С 1 марта 1979 года, с трудом добившись некоторого успокоения в Тегеране, имам покинул столицу и переехал в Кум. Здесь, в небольшом полутораэтажном доме, в комнате, лишенной всякой мебели (лишь постель на полу и книги), которая станет и жилищем и канцелярией, сидя на ковре в окружении ближайших советников, в основном родственников, имам будет принимать посетителей, в том числе официальные иностранные делегации. Жизнь его будет так же проста и скромна, как у пророка: первая молитва до рассвета, чтение Корана, скудный завтрак, работа, дневной сон и т. д.
Отныне все дороги должны вести в Кум, место пребывания фактического правителя страны. Сюда каждый четверг будут ездить премьер-министр с членами кабинета, а в остальные дни — другие официальные и неофициальные (но главные) лица.
Хомейни провозгласил начало «правления аллаха» в Иране, а страна получила официальное наименование — Исламская Республика Иран.
В стране появилось множество общественных и политических организаций, ассоциаций, групп (в одном только Тегеране их было больше ста), придерживающихся самых различных взглядов на будущее социальное и политическое устройство. Но Хомейни не поддерживал открыто ни одну из них. Придерживаясь подобного образа действий, во всех перипетиях ожесточенной внутриполитической борьбы Хомейни всякий раз оказывался в наиболее выгодной для него позиции, позволявшей ему неизменно фигурировать в роли «отца нации», незапятнанного и безупречного, уставшего от интриг, ведущихся вокруг него, но отнюдь не ответственного ни за одну из них. Он сохранял уважение каждой из этих группировок до тех пор, пока не запрещал окончательно ее политическую активность.
При таком положении авторитет и полномочия имама с самого начала почти никто не оспаривал, за исключением отдельных светских леволибе-ральных и левоэкстремистских групп, заявлявших, что они не намерены менять «тиранию короны на тиранию тюрбана», и некоторых религиозных и политических организаций национальных меньшинств, в особенности курдов-суннитов, выступавших за национальную автономию. За это на них были обрушены жесточайшие репрессии, в результате которых светская леволиберальная оппозиция полностью сошла с политической арены Ирана, а в Курдистане началась затяжная необъявленная война.
Утвердившийся в верховной власти имам использовал политику гражданского кабинета министров в собственных интересах. Революционные комитеты и революционные трибуналы духовенство со временем полностью подчинило себе, превратив их в оружие «исламской революции». То же самое произошло с самоуправленческими комиссиями рабочих и служащих на предприятиях, их заменили смешанными комиссиями в составе мулл, предпринимателей и трудящихся. Оказывая премьер-министру Базаргану негласную поддержку в восстановлении шахской армии и органов безопасности, духовенство одновременно составило из безработной молодежи собственную гвардию — Корпус стражей исламской революции, который использовался в качестве противовеса не только старым вооруженным силам, но и партизанским формированиям левых организаций. В то же время в мечетях создавались тщательно законспирированные штаб-квартиры огромной неформальной организации — «партии Аллаха» (хезболла), объединявшей религиозных фанатиков.
Базарган вынужден был провести ряд популярных мероприятий патерналистско-благотворительного характера: увеличение зарплат, введение пособий по безработице, предоставление бедноте дешевого или даже бесплатного жилья и многих других, способствовавших удовлетворению самых неотложных нужд части трудящихся.
В первое время после февральской победы был установлен полный контроль над нефтяными ресурсами страны, проведена национализация части крупной капиталистической собственности: промышленных предприятий, банков, страховых компаний. При этом иностранным акционерам пообещали полностью компенсировать потери.
Одновременно руководимые Хомейни религиозные круги усиленно претворяли в жизнь программу исламизации общественных и семейных отношений, образования и управления. В государственных учреждениях проводились одна за другой «чистки», имевшие целью изгнать из них лиц, скомпрометировавших себя сотрудничеством с шахским режимом; а затем и членов левых («атеистических») организаций. Суровым физическим наказаниям подвергались также нарушители исламского «морального кодекса».
Базарган уже с марта 1979 года неоднократно подавал прошения об отставке, поскольку деятельность всех министерств не только контролировали, но подчас и дублировали многочисленные параллельные органы власти, составленные из религиозных деятелей. Хомейни всякий раз отклонял прошения премьера об отставке, чтобы не создавать благоприятных условий для деятельности оппозиционных сил. В то же время он не оказывал премьеру полной поддержки, поскольку это могло дать повод для отождествления имама с правительством, которое общественность обвиняла в посягательстве на революционные завоевания, хотя на деле оно стало прикрытием для фактического правления духовенства.
Положение резко изменилось к осени 1979 года, когда разразился экономический кризис. В последние дни октября по ряду городов Ирана пронесся шквал народных выступлений, авангардную роль в которых играла молодежь. В этих условиях исламисты, поощряемые Хомейни, подвергли резкой критике внутреннюю и особенно внешнюю политику кабинета Базаргана как противоречащую «курсу имама».
В начале ноября студенческие демонстрации в результате призывов религиозных лидеров приобрели антиамериканскую направленность. 4 ноября наспех сколоченная Организация мусульманских студентов — последователей курса Хомейни — осуществила заранее запланированную акцию по захвату сотрудников американского посольства в Тегеране в качестве заложников впредь до выдачи Ирану бывшего шаха.
Базаргану пришлось подать в отставку, и имам принял ее. Таким образом у руля управления с этих пор безраздельно утвердилось исламское движение.
2-3 декабря 1979 года референдум утвердил «исламскую конституцию». Хомейни стал де-юре пожизненным всевластным правителем Ирана. Сразу после референдума имам разгромил остатки либеральных сил, которые после ухода в отставку Базаргана сгруппировались вокруг популярного великого аятоллы Шариат-Мадари, выступавшего против активного участия духовенства в политике. В декабре 1979-го — январе 1980 года выступления его сторонников в Иранском Азербайджане были подавлены. Сам Шариат-Мадари до своей смерти (1985) практически находился под домашним арестом. Волна репрессий коснулась и других представителей духовенства, недовольных характером устанавливающегося в стране исламского режима.
В начале января 1980 года в связи с сердечным недомоганием Хомейни переехал в Тегеран. После двухмесячного пребывания в кардиологической клинике он был поселен в уединенно расположенном особняке фешенебельного пригорода Джамаран на северной окраине иранской столицы. Теперь он реже стал появляться на людях, ограничиваясь в основном церемонным приветствием с балкона и речами по радио и телевидению.
25 января 1980 года при содействии Хомейни на пост президента страны был избран «мирской мулла» Банисадр, называвший себя «духовным сыном имама». Последний пошел на значительное расширение полномочий Банисадра, вплоть до передачи ему своих прерогатив как верховного главнокомандующего вооруженными силами страны. Одновременно при содействии имама аятолла Бехешти и его сторонники получили важные посты в судебных и военных органах, а затем и большинство мест во вновь избранном в марте — мае 1980 года парламенте, что позволило им полностью нейтрализовать президента. Политика «стабилизирующего конфликта» продолжалась.
С весны 1980 года по всей стране началась санкционированная имамом «великая исламская культурная революция». С августа клерикалы взяли в свои руки формирование кабинета министров, возглавленного преданным им светским деятелем — Мохаммедом Али Раджаи. Под их контроль перешли и все звенья исполнительной власти, тогда как президент практически оказался в положении «третьего лишнего».
22 сентября 1980 года в ответ на массированные обстрелы иранской артиллерией пограничных населенных пунктов Ирака войска Хомейни вступили на территорию Ирана.
Этот возникший на почве пограничных и территориальных столкновений и затянувшийся на восемь лет самый кровопролитный со времен Второй мировой войны вооруженный конфликт Хомейни определил как «священную войну между исламом и богохульством», он стал на первых порах новым фактором национального сплочения.
«Мы должны благодарить Аллаха за эту войну, которая объединяет нас», — говорил он в одном из выступлений.
Десятки, а то и сотни тысяч мальчишек 12–16 лет ценой своей жизни разминировали иракские минные поля, откликаясь на призыв Хомейни «пролить кровь для оплодотворения революции» и надеясь такой ценой «заработать» обещанную им «путевку» в рай. По различным подсчетам, Иран потерял в войне от 500 000 до миллиона человек убитыми и ранеными.