Систематической реформе государственных учреждений Пётр не мог в эти годы уделить ни минуты внимания, так как приготовление средств борьбы занимало все его время и требовало его присутствия во всех концах государства. В старую столицу Пётр стал приезжать только на святки; здесь возобновлялась обычная разгульная жизнь, но вместе с тем обсуждались и решались наиболее неотложные государственные дела. Полтавская победа дала Петру впервые после нарвского поражения возможность вздохнуть свободно. Необходимость разобраться в массе отдельных распоряжений первых годов войны становилась все настоятельнее; и платёжные средства населения, и ресурсы казны сильно оскудели, а впереди предвиделось дальнейшее увеличение военных расходов. Из этого положения Пётр нашёл привычный уже для него исход: если средств не хватало на все, они должны были быть употреблены на самое главное, то есть на военное дело. Следуя этому правилу, Пётр и раньше упрощал финансовое управление страною, передавая сборы с отдельных местностей прямо в руки генералов, на их расходы, и минуя центральные учреждения, куда деньги должны были поступать по старому порядку. Всего удобнее было применить этот способ в новозавоеванной стране — в Ингерманландии, отданной в «губернацию» Меншикову. Тот же способ был распространён на Киев и Смоленск — для приведения их в оборонительное положение против нашествия Карла XII, на Казань — для усмирения волнений, на Воронеж и Азов — для постройки флота. Пётр только суммирует эти частичные распоряжения, когда приказывает (18 декабря 1707 г.) «росписать города частьми, кроме тех, которые в 100 в. от Москвы, — к Киеву, Смоленску, Азову, Казани, Архангельскому».
После полтавской победы эта неясная мысль о новом административно-финансовом устройстве России получила дальнейшее развитие. Приписка городов к центральным пунктам для взимания с них всяких сборов предполагала предварительное выяснение, кто и что должен платить в каждом городе. Для приведения в известность плательщиков назначена была повсеместная перепись; для приведения в известность платежей велено было собрать сведения из прежних финансовых учреждений. Результаты этих предварительных работ обнаружили, что государство переживает серьезный кризис. Перепись 1710 г. показала, что, вследствие беспрерывных наборов и побегов от податей, платежное население государства сильно уменьшилось: вместо 791 тыс. дворов, числившихся по переписи 1678 г., новая перепись насчитала только 637 тыс; на всем севере России, несшем до Петра главную часть финансовой тягости, убыль достигала даже 40 процентов. Ввиду такого неожиданного факта правительство решило игнорировать цифры новой переписи, за исключением мест, где они показывали прибыль населения (например, в Сибири); по всем остальным местностям решено было взимать подати сообразно со старыми, фиктивными цифрами плательщиков. И при этом условии, однако, оказывалось, что платежи не покрывают расходов: первых было 3134 тыс., последних — 3834 тыс. руб. Около 200 тыс. могло быть покрыто из соляного дохода; остальные полмиллиона составляли постоянный дефицит. Во время рождественских съездов генералов Петра в 1709 и 1710 г. города России были окончательно распределены между 8 губернаторами; каждый в своей «губернии» собирал все подати и направлял их прежде всего на содержание армии, флота, артиллерии и дипломатии. Эти «четыре места» поглощали весь констатированный доход государства; как будут покрывать губернии другие расходы, и прежде всего свои, местные — этот вопрос оставался открытым. Дефицит был устранен просто сокращением на соответственную сумму государственных расходов. Так как содержание армии было главной целью при введении губерний, то дальнейший шаг этого нового устройства состоял в том, что на каждую губернию возложено было содержание определенных полков. Для постоянных сношений с ними губернии назначили к полкам своих «комиссаров». Самым существенным недостатком такого устройства, введенного в действие с 1712 г., было то, что оно фактически упраздняло старые центральные учреждения, но не заменяло их никакими другими. Губернии непосредственно сносились с армией и с высшими военными учреждениями, но над ними не было никакого высшего присутственного места, которое бы могло контролировать и соглашать их функционирование. Потребность в таком центральном учреждении почувствовалась уже в 1711 г., когда Петр должен был покинуть Россию для прутского похода. «Для отлучек своих» Петр создал сенат. Губернии должны были назначить в сенат своих комиссаров, «для спроса и принимания указов». Но все это не определяло с точностью взаимного отношения сената и губерний. Все попытки сената организовать над губерниями такой же контроль, какой над приказами имела учрежденная в 1701 г. «Ближняя канцелярия», кончились совершенной неудачей. Безответственность губернаторов являлась необходимым последствием того, что правительство само постоянно нарушало установленные в 1710–1712 гг. порядки губернского хозяйства, брало у губернатора деньги не на те цели, на которые он должен был платить их по бюджету, свободно распоряжалось наличными губернскими суммами и требовало от губернаторов все новых и новых «приборов», то есть увеличения дохода, хотя бы ценой угнетения населения. Основная причина всех этих нарушений заведенного порядка была та, что бюджет 1710 г. фиксировал цифры необходимых расходов, в действительности же они продолжали расти и не умещались более в рамках бюджета. Рост армии теперь, правда, несколько приостановился; зато быстро увеличивались расходы на балтийский флот, на постройки в новой столице (куда правительство в 1714 г. окончательно перенесло свою резиденцию), на оборону южной границы. Приходилось опять изыскивать новые, сверхбюджетные ресурсы. Назначать новые прямые налоги было почти бесполезно, так как и старые платились все хуже и хуже по мере обеднения населения. Перечеканка монеты, казенные монополии также не могли дать больше того, что уже дали. На смену губернской системе возникает сам собою вопрос о восстановлении центральных учреждений; хаос старых и новых налогов, «окладных», «повсегодных» и «запросных», вызывает необходимость консолидации прямой подати; безуспешное взыскание налогов по фиктивным цифрам 1678 г. приводит к вопросу о новой переписи и об изменении податной единицы; наконец, злоупотребление системой казённых монополий выдвигает вопрос о пользе для государства свободной торговли и промышленности. Реформа вступает в свой третий, и последний, фазис: до 1710 г. она сводилась к накоплению случайных распоряжений, продиктованных потребностью минуты; в 1708–1712 гг. были сделаны попытки привести эти распоряжения в некоторую чисто внешнюю, механическую связь; теперь возникает сознательное, систематическое стремление воздвигнуть на теоретических основаниях вполне новую государственную постройку. Вопрос, в какой степени сам Пётр лично участвовал в реформах последнего периода, остаётся до сих пор ещё спорным. Архивное изучение истории Петра обнаружило в последнее время целую массу «доношений» и проектов, в которых обсуждалось почти все содержание правительственных мероприятий Петра. В этих докладах, представленных русскими и особенно иностранными советниками Петра добровольно или по прямому вызову правительства, положение дел в государстве и важнейшие меры, необходимые для его улучшения, рассмотрены очень обстоятельно, хотя и не всегда на основании достаточного знакомства с условиями русской действительности. Пётр сам читал многие из этих проектов и брал из них все то, что прямо отвечало интересовавшим его в данную минуту вопросам — особенно вопросу об увеличении государственных доходов и о разработке природных богатств России. Для решения более сложных государственных задач, например, о торговой политике, финансовой и административной реформе, Пётр не обладал необходимой подготовкой; его участие ограничивалось здесь постановкой вопроса, большею частью на основании словесных советов кого-либо из окружающих, и выработкой окончательной редакции закона; вся промежуточная работа — собирание материалов, разработка их и проектирование соответствующих мер — возлагалась на более сведущих лиц. В частности, по отношению к торговой политике Пётр сам «не раз жаловался, что из всех государственных дел для него ничего нет труднее коммерции и что он никогда не мог составить себе ясного понятия об этом деле во всей его связи» (Фокеродт). Однако государственная необходимость заставила его изменить прежнее направление русской торговой политики — и важную роль при этом сыграли советы знающих людей. Уже в 1711–1713 гг. правительству был представлен ряд проектов, в которых доказывалось, что монополизация торговли и промышленности в руках казны вредит, в конце концов, самому фиску и что единственный способ увеличить казённые доходы от торговли — восстановление свободы торгово-промышленной деятельности. Около 1715 г. содержание проектов становится шире; в обсуждении вопросов принимают участие иностранцы, словесно и письменно внушающие царю и правительству идеи европейского меркантилизма — о необходимости для страны выгодного торгового баланса и о способе достигнуть его систематическим покровительством национальной промышленности и торговле путём открытия фабрик и заводов, заключения торговых договоров и учреждения тортовых консульств за границей.