Когда Иосиф возвратился на родину, там уже шла освободительная война против римского гнета. В этой войне 66-73 годов н. э., которую благодаря Иосифу Флавию стали называть Иудейской, переплелось еврейское национально-освободительное движение против римлян, превративших с 6 года н. э. Иудею в свою провинцию, с социальной и религиозной борьбой внутри самого иудейского общества. Иосиф бен Маттафия был назначен командующим войсками повстанцев в Галилее, через которую римляне направили свой главный удар. Иосиф действовал медленно, нерешительно, а когда римляне разбили восставших в Галилее, он сдался в плен. Там он предсказал римскому полководцу Веспасиану, что тот вскоре станет императором. Так и произошло в усобицах, последовавших за смертью Нерона, победил тот, под чьим командованием находились самые крупные военные силы. Веспасиан освободил Иосифа из плена, и он в знак благодарности по обычаю римских вольноотпущенников взял себе родовое имя Веспасиана - Флавий. Так Иосиф бен Маттафия стал Иосифом Флавием. Он ступил на путь измены - служил вначале при Веспасиане, а затем адъютантом при его сыне Тите, который окончательно подавил восстание в Иудее.
После кровавого завершения Иудейской войны Иосиф до конца своих дней жил в Риме, в императорском дворце на Эсквилине, и был, по существу, самым влиятельным человеком среди римских евреев, пользуясь покровительством императоров Веспасиана, Тита и даже Домициана. В Риме он занялся литературной работой и начал писать исторические сочинения. Первым из них была "Иудейская война", прочитанная и одобренная Веспасианом и Титом.
Над вторым своим произведением - "Иудейскими древностями" - Иосиф Флавий трудился много лет и закончил его в середине 90-х годов, незадолго до своей смерти (умер он, вероятно, в 100 году или двумя-тремя годами позднее). Главной целью Иосифа было не простое описание исторических событий. Он хотел ознакомить с богатой и древней историей своего народа широкие круги читателей из разных стран, подчиненных могущественному Риму. В известной степени его произведение - это иудейская апология. Иосиф стремился показать, что евреи, так же как и многие другие народы, имеют древние и глубокие религиозные, государственные и культурные традиции. Его концепция истории провиденциалистская: в соответствии со своими религиозными убеждениями он считал только евреев богоизбранным народом и историю их рассматривал как выполнение божественных установлений, отступления от которых приводили к тяжелым бедам и несчастьям.
В соответствии с главной целью Иосифа его труд был написан на греческом языке. Он состоит из двадцати книг. Свое повествование Иосиф Флавий начинает с момента сотворения мира. Текст первых десяти книг параллелен библейскому тексту. Иосиф подробно не пересказывает содержание Библии и строго не следует ему. Его повествование более краткое и, если можно так сказать, более историзованное - он скрупулезно прослеживает в Библии линию именно человеческой истории. В одиннадцатой книге он доходит до времен Александра Македонского. С двенадцатой книги содержание "Иудейских древностей" перекликается с содержанием "Иудейской войны", но события раскрываются более подробно, более широко, порой в иной версии. Как и в первой своей книге, Иосиф Флавий излагает историю евреев на фоне всемирной истории.
При работе над "Иудейскими древностями" автор использовал большое количество источников, многие из которых до нас не дошли. Он приводит множество текстов государственных указов, цитирует договоры между государствами. Опирается Иосиф и на труды своих предшественников - историков Страбона, Полибия, Тита Ливия, Азиния Поллиона, Николая Дамасского и других. Для первых же книг "Иудейских древностей" главным источником, конечно, была Библия.
Трудно переоценить значение трудов Иосифа Флавия для научной библеистики. Как в "Иудейской войне", так и в "Иудейских древностях" он предпринял попытку представить в наивыгодном свете историю и культуру древнееврейского народа. Понимая всю ответственность поставленной перед собой задачи, Иосиф выработал своеобразный подход к материалу библейских книг. В основном следуя тексту Септуагинты, он опускает или подает иначе все то, что представляет его народ в невыгодном ракурсе. Так он игнорирует в своем пересказе Ветхого Завета эпизод с продажей Исава Иакову своего первородства, сведения о кровосмесительстве Иуды и Фамари, Лота и его дочерей, об убийстве Моисеем египтянина и о других нелицеприятных событиях.
Своеобразно его отношение к чудесам, о которых рассказывает Библия. В большинстве случаев он стремится при первой возможности дать им рациональное объяснение. В остальных же местах ограничивается простым пересказом библейского текста. К некоторым ветхозаветным чудесам Иосиф относится явно скептически. Это видно из приведенных им аналогий. К примеру, проход израильтян по дну Красного (Чермного) моря он сравнивает с описанием перехода Александра Македонского через Памфилийское море; при этом он оговаривается: пусть каждый думает о таких сведениях как ему угодно.
Иосиф старается показать, что уже древнейшие представители его народа обладали культурой и образованностью весьма высокого уровня. В этом, по его словам, они не уступали представителям современной ему античной цивилизации. Иосиф щедро наделяет библейских персонажей достоинствами, присущими древнегреческим героям и легендарным царям. Так уже Каин, по Иосифу Флавию, ввел систему мер и весов, учредил межи на полях, а Сиф и его дети освоили астрономию. Иосиф сообщает, что первый человек Адам предсказал конец мира от потопа или вселенского огня. Притянутыми выглядят его вставки о преследовании Авраама месопотамскими земляками за единобожие и о том, что именно Авраам научил египтян математике и астрономии.
Заметно приукрасил Иосиф Флавий и достоинства древнееврейской литературы. В его передаче Пятикнижия последняя песнь Моисея написана гекзаметром, а псалмы Давида - пентаметром. Царю Соломону приписываются три тысячи книг и парабол. По мнению Иосифа, древнееврейской литературе присущи ритм и музыкальность, свойственные древнегреческой изящной словесности.
Во всем этом проявилось стремление Иосифа Флавия создать как можно лучшее мнение о древних евреях у иноземных читателей, прежде всего у его высочайших покровителей из императорской династии Флавиев и их придворного окружения. Вероятно, в этой части своего труда Иосиф использовал и иудейские народные предания.
Вместе с тем следует отметить, что библейские законы Иосиф пересказывает кратко, с большими пропусками. Возможно, это объясняется тем, что он имел намерение посвятить этой теме отдельное сочинение.
Критика трудов Иосифа Флавия обильна и разнообразна. Раньше всех, начиная с XVII века, недоверие к нему выразили богословы разных вероисповеданий. Их возмущало его открытое и необъясненное пренебрежение к тексту Священного писания. Таких примеров, действительно, можно привести много. Иосифа часто обвиняли в самовосхвалении и неумеренном честолюбии. Даже авторские экскурсы высокого литературного достоинства признавались великим кощунством. У соплеменников же недовольство вызывала эллинизация Ветхого Завета.
В то же время светская критика его произведений была не всегда объективной и аргументированной. Последнее во многих случаях относится к подозрениям о слабом знании Иосифом как родного языка, так и древнегреческого. Однако, как показали последующие исследования, замеченные у него огрехи в равной мере присутствуют и в трудах других авторитетов древности, в основном как описки переписчиков.
Несомненно, Иосиф Флавий владел древнееврейским, арамейским, греческим, латинским, а возможно, даже набатейским и арабским языками. В своей книге "Против Аппиона" он говорит: "Свое сочинение о древностях я составил... на основании наших священных книг, так как сам принадлежу к священническому роду и основательно изучил философию, заключающуюся в тех книгах".
В "Иудейских древностях" содержится много ценного, порой уникального, исторического материала. Это относится, например, к истории эллинистических государств, Парфии, Армении, Набатейского царства. Римской державы, к истории покорения Римом государств Передней Азии. Не случайно в средневековье и в новое время эта книга Иосифа Флавия считалась одним из важнейших источников по древнеримской истории, наряду с сочинениями Тита Ливия, Тацита, Светония, а один из наиболее эрудированных христианских авторов IV-V веков Иероним назвал Иосифа Флавия "Титом Ливием греков".
Однако для христиан, пожалуй, наиболее важным в труде Иосифа Флавия было первое нехристианское свидетельство об Иисусе Христе, помещенное в 18-й книге "Иудейских древностей". Вот оно: "Около этого времени жил Иисус, человек мудрый, если Его вообще можно назвать человеком. Он совершил изумительные деяния и стал наставником тех людей, которые охотно воспринимали истину. Он привлек к себе многих иудеев и эллинов. То был Христос. По настоянию наших влиятельных лиц Пилат приговорил Его к кресту. Но те, кто раньше любили Его, не прекращали этого и теперь. На третий день Он вновь явился им живой, как возвестили о Нем и о многих других Его чудесах боговдохновенные пророки. Поныне еще существуют так называемые христиане, именующие себя таким образом по Его имени".