Великий князь Александр не переставал давать грамоты православным церквам, монастырям и епископам. В 1497 г. (6 сентября) он пожаловал грамоту киевскому Пустынно-Николаевскому монастырю на выморочную пашенную землю на реке Борщовне. В 1498 г. (5 марта) подтвердил грамоту своих предков и отца трокскому монастырю Рождества Пресвятой Богородицы, основанному еще при Витовте его супругою Иулианиею, чтобы не вступались в монастырь этот ни митрополит, ни другие владыки, ни их наместники и не брали с него никаких пошлин и чтобы монастырь знал во всем только самого великого князя, как его подаванье. В 1498 г. (6 октября) дозволил Смоленскому владыке Иосифу, нареченному митрополиту, купить населенное имение Ярковичи с условием, однако ж, чтобы оно не причислялось к церковным вотчинам и с него отправляема была великому князю земская служба. В 1499 г. подтвердил грамоту Брянского и Черниговского владыки Нектария, предоставившего своему боярину Григорию держать одно церковное сельцо с угодьями, чтобы он служил за то Брянским владыкам. В 1500 г. в уставной грамоте городу Полоцку определил, чтобы и живущие там люди владычные, монастырские и поповские ведались по магдебургскому праву и вместе со всеми горожанами платили серебщизну (подать серебром) великому князю.
Более замечательны две грамоты Александра, данные им в ограждение духовенства виленского и полоцкого соборного от их епархиальных владык. По смерти митрополита Макария все священники Вильны жаловались на него великому князю, что он, митрополит, ввел у них многие новины, и именно: а) начал брать с них сборные куницы непомерно, а при прежних митрополитах брали с них только по двадцати грошей за куницу; б) подъездное начал брать с них за каждый приезд свой в Вильну, и также не по мере, а издавна митрополит приезжал к ним только однажды в год и брал с них подъездного по золотому да по бочке меду; в) начал брать себе половину того, что записывали христиане в соборную церковь на поминовение своих родителей, а при прежних митрополитах все то шло на священников; г) бирал на себя часть и из денег, которые платились за молебны священникам в той же церкви и которые при прежних митрополитах сполна шли на одних священников; д) дал от себя наместничество архимандриту Троицкого монастыря, а при прежних митрополитах они, крылошане, держивали наместничество, и е) между тем как прежде, если кто желал быть погребенным в соборной церкви, митрополиты брали себе только плату за место для могилы, а чем прикрывался гроб, камкою ли или сукном, то все шло на священников, Макарий и отсюда начал брать себе половину. Священники – «попы соборной церкви» – просили великого князя, чтобы он отменил все перечисленные новины. И Александр своею грамотою (5 февраля 1498 г.) действительно отменил новины и утвердил все по-старому. Нельзя здесь не остановить внимания на том, что, как показывает эта грамота, и в Западной нашей митрополии главные пошлины с духовенства архиереям были те же самые, что и в митрополии Московской: сборное и подъезд, что Западные наши митрополиты постоянно не жили в Вильне, а приезжали в нее обыкновенно только однажды в год и что в состав архиерейского крылоса, существовавшего при виленском кафедральном соборе, входили все священники виленских приходских церквей, которые и совершали в нем по очереди священнослужения, участвовали в его церковных доходах и назывались крылошанами и попами соборной церкви, как это было и в других епархиях. Полоцкий епископ Лука принес жалобу великому князю на полоцких бояр, войта, бурмистров, радцев и всех горожан, что они несправедливо отняли у него три села и людей церковных, которых издавна держали в своем владении Полоцкие владыки. Бояре, войт и горожане отвечали пред великим князем, что те села и людей дал князь Скиригайло на церковь Божию святой Софии (полоцкий кафедральный Софийский собор) крылошанам и велел тем людям платить дань софийским крылошанам и работать на собор, крыть его, огораживать, а владыки Полоцкие отняли те села и людей у своих крылошан. Епископ в подтверждение своего права не представил ни грамот, ни других доказательств. И великий князь Александр (5 июня 1499 г.) присудил: держать те села крылосу святой Софии; платить положенную дань те люди имеют софийским крылошанам и отбывать работу на соборную церковь, крыть и огораживать ее; соборяне же имеют судить тех людей с старцами из их волостей и брать себе судебные пени, а епископу Луке в те села и людей софийских не вступаться.
Важнейшею из грамот, данных в это время Александром православной Церкви, была грамота в подтверждение и ограждение прав, судебных и имущественных, всего православного духовенства, или грамота о неприкосновенности святительского суда и церковного имущества. Нареченный митрополит Киевский и всея Руси Иосиф, епископ Смоленский, представил великому князю Александру «Свиток прав» великого князя Ярослава Владимировича, которые заимствованы им из Номоканона Восточной Церкви и утверждены, чтобы тех судов духовных и доходов церковных никто из светских не смел судить и рядить, а ведали все те дела только митрополит Киевский и епископы Киевской митрополии, и жаловался, что некоторые князья и паны, воеводы, старосты, наместники, тиуны, управители замков, городов и волостей часто чинили кривду митрополиту и епископам, вступались в их церковные доходы и духовные суды и сами справляли те митрополичьи и епископские справы. А потому просил, чтобы великий князь подтвердил Ярославов устав, или выпись прав духовенства Восточной Церкви, своею грамотою. «И мы, – говорит Александр, – рассмотрев тот Свиток князя Ярослава и увидев, что он все духовные справы над всеми своими подданными греческого закона предоставил митрополиту и епископам на вечные времена, подтверждаем изложенное в Свитке настоящим нашим листом: 1) митрополит Киевский Иосиф и по нем будущие митрополиты и епископы Киевской митрополии имеют судить, и рядить, и справлять все духовные дела для христиан греческого закона по правам Свитка Ярославля на вечные времена; 2) приказываем, чтобы князья и бояре нашего римского закона, духовные и светские, равно воеводы, старосты, наместники как римского закона, так и греческого, тиуны, и все чиновники, и управители замков и городов, войты, бурмистры и радцы по городам, которые получили магдебургские права от наших предков или от нас или впредь получат, не чинили кривды Церкви Божией, митрополиту и епископам и не вступались в их церковные доходы и во все духовные справы и суды; 3) если люди митрополичьи или владычные, живущие в городах наших, захотят кормиться торговлею, они должны платить нам пошлину наравне с горожанами по-давнему; 4) что касается до церквей греческого закона, которые имеют в своих поместьях князья и паны наши римского закона, то которая церковь была издавна поданье (подаванье) митрополита или владыки, пусть будет и теперь церковью их поданья, а которая издавна находилась в поданье владельца поместья, пусть и теперь подает ее тот владелец с благословения митрополита, но удалять от той церкви священника владелец не имеет права без рассмотрения и воли митрополита; 5) если бы кто, римской ли веры или греческой, обесчестил или избил русского священника, дело должен рассматривать митрополит или епископ, ибо то суд духовный; 6) подтверждаем также навсегда и все прочие статьи, написанные в Свитке Ярослава, митрополиту Иосифу, и его преемникам, и всем епископам его митрополии: имеют они исполнять те духовные дела по давнему обычаю своей Церкви». Эта важная грамота дана митрополиту Иосифу 20 марта 1499 г., следовательно, в то время, когда он по воле Александра открыто уже убеждал православных к покорности Римской Церкви и, вероятно, наиболее пользовался благоволением великого князя. Если сравнить содержание грамоты с Свитком, который она подтверждала, то увидим, что она имеет отношение к нему и некоторое сходство с ним только по статьям первой, второй и последней, а в трех других статьях совершенно разнится от него и содержит новые постановления. В частности, четвертая статья свидетельствует, что и тогда уже некоторые князья и бояре римской веры владели в Литовском княжестве православными населениями и имели под своею властию православные церкви, даже с правом поданья и определения к ним священников – легко понять, как могли действовать на православных такие владельцы. Самый Свиток великого князя Ярослава, подтвержденный грамотою, сохранился в списке того же времени, т. е. конца XV в., и только в основе имеет сходство с известным церковным уставом Ярослава, употреблявшимся в Московской митрополии. О подлинности Ярославова Свитка не может быть и речи: против подлинности и хронологическая несообразность, в нем допущенная, и слог Свитка, вовсе не соответствующий времени Ярослава, и особенно употребляемый в Свитке счет денег рублями широких грошей. Последнее обстоятельство прямо указывает, что Свиток составлен или переделан, может быть, на основании древнего, подлинного церковного устава Ярославова в Западной России, где первые следы этого Свитка встречаются в 1443 г.
