К началу 60-х годов за Филипповым числилось 47 ролей в кино и десяток ролей в театре. Из них львиная доля выпала на роли отрицательных персонажей.
Между тем в 1965 году актер едва не умер от опухоли мозга. В одной из новосибирских клиник ему сделали сложную операцию: удалили опухоль и черепную кость. На месте кости пришлось сделать "пленку", и, чтобы прикрыть ее, актер обычно натягивал на голову берет. Однако эта операция абсолютно не повлияла на его работоспособность. Более того, его стали приглашать сниматься в кино чаще, чем прежде. (Из Театра комедии он ушел в том же 1965 году).
В 1970 году Филиппов сыграл свою единственную большую роль в кино: в фильме Л. Гайдая "Двенадцать стульев" он перевоплотился в Кису Воробьянинова. Это был новый триумф актера. Вскоре после него (в 1973 году) ему наконец-то присвоили звание народного артиста РСФСР. Затем он снялся у знаменитого комедиографа еще в нескольких фильмах: "Иван Васильевич меняет профессию" (1973), "Не может быть!" (1975), "За спичками" (1980).
В 70-е годы первая жена Филиппова вместе с сыном эмигрировали в Америку. Для актера это было настоящим ударом. Он посчитал уехавших предателями и прервал с ними всякие отношения. Сын регулярно писал отцу письма из заграничного далека, однако тот их даже не читал. Он аккуратно складывал нераспечатанные конверты в коробку, а потом показывал их друзьям.
В 80-е годы звезда Филиппова закатилась. Его перестали приглашать сниматься, лишь изредка он выезжал с гастролями в глубинку. Но и это вскоре прекратилось из-за проблем со здоровьем (в свое время у актера вырезали и две трети желудка). В 1989 году умерла его жена Антонина Голубева, и Филиппов остался практически один.
В те дни его постоянно навещали только два человека: старый приятель Константин и актриса Любовь Тищенко. Они кормили беспомощного старика, убирали его квартиру. По их словам, до них его дом напоминал помойку: везде лежала "вековая" пыль, окурки, в ванной плавало нестираное белье. Из личных вещей у Сергея Филиппова практически ничего не было: ни костюма, ни туфель. На сберкнижке не было ни копейки.
Смерть пришла к народному артисту Сергею Филиппову 19 апреля 1990 года. Для него она, судя по всему, была избавлением. Вспоминает Е. Моргунов: "Ленинградская общественность бессердечно отнеслась к артисту, который смешил всех, которого боготворили все. Он умер один в своей квартире и лежал две недели. Соседи обратились на "Ленфильм", и там приняли решение: он пенсионер, вот собес пусть его и хоронит. А может, хоть некролог дать в "Ленинградскую правду"? Зачем, маленький был артист. И только Сашенька Демьяненко, замечательный наш Шурик, собрал по копейкам деньги у актеров, которые были уже на пенсии, у актеров, которые знали Филиппова, сделали гробик и закопали. И слова, совершенно гениальные, написали на могиле: "И не будет в день погребения ни свечей, ни церковного пения". Это были его любимые стихи.
С. Филиппова похоронили на Северном кладбище, там же, где нашла свой последний приют и его вторая жена - Антонина Голубева. Питерская гильдия киноактеров установила на могиле актера бюст, однако какие-то мерзавцы его осквернили. Пришлось бюст убрать до лучших времен. Наступят ли они?..