Примерно один раз в три месяца Елизавета лично присутствовала на заседаниях конференц-министров, которые в таких случаях старались добиться от нее решения наиболее важных дел. В числе их был вопрос о секуляризации монастырских земель, возобновленный в связи с трудностями военного времени. Непосредственным поводом для этого послужили отказы монастырских властей принимать «для пропитания" отставных офицеров и солдат, как было принято еще с петровского времени. Восемнадцатого января 1757 года Елизавета строго указала определять отставных в монастыри, „не чиня ни малейшего в содержании их оскорбления под опасением… тяжкого гнева и штрафа“. Проявленное императрицей недовольство было использовано конференц-министрами, сумевшими увязать вопрос об оставленных без приюта ветеранах с необходимостью введения светского управления в монастырских вотчинах. Тридцатого сентября того же года на заседании Конференции Елизавета Петровна приняла решение об установлении контроля над доходами русской Церкви и отчислении из них средств на создание „инвалидных домов". Она распорядилась также передать монастырские имения под управление отставных офицеров, «дабы духовный чин не был отягощаем мирскими попечениями“. При Елизавете эти указания осуществить уже не удалось, но они стали юридической основой для решительных секуляризационных мер Петра III.
Императрица присутствовала в Конференции 30 сентября 1757 года, только что оправившись после сильного приступа болезни. Восьмого сентября в Царском Селе она упала в обморок и более двух часов оставалась в бесчувственном состоянии, а потом в течение нескольких дней с трудом владела языком. Болезнь Елизаветы, казавшаяся смертельной, заставляла многих сановников задумываться о будущем. Активнее других оказался А.П. Бестужев-Рюмин, который сделал ставку на Екатерину и разработал проект ее воцарения в обход Петра Федоровича, хотя сама она в то время больше рассчитывала стать соправительницей мужа. Друг канцлера Апраксин оттягивал решительные действия против Пруссии, предполагая изменения внешнеполитического курса страны в случае смерти Елизаветы Петровны. Бестужев в своих письмах главнокомандующему убеждал его не откладывать начало кампании и для большей убедительности попросил Екатерину письменно присоединиться к этим увещеваниям. Девятнадцатого августа 1757 года русская армия одержала победу над пруссаками у деревни Гросс-Егерсдорф, но затем Апраксин начал поспешное отступление, совпавшее по времени с обострением болезни Елизаветы. Однако она поправилась и 16 октября сместила Апраксина с поста главнокомандующего, а затем отдала приказ о его аресте по обвинению в измене. В ходе следствия у него были найдены письма Бестужева и Екатерины, что дало основание для ареста канцлера 14 февраля 1758 года. Письма Апраксину не содержали ничего предосудительного, а другие бумаги Бестужев успел сжечь. Но, несмотря на отсутствие улик, следственная комиссия в составе трех врагов канцлера — Бутурлина, Трубецкого и Александра Шувалова — больше года пыталась изобличить его в государственных преступлениях. В конце концов он был обвинен в «оскорблении Величества» все на том же основании, что давал советы главнокомандующему и просил подтверждения их у Екатерины. Это было представлено так, будто бы он «вводил соправителей и сам соправителем делался", осмелившись посылать рекомендации Апраксину, словно тому мало было императорских указов о немедленном начале военных действий. Таким образом, расчет врагов Бестужева был сделан на щепетильность Елизаветы в отношении своей самодержавной власти. Комиссия приговорила обвиняемого к смертной казни, которую императрица заменила ссылкой в деревню. Екатерину Елизавета Петровна дважды допрашивала лично и, по всей видимости, не поверила в ее невиновность, но не стала ничего против нее предпринимать. Что же касается Апраксина, то он не дождался окончания следствия и умер 6 августа 1758 года.
Интриги Бестужева-Рюмина в вопросе о престолонаследии явились скорее поводом, чем причиной его падения, которое было предопределено резким изменением международной ситуации накануне Семилетней войны. Канцлер строил свою «политическую систему» на союзе с Австрией и Англией и противостоянии Пруссии и Франции. Но в январе 1756 года английский король Георг II заключил дружественный договор с Фридрихом II, после чего Австрия была вынуждена вступить в союз с Францией. Система Бестужева рухнула, но он со свойственным ему упрямством продолжал настаивать на получении Россией английских субсидий и противился ее сближению с Францией. До того времени Елизавета Петровна полностью доверяла опыту и способностям канцлера, считала его незаменимым и оберегала от нападок недоброжелателей. Она сходилась с ним во мнении о необходимости противостоять Пруссии. Но враждебное отношение Бестужева к Франции шло вразрез с симпатиями императрицы, которая следовала антифранцузскому курсу лишь в силу условий международной жизни. Теперь условия изменились, и канцлер стал помехой той политике, которую Елизавета Петровна не без основания считала разумной. Сторонники сближения с Францией во главе с Иваном Шуваловым и Михаилом Воронцовым ждали лишь повода для устранения Бестужева-Рюмина, и он по неосторожности сам его предоставил. Падение Бестужева открыло Воронцову путь к вершине карьеры: 23 октября 1758 года Елизавета произвела его в канцлеры.
Последние годы елизаветинского правления отмечены усилением должностных злоупотреблений, виновником которых современники называли Петра Шувалова. По словам М.М. Щербатова, «с возвышением его неправосудие чинилось с наглостью, законы стали презираться, и мздоимства стали явные. Ибо довольно было быть любиму и защищаему им, графом Шуваловым… чтобы, не страшася ничего, всякие неправосудия делать и народ взятками разорять. Самый Сенат, трепетав его власти, принужден был хотениям его повиноваться…». В других источниках виновниками усилившейся коррупции называются наряду с П.И. Шуваловым его друзья: генерал-прокурор Сената Н.Ю. Трубецкой и обер-прокурор А.И. Глебов. В купечестве рассуждали о том, что «челобитчики плачут на сенаторов, что праведного суда нет, все воры, а она (Елизавета. — В.Н.) только и говорит: «Что мне с Сенатом делать, что мне с Сенатом делать?» И.И. Шувалов призывал: «Всемилостивейшая государыня, воззрите на плачевное многих людей состояние, стенящих под игом неправосудия, нападков, грабежей и разорениев».
В середине 1760 года Елизавета Петровна предприняла ряд мер по устранению злоупотреблений и упорядочению кадров высших чиновников. Конференция получила распоряжение императрицы представить кандидатов на вакантные должности в государственном аппарате и подготовила соответствующий доклад. Елизавета Петровна не согласилась с рекомендациями конференц-министров в одиннадцати случаях из пятидесяти восьми. Например, она отказалась сделать членами Конференции своих фаворитов А.Г. Разумовского и И.И. Шувалова, а на должность вице-президента Мануфактур-коллегии вместо рекомендованного немца назначила по своему обыкновению русского. Елизавета сместила с прокурорских постов в Сенате Трубецкого и Глебова, назначив генерал-прокурором известного своей принципиальностью Я.П. Шаховского, который одновременно стал членом Конференции. Место обер-прокурора Сената получил ближайший друг И.И. Шувалова И.Г. Чернышев. Но снятые с должностей чиновники получили не менее почетные назначения в строгом соответствии с прежними рангами. Трубецкой занял вакантное место президента Военной коллегии и стал сенатором, а Глебов был назначен генерал-кригс-комиссаром (руководителем снабжения армии), кем до него являлся Шаховской. Сенат пополнился новыми членами, в числе которых были как личный враг П.И. Шувалова Р.И. Воронцов, так и А.И. Шувалов. В целом все эти тщательно продуманные назначения никому не дали повода для обиды, но в то же время уравновесили чрезмерное влияние Петра Шувалова и его друзей. Указ о кадровых перемещениях был подписан Елизаветой Петровной 16 августа 1760 года одновременно с указом «О употреблении Сенату всех способов к восстановлению везде надлежащего порядка и народного благосостояния». В этом императорском акте отмечалось, что «установленные многие законы для блаженства и благосостояния Государства своего исполнения не имеют от внутренних общих неприятелей, которые свою незаконную прибыль присяге и чести предпочитают… Несытая алчба корысти до того дошла, что некоторые места, учрежденные для правосудия, сделались торжищем, лихоимство и пристрастие — предводительством судей, а потворство и упущение — одобрение беззаконникам; в таком достойном сожаления состоянии находятся многие дела в Государстве и бедные утесненные неправосудием люди, о чем Мы чувствительно соболезнуем, как и о том, что Наша кротость и умеренность в наказании преступников такое Нам от неблагодарности приносит воздеяние». Сенату императрица повелевала принять меры «к пресечению общего вреда» и «все силы свои и старания употребить к восстановлению желанного народного благосостояния».
