В принципе, для всех единиц серии использовались одинаковые построечные спецификации (Bauvorschift), однако у первой пары („Хиппера“ и „Блюхера“) шпации между шпангоутами V и XIV имели немного меньшую протяженность, в результате чего общая длина корпуса этих крейсеров составляла 205,9 м вместо 212,5 м у остальных.
Форма корпуса оставалась вполне традиционной для быстроходных кораблей этого класса. Отношение длины по ватерлинии к ширине равнялось 9,2, а ширины к осадке — 3,41. В средней части корпус являлся очень полным (коэффициент полноты по мидель-шпангоуту 0,90), оконечности так же имели солидную (для крейсеров) полноту (продольный коэффициент полноты 0,57, коэффициент полноты ватерлинии 0,72). В результате блок-коэффициент (отношение водоизмещения к произведению длины на площадь мидель-шпангоута) оказался слишком высоким — 0,67, что отрицательно сказалось на ходовых качествах. Причина большой полноты корпуса заключалась в большом разнесении башен главного калибра, в районе которых ширина корпуса оставалась еще довольно значительной. В принципе, помимо отрицательного эффекта, в такой ситуации имелись и положительные факторы, в частности, возможность обеспечить хоть какую-то защиту погребов от подводных взрывов и увеличить общую устойчивость корабля к затоплениям.
В качестве дополнительной меры защиты такого рода по бокам от обшивки корпуса на протяжении большой части его длины имелись специальные наделки — були. Эта конструкция, пришедшая от исконных врагов — англичан, увеличивала остойчивость узкого и длинного корпуса и обеспечивала дополнительное пространство для расширения газов при взрывах торпед. К отрицательным характеристикам такой конструкции можно отнести легкость повреждения тонкой обшивки булей снарядами любого калибра и осколками, что могло привести к солидным затоплениям (к тому же несимметричным и создающим значительный кренящий момент). Правда, отсеки в булях противоположного борта было удобно использовать для контрзатоплений и ликвидации крена.
Надо сказать, что остойчивость германских тяжелых крейсеров в сравнении с другими кораблями основных классов являлась весьма умеренной. Из-за сложной формы корпуса, обусловленной булями, она менялась в широких пределах в зависимости от нагрузки. Так, начальная метацентрическая высота пустого корабля (при водоизмещении 13 580 т и средней осадке 5,13 м) составляла 1,18 м, но уже после загрузки всего оборудования и постоянных грузов (водоизмещение 14 520 т, средняя осадка 5,76 м) она уменьшалась до 0,85 м, а в нормальном грузу (водоизмещение 15 660 т, средняя осадка 6,12 м) падала до 0,75 м. Однако полностью нагруженный корабль, имевший водоизмещение 19 550 т и среднюю осадку 7,4 м, становился даже чрезмерно остойчивым — метацентрическая высота увеличивалась до 1,4 м.
Сверху вниз корпус перекрывали 3 палубы (верхняя, батарейная и палуба твиндека, она же броневая) и 4 платформы.
В отсеках двух самых нижних платформ — трюма и двойного дна — в основном располагались нефтяные цистерны и емкости для смазочных материалов, а также помещения гирокомпаса и поста живучести. Следующая вверх нижняя платформа, служила для размещения жизненно важных объектов крейсера: снарядных погребов главного калибра (отсеки II и X), турбин (отсеки III и V), котлов (отсеки VI, VII и VIII), а также противопожарного оборудования, центр управления которым находился в специально выделенном отсеке X. Верхнюю платформу, имевшуюся только между шпангоутами 10 и 47 в корме (отсеки I и II) и между шпангоутами 130 и 167,5 в носу (отсеки IX и XI), почти полностью занимали зарядные погреба главного калибра. В носовых отсеках помещались также нижний центральный пост, радиорубка и электрощитовые. В отсеке VII находилось устройство, отличавшее германские тяжелые крейсера от всех остальных кораблей этого класса. Речь идет о пассивной системе стабилизации качки по типу цистерн Фрама. В двух цистернах, по одной с каждого борта, соединявшихся широкой трубой на уровне палубы трюма, имелось около 200 т жидкости (обычно воды), переливанием которой управляла специальная гидросистема. Такие стабилизаторы устанавливались на ряде немецких кораблей, но официальные сведения относительно их боевой ценности отсутствуют. (Косвенные данные позволяют оценить ее не слишком высоко.)
На следующей, броневой, палубе располагались практически все помещения для матросов, в том числе кубрики и столовые. Их площадь сильно ограничивалась дымоходами и барбетами башен главного калибра. Единственным „нежилым“ помещением на этой палубе (официально — палубе твиндека) являлась запасная радиорубка. По стандартам других стран, особенно американским, помещения для команды на „хипперах“ были слишком тесными и неудобными. Впрочем, такие замечания высказывались и в адрес японских крейсеров, да и у британцев и французов на большинстве кораблей проблемы размещения личного состава стояла весьма остро. Поэтому оценки победителей являются весьма и весьма пристрастными. Правда, у немцев имелись свои дополнительные проблемы с размещением людей. Во-первых, сам по себе экипаж был весьма многочисленным. Во-вторых, постоянное нахождение на кораблях сверхкомплектного персонала зачастую приводило к тому, что он был вынужден размещаться на боевых постах и во время отдыха.
Верхняя палуба имела значительное возвышение к форштевню. В большей части она выполнялась из броневой стали, а сверху покрывалась толстой обшивкой из тиковых брусьев (на полубаке — 8,5 см, в остальных частях — 5,5 см).
В соответствии с тактическими рекомендациями тяжелые крейсера получили башенноподобную многоуровневую переднюю надстройку, очень сильно напоминавшую аналогичные „сооружения“ на строившихся германских линкорах (типов „Шарнхорст“ и „Бисмарк“). В совокупности с одинаковой формой корпуса и единственной массивной дымовой трубой „хипперы“ имели очень похожий внешний вид и удачно „маскировались“ под более мощные боевые единицы, что по мнению Редера и других адмиралов Кригсмарине могло сбить с толку противника. И действительно, в начальные моменты боя в Датском проливе 24 мая 1941 года английские наблюдатели на „Худе“ спутали „Ойгена“ с „Бисмарком“; адмирал Холланд приказал сосредоточить огонь на головном крейсере, что в той или иной степени сказалось на трагическом для него исходе сражения.
В нижней надстройке, простиравшейся от 1-го до 4-го барбета, львиная доля пространства приходилась на все те же дымоходы, а также ангары и вспомогательные помещения для авиаоборудования. Оставались две зоны: спереди, где находился медицинский блок, и сзади, где шли каюты командного состава. Еще далее в корму, сразу за барбетом кормовой возвышенной башни, помешалась обширная кают-компания, где одновременно могли обедать до 60 офицеров. Медчасть крейсера имела хорошее оборудование и включала специальные помещения для операционной и рентгеновского кабинета.
Второй уровень надстройки в корме целиком выделялся „святая святых“ — блоку помещений командира корабля. Там имелись кабинет, спальня и ванная, практически идентичные адмиральским помещениям, расположенным в той же надстройке по правому борту. В блок адмиральских помещений кроме того входила еще и большая приемная, использовавшаяся в качестве зала для важных совещаний. Аналогичный уровень носовой надстройки использовался для кают командного состава корабля. В этом отношении немцы отступили от многовековой морской традиции, в соответствии с которой весь командный состав сосредотачивался в корме. (Для этого на „хипперах“ просто не было места.)
Нижний уровень носовой надстройки включал каюты для вахтенных офицеров, а также первого и второго штурманов, присутствие которых в рубке могло оказаться нужным в любую минуту. Им не приходилось далеко бежать по тревоге — штурманская рубка примыкала к обеим каютам. Над этой рубкой находился пост гидроакустики и боевой информационный центр (БИЦ). Еще выше размещался рулевой мостик, представлявший собой большую открытую платформу с ветровым щитом в носовой части. С обоих бортов платформа оборудовалась еще одной характерной особенностью больших кораблей Германии — узкими и длинными раскладными крыльями, значительно увеличивающими обзор и использовавшимися при маневрировании в стесненных условиях, обычно в портах и на подходах к ним. В открытом море и в бою крылья, представлявшие собой хрупкие конструкции, складывались.
В боевых условиях крейсер должен был управляться из броневой боевой рубки, но в остальное время рулевой пост располагался в находящемся над передней частью боевой рубки маленьком и тесном помещении, единственным преимуществом которого являлась крыша над головой рулевых и вахтенных офицеров. Интересно, что вместо обычного рулевого колеса рациональные немцы использовали 2 кнопки, соответствовавшие перекладке руля вправо и влево. Другой любопытной особенностью являлся перископ, позволявший вахтенному офицеру непосредственно со своего места рассматривать карту, находившуюся на штурманском столе ниже „этажом“. В забитой до отказа рулевой рубке имелись компасы обоих типов — гирокомпас и магнитный, а также аппаратура внутрикорабельной связи. Аналогичное, но более совершенное и обширное оборудование помешалось в броневой рубке, предназначенной для самых ответственных моментов, когда крейсер вступал в бой.