В 1613 году на царский престол был избран земским собором Михаил Романов. Его отец Филарет был патриархом. Филарет правил за сына, и это создало прецедент для последующих патриархов. Царь Алексей Михайлович вынужден был поставить все на свои места — светская власть возобладала. Алексею Михайловичу пришлось бороться с патриархом Никоном.
Никон представлял собой образец высшего духовного лица, которое за счет веры за короткое время нажило себе беспредельное состояние. Это был богатейший в стране после царя человек. Борьба царя с Никоном была продолжительной, но, в конце концов, Никон решением собора с участием православных патриархов или их представителей был лишен патриаршего сана и приговорен к ссылке в отдаленную пустынь.
При Никоне произошел раскол в русской православной церкви. Никон в первые годы своего патриаршества, когда его еще поддерживал царь, начал исправление богослужебных книг. Задача перед церковью стояла правильная — унифицировать религиозную жизнь по всей стране. Это предполагало одинаковый текст молитв, одни и те же формы магических обрядов, один и тот же чин богослужения.
Стоглавый собор ранее постановил совершать двуперстное крестное знамение, а не троеперстное. Устанавливалось направление крестного хода посолонь (по ходу Солнца), а не противу Солнца. Кроме того, предписывалось совершать двоекратную аллилуйю, а не трехкратную. Никон же отменил эти решения и предписывал «два» заменить на «три». Но церковники отказывались исполнять указания Никона. Их стати называть старообрядцами. Никон их преследовал за непокорность. Сами изменения не стоили тех преследований, которым подвергались старообрядцы. Сам Никон говорил о старых и новоисправленных богослужебных книгах: «И те, и другие добры; все равно, по коим хочешь, по тем и служишь». Он говорил это в частной беседе с Иваном Нероновым. А на деле огнем и мечом преследовал старообрядцев. Тех из них, что раскаивались, вновь воссоединяли с церковью и разрешали совершать обряды по-старому. Главное было в том, чтобы показать власть, продемонстрировать, что ослушиваться духовных авторитетов нельзя.
Масштабы преследований были огромны. Против нововведений выступили не только многие представители городского духовенства, но и князья. Наиболее известен из них Аввакум. Старообрядцев ссылали по отдельным монастырям, урезывали языки и избивали кнутами. Это делали с верующими людьми, которые желали, как это и было предписано собором ранее, креститься двумя, а не тремя пальцами. Кровь и страдания лились по всей необъятной Руси. За что? За что по всей стране ловили людей, пытали, били, снимали головы, сжигали? Сам Аввакум, вместе с другими защитниками старой веры, был расстрижен и отправлен в Пустозерский острог. Здесь, в сырой яме, в холоде и голоде, он должен был находиться до смерти. У многих из сосланных вырвали языки. Аввакум правильно вопрошал: «Огнем, да кнутом, да виселецею хотят веру утвердить! Какие апостолы научили так? Не знаю. Мой Христос не приказал нашим апостолам так учить». В 1682 году Аввакум был сожжен живьем в Пустозерске. Опорой старообрядцев стал Соловецкий монастырь, где отказались руководствоваться новыми богослужебными книгами. Для подавления бунта были посланы войска, которые держали монастырь в осаде в продолжение восьми лет.
В 1675 году начались акты самосожжения старообрядцев. Добровольно в огне погибло не менее двадцати тысяч человек. Эти самосожжения продолжались в течение восемнадцатого столетия. Прекратились они только при Екатерине II.
Петр I относился к духовенству очень реалистически, без трепета и коленопреклонения. Но на веру он руку поднимать не разрешал. Известен такой факт. Когда В.Н. Татищев иронически отозвался о некоторых книгах Библии, Петр вызвал его к себе и задал ему трепку своей знаменитой дубинкой. При этом Петр причитал: «Как же ты осмеливаешься ослаблять такую струну, которая составляет гармонию всего тона?.. Я тебя научу, как должно почитать священное и не разрывать цепи, все в устройстве содержащей… не на тот конец старался я тебя выучить, чтобы ты был врагом общества и церкви».
Петр I восстановил Монастырский приказ по управлению всеми церковными и монастырскими имуществами. Это управление переходило к государству. Затем он упразднил патриаршество и ввел новый порядок управления церковью, подобную протестантской. Церковь стала управляться Духовным коллегиумом. Так патриаршество было упразднено и государство стало управлять церковью. В последующем Петром I во главе церкви был поставлен «святейший правительственный синод». Он состоял из нескольких высших церковных иерархов. Они находились в подчинении светского чиновника, который назывался обер-прокурором. В указе Петра I предписывалось: «В синод выбрать из офицеров доброго человека, кто бы имел смелость и мог управление синодского дела знать, и быть ему обер-прокурором…» Часть монастырей Петр предписал превратить в богодельни для престарелых и отставных солдат. Петр все это делал потому, что православное духовенство (и, прежде всего, монашество) оказывало сопротивление всему новому, что он вводил.
Екатерина II также держала духовенство в узде. В своей речи она говорила: «Ваша обязанность состоит в управлении церквами, совершении тайн, в проповедовании слова Божия, в защищении веры, в молитвах и воздержании… Вы — преемники апостолов, которым повелел Бог внушать людям презрение к богатствам и которые были очень бедны. Царство их было не от мира сего: вы меня понимаете? Я слышала эту истину из уст ваших. Как можете вы, как дерзаете, не нарушая должности звания своего, обладать бесчисленными богатствами, иметь беспредельные владения, которые делают вас в могуществе равными царям?.. Вы просвещенны: вы не можете не видеть, что все эти имения похищены у государства… Если вы повинуетесь законам, если вы верные мои подданные, то немедленно возвратите государству все то, чем вы неправильным образом обладаете».
Русская православная церковь управлялась практически царем. Она была государственной на территории Российской империи. Выход из православной веры считался уголовным преступлением. Церковь обладала сетью приходских школ и епархиальных училищ. Православное богословие преподавалось в высших учебных заведениях. Имелись многочисленные кадры военного и военно-морского духовного руководства. Православная церковь вела миссионерскую деятельность по обращению в православную веру мусульман, буддистов, шаманистов, а также евреев.
Тайна могущества Чингисхана состояла в том, что в своем уставе (Ясе, или «книге запретов») строго предписывались веротерпимость и одинаковое отношение ко всем религиям. Эти предписания были не пожеланиями, за их нарушение лишали жизни. Каждый преемник великого хана, когда вступал на престол, давал клятву следовать «книге запретов». В противном случае он лишался престола. В частности, в ханских указах (ярлыках) строго каралась хула веры русских.
Архиепископ Макарий по этому поводу писал так: «И очень естественно, если они везде, где ни господствовали, покровительствовали всем религиям, дозволяли каждому из своих подданных и покоренных народов держаться своей веры и свободно отправлять свое богослужение; сами же соблюдали обряды и присутствовали при священнодействиях христиан разных исповеданий, магометян, буддистов и других язычников. В частности о Гаюке, первом императоре Монголов после покорения ими нашего отечества, известно, что он имел при себе христианских священнослужителей и давал им содержание, и что перед большим шатром его всегда стояла христианская часовня, в которой свободно звонили…, и совершали службы по обрядам греческой Церкви. Точно так же и об императоре или великом хане Мангу (1251–1259) повествуют, что он „при дверях главного дворца имел свою церковь, где священники христианские отправляли свое богослужение без всякой помехи“. О преемнике Мангу, великом хане Хубилае, или Кублае (1260–1292), вот что свидетельствует христианин-очевидец, служивший при нем 17 лет: „Зная, что Пасха один из главных наших праздников, он велел всем христианам явиться к нему и принести с собою то священное писание, в котором заключается четвероевангелие. Окурив торжественно ладаном эту книгу, он благоговейно поцеловал ее, то же должны были сделать, по его приказанию, и все тут бывшие вельможи. Это у него всегдашний обычай при всяком большом празднике у христиан, о Рождестве и о Пасхе. То же соблюдал он и в праздники сарацын, жидов и язычников“». Далее архиепископ Макарий продолжает: «Одно только, по-видимому, противоречило этой веротерпимости, именно то, что ханы заставляли некоторых русских князей, когда последние являлись к ним, исполнять обряды монгольской веры — проходить через огонь и поклоняться кусту и солнцу. Но, по своим понятиям о веротерпимости, ханы не могли считать этого стеснением для чьей-либо веры. Как они сами, держась веры своего народа, в то же время оказывали уважение к прочим верам, присутствовали иногда при богослужении христианском и даже целовали Евангелие, так могли думать, что и русские князья, нимало не отрекаясь от своей веры, могут выражать уважение к вере скорее через выполнение ее обрядов, — хотя, по понятиям христианским, поклонение ложным богам уже измена Богу Истинному, и христианин должен умереть за веру свою, нежели выполнить обряды богослужения языческого…»