Недовольных первым заместителем Собчака было множество. Конкретные нарекания вызвали следующие направления деятельности Путина:
1). Привлечение к сотрудничеству иностранцев, как подозревали, — небескорыстное;
2). Нарушения в ходе приватизации крупных объектов муниципальной собственности;
3). Незаконная торговля с использованием служебного положения и иные злоупотребления;
4). Исполнение конфиденциальных поручений Анатолия Собчака.
По первому пункту. Путин способствовал приходу в город ряда крупных немецких фирм и банков. В частности, при его содействии был открыт филиал BNP-Drezdner Bank (Rossija). (Связь Путина с Dresdner Bank продолжается и поныне. Глава русского отделения банка Маттиас Ворниг вошел в Совет директоров «Газпрома» в феврале. Ворниг, согласно газете "Wall Street Journal" до 1989 года был майором «Штази», и сотрудничал и дружил тогда с майором Путиным. Продолжает дружить до сих пор, чем и объясняется его великолепная карьера в России.) Путин помог банку разместиться в здании бывшего германского посольства на Исакиевской площади. Он также помог банку "Лионский кредит" (Credit Lionnes) получить особняк на Невском проспекте. Офис компании Coca-Cola был размещен в здании Дома Политпросвещения Ленинградского Обкома КПСС. Саму компанию даже освободили за какие-то заслуги от местных налогов. Компании Proctor-and-Gamble и Gillet также пользовались покровительством будущего президента.
По второму пункту обвинений. По данным газеты «Коммерсант» (1999 г., № 32) Путин принимал участие в продаже гостиницы «Астория». Дело в том, что в Санкт-Петербурге был проведен тендер по продаже 40 % пакета акций этой гостиницы, и Путин, якобы, пытался увеличить свой пакет за счет покупки, которая ему, в конце концов, не удалась. Акции достались владельцу завода по производству спиртных напитков "А.Ф.Б.-2" А. Сабадашу. В ответ Путин, якобы, (по данным газеты «Стрингер», ноябрь 2000 г.) пригрозил, что разгромит завод, но к концу 1998 года конфликт, наконец, был улажен, и Путину, опять-таки по данным газеты, были выплачены «отступные» — 800 тысяч долларов США. Путин еще несколько раз поучаствовал в гостиничном бизнесе: привел иностранцев в гостиницы «Европа» и "Невский Палас".
Кроме того, у депутатов Петросовета возникали вопросы по поводу участия Путина в приватизации Балтийского Морского пароходства, контроль над которым позволил организовать продажу судов на Запад по заниженным ценам. По данным газеты «Версия» (1999, № 31) и той же газеты «Стрингер» эта операция осуществлялась через некоего И. И. Трубера, якобы, "криминального авторитета". Упоминали эти газеты и об участии Путина в приватизации завода крепких спиртных напитков «Самтрест», опять же, якобы, через "криминального авторитета" М. М. Мирилашвили, Мишу Кутаисского.
По третьему пункту обвинений в 1992 году было организовано уже упоминавшееся расследование деятельности путинского Комитета. По результатам проверки в Петросовете были проведены публичные слушания. Путин тогда признал ошибки, часть сделок была расторгнута, поплатился за все заместитель — Аникин, вы помните, его уволили.
Кроме того, прокуратура города предъявила Путину претензии в незаконной выдаче фирме «Ленаттракцион» специального разрешения на игорный бизнес. По слухам, Путин, отвечавший за лицензирование петербургских казино, был причастен и к неофициальным сборам средств.
По четвертому пункту обвинений. Циркулировали упорные сведения о том, что Путин занимался по поручению Собчака приобретением недвижимости во Франции. Эти сведения всплыли в 1999 году в момент назначения Путина премьер-министром. Однако доказательств, якобы, не обнаружено.
После проигрыша Собчака на выборах губернатора Санкт-Петербурга, в бездарно проведенной кампании (и даже в том, что он предал своего шефа) обвинили Путина. В качестве доказательства приводилась информация о том, что Путин за два дня до выборов в течение двух часов 17 мая встречался с Владимиром Яковлевым — соперником Собчака, называл его на «ты». Заслуживает упоминания загадочный пожар на даче Путина в Рощине в 1996 году, как раз это был год выборов в СПб. Кто поджег Путина? И за что?
В 2000 году газета «Стрингер» довольно жестко нападала на свежеизбранного президента, вовсю пороча его честь и достоинство. Так, ее следующие данные проливают свет на причину неприязни Путина к олигарху Гусинскому. Газета сообщила, что Путин принял участие в приватизации 11-го канала Петербурга и продаже его каналу "Русское видео". В ходе этой приватизации, якобы, был нарушен закон. По этому факту было возбуждено уголовное дело. Вел его уже упоминавшийся ранее старший следователь Генпрокуратуры РФ Ю. М. Ванюшин. В ходе следствия, якобы, выяснилось, что Д. Рождественский (владелец "Русского видео") финансировал поездки жены Путина за границу. Напомним, что позже в связи с этим основной фигурант дела Михаил Мирилашвили попал под следствие, а с "Русского видео" началась история разгрома «Мост-Банка» и Владимира Гусинского. Дело в том, что, по некоторым данным, именно Гусинский инициировал этот эпизод информационной войны против Путина. Тогда же, писал «Стрингер», Путин пытался оказывать на следствие давление — с целью заретушировать свое участие. Далее есть смысл обширно привести текст информационно-аналитической записки жесточайше антипутинского содержания, опубликованной «Стрингером» в ноябре 2000 года:
«…Будучи вице-мэром Санкт-Петербурга Путин отвечал за лицензирование ряда казино, получая за каждую лицензию от 100 до 300 тысяч долларов. Кроме того, он является учредителем всех элитных клубов города.
Ближайшей связью Путина по коммерческой деятельности является Цепов Р. Н., руководитель охранной фирмы «Балтик-эскорт» (ее основал некто Золотов, в прошлом начальник личной охраны А. Собчака, ныне руководитель личной охраны Путина). В 1994 году Цепов привлекался к уголовной ответственности по ст. 222 УК РФ (незаконное хранение и ношение огнестрельного оружия). Несмотря на это Цепов является офицером 7-го отдела РУБОПа Санкт-Петербурга. Именно Цепов собирал деньги при лицензировании игорного бизнеса города. В качестве примера можно назвать казино «Конти», руководитель которого Мирилашвили ежемесячно через Цепова выплачивает мзду Путину. Фирма «Фармавит» платит Путину 20 тысяч долларов США в месяц. В 1995 году Цепов подарил жене Путина изумруд, который он выиграл в карты у преступного авторитета Боцмана. Последний в 1994 году украл изумруд в Южной Корее. Изумруд находится в розыске в «Интерполе» (каталог 1995-96 гг.). Цепов оказывает Путину услуги с условием, что последний будет «прикрывать» его деятельность. Через Путина Цепов получил пять документов прикрытия, в том числе ФСБ РФ, СВР РФ, МВД РФ. В марте 1998 года заместитель Генерального прокурора Катышев возобновил уголовное дело в отношении Цепова (находится в уголовном производстве у указанного выше следователя Ванюшина Ю. М.). В настоящее время Цепов скрывается от уголовного преследования в Чехии, куда выехал по подложным документам (загранпаспорт, права оформлены на подставную фамилию в УФСБ по г. Санкт-Петербургу).
Основными силовыми структурами, на которые опирается Путин, являются ФСБ РФ и РУБОП. Бывшие руководители РУБОПа Шаханов и Милин совместно с Путиным и начальником УФСБ по Санкт-Петербургу Григорьевым осуществили вывоз А. Собчака во Францию. Наканун, е при допросе Собчака в Генеральной прокуратуре спецотряд быстрого реагирования (СОБР) РУБОПа по просьбе Путина вывез Собчака в больницу, где начальник Военно-медицинской академии Шевченко установил «липовый» диагноз. Позднее такой же «липовый» диагноз был установлен Руслану Линькову (свидетелю покушения на Г. Старовойтову).
В уголовном деле следователя Ванюшина Ю. М. имеются материалы о том, что по просьбе Собчака и Путина Шаханов и Милин в 1991 году провели несанкционированный обыск у бывшего помощника Собчака Шутова Ю. Т., целью обыска было изъятие у последнего магнитофонной беседы Собчака с резидентом французской разведки. В 1992 году на Шутова Ю. Т. было организовано разбойное нападение, в результате которого с черепно-мозговой травмой пострадавший был отправлен в больницу.
В следственной бригаде прокуратуры (Ванюшин Ю. М.) имеются материалы о том, что бывший руководитель специализированного бюро ритуальных услуг Макутов ежемесячно выплачивал Путину по 30 тысяч долларов США.
С помощью вице-губернатора Санкт-Петербурга Гришанова (бывший командующий Балтийским флотом) Путин через порт Ломоносов занимался продажей кораблей военно-морской базы.
Данный порт, находящийся на территории бывшей военно-морской базы и созданный Собчаком, Путиным и Черкесовым, является пропускным пунктом по контрабанде природных ресурсов из России и ввоза в нашу страну импортных товаров. Работа по данному направлению осуществлялась, в частности, Морским департаментом "Русского видео".