Некоторым недостатком в расположении броневой переборки на двух первых кораблях серии являлось то, что она доходила только до уровня внутреннего дна, создавая определенную слабость в точке соединения со стрингером. На «Шпее» переборку продлили до внешней обшивки днища, обеспечив тем самым еще большую жесткость конструкции и повысив уровень подводной защиты при взрывах со стороны борта. Пространство между обеими нижними продольными переборками разделялось на значительное количество отсеков (от 14 до 19 с каждого борта, в зависимости от уровня платформы). В районе башен главного калибра, между шпангоутами 42 и 51 в корме и 136 и 145 в носу, имелись дополнительные продольные переборки, находившиеся на расстоянии 4,1 м от борта и служившие опорой для массивных конструкций башен. Они изготавливались из двойных листов стали с применением клепки.
Интересной особенностью проекта "карманных линкоров" являлись верхние продольные броневые переборки. Они простирались от 50-го до 136-го шпангоута на всей высоте от броневой до верхней палубы на расстоянии 3,7 м от диаметральной плоскости, имели солидную толщину 40 мм и изготавливались из броневой стали (никелевой на «Дойчланде» и КNA на остальных единицах). Помимо защитных функций, о которых еще будет сказано, пара переборок в совокупности с броневой палубой образовывала мощную коробчатую балку из броневой стали, имевшую практически квадратное сечение, наиболее выгодное с точки зрения прочности. Нижняя часть переборок соединялась сваркой, но в верхней части связи с относительно тонкой верхней палубой выполнялись клепаными с использованием дополнительных Т-образных угольников. Проходившая по большей части длины корпуса подобная балка обеспечивала нужную требуемую жесткость его верхней части, сводя к минимуму возможность «разъезжания» листов палубной обшивки, столь характерную для облегченных судов постройки 30-х годов, сделавшую, в частности, полностью непригодными для использования в штормовых условиях германские легкие крейсера.
Столь же тщательно, как к вопросам прочности корпуса, конструкторы подошли к разделению на водонепроницаемые отсеки — традиционно продуманный элемент германских военных судов. Пространство между внутренним дном и броневой палубой делили по длине 15 главных поперечных переборок, причем с 37-го по 150-й шпангоут они пересекали всю ширину корабля, от одной внешней продольной переборки до другой, а в оконечностях доходили до наружной обшивки. Общее число поперечных водонепроницаемых переборок достигало 28, но некоторые из них имели лишь местное значение, ограничивая отсеки только на одной из платформ. Толщина их составляла от 15 до 5 мм, в зависимости от важности отсеков и свободной площади переборки.
Внешняя обшивка корпуса также выглядела весьма внушительно, если учитывать непременное требование к максимальной экономии веса. Ее толщина в основном равнялась 14 мм, хотя в наиболее важных поясьях достигала 20 мм. Как уже указывалось, при креплении листов применялась совокупность сварки и клепки. Основной конструкционный материал "Адмирала Шпее" — судостроительная сталь SТ-52, из нее выполнялось и большинство элементов набора. Верхняя палуба толщиной 10 мм обшивалась 55-мм тиковыми досками.
Надстройки «броненосцев» изготавливались в основном из стали (марки SТ-45). Доля легких сплавов, главным образом алюминия, составляла на «Шпее» менее 1 %. Они применялись только для разделительных переборок кают и декоративной обшивки. Настилы мостиков покрывались 50-мм брусками орегонской сосны.
Что касается общей компоновки помещений корпуса, то она сохранилась практически неизменной на всех единицах серии, за исключением разве что расположения дизель-моторов и соединительных муфт.
Более заметными были различия в надстройках. На головном корабле серии фок-мачта выполнялась в виде традиционной для немецкого флота полой трубы, внутри которой проходили кабели связи, ведущие к находящемуся на топе мостику и дальномерному посту. С боков и спереди к трубе лепились еще несколько мостиков и рубок. Остальные надстройки были сведены к минимуму. Такая схема, уходившая корнями к линейным кораблям и крейсерам первой мировой войны, оказалась неудачной для современного судна, тем более моторного. Сильная вибрация на больших ходах делала почти бесполезным пост управления огнем на топе. В небольшие надстройки не вписывались все необходимые для работы и обитания помещения. Поэтому на двух последующих «адмиралах» трубчатая мачта уступила место внушительной и в то же время изящной башенноподобной надстройке. Перед последней появилась значительная по объему обычная надстройка. Многие специалисты немецкого флота винили именно эту высокую и легко узнаваемую «башню» в быстром опознании "Адмирала графа Шпее" в ходе крейсерства и бою при Ла-Плате. Кроме того, вибрацию приборов не удалось полностью устранить и в этой конструкции. Из соображений сохранения единства внешнего вида всех германских кораблей и устранения лишнего "верхнего веса" на «Шеере» при модернизации в 1941 году установили такую же трубчатую мачту, как на «Дойчланде», но с другим расположением мостиков.
Мореходность «броненосцев» оказалась вполне достаточной для действий в океане, однако почти прямой форштевень и практически плоская палуба в носу приводили к сильному заливанию носовой оконечности при движении против волны в свежую погоду. В какой-то степени положение удалось улучшить в ходе той же модернизации "Адмирала Шеера", когда форштевень приобрел характерную «крейсерскую» форму, а борт в носу получил заметный уклон вверх. «Дойчланд» аналогичной модификации не прошел и до конца карьеры оставался с исходной формой корпуса.
"Версальское" ограничение водоизмещения немцы нарушили. Такое отношение к договорам являлось дурной традицией" 30-х годов; в особенности этим грешили закрытые тоталитарные режимы Японии, Италии и Германии. "Карманные линкоры" находились в середине шкалы нарушений: первый корабль серии имел стандартное водоизмещение около 10 600 т, второй был тяжелее на 790 т, а «Шпее» "весил" уже 12 100 т (превышение более чем на 20 %). Водоизмещение при полной нагрузке тоже неуклонно нарастало: «Дойчланд» — 15 200 т, "Адмирал Шеер" — 15 900 г, а "Граф Шпее" — 16 200 т. (Следует отметить, что значения водоизмещении, как и ряда других параметров этих кораблей, «плавает» в довольно значительных пределах в различных источниках. Причина заключается в том, что документация по ним уцелела лишь частично, реальные значения в первые годы службы тщательно скрывались, и, в дополнение, происходила неоднократная путаница между метрическими и «длинными» тоннами.)
Система бронирования является одной из наиболее интересных отличительных характеристик этих своеобразных кораблей. Она полностью отходит от принятых в германском флоте времен первой мировой войны канонов и не имеет аналогов среди зарубежных кораблей класса крейсеров. Формальные цифры толщины брони борта и палубы, обычно приводимые в справочниках, в данном случае мало что говорят о действительной эффективности защиты. Следует отметить, что, несмотря на значительный интерес к "карманным линкорам" и относительную открытость данных по ним после окончания второй мировой войны, в различных источниках, в том числе немецких, имеются значительные расхождения в цифрах, которые иногда просто невозможно объяснить. В известной книге З.Брейера неверны практически все значения, за исключением толщины нижней броневой перегородки. Наиболее полные сведения о бронировании приводит британский историк флота М.Уитли, однако ряд высказанных им положений вызывает вопросы. Вместе с тем отличия в бронировании — наиболее существенные среди всех технических характеристик «Дойчланда», "Шеера" и «Шпее» — настолько важны, что по данному параметру корабли едва ли можно считать одной серией, скорее — последовательными вариантами реализации одной и той же идеи. В настоящей работе сделана попытка изложить и критически осмыслить имеющиеся на данный момент факты относительно броневой защиты трех «броненосцев».
Основными элементами системы бронирования на "карманных линкорах" являлись наклонный пояс, броневая палуба, верхняя и нижняя броневые переборки. Броневой пояс имел по разным данным наклон 12° — 13,5° нижней кромкой в глубь корпуса. На «Дойчланде» он состоял из двух слоев плит практически одинаковой ширины, полностью прикрывавших пространство между верхней платформой и броневой палубой, а также примерно половину межпалубного расстояния между броневой и средней палубой (по нижний срез иллюминаторов). Верхний слой состоял из плит никелевой стали с содержанием никеля около 4 % толщиной 80 мм; его нижняя кромка срезана таким образом, чтобы образовывался плавный переход к нижнему слою толщиной 50 мм. Материал брони был не слишком высокого качества; он создавался по технологии, принятой в начале первой мировой войны. Его использование диктовалось финансовым положением немецкого флота и Германии в целом на конец 20-х годов. Указанную толщину пояс имел на пространстве между шпангоутами 42 и 136, прикрывая всю энергетическую установку и часть погребов. Далее в нос и в корму толщина верхнего ряда плит уменьшалась до 60 мм на протяжении остальной части хранилищ боезапаса (между шпангоутами 42 и 31). В корму от 31-го шпангоута пояс постепенно утоньшался: сначала шла узкая полоска в 50 мм на протяжении примерно 7 м, затем между шпангоутами 16 и 26–40 мм и далее к ахтерштевню до 6-го шпангоута — 30 мм. В носу от 154-го шпангоута бронирование борта было чисто символическим: толщина листов составляла всего 18 мм. Как уже указывалось при описании конструкции корпуса, вниз от броневой палубы до внутренней обшивки двойного дна параллельно поясу шла броневая переборка из той же никелевой стали толщиной 45 мм. Выше броневой палубы на расстоянии примерно трети ширины корабля от борта шла верхняя броневая переборка толщиной 10 мм, располагавшаяся строго вертикально и доходившая до верхней палубы. Главная броневая палуба в отличие от общепринятой практики не опиралась на верхнюю кромку пояса и не имела скосов, соединяющих ее края с нижней кромкой. Вместо этого она крепилась к середине верхнего ряда плит с помощью угольников, а основной опорой для нее служила нижняя продольная броневая перегородка. Толщина палубы резко варьировалась в зависимости от зоны: наибольшее значение она принимала в узком промежутке между вертикальной верхней и наклонной нижней броневыми переборками (45 мм); внутри от верхней переборки толщина уменьшалась до 30 мм, а вовне от нижней переборки палуба выполнялась из обычной кораблестроительной стали небольшой толщины, то есть не бронировалась вообще. В пределах барбетов горизонтальная защита уменьшалась до 15 мм. Верхняя палуба имела толщину 18 мм на всем протяжении цитадели (от 33-го до 154-го шпангоута) и 7 — 10 мм в корме. В кормовой части корпуса 30-мм броневая палуба проходила примерно на 1 м ниже, чем на миделе, прикрывая валопроводы и рулевое управление. «Дойчланд» имел 4 поперечных броневых траверза из никелевой стали: 30-мм на 6-м и 173-м шпангоутах и 60-мм — на 31-м и 149-м.