, и через секуляризацию церковных земель можно было быстро пополнить казну. Наконец, в-третьих, взаимоотношения между крестьянами и монастырскими властями обострились как никогда прежде, и государство вынуждено было вмешиваться, чтобы уладить конфликты. И это было использовано как очень удобный предлог. Государство как бы говорило Церкви: или справляйтесь с крестьянами сами, или отдайте их мне, а на то, чтобы всякий раз посылать для их усмирения воинские команды, у меня средств нет.
У Екатерины необходимость секуляризационной реформы, видимо, никогда сомнений не вызывала, она лишь собиралась провести ее постепенно, когда улягутся страсти вокруг поспешных преобразований ее мужа. Уже два месяца спустя после ликвидации Коллегии экономии она создает Комиссию о духовных имениях во главе с Г. Н. Тепловым — человеком деятельным, способным, преданным и довольно циничным. К концу года комиссия Теплова представила императрице «Мнение о монастырских деревнях». 12 мая 1763 г. Коллегия экономии была восстановлена, но не для того, чтобы конфисковать церковные владения, а формально лишь для того, чтобы их описать. Комиссия между тем работала над проектом реформы, который был готов в начале 1764 г. Екатерина приняла его благосклонно и 26 февраля подписала манифест, по которому все монастырские вотчины вновь оказались в ведении Коллегии экономии, то есть государства. А поскольку монахи теперь перешли на содержание государства, все епархии и монастыри в них были разделены на три класса, в соответствии с которыми устанавливалось и число монастырей в каждой епархии и число монахов в них. Лишние монастыри выводились «за штат». Находившиеся в них монахи должны были или перейти в другие монастыри, или оставались доживать свой век, кормясь подаянием. Общее число монастырей сократилось в три с лишним раза. Среди них были и такие, чьи постройки представляли собой историческую или культурную ценность и в результате запустения погибли. Но в XVIII в. о сохранении памятников архитектуры еще не задумывались.
Секуляризационная реформа имела и иные последствия. Государство поправило свои денежные дела, обложив около миллиона вышедших из крепостной зависимости крестьян полуторарублевым налогом. Но главное, реформа окончательно лишила Православную Церковь какого-либо политического значения, поставив ее в финансовую зависимость от государства. Таким образом был приобретен и еще один важный рычаг регламентации духовной жизни общества. Ограничивая жесткими рамками количество подданных, имеющих право посвятить себя Богу, государство тем самым определяло и место Церкви в социально-политической системе. Секуляризация церковных земель означала продолжение секуляризации общества в целом. Духовенство же окончательно превращалось в один из отрядов чиновничества. Именно в этом видела его роль и Екатерина, и впоследствии, занимаясь созданием в России полноценных сословий, она никогда не пыталась сделать таковым духовенство.
Избранная Екатериной тактика постепенных реформ принесла плоды: секуляризация, так дружно принятая в штыки при Петре III, теперь почти не вызвала в обществе протеста. Единственным, кто осмелился поднять против нее свой голос, был архиепископ ростовский Арсений Мациевич, утверждавший, что даже татарские завоеватели не обращались с Церковью так жестоко, как екатерининское правительство. Арестованный по приказу Синода, он был допрошен в присутствии императрицы, наговорил ей дерзостей, от которых она даже зажала уши, был лишен сана и сослан в дальний монастырь. Позднее, когда Арсений — талантливый проповедник — распропагандировал тамошних монахов, его и вовсе расстригли и под именем Андрея Враля отправили в Ревель.
