Собор начался, как было назначено, 8 сентября в Киево-Софийской церкви и продолжался десять дней. В первый день, по окончании литургии среди церкви поставлены были седалища. Митрополит занял место с правой стороны. За ним сели то на левой, то на правой стороне послы от всех русских епископов (которые почему-то сами лично не прибыли), и именно: Исаакий Борискович, бывший епископ Луцкий, сел на месте Афанасия Пузины, епископа Луцкого; Авраамий, бывший епископ Пинский, - на месте Арсения Желиборского, епископа Львовского; отец Панкратий Гридич - на месте Сильвестра Гулевича, епископа Перемышльского; отец Софроний Чижевский - на месте Сильвестра Коссова, епископа Мстиславского. Подле послов сели у правого клироса отец Исаия Трофимович Козловский, игумен киево-николаевский, а у левого слуцкий архимандрит Самуил Шицик, а за ними обычным порядком расположились игумены, протопопы и попы. Митрополит произнес длинную речь о надлежащем приготовлении себя к Собору, а владыки выразили митрополиту благодарность за его пастырскую заботливость. Затем избрали маршалком Собора архимандрита Самуила Шицика, который, заняв свое место, предложил всему собранию держать себя трезвенно и помнить часы, назначенные для соборных заседаний.
На второй день, 9 сентября, после ранней литургии отец Оксенович, ректор киевских школ, говорил проповедь, в которой обозрел все Соборы разных веков, при ком и для чего они созывались и что на них было постановлено, и указал на настоятельную потребность Собора, состоявшегося теперь. Потом маршалок объявил, что обстоятельнее о причине этого Собора имеет сказать отец Исаия, игумен никольский, и пригласил внимательно его послушать. Речь Исаии была следующая: "Святой, избранный, богоносный Собор! В Церкви нашей Русской употребляются славянские книги, которые не многие русские священники понимают, что видя, противники и еретики понапечатали книг на польском языке, легком для понимания, и ложно выдали их за православные церковные, между тем как в них много еретических заблуждений. Кто доставал такие книги и читал их, тот и сам по ним верил, и других научал верить, вследствие чего многие христиане отпали от нашей веры в различные ереси и ныне утесняют, насилуют и смущают Церковь. Ввиду этого о. митрополит, желая успокоить ее и привести к первоначальной правоте, написал Катехизис с великою осторожностию и тщательным исследованием церковных писаний и статьи этого Катехизиса вносит и полагает пред вами, преосвященный Собор! Первая статья о Символе веры, чтобы все православные одинаково верили и исповедовали". Тотчас за речью началось на Соборе чтение Катехизиса, а потом слушали объяснения послов, прибывших на Собор, до самого вечера.
На третий день, 10 сентября, собирались дважды: рано утром и после обеда. В раннем заседании сначала слушали каноны, как крестить, как совершать Святейшую Жертву, какие употреблять сосуды - серебряные, оловянные, а не иные, и о том, чтобы при венчании быть осторожнее. Потом обратились к чтению Катехизиса: о душах праведных, что они хотя находятся на небе, в руце Божией и в блаженстве, но еще неполном, и о частном суде для каждого тотчас по смерти. Тогда же запрещено нюхание табаку. В послеобеденном заседании читались правила: неученого в попы не посвящать; попу, не знающему правил, не исповедовать, а двоеженца-попа не допускать к совершению церковных служб под страхом вечного осуждения. Затем митрополит внес жалобу на львовское Успенское братство, печатавшее, несмотря на его запрещение, книги: Евангелия, Служебники и пр., и заказал под клятвою, чтобы никто не смел покупать тех книг.
На четвертый день, 11 сентября, в утреннее заседание был разговор с отцом Исаакием касательно душ праведных, где они находятся. Отец Исаакий доказывал, что они в раю земном, а митрополит - что на небе. После долгого спора решили послать апелляцию о том Константинопольскому патриарху. Потом была речь о душе человеческой, откуда она дается - от родителей ли, или творится Богом. Решили: человек зачинается от матернего плода без души, как и Адам создан был Богом без души, и потом уже Бог вложил в него бессмертный дух, а после того, как даст Бог человеку душу, она живет в сердце и голове. Затем рассуждали о душах грешных, где они находятся по смерти, и решили: души грешных задерживаются до последнего суда на воздухе в чистилище, ибо, говорят, душа грешила вместе с телом, с ним должна терпеть и муку. Наконец, постановили, чтобы жидовка у христианки и христианка у жидовки детей при рождении не принимали. В послеобеденном заседании избрали четырех депутатов в консисторию для слушания дел о неурядицах и ссорах между попами, причем суд и вызовы на суд должны происходить бесплатно и только после суда виновный обязан платить пошлину. Потом читались правила о крещении и доложено, что в крайней нужде может крестить и баба, а как крестить, бабы должны поучиться у попов. Говорили еще об елее, которым помазуют на всенощной, что остаток его должен быть съеден, а не сохраняем, как случалось прежде, для других всенощных; об елее, употребляемом при елеосвящении, что остаток его должен быть сожжен, и о том, сколько должно быть попов для совершения этого таинства; об исповеди и разрешении больных и преступников, как разрешать их; как по правилам проводить нарочитые и обыкновенные праздники. Постановили: крестный ход кругом церкви должен совершаться навспять, т. е. против солнца, как и в алтаре; в процессиях на похоронах попы должны идти пред телом, а не за телом.
На пятый день, 12 сентября, в утреннем собрании читали Катехизис, начиная от слов: во "едину, святую, соборную и апостольскую Церковь", и что значит: "в Церковь", и далее о седми церковных таинствах, причем была речь о форме таинств, особенно же о форме Евхаристии - вследствие вопроса отца Панкратия: в какое время и чрез какие слова совершается таинство Евхаристии. После долгого спора решили обратиться к патриарху. После обеда читали правила, чтобы русские кухарки жидам не служили и чтобы Русь не покупала мяса у жидов, которые, обрезав и осквернив его, продают христианам.
На шестой день, 14 сентября (13-го числа, которое случилось в воскресенье, соборных заседаний не было), митрополит совершил со всем духовенством заупокойную литургию о валашских господарях и о своих родственниках. А после обеда читали Катехизис, начавши от слов: "чаю воскресения мертвых", и, окончив первую часть, прочли и всю следующую часть об "Отче наш" и о девяти блаженствах. Затем читаны были права Киевского братства и митрополит обратился к Собору с просьбою, чтобы он позаботился на вечные времена о киевских школах, так как все это, говорил он, устроено с великими издержками и тяжкими трудами, причем митрополит напомнил, чтобы ректор киевских школ служил с палицею.
На седьмой день, 15 сентября, утром окончено было чтение Катехизиса: в частности, читали о вере, любви и надежде, потом об установленных и частных постах, о воскресных днях и праздниках, в которые если кто не будет своих слуг или крестьян освобождать от работ, то за это мирян отлучать от Церкви, а священников лишать священства и даже проклинать. После обеда допрашивали, все ли согласны, особенно из знатных послов-игуменов, на следующие три вещи: 1) на определение 24 пресвитеров в священнический суд, чтобы они судили, как капитула; 2) чтобы отца Исаию, игумена никольского, признать доктором богословия и 3) чтобы ректор киевских школ служил с палицею.
На осмый день, 16 сентября, утром окончено чтение правил, в которых нашли, чтобы на литургии Златоуста и святого Василия не падали ниц во время переноса Святых Даров, как пред святейшим таинством, а только на "Вонмем, Святая Святым" и на "Со страхом Божиим", т. е. при возношении Святых Даров. Снова подтверждено было: монахам и монахиням в кумовство между собою не вступать; иноверца нельзя приглашать в восприемники, а только русский у русского должен быть кумом при крещении. Рассуждали о елеосвящении и постановили: для одного дважды или трижды в день не освящать елея и не один поп должен освящать тот елей, а должны семь попов, если же семи не найдется, то по крайней мере три; одного и того же дважды не святить, а для каждого раза другой. Касательно браков и свадьб положили: непременно расспрашивать, нет ли у жениха жены или у невесты мужа, хотя бы в чужой стране; в таком случае другой не брать и за другого не выходить. После обеда читано постановление, которым отцу игумену никольскому предоставлялось быть пресвитером и ревизором над протопопами. Протопопы же обязывались понедельно служить у святой Софии, а чтобы более привлечь их к тому, им назначили за то по 15 грошей. Была речь и о том, что назначить послам, отправляемым в Царьград и что патриарху, чтобы он просмотрел те артикулы и подтвердил, что признает нужным.
На девятый день, 17 сентября, Собор рассуждал и постановил: чернецы, по уставу святого Василия, должны иметь в монастырях общежитие, а если того нельзя вполне достигнуть, то по крайности трапеза у них должна быть общая. Если чернец простой не будет оказывать послушания старшему, то не давать ему пищи и исключить из монастыря. Венчать, крестить, кумиться чернецам не дозволяется. Старшие в монастыре носят одежду из иноземного сукна не дороже четырех злотых, а другие - кожух и сермягу. Шелкового пояса никому не носить, а если у кого найдется такой, то отобрать в пользу монастыря. Братства для сохранения благочестия имеют быть независимыми от епископов. На будущее время в монахи не постригать не бывших на послушании в Никольском монастыре.
