Вернувшись в 1925 году из первой ссылки, отец Валентин стал служить в храме священномученика Панкратия в переулке на Сретенке и вести регулярные беседы с прихожанами по вопросам веры, церковной жизни. Священного Писания. Его духовные дети записывали эти беседы и распространяли их среди верующих. Таким образом составилось "Полное собрание сочинений протоиерея Валентина Свенцицкого" из 9-ти томов, которое распространялось в церковном самиздате и передавалось верующими из рук в руки.
В Великий пост 1926 года отец Валентин прочитал в храме св. Панкратия свой труд -- "Шесть чтений о Таинстве покаяния в его истории", направленный против начинавшей тогда широко распространяться общей исповеди.
В 1926 году отец Валентин организует и возглавляет паломнические поездки в Саров и Дивеево. Там от блаженной Марии Ивановны он получает предсказание о переходе в другой московский храм -- св. Николая Чудотворца на Ильинке, "Никола Большой Крест". Так и произошло -- отец Валентин стал настоятелем этого храма [5].
Отец Валентин создал в Никольском храме крепкую общину. Он ввел регулярную индивидуальную исповедь, частое причащение Святых Христовых Тайн. В своих поучениях и проповедях он открывал духовным чадам путь нравственного и духовного совершенствования в условиях гонения на церковь.
Отец Валентин выдвинул идею особого пути духовного совершенствования, который называл "монастырем в миру". Это не означало, что люди, вставшие на такой путь, делаются тайными монахами и принимают негласно какие-то обеты. Речь шла о том, чтобы внутренне, духовно воздвигнуть как бы монастырскую стену между своей душой и миром, во зле лежащем, не допускать, чтобы его суета, его зло захлестнули, душу.
Для этого, конечно, нужно отказываться от многого, чем может прельстить современная жизнь, развращающая, проникнутая безбожием. Это трудный путь. Внешне жить, как все, работать, находиться в среде безбожия, в семейных повседневных заботах и хлопотах, и только силой внутреннего решения с Божией помощью не допускать в душу тлетворного духа мира. К этому сокровенному подвигу, известному лишь духовному отцу, и призывал отец Валентин своих духовных чад.
Декларация митрополита Сергия (Страгородского) от 16/29 июля 1927 года вызвала у о. Валентина резкий протест. Он пишет письмо митрополиту Сергию:
"Митрополиту Сергию.
Во имя Отца и Сына и Святого Духа!
Сознавая всю ответственность перед Господом за свою душу и за спасение душ вверенной мне паствы, с благословения Димитрия, епископа Гдовского, я порываю каноническое и духовное общение с Вами и организовавшимся при Вас совещанием епископов, незаконно присвоившим себе наименование -- "Патриаршего Синода", а также со всеми находящимися с Вами в каноническом общении, и не считаю Вас более Заместителем Местоблюстителя Патриаршего престола на следующих основаниях:
Декларация Ваша от 29 июля и все, что общеизвестно о Вашем управлении Церковью со времени издания Декларации, с несомненностью устанавливает, что Вы ставите Церковь в ту же зависимость от гражданской власти, в которую хотели поставить Ее два первых "обновления", -- вопреки св. канонам Церкви и декретам самой власти гражданской.
И "Живая Церковь", захватившая власть Патриарха, и григорианство, захватившее власть Местоблюстителя, и Вы, злоупотребивший его доверием, -- вы все делаете одно общее, антицерковное обновленческое дело, причем Вы являетесь создателем самой опасной его формы, так как, отказываясь от церковной свободы, в то же время сохраняете фикцию каноничности и Православия. Это более чем нарушение отдельных канонов!
Я не создаю нового раскола и не нарушаю единства Церкви, а ухожу и увожу свою паству из тонкой обновленческой ловушки: "Да не утратим по молу, неприметно, той свободы, которую даровал нам Кровию Своею Господь наш Иисус Христос, освободитель всех человеков" (из 8-го правила III Вселенского Собора).
Оставаясь верным и послушным сыном Единой Святой Православной Церкви, я признаю Местоблюстителем Патриаршего Престола митрополита Петра, признаю и тех епископов, которые, не присваивая себе самочинно общецерковной власти, уже порвали с Вами каноническую связь, по их свидетельству: "впредь до суда совершенного Собора местности", то есть с участием всех православных епископов или до открытого и полного покаяния перед Святой Церковью самого митрополита.
г. Москва, 12.01.1928 г.
Протоиерей Валентин Свенцицкий".
В 1928 году отец Валентин вновь был арестован и сослан в Сибирь на поселение. Главным поводом для высылки послужило его открытое несогласие с Декларацией митрополита Сергия от 16/29 июля 1927 года. Именно в ссылке отец Валентин написал свои "Диалоги", которые по частям пересылались в Москву, где от руки переписывались его духовными детьми. В ссылке отец Валентин выстрадал решение вернуться в общение с митрополитом Сергием, с которым в 1927 году прервал свое каноническое общение. Известен текст покаянного послания отца Валентина к митрополиту Сергию, проникнутое глубоким смирением:
"Ваше Высокопреосвященство, Всемилостивейший Архипастырь и Отец. Я умираю. Уже давно меня тревожит совесть, что я тяжко согрешил перед Святой Церковью, и перед лицом смерти мне это стало несомненно.
Я умоляю Вас простить мой грех и воссоединить меня со святой Православной Церковью. Я приношу покаяние, что возымел гордость, вопреки святым канонам, не признавать Вас законным первым епископом, поставив личный разум и личное чувство выше соборного разума Церкви, я дерзнул не подчиниться святым канонам. Моя вина особенно страшна тем, что я вовлек в это заблуждение многие человеческие души. Мне ничего не нужно: ни свободы, ни изменения внешних условий, ибо сейчас я жду свой кончины, но ради Христа приимите мое покаяние и дайте умереть в единении со Святой Православной Церковью.
11/IX -- 1931 г. Валентин Свенцицкий".
Одновременно он пишет родным и духовным детям:
"Милые мои деточки, сейчас получил от вас письмо. Так много надо сказать, и так мало сил это сделать. Спрашиваете, в чем я прошу прощения у вас. В страдании, как бы ни была на моей стороне истина, но своей ошибкой я вызываю эти страдания, и не только у вас, у всех. Со всею скорбью, на какое способно мое сердце, прошу это прощенье.
Но дальше вы уже неправы, когда говорите, что вам неясно происшедшее со мной. Оно, может быть, неясно в смысле переживаний, которые привели к этому, но то, к чему они привели, -- это ясно совершенно.
Свой разум и свои чувства я поставил выше Соборного разума Церкви. Мудрость человеческая заслонила вечное и премудрое. Соборы провидели всю историю, знали, какие ужасы будут творить сидящие на патриарших престолах, сколько будет борьбы, жестокости, неправды, недопустимых компромиссов, граничащих с преступлением, и знали, какой это будет соблазн для человеческих душ, подобных тому, в который вовлек я вас, и все будет разорвано в клочья, они премудро оградили человеческие души от соблазнов строжайшими канонами, что не признавать можно только тогда, когда извращается догмат веры.
Вы скажете, а раньше ты этого не знал. Знал, но в этом-то и ужас всех этих наваждений и опасности их. Разве вы не знаете, как иногда вдруг все станет иным, и то, что было справа, становится слева, и что было слева, становится справа? Около года по временам меня гложет этот червяк, но я гнал его, как искушение, и он исчезал.
Как случилось, что у меня открылась вполне истина, -- рассказать почти невозможно, но знайте, что это имеет прямое отношение к моему концу, и, может быть, Господь меня сохранил перед смертью и дал возможность принести покаяние.
Не думайте, ради Христа, что я не понимаю всех страшных последствий моего покаяния для окружающих. Все понимаю, все пережил, до последней черты, но в этом вопросе нельзя ничем иным руководствоваться, кроме совести. Это страшно -- это непосильно человеку -- совесть. Такая страшная вещь. Она возлагает такие ужасающие бремена, но без нее нельзя жить.
Поймите все это, не теряйтесь от внешних обстоятельств. и поймите меня до конца, как всегда понимали раньше.
Писать не в силах больше. Господь с вами".
7/20 октября 1931 года отец Валентин скончался в деревушке Тракт-Ужет под Тайшетом после тяжелой болезни, получив полное прощение от митрополита Сергия.
Родные получили разрешение перевезти гроб с телом отца Валентина в Москву. Три недели шел товарный вагон с телом почившего протоиерея, вагон отцепляли, прицепляли к другим поездам, переводили с одного пути на другой. НКВД, спохватившись, послал распоряжение задержать вагон, но его не нашли из-за бесконечных перемещений.
Гроб с телом отца Валентина прибыл в Москву б ноября в день празднования иконы Богоматери "Всех скорбящих радосте". 7 ноября к вечеру он был установлен в церкви Троицы в Листах на Сретенке. Служил панихиду владыка Варфоломей (Ремов). 8-го в 6 ч вечера начался заупокойный парастас. Служба происходила при огромном стечении народа. После парастаса открыли гроб. Все были потрясены. Отец Валентин лежал как живой, со спокойным, просветленным лицом, без обычных признаков тления.