Вместе с грамотою митрополита и относящимися к ней грамотами гетманскими послы представили государю и другие грамоты: от епископа Черниговского Зосимы Прокоповича и от киевских монастырей. Носима, проживавший в Печерской лавре, вероятно, в качестве коадъютора, или викария, Киевского митрополита, ни о чем не просил государя, а только восхвалял его крепкую любовь к Богу и ревность о благочестии, подвигшие его вооружиться против врагов православия и оставить свои царские палаты для трудов бранных, кланялся государю до лица земли, лобызал его царскую руку и высказывал желание, да поможет ему Бог одолеть всех супостатов, восстающих на скипетр царский и веру православную. Киевские монастыри просили каждый о своих частных нуждах и об утверждении своих прав. С этою целию прислали Печерская лавра две грамоты: одну от настоятеля, другую от гетмана; Златоверхий Михайловский монастырь - также две: от настоятеля и от гетмана; Братский училищный монастырь - три: от наместника монастыря, от гетмана и от бывшего ученика братских училищ, войскового писаря Ивана Выговского. За Никольский Пустынный монастырь были две грамоты: от гетмана и от писаря Выговского и челобитная от самого настоятеля Иннокентия Гизеля. О Выдубицком монастыре ходатайствовал своею грамотою гетман. Ко всем этим грамотам приложена была общая челобитная настоятелей киевских монастырей с подробным перечнем нужд и просьб каждого из них.
Какой же был ответ на все эти грамоты и просьбы Киевского митрополита и малороссийского духовенства вместе с грамотами самого гетмана и войскового писаря? Решение свое государь объявил чрез думного дьяка самим послам при их отпуске (11 августа) и изложил в своей грамоте гетману Хмельницкому. Он, государь, пожаловал и митрополита, и всех настоятелей названных киевских монастырей: велел дать им жалованные грамоты на все их маетности, какими они тогда владели. Касательно же маетностей, отошедших прежде, при польских королях, от митрополита и от монастырей, государь обещал о возврате им тех маетностей дать указ впоследствии, когда его царские писцы опишут все города, места и земли и всякие угодья Малороссии. "А о которых о иных делах, - говорил государь, - митрополит, и архимандрит печерский, и игумены, и все духовенство нам били челом, мы, великий государь, те дела велели отложити до нашего царского прихода к Москве, а как мы в царствующий наш град Москву придем, то и велим о тех делах наш указ учинить". Кроме того, государь послал грамоту киевским воеводам, чтобы они никаких домовых людей и крестьян митрополичьих, равно как слуг и крестьян монастырских, сами не судили, а отсылали их к митрополиту и в подлежащие монастыри для суда, да и ни в какие духовные дела не вступались.
Наконец, обделив при отпуске каждого из приходивших духовных послов то соболями, то деньгами, государь пожаловал велел послать свое государево жалованье и в Киев: митрополиту Сильвестру сорок соболей в сто рублей, епископу Зосиме и печерскому архимандриту Иосифу по сороку соболей в семьдесят рублей каждый сорок, да в монастыри Златоверхий Михайловский и Выдубицкий на церковное строенье по сороку соболей в пятьдесят рублей каждый. Вот и все! Значит, духовное посольство приходило из Киева почти напрасно и не достигло почти ничего, так как жалованные грамоты на имения митрополиту и другим духовным лицам Малороссии государь велел дать еще прежде по ходатайству послов, приходивших от гетмана и всего запорожского войска. А главное, не достигло духовное посольство того, за чем преимущественно и было отправляемо и что само называло корнем и основанием всех прав и вольностей малороссийского духовенства, - не достигло, чтобы оставаться Киевской митрополии по-прежнему в подчинении Константинопольскому патриарху и чтобы государь отменил свое роковое решение, данное еще в марте этого года: "А митрополиту Киевскому, также и иным духовным Малыя России быть под благословением святейшего патриарха Московского и всея Великия, и Малыя, и Белыя России, а в права духовные святейший патриарх вступати не будет". С этого времени Киевская митрополия по воле государя считалась уже в некоторой степени фактически соединенною с Московским патриархатом, хотя de jure числилась еще в округе Константинопольского патриарха и под его властию. В Москве хорошо знали, что по канонам Церкви один патриарх не может взять себе митрополии, принадлежащей другому патриарху, без его на то согласия. И вот на первых порах до получения этого согласия придумали такую хитрую формулу для определения взаимных отношений Киевской митрополии и Московского патриарха: Киевский митрополит и все духовенство должны быть под благословением Московского патриарха, а патриарх этот не будет вступаться в их духовные права. Но Киевская митрополия не ограничивалась пределами одной Малороссии, а простиралась на Белоруссию и Литву. И здесь православные начали присоединяться тогда к Московскому патриархату в разных городах и селах, с своими церквами и монастырями, вслед за тем как эти города и села покорялись русским оружием и присоединялись к Великой России. В тот самый день (1 октября 1653 г.), когда решил государь на земском Соборе принять в свое подданство Малороссию, решено было и объявить Польше войну. Спустя две недели, как отправлено было из Москвы (9 октября) посольство для действительного принятия Малороссии в подданство, государь (23 октября) объявил в соборной церкви в присутствии патриарха Никона и всего освященного Собора свой указ, чтобы в предстоящей борьбе с польским королем воеводам и всяких чинов ратным людям быть без мест и никому ни с кем в отечестве не считаться, велел записать указ в разрядную книгу и закрепил своею государскою рукою. В феврале (14-го и 27-го числа) следующего года, после того как Малороссия была уже принята в подданство России, сделаны были первые распоряжения к походу против Польши, а с наступлением весны, когда войскам открылась возможность удобно двигаться, начался и поход. В апреле, 23-го числа, в Успенском соборе, который наполнен был ратными людьми всех чинов, патриарх Никон, совершив литургию и молебствие, приблизился вместе с государем к чудотворной Владимирской иконе Богоматери, прочитал здесь молитвы на рать идущим и, приняв из рук государя воеводский наказ, положил его в киот иконы на пелену, потом, взяв этот наказ и передавая воеводам, сказал: "Примите сей наказ от престола Господа Бога и упование держите неизменное... Идите радостно и дерзостно за св. Божии церкви, за благочестивого государя и за всех православных христиан и исполняйте государево повеление безо всякого преткновения. Если же не сотворите по сему государеву наказу, убоитесь и не станете радеть о государево деле, то восприимете Ананиин и Сапфирин суд". А 26 апреля, когда выступавшее в поход войско проходило через Кремль, мимо государева дворца, Никон кропил войско святою водою и напутствовал его своим благословением и речью. В мае, 15-го числа, выступили из Москвы в поход новые полки, которые также окроплены были патриархом, и государь "отпустил из соборной церкви в Вязьму чудотворную икону Пресв. Богородицы Иверскую, которая принесена (была) в царствующий град Москву от Парфения, патриарха Цареградского". Икону провожали от Успенского собора до Донского монастыря сам государь и патриарх Никон со всем освященным Собором. А за тою иконою отпустил государь Казанского митрополита Корнилия да с ним: из Казани спасского архимандрита Прохора (того самого, который принимал в Переяславе присягу гетмана Хмельницкого и его войска на подданство государю), еще двух архимандритов, трех игуменов и других духовных и наказал им находиться при том чудотворном образе в продолжение всего похода государева. Наконец, 18 мая отправился из Москвы на войну сам государь.
Выступая с войском в поход против Польши, государь издал воззвание ко всем сынам святой Восточной православной Церкви, духовным и мирянам, жившим по городам, местечкам, селам и весям царства Польского и княжества Литовского, и объявлял им, что он услышал наконец моления православных Малороссии и принял их под свою державу, а теперь идет со многими ратными людьми освободить от гонений за веру и всех других православных в Литве и Польше, почему и приглашает их отделиться от поляков и добровольно передаваться ему, государю, еще до прихода его войска, "да сохранены будут их домы и достояние от воинского разорения". Но эти православные еще прежде были подготовлены и возбуждены к тому, чтобы поддаться единоверному государю, известиями из Малороссии, какие получали от самого гетмана Хмельницкого и писаря Выговского. И потому едва только московские дружины вступили в Западнорусский край, находившийся под владычеством Польши, как один за другим начали переходить в их руки тамошние города. Многие города сдавались добровольно, без боя: Дорогобуж, Невель, Белая, Полоцк, Велиж, Гомель, Могилев, Усвят, Шклов, Дубровка. Другие были взяты московскими воеводами после небольшого сопротивления: Рославль, Мстиславль, Дисно, Друя, Орша, Чечерск, Новый Быхов, Пропойск, Витебск. Более всех городов сопротивлялся Смоленск, но, наконец, сдался 23 сентября самому государю. И все это совершилось в продолжение каких-нибудь пяти месяцев (с июня по ноябрь) 1654 г. В следующем году Алексей Михайлович снова отправился в Литву (11 марта), причем его сопровождали туда Тверской архиепископ Лаврентий и другие духовные лица с Влахернскою чудотворною иконою Богоматери. И в этот раз войсками царя взяты: Вильна, Ковно, Гродно, Пинск и другие города. Словом, под власть московского государя скоро перешли вся Белоруссия и многие местности в Литве. О сдаче или взятии более значительных городов царь тотчас же посылал известие патриарху Никону, и тогда по всем церквам Великой России совершались благодарственные молебствия. И повсюду, по городам и селам новопокоренного края, первым делом новой власти было принятие присяги от жителей и затем восстановление или ограждение и укрепление православия.
