После Феоктиста на Соборе допрашивали (1 июля) старца Соловецкого монастыря Герасима Фирсова. И он сказал, что в Соловецком монастыре по новым Служебникам доселе не служат и наречного пения не поют, потому что не было о том повеления от архимандрита; что он, Герасим, о крестном знамении держит так, как напечатано в «Скрижали», а если прежде о том соблазнялся по неведению, то просит прощения; что Символ веры исповедует, как напечатано в новоисправленных книгах. И когда Герасима спросили: истинно ли и не из страха ли только он, написавши многие письма на новоисправленные книги, так скоро обещается теперь содержать все по этим книгам, он отвечал: ей, истинно и не из страха, а на те письма обещаюсь написать обличения. И так как Собор, выслушав Герасима, не положил теперь никакого решения, то 12 июля он опять явился в заседание Собора и со слезами просил себе прощения и тогда послан был «наставления ради» в Иосифов волоколамский монастырь. В августе, 18-го числа, велено было спросить Герасима, пишет ли он обличение на свои прежние письма, как обещался пред властями. И он отвечал, что доселе еще не писал, да и книг у себя не имеет, а как получит милость от государя и прощение от освященного Собора, то не отказывается исполнить свое обещание. Но скоро Герасим тяжко заболел, и архимандрит иосифовский Савватий с братиею, донося об этом государю, спрашивал, можно ли Герасима исповедать и приобщить Святых Тайн. По решению Собора приказано было предварительно допросить Герасима, истинное ли и неложное покаяние приносит он Церкви Божией и освященному Собору, и если скажет, что истинное и неложное, то исповедать его и причастить Христовых Тайн и погребсти в Иосифовом монастыре. Указ этот был дан 21 сентября, и старец Герасим «в мире уснув и почи о Господе».
Подобным образом принесли пред Собором покаяние еще два старца: Антоний, бывший архимандрит муромского Спасского монастыря, и Аврамий, бывший строитель лысковского Покровского монастыря в Нижегородском уезде. Первый в своим покаянном свитке от 30 мая признавал себя виноватым, что писал челобитную государю и другие тетради на новоисправленные книги «от неведения и от ненаучения», и просил себе прощения и разрешения, давал обещание содержать впредь и Символ веры, и все церковные службы, и келейное правило по новоисправленным печатным книгам и уверял; что признает Восточных патриархов и всех русских архиереев православными и во всем им повинуется. Отцы Собора послали Антония «ради совершенного исправления» в Кирилло-Белозерский монастырь. Старец Аврамий на допросе пред Собором 30 мая сказал, что служил доселе по старым Служебникам, а не по новым, потому что привык служить по старым, и Символ веры читал по-прежнему, а впредь обещается содержать Символ и всякую церковную службу исправлять по новоисправленным печатным книгам, патриархов же и всех русских архиереев признает православными и во всем им повинуется. Собор того же 30 мая послал Аврамия для исправления в Свято-Троицкую Сергиеву лавру.
В последнем, одиннадцатом, заседании отцы Собора держали между собою совет, чтобы для укрощения мятежа церковного, возбужденного раскольниками, написать «наставление благочиния церковного» и дать для руководства духовенству, а чрез него и всем мирянам. В этом наставлении отцы Собора выразили свое общее определение относительно раскола, обличением которого доселе занимались. Предварительно они кратко объяснили причину, вызвавшую их собраться на Собор, начертав следующую картину: «Многие невежды не только из простых, но и из священных лиц, одни по неведению Божественных писаний и порочной жизни, другие, по-видимому и добродетельные, но надменные самомнением и считая себя мудрыми, хотя исполнены всякого бессмыслия, третьи, увлекаясь ревностию не по разуму, возмутили души многих неутвержденных иные словом, иные же и письменно. Книги печатные, исправленные при патриархе Никоне с древних греческих и русских книг, называют еретическими, самого Никона всячески злословят и хулят и весь архиерейский чин уничижают, говорят, что церкви теперь не церкви, архиереи не архиереи, священники не священники и многие другие подобные хулы. Священники вознерадели о всяком церковном благочинии и попечении, за что и отдадут ответ пред Богом, начали гнушаться новопечатных книг и не совершают по ним Божественного славословия... А многие христиане совсем отлучились от церковной молитвы, перестали ходить в церковь, лишают себя исповеди и причастия Христовых Тайн. В Москве люди, имеющие средства, держат по домам своих вдовых священников без благословения и свидетельства архиерейского, часто пришлых из других епархий, запрещенных и даже лишенных сана, чтобы только не ходить в церкви, где совершаются церковные службы по новопечатным книгам. Между многими в народе распространено мнение, будто церкви, и чины, и таинства, и последование церковное осквернены многими ересями и антихристовою скверною». Вслед за тем самое определение свое, направленное против раскола, отцы Собора изложили в виде «заповеди» архимандритам, игуменам, протопопам, старостам поповским и вообще духовенству: а) чтобы священники учили своих детей покоряться во всем святой Восточной Церкви и совершали службы по новоисправленным Служебникам, Требникам и прочим книгам чинно и единогласно, «ибо, – говорили отцы Собора, – патриарх Никон не сам собою сотворил то, но по совету святейших патриархов греческих и по согласию русских архиереев и всего освященного Собора исправил книги с греческих и древних славянских книг, да и мы подробно испытывали ныне на Соборе наши древние рукописные славянские книги, а иные показывали и вам в патриаршей крестовой палате и не нашли в новопечатных наших книгах ничего превращенного или противного нашей православной вере»; б) чтобы просфорницы везде печатали просфоры печатию четвероконечного креста, прежние же печати у них были бы отобраны и в Москве отданы в тиунскую избу, а в прочих местах десятильникам; в) чтобы знамение креста творили на себе все тремя первыми перстами правой руки: «Тако бо имут вси народи христианстии издревле и доныне неизменно, подобно и отцы наши, и деды, и прадеды издревле, друг от друга приемлюще, тако знаменовахуся, якоже и ныне видим мужей-поселян неизменно, из древняго обычая, тако знаменующихся треми первыми персты»; г) чтобы молитву Иисусову произносили так: «Господи Иисусе Христе, Боже наш, помилуй нас», как издревле употребляется она во всей Церкви, хотя не осуждаем этой молитвы и в таком виде: «Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй нас», как иногда произносят ее некоторые; д) чтобы священники и сами говорили, и людей учили говорить аллилуйю трижды, а затем «слава Тебе, Боже» по древнему обычаю святой Восточной Церкви; е) чтобы благословляли священники народ перстосложением именословным. Вместе с правилами, направленными против раскола, в наставлении, или определении. Собора изложено несколько правил относительно благоповедения духовенства и церковного благочиния, сказано, например, как хранить святое миро, как приготовлять и хранить Святые запасные Дары, как вести записные книги о рождающихся и сочетавающихся браком и подобное. Подлинник этого своего наставления отцы Собора подписали своими руками 2 июля 1666 г. и положили в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы в Москве, а старостам поповским дали приказ, чтобы все подведомые каждому из них священники списали для себя копию с этого наставления и держали в своих церквах. Достойно особенного замечания, что Московский Собор 1666 г., обличавший расколоучителей и некоторых из них строго осудивший за их нестерпимые хулы на Церковь и противление ей, не изрек в своем общем определении никакого проклятия и прямого осуждения на самые старопечатные книги, ни на двуперстие в крестном знамении, ни на сугубую аллилуйю, ни на другие обряды, излюбленные раскольниками.
Повторяем: деяния Собора 1666 г., нами рассмотренные, описаны Симеоном Полоцким на основании подлинных документов, и потому описание это заслуживает полной веры. Но оно, надобно сказать, не отличается ни строгою точностию, ни полнотою. По описанию, первое заседание Собора происходило в феврале, а последнее, когда Собор подписал свое «наставление» духовенству, 2 июля. Между тем, как мы видели, заседания Собора продолжались и около половины июля (ссылка Герасима Фирсова в Иосифов монастырь), и в конце августа (ссылка туда же Неронова), и в конце сентября (допрос попа Лазаря). Всех заседаний, или деяний, соборных было будто бы только одиннадцать, но их было больше. Например, дело благовещенского диакона Федора разбиралось не в одном заседании – шестом, но в двух – 11 и 13 мая; старец Герасим Фирсов судился также не в одном заседании – десятом, но в двух – 1 и 12 июля, и в описании этого десятого заседания соединены события, из которых одни происходили на Соборе 30 мая, а другие – 1 и 12 июля. Самый порядок соборных заседаний изложен без соблюдения хронологии. Сказано, например, что протопоп Аввакум судим был на четвертом заседании, а поп Никита на пятом, между тем Никита осужден 10 мая, а Аввакум 13 мая. Сказано, что в девятом заседании допрашивали попа Лазаря, который мог прибыть в Москву из Пустозерска не раньше конца сентября, а в десятом и одиннадцатом заседаниях происходило то, что случилось гораздо прежде, именно 30 мая и 1, 2 и 12 июля. Видно, что у Симеона Полоцкого не было под руками записей ни о днях, ни о числе соборных заседаний, и потому он старался наугад распределить находившиеся в его распоряжении достоверные известия о деяниях Собора и, за исключением двух заседаний, не обозначил в своем описании ни числа, ни даже месяца, когда каждое заседание происходило. О некоторых же соборных деяниях Симеон вовсе не упомянул: например, умолчал почти о всем, что касалось Соловецкого монастыря, сказав только о допросе одного соловецкого старца Герасима Фирсова. Между тем Собор не раз обращал свое внимание и на Соловецкий монастырь по делу о расколе.