Как только святой произнес эти слова, демоны завопили страшным голосом: «О, горе нам! Ты пришел сюда во имя Иисуса, изгоняющего нас отовсюду, именем Которого торжествуют над нами даже непоследовавшие Ему, ибо Он и им даровал над нами силу победную. Бежим же отсюда к язычникам внутренних стран в горах и водворимся среди них». И мгновенно исчезли бесы, висевшие подобно туче над пещерой блаженного, и пустились прямо к северу, внутрь Кавказских гор.
Когда разнеслась молва об этом чуде, жители окрестностей, знавшие, что гора эта была наполнена нечистыми духами, воздали славу Богу и, удивленные таким великим чудом святого отца Иоанна, единодушно говорили: «Воистину, дивен Бог во святых Своих, и благословенно имя Его во веки». Такой благодатью сиял достойный отец наш. обогащенный всеми добродетелями и смиренный духом. Св. Иоанн навещал учеников своих, дабы не ослабевали они духом в подвигах душеспасительных и всегда были готовы к тому неведомому дню. когда Грядущий Жених призовет чистые души, украшенные христианскими добродетелями, и введет их в брачный чертог святых.
Замечательно посещение св. Иоанном его возлюбленного ученика св. Шио. Чтоб достоверно узнать, какой степени совершенства духовного достиг преподобный, св. Иоанн, взяв с собой ученика и служителя своего Илию-диакона, пошел в обитель св. Шио.
Когда братья обители услышали о приближении великого отца и учителя, вышли ему навстречу во главе с преп. Шио. Облобызавшись со св. Иоанном и приняв от него благословение, повели святого прямо в церковь Божией Матери. Св. Шио, узнав о намерении наставника остаться у него на некоторое время, послал монаха к святителю Исе, епископу Цилканскому, с известием о приходе учителя и отца их Иоанна и просил святителя придти к ним, чему св. Исе был очень рад. Он немедленно собрался в дорогу и отправился в обитель преп. Шио. Пришедши, св. Исе принял благословение от отца своего Иоанна, прежде облобызавшись с ним.
Проведя некоторое время в обители св. Шио, блаженный Иоанн однажды во время трапезы потребовал чашу вина, диакон Илия подал ему ее. Тогда блаженный осенил чашу крестным знамением, поднял вверх, помолился Богу и выпустил ее из рук. Она стала, как бы поставленная на чем-нибудь, в воздухе. Чудотворец обратился к ученикам своим, св. Шио и св. Исе. и сказал: «Дети, снимите чашу эту, полную вина, и благословите». Но никто не дерзал на таковое дело. Все окружавшие святого дивились этому чуду. Наконец сам Иоанн взял чашу и дал пить из нее всем, прежде благословив. Потом св. Иоанн обратился к преп. Шио, говоря: «Отче, нужно возблагодарить Бога за чудо, которое явил ныне Господь между нами». Св. Шио повиновался старцу, встал с места, положил на голую ладонь левой руки горячие угли и на них — фимиам, и начал кадить сидящих святых отцов, и воздух наполнился благоуханием фимиама. Все видевшие чудо это славили и благодарили Бога, и удивлялись столь дивным Его делам.
Св. Иоанн сказал присутствующим: «Не дивитесь, братия! Знаите, что действие огня безопасно для истинно верующих. Огонь, возжженный в Вавилоне для трех отроков, устыдился невинных, когда халдеи бросили их в горящую печь. Сошел к юношам Ангел и сохранил их неврежденными от пламени, так что и волосы их остались неопаленными но пострадали одни лишь возжигатели огня». Потом св. Иоанн посмотрел на святителя Исе и сказал: «Отче и пастырю словесных овец, просим твоего благословения в память о тебе».
Св. Исе, исполненный Святого Духа, встал с места, поднял руки свои к небу, долго молился безмолвно, потом пал на землю, оросил ее теплыми слезами и, обратившись к св. Иоанну, просил его молитв. Затем, пригласив Иоанна и других следовать за ним, пошел к реке Ксани. Прийдя к реке, св. Исе снова стал на молитву. «Святая и Преблагословенная Царица, — говорил он, — Твоею благодатью да покорится мне вода эта, и да последует она мне». Окончив молитву, святитель протянул жезл свой к реке и сказал: «Именем Господа нашего Иисуса Христа говорю тебе, река Ксань, последуй за жезлом моим». О чудо! Отделилась часть реки и потекла вслед за святым Исе, она как бы тянулась за жезлом. Земля же углублялась там, где блаженный влачил жезл свой и показывал воде дорогу. Таким образом святые приблизились к церкви Божией Матери в Цилкани, а святитель все еще вел за собой воду. Дойдя до упомянутой церкви, св. Исе оставил воду, и она нашла себе дорогу дальше, вода эта и доныне течет у самой крепостной стены церкви Божией Матери во славу Господа Иисуса Христа и в свидетельство о святости Исе. Очевидцами этого чуда были святые отцы Иоанн, Шио, Илия-диакон, Евагрий и другие братья обители св. Шио, а также и жители великого города Мцхета и ближайших селений, жители Цилкани, которые славили и благодарили Бога, подавшего святым Своим столь великую силу чудотворения.
Увидев духовное совершенство своих учеников, св. Иоанн с диаконом Илией возвратился назад в свою пещеру на гору Зедазен. За ним последовали и остальные ученики его — Шио, Исе и другие. Проведя у св. Иоанна три дня в духовной радости, каждый из них возвратился к себе.
Гора, на которой жил св. Иоанн, была вначале совершенно безводна. В поте лица трудился ученик преподобного св. Илия. Он носил воду из реки Арагвы, текущей у подножия высочайшей горы Зедазен. Сжалился над ним св. Иоанн, видя столь великие труды его, стал со слезами просить Бога подать им на той высочайшей горе источник воды, которая и ло сего времени течет там во славу Бога и раба его Иоанна.
Народ, узнав об этом новом чуде, стал стекаться с разных мест, принося с собой больных разными недугами, одержимых духами нечистыми. Святой, благословляя их, подавал им пить воду из источника, дарованного Богом по его молитве и слезам, и больные немедленно получали душевное и телесное исцеление. И теперь всякий, принимающий с верой воду эту, обретает сугубую пользу молитвами святого отца нашего Иоанна. Однажды ученик святого, диакон Илия, пошел к источнику за водой. Черпая воду, он взглянул и увидел против себя медведя необыкновенной величины, идущего на источник. Илия очень сильно испугался, оставил водонос и в ужасе пустился бежать к святому схимнику, великому Иоанну, сообщил ему о виденном звере и сказал: «Пойдем, отче, я укажу тебе этого медведя у самого источника». Св. Иоанн последовал за учеником своим и увидел медведя, пьющего воду. Иоанн с кротостью сказал: «Пей, если жаждешь, и иди отсюда, но, говорю тебе, чтоб ты и твой род отныне на этой горе не смели никому и никогда причинять какого-либо вреда».
Услышав слова святого, медведь, опустив голову, как раб покорный, немедленно удалился от источника. Так давал заповедь даже и бессловесным зверям благой наставник этот, св. Иоанн. И с тех пор все дикие звери, которых на эгой горе огромное множество, так твердо сохраняют эту заповедь святого, что при всякой встрече с людьми немедленно бегут в обратную сторону, исполняя веление св. Иоанна. и не причиняют никому никакого вреда.
Принесли однажды к чудотворцу одного больного, расслабленного всеми членами и совершенно уже разрушающегося, на которого нельзя было смотреть без глубочайшей жалости, положили его вместе с носилками перед св. Иоанном и просили блаженного, говоря: «Помилуй расслабленного этого, о святый отче! Ибо веруем, что молитвами твоими можешь сделать все, как исполнитель воли Господа и верный раб Владыки нашего Иисуса Христа». Обратился к нему и сам расслабленный тихим голосом, так что едва можно было слышать его: «Помилуй меня, раб Милосердного Владыки и Бога, и моли Его за меня. почти мертвого и обреченного быть в могиле, да уврачует меня Господь молитвами твоими».
Блаженному Иоанну тяжело показалось испытание это, но, сострадая больному, помолился он с верой Господу и просил Его об исцелении этого человека. Потом, обратившись к страдальцу, как некогда Спаситель к расслабленному у купели Силоамской (Проватикийской), святой сказал ему: «Встань, возьми постель твою и иди, ибо исцеляет тебя Господь наш Иисус Христос». О чудо великое! Полумертвый, безнадежно больной, встал тотчас же на ноги, с исцеленными всеми членами своими. Великое это дело видели все присутствующие и, удивленные, славили Бога, столь чудесно действующего чрез раба Своего, св. Иоанна.
В другое время привели человека, в которого вселился дух немоты. Больной сильно страдал от того, что не мог произнести ни одного слова. Св. Иоанн сжалился над ним, обратился к нечистому духу, как бы к человеку, и сказал: «Дух злой и нечистый, зачем терзаешь ты творение Божие? Говорю тебе именем Господа нашего Иисуса Христа, изыди из него и ступай в места пустынные и непроходимые для людей». Злой дух по повелению святого немедленно оставил человека, и получил страждущий освобождение от мучившего его диавола.
За это чудо славили и благодарили Христа Бога, и говорили пришедшие с тем человеком: «Кто это такой, который одним словом изгоняет диавола и дарует больным исцеление?» Иоанн же говорил им: «Не дивитесь, люди, столь великому чуду Божию, ибо не я врачую, а имя Господа нашего Иисуса Христа, Который изгоняет нечистых духов и уничтожает силу их, и освобождает людей от немощи и недугов. Ибо сказал Господь: „Верующий в Меня дела, которые творю Я, и он сотворит, и больше сих сотворит“ (Ин. 14; 12). Бог есть Творящий чудеса». Такими благодатными дарами сиял блаженный Иоанн. О множестве чудес, совершенных им еще в Сирии мы умалчиваем, чтобы избежать многословия, упомянули же лишь о некоторых из тех, которые творил он в Иверии, показывал, какую обрел он милость у Всевидящего Владыки Иисуса Христа.