В феврале месяце матушку Арсению постигла новая скорбь. Скончалась ее невестка, Анастасия Михайловна Себрякова, вдова ее любимого брата, проболевшая лишь несколько часов. Эта внезапная смерть особенно почему-то поразила матушку, и она не раз говорила окружающим: "Теперь уже настала моя очередь умирать; мне кажется, что смерть точно преследует меня, точно витает надо мной, и я чувствую ее дыхание". Это ощущение настолько было сильно и так встревожило ее, что она пожелала даже в необычное время приобщиться Святых Таин. Она заказала накануне всенощную, во время которой усердно, со слезами, молилась, а на другой день, исповедовавшись и причастившись, она стала чувствовать себя спокойнее и тверже.
За свое более чем сорокалетнее управление Усть-Медведицким монастырем матушка Игумения Арсения неоднократно получала благословение Святейшего Синода, имела наперсный крест и крест с драгоценными украшениями, пожалованный ей из Кабинета Его Величества Государя Императора, знак Красного Креста за войну 1877-1878 годов, медаль в память царствования Императора Александра III, а в 1905 году была награждена Библией, выданной из Синода за монастырское училище. Библия эта была получена в монастыре уже по кончине матушки. Кроме того, она имела наперсный крест с драгоценными украшениями, поднесенный ей сестрами обители с разрешения высшего начальства в день тридцатипятилетнего юбилея управления монастырем.
25 июня 1905 года сестры Усть-Медведицкого монастыря проводили в Саров свою любимую настоятельницу. Матушка Игумения, несмотря на нездоровье и сильную слабость, пожелала непременно исполнить свое обещание побывать в Сарове и поклониться мощам дивного старца Серафима, к которому имела теплую веру. Она любила иногда побывать в святых местах, где находила отдых от своих многочисленных забот. Частые ревматические боли, иногда продолжавшиеся у нее по месяцам, также принуждали ее заняться лечением, так что она два года ездила в Крым и в Одессу на морские купания. Но никогда не провожали ее сестры с таким тяжелым чувством, как теперь, видя ее такою слабою, изнеможенною. Сама она также точно жалела расставаться с ними. Особенно ласково, приветливо обошлась она с монахинями, пришедшими провожать ее, может быть, предчувствуя, что видит их в последний раз. Накануне отъезда она пожелала отслужить панихиду на могиле своей духовной наставницы схимонахини Ардалионы, во время которой горячо, со слезами, молилась, а по окончании службы подозвала к себе ризничию, монахиню Веронику, и показала ей место где желала бы, чтобы ее похоронили, приказав сказать об этом казначее монастыря после своего отъезда.
Видя матушку такой слабой, многие высказывали свое желание провожать ее, но она пожелала взять с собою лишь одну преданную келейную Агнию, жившую с ней более 40 лет. "Я еду с радостным чувством, - говорила она некоторым, - так хочется мне побывать в Сарове, поклониться мощам Преподобного".
В Москве матушка Игумения заболела и принуждена была пробыть недели две у своей родственницы Софии Александровны Ладыгиной, так что в Саров она прибыла только 12 июля.
Трогательными словами описывает она свои первые впечатления о Сарове в письме к казначее Леониде, полученном в монастыре на третий день по ее кончине. "Приехала я сюда такая радостная, довольная, - писала она. - В первый же день по приезде, после поздней обедни, служила преподобному Серафиму молебен с акафистом, поминала о здравии всех вас, сестер обители, и наших духовных отцов. Потом, напившись чаю, поехала в обе пустыньки батюшки отца Серафима. Самый путь туда лесом я проехала с восторгом, а дальняя пустынь меня привела в умиление и много мне доставила утешения духовного; точно отец Серафим живет еще там, следы его подвигов и теперь живы и говорят о нем так ясно, точно видишь его. Келлия его с внутренним, тайным ходом в тесную пещеру, где он укрывался от людей, когда безмолвствовал 13 лет; место, где он кормил медведя; место, где он молился на камне 1000 дней; место, где был почти до смерти бит разбойниками, - все это говорит о его трудах, о его невыразимых подвигах. И я, недостойная, ходила с духовным восторгом по этим местам, собирая в лесу сосновые шишки, и мне чувствовалось, что сам он, живой, присутствует там. Потом в ближней пустыни, я купалась в источнике. И так я была счастлива и довольна! После вечерни я заболела. Два раза я переносила эту болезнь за дорогу, но здесь с меньшими удобствами, чем в Москве. Если поправлюсь, думаю, никуда не заезжать, даже в Дивеев. За один день здесь я столько получила духовной отрады, что благодарю Господа за Его милость. Думаю прямо ехать домой, где и болеть не страшно, и умереть желаю".
По приезде в Саров, рассказывала Агния, матушка Игумения пожелала пользоваться кушанием из монастырской трапезы. Пища оказалась грубой и тяжелой, в особенности на больной желудок. На другой же день она опять заболела желудком и так сильно ослабела, что дня четыре пролежала почти без движения. Пришлось обратиться к доктору, который несколько облегчил болезнь, так что 19 июля, в день празднования открытия мощей Преподобного Серафима, матушка, хотя и через силу, но могла быть в церкви. Во время обнесения мощей Преподобного, она с Агнией стояла на высокой паперти теплого храма "Живоноснаго Источника", откуда хорошо был виден крестный ход. Со слезами умиления молилась матушка, вспоминая, вероятно, в эту торжественную минуту свою родную обитель, а, может быть, душа ее, переполненная духовными утешениями, отрешившись от всего земного, готовилась к переходу в иной мир. Ничего особенного не говорила матушка Арсения об этом своей послушнице, так что Агния, видя ее бодро стоящей, далека была от мысли, что матушка доживает последние дни. Только в этот день вечером она встревожила ее, сделав ей следующий вопрос: "Агния, а в случае, если я умру, куда ты денешься?" - "Я вас не оставлю тут", - невольно как-то вырвалось у нее в ответе. - "В таком случае надо сейчас металлический гроб заказывать", - сказала матушка. Вспоминая после эти слова, Агния разочла, что если бы тогда же был выписан гроб, то он как раз получился бы ко дню кончины матушки.
На другой день, чувствуя, что силы у нее не возобновляются, матушка решила остаться еще в Сарове и начала готовиться к говению, предполагая приобщиться Святых Таин 21 июля. В монастырь она послала депешу, что по болезни не может вернуться к 22-му, как хотела. Несмотря на слабость, она стала посещать ежедневно церковь, и Господь помогал ей с великим подвигом, как сама она сказала, выстаивать службы, чему немало удивлялась Агния. Последние дни, по словам ее, матушка проводила почти все в молитве. И ходя, и сидя, и лежа в номере на кровати, она напевала ирмосы: "Ты моя крепость, Господи, Ты моя и сила, Ты мой Бог, Ты мое радование, не оставль недра Отча и нашу нищету посетив, тем с пророком Аввакумом зову Ти: силе Твоей слава, Человеколюбче!" И другой: "Услышах, Господи, смотрения Твоего таинство, разумех дела Твоя и прославих Твое Божество!"
20-го, возвращаясь из церкви, матушка встретила рясофорную монахиню своего монастыря Лию, приехавшую в Саров на поклонение. Обрадовавшись ей, матушка Арсения велела переходить ей к ним в номер. Лия не ожидала видеть матушку Игумению такой слабой, больной, и с радостью осталась около нее, желая чем-нибудь послужить ей. Утром 21-го, готовясь приобщиться, матушка Арсения сказала своим послушницам: "Так как вы одни тут со мною из всех сестер обители, то я прощаюсь в лице вашем со всеми сестрами". Затем, чувствуя, вероятно, особенную слабость, обратясь к Агнии, прибавила: "Может быть, в церкви со мною сделается дурно, будет обморок, то ты не пугайся". Так до последней минуты заботилась она о покое других.
Пешком в церковь матушка не могла уже идти и велела нанять извозчика. Приехав в церковь Преподобного Серафима, где всегда служат раннюю обедню, матушка пожелала прежде приложиться к мантии Преподобного, а потом пошла на левый клирос, где монахи приготовили ей место. Приобщалась матушка на ногах, но силы почти совсем изменили ей, так что и в гостиницу она не могла идти пешком. При выходе из храма матушка особенно щедро подавала милостыню и велела Агнии подавать, не жалея денег. Тут же встретила она сестер Самарского монастыря и их обильно оделила деньгами, прося молиться за нее. Слабая телом, но радостная, бодрая духом, вернулась матушка из церкви и, подкрепившись немного пищею, пожелала проехаться - подышать свежим воздухом. Агния наняла экипаж. Поехали сначала на почту, а потом к источнику, где она умылась. По дороге, встречая калек и нищих, матушка Игумения и тут много раздавала милостыню.
К вечерне и всенощной она не могла уже идти. Слабая до крайности, она под вечер стала чувствовать какую-то тоску, вспоминала свою обитель, близких, сестер и говорила, что душа ее тоскует, что хотя смерть не страшит ее, но что она желала бы умереть в родной обители. Желая подышать свежим воздухом, она села возле открытого окна. Уже темнело. Вдруг у нее вырвался какой-то необыкновенный, протяжный вздох, сильно встревоживший Агнию. Заметив перемену в лице матушки, Агния стала настойчиво просить позволения позвать доктора, на что матушка с неохотою, но все же согласилась. Доктор успокоил Агнию, сказав, что не находит ничего опасного, посоветовал поставить горчичник на грудь и прописал лекарство. По его уходу Агния хотела помочь матушке лечь, но вдруг она сама быстро легла на спину. Глаза ее стали большие, блестящие и радостные. Видно было, что она созерцает что-то для нее необыкновенно радостное. Медленно, молча, вздохнула еще раза два, и лицо ее делалось все светлее и радостнее. Потом еще один последний вздох, и душа ее мирно отлетела к Господу, без стона, без мучений, а глаза остались открытыми, точно продолжала она видеть ими. Агния сама уже закрыла их, удивляясь такой мирной, безболезненной кончине.