Выходя из церкви, в которой выслушал соборный приговор над собою, Никон говорил вслух народа, толпившегося вокруг: "Погибла ты, правда, господствует ложь; не следовало тебе, Никон, так смело говорить правду царю и боярам, а льстить бы им и угождать, и ты не дожил бы до такого осуждения". Сел в свои сани и в сопровождении двух архимандритов, назначенных от Собора, и своих приближенных отправился на подворье, где проживал. На другой день ранним утром пришел к Никону от царя окольничий Иродион Стрешнев и принес серебряных денег и различных одежд, собольих и лисьих, для дороги. Но Никон ничего не принял и велел возвратить царю. Стрешнев сказал еще Никону, что царь просит у него благословения себе, царице и всему своему дому. Никон отвечал: "Если бы благоверный царь желал от нас благословения, он бы не явил нам такой немилости" - и благословения царю не дал. Пришли затем посланные от патриархов и всего Собора взять у Никона его клобук и панагию, врученные вчера его монаху Марку, и Никон велел отдать, а архиереи передали тот клобук и панагию в соборную церковь, в патриаршую казну. Пришел, наконец, от царя полковник Аггей Шепелев и сказал Никону, что назначен провожать его в Ферапонтов монастырь и что велено немедленно отправляться в путь. В Кремле собралось множество народа, но между собравшимися пустили слух, что Никон поедет из Кремля в Спасские ворота по Сретенке, и, когда народ отхлынул в Китай-город, чтобы там удобнее видеть проезд Никона, его быстро повезли из Кремля в Арбатские ворота на Каменный мост. Двести стрельцов с своими начальниками сопровождали поезд за самый Земляной город, а отсюда поехал провожать Никона только полковник Шепелев с пятьюдесятью стрельцами. С Никоном отправились из Москвы в Ферапонтов монастырь два иеромонаха, два иеродиакона, один монах и два человека-бельца, а патриархи и Собор с соизволения государя велели ехать вслед за Никоном нижегородскому печерскому архимандриту Иосифу и как в дороге, так и по приезде в монастырь строго наблюдать, чтобы Никону никакого оскорбления никто не чинил, а сам Никон никаких писем не писал и никуда не посылал. К 21 декабря Никон прибыл с своими спутниками в Ферапонтов монастырь еще до рассвета и встречен был одним лишь игуменом, который и отвел ему для помещения две больничные кельи, так как все прочие кельи монастыря повреждены были незадолго пред тем случившимся пожаром. С наступлением утра к Никону явились сопутствовавшие ему архимандрит Иосиф и полковник Шепелев и объявили, что по указу царскому и благословению патриархов и Собора они должны взять от него, Никона, архиерейскую мантию и посох. Никон отдал без всякого прекословия, и мантия и посох отправлены были в Москву с одним ферапонтовским иеромонахом, а сами архимандрит Иосиф и полковник Шепелев с стрельцами остались жить при Никоне для охраны его впредь до государева указа.
Одновременно с тем, как происходило низложение Никона, делались распоряжения об изъятии из-под его власти всех трех монастырей, которыми он владел прежде. На другой же день после словесного над ним приговора, т. е. 6 декабря, уже послана была в Иверский монастырь царская грамота архимандриту Филофею и наместнику Паисию, чтобы они не слушались ни в чем поставленного Никоном строителя, старца Евфимия, и не давали ему никакой воли ни в монастырской казне, ни в монастырских вотчинах, равно как и никому другому, если еще кого пришлет Никон, а сами заведовали всем впредь до государева указа и чтобы теперь же оба прибыли в Москву, взяв с собою старца Филагрия с товарищи, которых прислал Никон в Иверский монастырь под начало. А 12 декабря, когда был прочитан и письменный приговор над Никоном, от патриархов и всего Собора с соизволения государя последовал приказ новоспасскому келарю Варлааму да подьячему Авдию Федорову, чтобы они ехали в Крестный монастырь и сделали там подробную перепись всего имущества, монастырского и церковного, всей братии и службников, всех монастырских вотчин и прочих владений и, переписав, приказали ведать всем этим местному архимандриту, келарю, казначею и соборным старцам впредь до указа государева, а отнюдь не слушаться тех, кого будет присылать Никон; чтобы выслали в Москву из Крестного монастыря старца Евстратия и других, битых Никоном и сосланных туда из Воскресенского монастыря, и чтобы допросили иноков, службников и крестьян, которые по приказу Никона были биты кнутьем, или какими пытками пытаны, или у кого руки и ноги ломаны, и взяли у тех людей сказки за руками их духовных отцов, и скоро прислали в Москву. Такое же распоряжение сделано было и относительно Воскресенского монастыря.
Патриархи, судившие вместе с Собором и осудившие Никона, сочли долгом уведомить об этом двух других патриархов, не присутствовавших на Соборе. В грамоте своей к Иерусалимскому патриарху Нектарию они писали: "Мы отошли от своих престолов (в землю Московскую), узрев твое письменное известие, что и твое блаженство имеешь намерение предпринять путь в те страны. А когда грамотоносец устно передал нам, что и Вселенский патриарх хочет послать своего экзарха, то еще более подвиглись идти туда, чтобы не произошло какого-либо изменения в тех главах, какие все мы, четыре патриарха, изложили (в известном свитке по делу Никона). Воспользовались мы и твоим кратким замечанием, которое приписал ты к тому свитку, находясь в Валахии, и не однажды, а дважды и трижды призывали Никона на суд, и он пришел, чтобы дать ответ против всех обвинений. Оказались кроме нам известных и иные, и большие, вины его, которые мы опасаемся передать в письмени во избежание огласки. Скажем только, что великая и превеликая скорбь была достойнейшему царю, который испускал из очей своих потоки слез и омочил ими даже пол палаты... А гордый Никон в такое пришел напыщение, что сам хиротонисал себя патриархом Нового Иерусалима, монастырь свой назвал Новым Иерусалимом и разные места в нем Св. Гробом, Голгофою, Вифлеемом, Назаретом, Иорданом. Мы освободили здесь своими многими молениями пред государем твоего грамотоносца Севастияна, находившегося в заключении... Подробно мы исследовали всю истину, и обрели Никона недостойным не только патриаршего престола, но и архиерейского сана, и по Божественным правилам и нашему патриаршему свитку лишили его всего священства, и послали в один из монастырей, да плачет о грехах своих. Надеемся по окончании этого дела и по хиротонисании нового патриарха, который будет избран соборне, возвратиться к нашим убогим престолам". В грамоте к Константинопольскому патриарху Парфению IV Александрийский и Антиохийский патриархи писали: "Да будет известно твоему о Господе братолюбию, что Богом венчанный царь Алексей Михайлович писал к нам, как и прочим Восточным патриархам, не однажды, а дважды и присылал своего человека (о первом посольстве Парфений мог не знать, как бывшем еще при его предместнике Дионисии), призывая нас к себе для рассуждения о некоем церковном деле и утверждая, что и от Вашего святейшества прислан будет муж вместо Вашего патриаршего лица. А о блаженнейшем патриархе Иерусалимском мы были предуведомлены, что он с давнего уже времени находился на половине пути (в Россию), чтобы самому лично присутствовать на свящ. Соборе Московском. И потому, да не явимся разногласными "толикому единству патриаршескому" и непослушными великому государю, мы предприняли и совершили далекий и многотрудный путь. К сожалению, мы не нашли в Москве твоего братолюбия, как надеялись, и одни должны были приступить к рассмотрению церковного дела, которое еще прежде было уже прилежно обследовано и обсуждено здешним Поместным Собором. Мы обрели патриарха Никона виновным во многом: он досадил своими писаниями великому государю, соблазнил пресветлый синклит, укоряя его и именуя еретичествующим и латинствующим; в течение девяти лет оставлял Церковь во вдовстве, лишенною всякого церковного благолепия и патриаршей красоты, и всячески томил ее своими коварствами и хитростями; по отречении от своего престола, всенародном в соборном храме, снова литургисал и хиротонисал свободно и как бы сам хиротонисал себя патриархом Нового Иерусалима... И суд, который произнес на него Поместный Собор Московский, был совершенно чистый и во всем праведный, составленный по св. правилам и утвержденный по нашему патриаршему свитку. После самого внимательного изыскания и рассуждения мы совершенно низложили Никона всенародно в церкви и определили послать его в один из древних монастырей, чтобы ему плакаться там о грехах своих. И ныне патриарший престол Московский пребывает во вдовстве, пока Всевышний не укажет достойного жениха Своей Церкви... Надеемся, что обычная милостыня, какая делалась отсюда Константинопольскому и прочим патриаршим престолам, возобновится и даже будет в большем размере. Прибавим еще к нашему общему утешению, что с пришествием нашим сюда средостение вражды к нам здесь разрушилось, и можно надеяться, что мы снова достигнем здесь нашей прежней свободы, чести и славы, которые мы имели издревле и которые некоторые из наших обесчестили своими буйными и неистовыми поступками и тем заслужили презрение у здешних вельмож. Уповаем, что Вашими святыми молитвами мы по совершении начатого нами дела возвратимся к Вам для взаимного братского свидания и собеседования, а потом к нашим убогим престолам и вверенным нам паствам". Достойно замечания: в обеих своих грамотах патриархи Паисий и Макарий упоминают, что они вместе с Собором судили и осудили Никона согласно с известным свитком, составленным всеми четырьмя патриархами, и тем свидетельствуют, что не они одни, а и два остальные патриарха, Цареградский и Иерусалимский, участвовали в этом суде и осуждении.
