В Львовской епархии, которою все еще управлял престарелый епископ Иеремия Тиссаровский, хотя и не прекращалась закоренелая ненависть поляков-латинников, а с ними и униатов к православным русским, заметна была также перемена к лучшему. Львовское ставропигиальное братство, стоявшее во главе всех прочих братств епархии, с 1636 г. назначало каждый год двух членов своих заседать в городском магистрате для охранения прав своего народа. В следующем году король Владислав пожаловал братству три грамоты. Одною, от 20 февраля, дозволял православным во Львове совершать свои погребальные процессии открыто, со всеми церковными обрядами и запрещал магистрату навязывать священников в братскую городскую церковь; другою, от 11 марта, освобождал братский госпиталь при Онуфриевском монастыре от всех налогов и повинностей; третьею, от того же числа, освобождал от постоя и других повинностей дом при городской братской церкви, в котором жили инокини и полагалось начало женского монастыря. А в 1639 г., когда братство принесло жалобу королю на притеснения от латинян, он дал львовскому магистрату новый приказ (30 апреля), чтобы никто не дерзал обижать во Львове православных, когда он, король, принял их под свое особое покровительство. Митрополит Петр Могила своею грамотою от 19 февраля 1637 г. благословил Львовское братство, одобрил и утвердил как ставропигиальное со всеми его правами, означенными в патриарших ему грамотах, и в том же году писал прочим братствам края, чтобы они оказывали ставропигиальному подчиненность и уважение. А в 1645 г. благословил своею грамотою (от 3 февраля) и младшее братство, которое образовалось еще в 1633 г. при братском Онуфриевском монастыре, и утвердил, чтобы оно пребывало всегда в подчинении братству старшему, ставропигиальному, и отдавало ему ежегодный отчет. В 1641 г., 1 марта, скончался епископ Иеремия Тиссаровский в селе Злочове Бережанского округа, где и погребен в приходской церкви. Собравшиеся на погребение его духовенство, дворянство, члены братств решились там же сделать выбор нового кандидата на Львовскую кафедру. Избран был шляхтич Андрей Желиборский, человек очень ученый, но имевший от роду только 23 года. Митрополит не признал избрания законным, потому что оно совершилось без его ведома и не на месте епископской кафедры. Новые выборы состоялись 5 апреля в городе Львове, в кафедральной Георгиевской церкви, в присутствии самого митрополита Петра Могилы. Избраны были единогласно два кандидата, шляхтичи - тот же Андрей Желиборский и Даниил Балабан, и положено было представить акт избрания королю и просить его, чтобы он пожаловал свою привилегию одному из избранных и чтобы утвержденный королем принял посвящение во епископа от православного Киевского митрополита. Акт подписали сам митрополит Петр Могила и митрополичий наместник в Короне луцкий братский игумен Леонтий Шитик-Залесский (вероятно, брат Самуила Шитика-Залесского, митрополичьего наместника в великом княжестве Литовском); три настоятеля монастырей - Униевского, Онуфриевского и Троицкого в Рудниках; львовский наместник епископа со всеми клирошанами львовской капитулы; представитель Львовского ставропигиального братства от имени всего братства; множество дворян земли Львовской, Галицкой и Каменца Подольского, числом до 112; несколько наместников Львовского епископа в других городах и местечках: Галиче, Каменце Подольском, Бережане, Рогатине и пр. - каждый с подведомым ему духовенством и всеми церковными братствами и несколько священников также с своими церковными братствами, - наместников подписалось четырнадцать, а братств церковных, очевидно, было множество в епархии. Король пожаловал привилегию шляхтичу Андрею Желиборскому, и он, приняв монашество с именем Арсения, был посвящен во епископа в городе Луцке митрополитом Петром Могилою со епископами: Луцким Афанасием Пузиною, Перемышльским Сильвестром Гулевичем-Воютинским и Мстиславским Сильвестром Коссовым, как свидетельствует выданная ему там (от 17 ноября 1641 г.) ставленая святительская грамота. Новый епископ еще в Луцке дал (16 ноября) Львовскому ставропигиальному братству письменное обязательство, что оставит ставропигию при всех правах и привилегиях, пожалованных ей патриархами и королями. В следующем году, в день святого великомученика Георгия (23 апреля), на храмовой праздник львовской кафедральной церкви, епископ Арсений созывал по обычаю, которого, как видно, держались тогда и в прочих епархиях края, свое епархиальное духовенство на годовой Собор, и по случаю этого Собора какой-то Григорий Бутович, студент Замойской академии, напечатал и поднес епископу приветственное стихотворение под заглавием "Еводия" ("Благовоние"), в котором восхвалял и самого епископа, и его родичей и делал обращение к собравшемуся на Собор духовенству. Между тем притеснения православным во Львовской епархии увеличивались: униатские священники силою нападали на православные церкви, отнимали церкви у православных священников и церковных братств, вовлекали их в обременительные судебные процессы и доводили до крайнего разорения. Ввиду этого епископ Арсений решился лично отправиться в Варшаву, чтобы ходатайствовать пред королем и прочими властями о защите православных, и для успеха дела выпросил себе в ссуду у ставропигиального братства две тысячи злотых.
Луцкая епархия возвращена была от униатов православным, и для нее вскоре после коронации Владислава поставлен был во епископа князь Александр Пузина, принявший в монашестве имя Афанасия. Униатский епископ Почаповский, которому дозволено было занимать Луцкую кафедру и пользоваться ее имениями до его смерти, скончался 5 октября 1636 г. После этого униатская кафедра здесь закрылась, имения ее перешли к православному епископу и униатами в епархии заведовал жидичинский униатский архимандрит, бывший обыкновенно епископом-номинатом. Униаты едва успели удержать за собою до ста церквей с семью монастырями, находившихся в имениях латинских и униатских панов; а все прочие церкви и монастыри обширной Луцкой епархии перешли во власть православных. Православный епископ беспрепятственно каждый год созывал в Луцке свое епархиальное духовенство на Соборы, или Синоды, которые происходили обыкновенно в день святого Иоанна Богослова, 26 сентября, на храмовой праздник луцкой кафедральной церкви, и деяние одного из таких Синодов тогда же было напечатано под заглавием "Синод, ведле звычаю дорочнаго, от его милости в Бозе превелебнаго господина отца Афанасия Пузыны з Козельска, епископа Луцкого и Острозкого, благочестивого, сентеврия 26, року 1638, в церкви кафедралной луцкой, храме св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова, с мнозством духовенства православнаго Восточной св. Церкви послушных, хотливе собраннаго, спокойне и набожне отправованный и в том же року в Кремянци выдрукованыи". Братский Крестовоздвиженский монастырь в Луцке не подвергался более нападениям от врагов, и король дозволил в 1655 г. своему дворянину Александру Мозелю построить новую богадельню в Луцке, с тем чтобы она была отдана в ведомство Крестовоздвиженского братства. Да и вообще о каких-либо притеснениях православным по Луцкой епархии в то время известий не сохранилось. В Кременце, другом из главных городов Луцкой епархии, как мы видели, еще в 1633 г. получил начало с дозволения короля православный Богоявленский монастырь, который митрополит Петр Могила благословил и утвердил своею грамотою в 1636 г. и принял в свое непосредственное ведение. Вслед за тем неподалеку от Кременца возник и другой православный мужеский общежительный монастырь. Монастырь этот основала вдова дворянка Ирина Ярмолинская, урожденная Боговитина, в имении своем Загойцах Кременецкого повета при церкви святого Иоанна Милостивого. Она наделила свой монастырь полями, лугами, лесами и разными угодиями и на первый раз сама избрала ему игумена, какого-то отца Антония Руднецкого по указанию митрополита Петра Могилы, на последующее же время предоставила назначать сюда настоятелей Киевскому православному митрополиту. О всем этом она сказала в своей фундушевой записи, данной монастырю 28 августа 1637 г. По множеству ли епархиальных дел или по слабости своего здоровья Луцкий владыка Афанасий Пузина еще в 1639 г. высказал волынскому дворянству, что он желал бы иметь себе коадъютора, и именно в лице отца Иосифа Чаплица, архимандрита милецкого. И дворяне в том же году поручали своим послам исходатайствовать на это дозволение у сейма и короля. Спустя пять лет по настоянию Пузины волынские дворяне вновь наказывали своим послам, отправлявшимся на сейм, всеми мерами стараться, чтобы отцу Иосифу Чаплицу, избранному в коадъютора Луцкого епископа с правом быть его преемником, король пожаловал свою привилегию, и на этот раз, кажется, достигли успеха, потому что Чаплиц действительно сделался преемником Афанасия Лузины после его смерти.