Покровительство, оказанное императором Мальтийскому ордену, грозило изменить прежние отношения. Сестренцевич знал, что орден наводнен был иезуитами, ему было известно, что после секуляризации общества Иисуса в Баварии самые отборные силы этого общества вступили в число мальтийских рыцарей, среди которых и без них было уже немало тайных иезуитов, а этого было вполне достаточно, чтобы возбудить нерасположение и недоверие епископа к державному ордену. Когда распространился в Петербурге слух о намерении графа Литты, женившись на Скавронской, остаться с разрешения папы в Мальтийском ордене, то Сестренцевич заговорил против правильности такого разрешения и тем самым навлекал на себя негодование патера Грубера, орудовавшего этим делом. Впрочем, и независимо от того война между прелатом и иезуитом велась весьма деятельно, и лица, знавшие об их взаимной неприязни, задавались вопросом, кто кого из них одолеет? Императору была очень хорошо известна эта неприязнь, и он пытался помирить их. Мир был заключен в Гатчине только для вида по воле государя, а с своей стороны иезуит продолжал по-прежнему подводить подкопы под митрополита.
Началось с того, что Грубер и его партия, в составе которой было немало приближенных к государю лиц, старались выставить Сестренцевича до того забывшимся в упоении своей духовной власти, что он осмеливается не подчиняться повелениям и указам императора. Достаточно было представить относительно этого лишь какие-нибудь, хотя и весьма слабые, доказательства, чтобы окончательно погубить прелата, но таких доказательств не находилось, и обвинение Сестренцевича по этой статье ограничилось лишь смелыми голословными наветами, которые уничтожались в глазах государя беспрекословным повиновением прелата. Тогда иезуитская партия задумала уронить его достоинство и лично наносимыми ему оскорблениями побудить его к подаче государю просьбы об увольнении. Сестренцевич умел, однако, своею твердостью сдерживать подобного рода попытки, и тогда неприятели его стали ловить каждое его слово и стараться всякое его разумное и основательное распоряжение выставлять протестом против воли государя. Они пользовались его частною и даже дружескою перепискою, отыскивая в ней поводы к обвинению митрополита, запутывали его в дела, в которых он не принимал никакого участия, лгали, клеветали на него и, чтобы выразить ему свое неуважение и пренебрежение к его епископской власти, не приводили в исполнение делаемых им по митрополии распоряжений.
После долгих, но тщетных стараний иезуитской партии удалось наконец, нанести сильный удар своему противнику. Майор д'Анзас просил прямо императора о разрешении ему вступить в брак с родною сестрою его покойной жены. Государь непосредственно от себя разрешил эту просьбу, написав между прочим в своей резолюции: «отныне я сам буду разрешать браки в недозволенных законом степенях родства». Иезуитская партия воспользовалась такою резолюцией государя и начала осыпать митрополита укорами за то, что он своею податливостью допустил такое необычное вмешательство светской власти в дела, подлежащие исключительно ведению церкви. Сестренцевич, поставленный в крайне неприятное положение, обратился за советом к князю Куракину, который, будучи настроен иезуитами, посоветовал митрополиту протестовать против резолюции, сославшись на то, что все епископы оскорблены ею. Сестренцевичу грозила уже страшная опала, но один случай не только предотвратил ее, но и доставил ему снова чрезвычайное благоволение государя.
В это время умер герцог Вюртембергский, отец императрицы Марии Федоровны. Герцог был католического вероисповедания, и Сестренцевич сделал распоряжение, чтобы во всех католических церквах была отслужена по нем заупокойная обедня, а сам по этому случаю произнес в церкви на немецком языке трогательную речь. Как только Павел Петрович узнал об этом, тотчас же потребовал митрополита к себе и, выразив признательность за его образ действий, подарил ему богатое облачение и наперсный крест, осыпанный бриллиантами, и вдобавок к этому надел на него Александровский орден. Иезуиты отступили несколько назад, но прежние их подпольные интриги не унялись. На свержение митрополита они смотрели как на такое обстоятельство, которое даст им возможность утвердиться прочно при дворе и установить свое влияние не только на католическую церковь в России, но отчасти и на все как внутренние, так и внешние государственные дела. Иезуитская работа шла теперь во дворце русского государя с такою деятельностью, которая была бы уместна разве в Эскуриале во времена Филиппа II, а мальтийские рыцари, которые составляли силу в высшем русском обществе, были деятельными пособниками иезуитов.
Недолго, однако, митрополит пользовался спокойствием. Иезуиты снова начали тревожить его, а в расположении к нему императора, быстро переходившего от доверия к подозрительности, от привязанности к ожесточенности, начало появляться заметное колебание. Вскоре они успели довести дело до того, что по доносу нескольких белорусских монахов на самовластие Сестренцевича император назначил над ним следствие, уронившее митрополита в глазах всего духовенства и придавшее врагам его особенную смелость. Сестренцевич, однако, уцелел и на этот раз…
Иезуиты не угомонились и решились нанести митрополиту новый удар.
Сестренцевич с согласия императора удалил с кафедры епископа Дембовского, который, жалуясь на начальнический произвол митрополита, обратился по внушению иезуитов к покровительству папского нунция Лоренцо Литты. Нунций с жаром вступился за удаленного епископа, требуя чрез князя Безбородко восстановления Дембовского в его епархии. Тщетно митрополит убеждал нунция не вмешиваться в это дело, ссылаясь на то, что на удаление епископа последовало согласие самого государя. Нунций не унимался и отправил канцлеру резкую ноту. Император вышел из себя и расправился с нунцием по-своему. Он приказал оставить ноту Литты без ответа и послал князя Лопухина известить нунция, что его эминенции запрещен приезд ко двору. Не успел еще Литта оправиться от этого удара, нанесенного его самолюбию, как последовал на имя генерал-прокурора Беклешева следующий указ: «Нашед не нужным постоянное пребывание папского посла при дворе Нашем, а еще менее правление его католическою церковью, повелеваем папскому нунцию Литте, архиепископу фивскому, оставить владения наши». Вследствие этого указа Литта должен был выехать из Петербурга в двадцать четыре часа. Император для объяснения папе такой крутой меры с представителем апостольской власти приказал Сестренцевичу написать письмо и отправить его к находившемуся в то время в Италии фельдмаршалу Суворову, который должен был вручить это письмо лично папе.
Такое поручение, данное русскому полководцу, имело в глазах императора особенное значение. Суворов должен был восстановить в Италии и духовную и светскую власть папы, вытеснив оттуда «безбожных» французов. Таким образом, он являлся поборником католицизма, и папа не мог иначе как только благосклонно отнестись к такому лицу и снисходительно взглянуть на тяжкое оскорбление, нанесенное в Петербурге представителю папского престола.
Высылка нунция сильно поразила иезуитскую партию, но при этом гнев государя не коснулся вовсе брата нунция Джулио Литты, а патер Грубер оставался у митрополита в прежней милости и начал занимать его пылкое воображение проектом о соединении церквей восточной и западной, указывая при этом на католичество под главенством папы как на непреодолимый оплот монархической власти против всяких революционных попыток. Между тем Сестренцевич вел дело совершенно в ином направлении, думая придать полную самостоятельность католической церкви в России под властью местного епископа, и заявлял, что папская власть над всем католическим миром обязана своим происхождением только крайнему и глубокому невежеству средних веков, когда многие из латинских епископов не умели даже писать.
При Павле Петровиче Петербург во многих отношениях представлялся совершенно иным городом в сравнении с тем, чем он был в царствование Екатерины. Хотя в последние годы своей жизни императрица начала стараться о том, чтобы искоренить у себя в государстве дух свободомыслия и вольнодумства, но клонившиеся к этому меры не проглядывали вовсе во внешней жизни столицы. В Петербурге, как казалось, все шло по-старому, и город не имел того вида, какой он получил при Павле Петровиче. При императрице дисциплина в гвардейских полках соблюдалась очень слабо: изнеженные гвардейские офицеры в ее времена не носили вне службы мундиров. Они являлись на улицах летом во французских кафтанах, а в зимнее время с муфтами в руках, разъезжая в каретах. Как они, так и вообще все тогдашние петербургские щеголи внимательно следили за парижскими модами, а когда, под влиянием французской революции, были выведены из употребления прежние костюмы, то и в Петербурге оставили пудру и стали носить фраки и круглые шляпы, шнурованные сапожки, суковатые палки и огромнейшие кисейные жабо, так что смиренные петербургские горожане усвоили себе подобие свирепых и отчаянных французских революционеров.