Немцы и финны заблаговременно осуществили меры с целью устранения подводной угрозы их судоходству. Уже в апреле на островах и побережье они установили артиллерийские батареи, посты наблюдения, радиопеленгаторные и гидроакустические станции; чтобы усложнить навигационную обстановку, снимали ограждающие знаки, разрушали маяки и другие береговые ориентиры. В первой декаде мая, едва Финский залив освободился ото льдов, приступили к созданию двух рубежей ПЛО, основу которых составляли минные поля, в районе которых патрулировали катера-«охотники» и другие малые корабли. С воздуха водное пространство контролировали самолеты-разведчики. На отдельных мелководных участках были выставлены стальные противолодочные сети. Первый рубеж перегородил Финский залив на рубеже Гогланд, Нарвский залив. Плотность заграждений достигала здесь 170 мин на квадратную милю. Второй рубеж проходил от полуострова Ханко на финской стороне до острова Нарген возле берегов Эстонии. В течение 1942 года немцы и финны выставили более 12 тысяч мин разных типов, включая донные и антенные, и минных защитников. Вместе с заграждениями 1941 года количество мин в Финском заливе превысило 21 тысячу. В прилегающих к заграждениям районах было развернуто свыше 100 различных кораблей и катеров. Эти силы и средства вкупе с минными позициями образовывали единый противолодочный рубеж глубиною свыше 150 миль, по оценке Трибуца, «равный десяти дуврским барражам» времен Первой мировой войны. Одновременно, стремясь помешать развертыванию сил Балтийского флота и окончательно его заблокировать, немецкая авиация производила постановку донных неконтактных мин в островном районе, на рейдах и фарватерах Кронштадта.
Тем не менее в течение июня — ноября командование Балтфлота направило на прорыв 35 подводных лодок. Выход каждой из них требовал больших затрат времени и сил. На переходе из Ленинграда в Кронштадт и далее до Лавансаари, который совершался в надводном положении, их огнем и дымовыми завесами прикрывали надводные корабли и катера. Авиация и артиллерия подавляли батареи противника на южном берегу. На острове Лавансаари лодки производили полную зарядку аккумуляторных батарей и получали последние разведывательные данные. Там им постоянно угрожала авиация, поэтому все светлое время суток они лежали на грунте и к пирсам подходили только ночью. К западу от Лавансаари начинался самый тяжелый этап протяженностью около 200 миль, который лодки должны были преодолевать самостоятельно, без охранения и прикрытия, на предельно возможных глубинах, но не менее чем 10–15 метров от дна, чтобы избежать подрыва на донных минах. Форсировав гогландскую противолодочную позицию, субмарины вынуждены были всплывать для зарядки аккумуляторов. Это был еще один «смертельный трюк»: в условиях «белых» ночей семь часов находиться в надводном положении, грохоча дизелями на весь Финский залив, безошибочно выводя на цель вражеских «охотников». Затем следовало преодолеть еще одну позицию и занять назначенный район.
Из-за неприятельских минных постановок с воздуха, острой нехватки тральщиков и организационных трудностей развертывание первого эшелона задержалось почти на месяц. 25 мая в море вышла М-97, которой была поручена разведка ПЛО противника на Западном Гогландском плесе. Фактически лодка до заданного района не дошла, никаких разведданных не добыла, за 12 суток плавания командир «малютки» капитан-лейтенант Н.В. Дьяков не сумел обнаружить ни противника, ни его оборонительных средств.
Первый эшелон начал развертывание 3 июня и закончил его 4 июля. Из 11 лодок, запланированных к выходу, отправились в море 9, достигли назначенных позиций 7 (Щ-304, Щ-320, «Лембит», Щ-303, Щ-317, Щ-406). Подводная лодка Щ-405 И.В. Грачева, следовавшая на Лавансаари без сопровождения, 13 июня загадочно затонула на переходе, предположительно в результате аварии; М-95 Л.П. Федорова взорвалась на минах в районе Восточного Гогландского плеса два дня спустя.
Каждая из прорвавшихся в Балтику лодок находилась в море от пяти до семи недель. При действиях на коммуникациях в качестве основного применялся позиционный метод. Все семь командиров доложили о победах. За два месяца советские подводники, израсходовав 47 торпед, и, как правило, не наблюдая результатов атак, записали на свой счет около 20 потопленных и поврежденных судов противника. В ряде случаев одиночные транспорты обстреливались артиллерийским огнем. Наибольшего успеха добилась первой преодолевшая противолодочные рубежи Щ-317 под командованием капитан-лейтенанта Н.К. Мохова. Она потопила 4 транспорта, в их числе один шведский, но 12 июля, уже на пути домой, погибла на минном заграждении; 4 судна уничтожила С-7 капитана 3 ранга СП. Лисина, удостоенного за этот поход звания Героя Советского Союза.
Появление советских субмарин возле берегов Швеции, где германские суда ходили, словно в мирное время, без эскорта и с включенными ходовыми огнями, стало неожиданностью для немцев и финнов. Считая блокаду достаточно действенной, торпедирование первых судов они классифицировали как подрыв на минах и, вместо поиска и преследования подлодок, производили траление «опасных районов». Разобраться в обстановке помогло Совинформбюро, 11 июля раззвонившее на весь мир о триумфальных успехах балтийских подводников. Противник предпринял срочные меры по усилению сил ПЛО, ввел систему конвоев, перенес маршруты их движения в шведские территориальные воды и мелководные районы, увеличил плотность минных заграждений, усилил дозорную службу. Условия для действий подводных лодок начали резко ухудшаться.
Северо-восточнее Гогланда находится небольшой остров Соммерс, в противолодочной позиции противника исполнявший роль выносного поста наблюдения за движением советских кораблей и подводных лодок на Восточном плесе. На острове находился финский гарнизон из 92 человек при 12 орудиях калибром до 75 мм, двух минометах и 12 пулеметах. Командование КБФ приняло решение овладеть этим островом. Как абсолютное большинство наших морских и воздушных десантных операций первого периода войны, эта была продумана настолько чудно, что не могла не провалиться.
Высадка началась 8 июля. Ей предшествовал воздушный налет, который не причинил финнам сколько-нибудь серьезного ущерба, в силу отсутствия разведывательных данных об их обороне. Из 120 сброшенных бомб 37 упали в воду, остальные легли за пределами опорных пунктов противника. Из 256 советских десантников на остров сумели попасть 164 человека, еще 77 бойцов утонули или были убиты в момент высадки, 15 человек остались на борту катера. Огневая поддержка десанта была столь же неэффективна, как и воздушная, по тем же причинам — отсутствие разведданных, связи, корректировки огня. В ходе ожесточенного боя морская пехота сумела захватить один из четырех опорных пунктов.
Финны вскоре после начала высадки направили на помощь своему гарнизону 2 канонерские лодки, 5 сторожевых катеров и авиацию. В 11 часов утра они доставили на Сом-мерс подкрепление — 109 бойцов. После этого на финской стороне оказалось как огневое, так и численное превосходство. Днем советское командование тоже подбросило подкрепление из 57 бойцов и командиров. Около 17 часов три торпедных катера подошли к восточному берегу острова и начали высадку. При этом 13 человек утонули вместе с единственной радиостанцией. С берега были сняты 23 раненых, но связь с десантом установить не удалось.
К вечеру в район прибыли 2 финских минных заградителя, а также немецкие корабли — 2 тральщика, плавучая батарея и плавбаза. С советской стороны им противостояли канонерская лодка, сторожевик, 2 базовых тральщика, торпедные катера и катера-«охотники».
К утру 9 июля все было кончено. 149 десантников сдались в плен, около 150 погибли. Балтийский флот потерял торпедные катера ТКА-22, 31, 71, 83, 113, 121 и малый «охотник» МО-306; серьезные повреждения получили канонерка «Кама» и один тральщик. На затонувших и поврежденных кораблях погибли еще до 100 моряков. Потери финнов составили 21 человек убитыми, 63 ранеными. Несмотря на доклады советских моряков и авиаторов о потоплении и нанесении тяжелых повреждений десяти кораблям и катерам противника, в действительности ни финны, ни немцы не потеряли ни одного плавсредства. Чтобы устранить угрозу новых высадок десантов на Соммерс, финны вскоре поставили восточнее и южнее его минные заграждения «Онтаярви» и «Норппе».
Лишь с возращением подводных лодок первого эшелона 9 августа началось развертывание десяти лодок второго эшелона, которым пришлось действовать в более сложных и опасных условиях. Три из них получили повреждения перед форсированием Гогландской позиции и вернулись в базу. Вместо них были высланы две другие.
В августе была предпринята попытка поддержать прорыв подводников силовой акцией. Предполагался выход отряда надводных сил к островам Гогланд и Большой Тю-терс для подавления сил ПЛО противника. Однако выход сторожевика «Буря» и тральщика «Фугас» в сопровождении сторожевых и торпедных катеров закончился гибелью обоих кораблей в ночь на 24 августа и отказом от этой попытки.
