Второе заседание Собора происходило около 18 ноября в патриархии, в патриаршей крестовой палате. В этом заседании участвовали только патриархи, митрополиты, архиепископы, епископы и другие духовные лица, но не было ни государя, ни его синклита и при них царских дьяков, почему оно и не упоминается в современной записи, составленной дьяками, а довольно подробно описывается лишь у Паисия Лигарида, который и был на нем, судя по описанию, главным действователем. Собрание обсуждало три следующие вопроса: а) дозволительно ли созывать Соборы по нуждам времени; б) имел ли право царь Алексей Михайлович созвать Собор, на который пригласил и Восточных патриархов, и в) будет ли созванный теперь Собор Вселенским или только частным. Поместным? Дать ответ на эти вопросы еще до суда над Никоном собравшиеся архипастыри сочли нужным, может быть, вследствие толков в обществе, исходивших от сторонников Никона или даже от самого Никона: известно, например, что он еще в 1660 г. отрицал право царя Алексея Михайловича созывать Собор. На все три вопроса решение заблаговременно было приготовлено Паисием Лигаридом и в заседании Собора было только прочитано. На первый вопрос Паисий отвечал утвердительно и, указав на Соборы, бывшие еще при святых апостолах, на правила апостольские и соборные, повелевающие созывать Соборы, на примеры Соборов Вселенских и Поместных, пришел к заключению, что и ныне можно и должно созывать Соборы по требованиям нужды. Утвердительно отвечал Паисий и на второй вопрос и довольно подробно раскрывал мысль, что цари греческие, как только сделались христианами и покровителями Церкви, сами созывали Соборы: Константин Великий созвал Собор Никейский – Вселенский, Феодосий Великий – Собор Константинопольский, Феодосий Младший – Ефесский, Маркиан – Халкидонский и пр. и что по примеру греческих православных царей и царь Алексей Михайлович, равный им во всем, имеет полное право на созвание Собора. Решение третьего вопроса состояло в том, что хотя Собор, созванный царем Алексеем Михайловичем, представлял собою подобие Вселенского Собора, так как на нем присутствуют два Вселенские патриарха и многие архиереи из всех патриархий, но собственно это не есть Собор Вселенский: на нем не предположено рассматривать и определить какой-либо догмат веры, а предположено только произнесть суд над Никоном, вызванный его недостойными делами. Настоящий Собор похож на Собор, бывший некогда против Цареградского патриарха Фотия и называющийся в Церкви только Поместным, а не Вселенским. Когда таким решением вопроса все были удовлетворены, Паисий встал с своего места и сказал длинную и витиеватую речь, в которой, приписывая особенное, таинственное значение числу семь (7 дней творения, 7 труб, от которых пал Иерихон, и пр.), старался доказать, что Вселенских Соборов должно быть только семь, никак не более, и что все прочие Соборы, каковы бы они ни были, не следует называть Вселенскими. После этого присутствовавшие в заседании разошлись. Но Паисий прибавляет, что кроме трех вопросов, решенных в заседании Собора, предложены были еще два вопроса «келейно», т. е., вероятно, уже в кельях патриархов по окончании заседания, и именно вопросы: а) почему Александрийский патриарх называется судиею вселенной и б) с какого времени Антиохийский патриарх начал именоваться пастырем пастырей и архиереем архиереев? Ответы и на оба эти вопроса, весьма подробные, с учеными ссылками, даны были тем же Паисием Лигаридом и, очевидно, направлены были против Никона, не хотевшего признать авторитет этих патриархов для суда над ним.
Прошло до двадцати дней со времени первого заседания Собора. Патриархи Паисий и Макарий имели возможность достаточно изучить дело, о котором судить были призваны. И вот 28 ноября последовало третье заседание Собора в столовой избе у государя, во многом похожее на первое и также описанное в современной записи. Прибыли в заседание, с одной стороны, патриархи, митрополиты, архиепископы, епископы, архимандриты, игумены, а с другой – сам царь, бояре, окольничие и думные люди. Государь опять заговорил о бывшем Московском патриархе Никоне, «и о самовольном его отшествии с патриаршего престола без повеления его царского величества и всего освященного Собора, и что соборная и апостольская Церковь стоит без пастыря девятый год», и потом просил патриархов, чтобы они «учинили о том по правилам св. апостол, и по преданию св. отцов седми Вселенских Соборов, и по своему рассмотрению». Патриархи после совещания с прочими членами Собора отвечали государю, что по правилам святых Соборов надобно позвать Никона патриарха на Собор и допросить, почему он оставил свою кафедру и самовольно отошел в Воскресенскую обитель, равно и о других его винах. И указали вместе со всем Собором послать к Никону Псковского архиепископа Арсения и с ним двух архимандритов – ярославского Спасского монастыря Сергия и суздальского Спасо-Евфимиева монастыря Павла. Тотчас же, как свидетельствует Паисий, составлена была на Соборе в присутствии самого государя грамота, которую должны были передать Никону посланные к нему и которая гласила: «Блаженнейшие патриархи кир Паисий, папа и патриарх великого града Александрии и судия вселенной, и кир Макарий, патриарх Божия града Антиохии и всего Востока, и весь святейший Собор архиереев приглашают тебя прибыть в царствующий град Москву без всякого замедления и лично предстать пред нами по некоторым духовным делам. Не будь непокорен приглашению и явись со смирением – так внушаем тебе поступить непременно». Этим и окончилось третье и последнее предварительное заседание Собора.
На следующий день, 29 ноября, в шестом часу дня, архиепископ Арсений и два архимандрита прибыли к патриарху Никону и, с его дозволения представившись ему, прочли пред ним соборную грамоту. Выслушав ее, Никон отвечал: «Я имею поставление святительское и престол патриаршеский не от Александрийского и не от Антиохийского, но от Константинопольского патриарха (это неверно: Никон поставлен сперва в митрополита, потом в патриарха от своих русских святителей, а не от Константинопольского патриарха, и престол патриаршеский в России утвержден всеми четырьмя Восточными патриархами, а не одним Константинопольским); патриархи же Александрийский и Антиохийский и не живут сами в Александрии и Антиохии, а один живет в Египте, другой в Дамаске. Если они по согласию с Константинопольским и Иерусалимским патриархами пришли в Москву для духовных вещей, то и я, как соберусь, приду в царствующий град для духовных всяких вещей известия ради». Но когда соберется и придет, нс сказал. Посланные к нему объявили, что им не велено возвращаться в Москву без него, патриарха Никона, но он только повторил: «Как соберусь, приду». О всем этом архиепископ и архимандриты поспешили отправить донесение к царю и Собору. Между тем в седьмом часу ночи того же числа они получили от правившего патриаршеством митрополита Павла Сарского грамоту, в которой было написано, чтобы, когда Никон поедет в Москву, возы его в дороге отнюдь не развязывались, из людей его никто наперед в Москву не был отпущен и сам он приехал в Москву не раньше как в третьем часу ночи или позднее.
Донесение, отправленное из Воскресенского монастыря к царю и Собору, могло достигнуть Москвы лишь ночью под 30-е число ноября. И едва только настало это число, царь в первом часу дня с своим синклитом пришел уже в свою столовую избу; туда же пришли и патриархи со всем освященным Собором. Тотчас же прочитано было донесение о Никоне от присланных к нему, и патриархи сказали: приходится послать к нему по правилам соборным второе и третье приглашение. И указали для второго приглашения послать к Никону владимирского рождественского архимандрита Филарета да чудовского соборного старца священника Лаврентия, а для третьего приглашения – новоспасского архимандрита Иосифа да спасского протопопа из дворца Онисима. Сделав такое распоряжение, патриархи со всем Собором в том же заседании 30 ноября приступили к самому суду над Никоном, хотя пока заочному, так что заседание это, четвертое по порядку, после трех предварительных, было первым в ряду собственно судебных заседаний. Никон своим ответом на первое приглашение к нему от Собора дал почувствовать патриархам Александрийскому и Антиохийскому, что не признает их власти над собою и готов признать только в таком случае, если они пришли в Москву по согласию с патриархами Константинопольским и Иерусалимским. И вот патриархи Паисий и Макарий прежде всего хотели показать Никону и всем, что они пришли судить его действительно по согласию с патриархами Цареградским и Иерусалимским и что суд над Никоном будет судом не двух только, а всех четырех Восточных патриархов с освященным Собором. В заседание Собора принесен был свиток, присланный еще в 1664 г. царю Алексею Михайловичу патриархами: Дионисием Цареградским, Паисием Александрийским, Макарием Антиохийским и Нектарием Иерусалимским, – свиток, в котором подробно рассмотрены были все вины патриарха Никона, хотя имя его и не упоминалось, и на все изложены в форме вопросов и ответов решения четырех патриархов и многих других восточных архиереев и духовных сановников за их собственноручными подписями. В заключение свитка помещено было следующее определение: «Архиерей, который окажется виновным по изложенным вопросам и ответам, да извержется от архиерейского достоинства и власти». Этот свиток велено было читать в заседании Собора во всеуслышание. И пока происходило чтение, государь сидел на своем царском месте, патриархи сидели подле царского места с левой стороны в креслах, митрополиты, архиепископы и епископы сидели с правой стороны от царского места на скамьях, а бояре, окольничие и думные люди сидели с левой стороны от того же места на скамьях. Когда чтение свитка кончилось, патриархи Паисий и Макарий, подписи которых также находились под свитком, объявили царю, и всему освященному Собору, и всему царскому синклиту, что этот свиток несомненно подлинный и прислан к его царскому величеству четырьмя патриархами с иеродиаконом Мелетием греком за их руками. И вслед за тем спросили: «Виновен ли по сему свитку патриарх Никон, отошедший с своего патриаршего престола своею волею, без всякой церковной вины, и без повеления царского величества, и без совета всего освященного Собора?» И митрополиты, архиепископы, епископы и весь освященный Собор, и царского величества бояре, окольничие и думные люди отвечали, что «по тому их патриаршескому свитку за их руками бывший патриарх Никон повинен во всем и от патриаршества имеет быть отлучен». А русские архиереи сказали еще патриархам, что когда они, архиереи, созваны были в 1660 г. по указу государя в Москву на Собор, чтобы рассудить об отшествии и отречении патриарха Никона от престола, то выписывали из правил святых апостолов и Соборов и принимали в соображение те самые правила, какие приведены и приняты за основание решений в этом патриаршеском свитке. Под конец заседания царь поднес патриархам челобитную, полученную им от Никона. Челобитная касалась рыбных ловлей на море в Кольском остроге, который некогда царь пожаловал по просьбе Никона его монастырям Крестному и Воскресенскому, а потом дозволил отдать во владение иноземцам на урочное число лет, по записям приказных людей самого же Никона, данным с его разрешения. В этой челобитной «написаны были Никоном на него, великого государя, многие клятвы и укоризны, чего и помыслить страшно». Патриархи взяли челобитную к себе, и собрание разошлось.
