Софья назначила высшим стрелецким начальником князя И. А. Хованского, сторонника Милославских, весьма популярного среди стрельцов. Но тот начал вести свою игру, с одной стороны баламутя войско, с другой — говоря Софье, что, «когда меня не станет, то в Москве будут ходить по колена в крови».
Это время и получило название «Хованщина». Старообрядцы, еще недавно жестоко преследуемые правительством, почувствовали слабость Кремля и стали изо всех уголков страны стекаться в Москву и проповедовать в стрелецких полках возврат к старой вере. Хованский их поддерживал, видя в этом еще один рычаг давления на регентшу. Но, собственно, вернуться к старой вере было не в силах правительства: это была прерогатива церкви и патриарха. Да и вряд ли Софья на это пошла бы: тем самым она не только признала бы неправоту исправления богослужебных книг своим отцом, но и окончательно потеряла авторитет в народе.
Между тем старообрядцы стали настаивать на диспуте между представителями «старой» и «новой» веры и получили в этом поддержку от Хованского. Софья, понимая, что дискуссии избежать уже не удастся, сумела перенести ее с площади в Кремль, в Грановитую палату. Было ясно, что на площади диспут станет слушать народ, который мало что понимает в богословии, и его симпатии окажутся просто на стороне более умелых ораторов. А учитывая еще и весьма низкую популярность власти…
5 июля диспут состоялся. Церковь представлял патриарх, а старообрядцев — Никита Пустосвят. Все в итоге свелось к взаимным обвинениям в ереси и невежестве и закончилось чуть ли не дракой. Старообрядцы вышли на площадь и объявили, что спор они выиграли, и потому их вера правильная.
Софья, видя, что происходит в Москве, сказала стрельцам, что, раз стрельцы оказались в «единомыслии с раскольниками», она намерена покинуть Кремль и идти в «другие города», где возвестит народу о «таком непослушании и разорении».
Угроза оказалась действенной: перестав быть заложником стрельцов, правительство могло собрать дворянское ополчение и разгромить их. Стрельцы испугались, и в этот же вечер Никиту Пустосвята схватили и казнили, а Хованскому с трудом удалось спасти остальных старообрядцев, которым он перед диспутом гарантировал жизнь и свободу. Софья же уже не рассчитывала на помощь Хованского: он стал одним из самых главных ее противников.
19 августа, следуя на крестный ход в Донском монастыре, царская семья в полном составе (то есть оба царя, обе вдовствующие царицы — Наталья и Марфа, и семь царевен) под конвоем стрельцов свернула в сторону Коломенского, откуда по проселкам, в объезд Москвы к 14 сентября добралась до села Воздвиженского на Ярославской дороге, в нескольких верстах от Троице-Сергиевого монастыря, который стал царской резиденцией на время противостояния со стрельцами. Сюда же подтянулись остатки Боярской думы и те, кто был на стороне Софьи.
Князь Хованский, узнав о маневре, тут же с сыном Андреем отправился в Воздвиженское, но по дороге, во время ночевки, был схвачен отрядом стольников и доставлен к Софье уже пленником. Это стало хорошим подарком к ее дню рождения, 17 сентября. Хованским тут же был зачитан приговор, который не замедлили привести в исполнение. О призраках отца и сына мы поговорим чуть ниже, пока же расскажем о дальнейшей судьбе царевны.
Перенеся свою ставку в Троицу, Софья стала собирать ополчение. Стрельцы, когда до них дошли эти страшные вести, тут же принялись слать в Троицу челобитные, в которых не только клялись в верности, но даже умоляли снести памятный столб с Лобного места. Вскоре они выдали царевне младшего сына Хованского Ивана, который не был казнен, а всего лишь отправился в ссылку, и помощника Хованского Алексея Юдина (этот головы не сносил). Начальником стрельцов назначили думного дьяка Федора Шакловитого, который весьма быстро, даже обойдясь без репрессий, навел в приказе порядок.
Уже в начале ноября царский двор вернулся в Москву, лишь царица Наталья Кирилловна вместе с сыном осталась в загородной резиденции — селе Преображенском. Москва была под Милославскими, и Петр появлялся там лишь для участия в обязательных церемониях. Правительство фактически возглавила Софья, опираясь на Василия Голицына и Федора Шакловитого. Интересно, что, как обычно и бывает в России с незаконными правителями — она была далеко не худшей государыней. Вольтер писал о ней: «Правительница имела много ума, сочиняла стихи, писала и говорила хорошо, с прекрасной наружностью соединяла множество талантов; все они были омрачены громадным ее честолюбием». Софья заключила выгодный для России «вечный мир» с Польшей, Нерчинский договор с Китаем, послала в Париж первое русское посольство.
Однако борьба за власть продолжалась, двум правителям в России было тесно. 8 июля 1689 года, во время празднования Казанской иконы Богоматери, случился первый публичный конфликт между подросшим Петром и Софьей. Петр подошел к сестре и сказал, чтобы та не смела идти вместе с мужчинами в крестном ходу. Софья же взяла в руки икону Богородицы и демонстративно пошла. Петр, не зная, что на это ответить, удалился из Москвы.
Но уже меньше чем через месяц произошло событие, которое стало первым шагом к разрешению двоевластия. 7 августа Софья приказала Федору Шакловитому собрать побольше стрельцов в Кремль якобы для сопровождения царской семьи в Донской монастырь на богомолье. Одновременно же по Москве было распространено подметное письмо, в котором говорилось, что Петр собирается прийти из Преображенского в Москву с войском и убить Софью и Ивана. Шакловитый хотел выступить в Преображенское, чтобы всех там перебить, но Петр вместе со сторонниками спрятался за стенами Троицы.
Вслед за ним 8 августа туда же прибыли обе царицы, Наталья и Евдокия, и «потешные» полки с артиллерией.
16 августа Петр потребовал, чтобы от всех полков в Троице-Сергиев монастырь были присланы начальники и по десять человек рядовых. Софья, под страхом смертной казни, это делать запретила, а Петру отправила грамоту, что его приказ в силу технических причин исполнить невозможно.
27 августа Петр уже не через правительство, а лично приказал всем полкам отправляться к Троице. Большая часть полков пошла, и Софья, поняв, что силы неравны, признала свое поражение. Она и сама, вслед за полками, отправилась в Троицу, но в селе Воздвиженском ее встретили посланники Петра с приказом вернуться в Москву. 7 сентября Петр издал указ об исключении Софьи из царского титула.
Вскоре он сам прибыл в столицу. Софья была заключена в Новодевичий монастырь, Шакловитый казнен, а Иван, встретивший Петра в Успенском соборе, фактически отдал ему правление. 29 января 1696 года Иван умер, но до этого времени продолжал быть царем. Петр, впрочем, не особо утруждал себе государственными делами: за него фактически правили Нарышкины. И лишь еще одна попытка стрелецкого бунта заставила его окончательно взять власть в свои руки.
В марте 1698 года в Москве появились 175 стрельцов, дезертировавших из четырех стрелецких полков, что участвовали в Азовских походах. Претензий к властям у них было много: и притеснения полковников, и непомерные тяготы службы, и то, что вместо Москвы из Азова гарнизоны вернули в Великие Луки. Стрельцы хотели подавать жалобу, но их попытались арестовать. Тогда они укрылись в слободах и установили связь в находящейся в монастыре Софьей. Это еще больше испугало власти, и 4 апреля 1698 года против стрельцов послали солдат Семеновского полка. Вскоре «челобитчиков» выбили из города, и те были вынуждены вернуться к себе в полки, где началось брожение.
6 июня стрельцы сместили своих начальников и двинулись к Москве, желая посадить на престол Софью. Но на подступах к столице их войско было разбито регулярной армией, хоть и уступавшей им в количестве, но, видимо, превосходившей дисциплиной и уровнем подготовки.
Начались казни: 22 и 28 июня были повешены 56 «пущих заводчиков» бунта, 2 июля — еще 74 «беглеца» в Москву. 140 человек были биты кнутом и сосланы, 1965 человек — разосланы по городам и монастырям.
Петр срочно вернулся из-за границы и начал следствие заново: с сентября 1698 по февраль 1699 года казнили, по официальным данным, еще 1182 стрельца. Впрочем, многие современники упоминали другую цифру, утверждая, что от петровского «великого розыска» лишились жизни 7000 человек. Еще 601 человек был бит кнутом, клеймен и сослан. Это были, в основном, несовершеннолетние дети стрельцов. Следствия и казни продолжались еще до 1707 года, но уже, естественно, не так кроваво. Стрелецкие полки расформировали, а стрельцов с семьями, даже не участвовавших в смутах, выслали из Москвы.
В казнях стрельцов с большим удовольствием принимал участие и сам Петр, и его окружение. Меншиков позже хвалился, что собственноручно срубил двадцать голов. Петр же казни начал, отрубив первые пять голов. Полковник Блюмберг и Лефорт принимать участие отказались, мотивируя тем, что в их землях «такого не водится».
