Находящимся на русской службе татарам-мусульманам выделялись также земли вокруг Серпухова, Звенигорода, Юрьева-Польского, Яхромы, Талдома. Мусульманские мурзы принимали активное участие в Земском Соборе 1613 года. Так, в утвержденной Собором грамоте об избрании на московский престол царя Михаила Романова имеются подписи семи мурз из Казани.
Во второй половине XVI века Россия завоевала Астраханское ханство. Вслед за ним покорилась Большая Ногайская орда, а потом Западная Башкирия, которая находилась под властью казанских ханов. В конце XVI века к России было присоединено Сибирское ханство. В течение XVIII века Россия боролась за Северный Азербайджан. Борьба завершилась присоединением последнего из азербайджанских ханств – Нахичеванского. Миллионы последователей ислама стали новыми поддаными Российской империи.
Исламские общины имеют значительное влияние в России, а также в среднеазиатских странах СНГ. В настоящее время на территории Российской Федерации проживает почти сорок народов, религией которых исторически являлся ислам. При этом численность мусульманских народов России постоянно возрастает. По данным переписи населения в 1989 году она составляла около 13 миллионов человек, а в 1993 – свыше 20 миллионов. В нынешних российских границах исторически сложились два очага исламской цивилизации: Волжско-Уральский регион, с которым генетически связаны мусульманские общины всей европейской России и Сибири) и Северный Кавказ. К мусульманским народам Волжско-Уральского региона и Сибири относятся башкиры, проживающие на Южном Урале и в Приуралье, численность населения – 1,3 млн. человек; татары – тюркоязычный народ России. Казанские татары, касимовские, мишари проживают в Среднем Поволжье и Приуралье. Барабинские татары, тобольские, томские проживают в Сибири. Карягаши, кундровские татары и юртовские располагаются в Астраханском регионе. Среди поволжских татар выделяются так называемые крящены и нагайбаки – православные. Общая численность татар – около 6 миллионов человек.
К народам Северного Кавказа, исповедующим ислам относятся: абазины, живущие в Карачаево-Черкесской Республике и восточной части Республики Адыгеи, численность – 33 тыс. человек; аварцы – 554 тысячи человек. Расселяются на восточных отрогах Большого Кавказского хребта, предгорьях и высокогорных районах Республики Дагестан; агулы, живующие в Дагестане, численность – 17,7 тыс человек; адыгейцы, живующие в Республике Адыгея, численность – около 123 тысяч человек; баркарцы, живующие в Кабардино-Балкарской Республике, численность – 78,3 тысячи человек: даргинцы, живущие в предгорьях и высокогорье средней части Дагестана, численность – 353,3 тысячи человек; ингуши, проживающие в Ингушской Республике, численность 215,1 человек; кабардинцы, проживающие в Кабардино-Балкарской Республике, численность – 150 тысяч человек; карачаевцы, проживающие в Карачаево-Черскесской Республике, численность – 150,3 тысяч человек; лезгины, живующие на юго-востоке Дагестана, численность – 257,3 тысячи человек; кумыки, проживающие на севере Дагестана, численность 277,2 тысячи человек; ногайцы, живующие в Дагестане, Карачаево-Черкесской Республике и Чеченской Республике, численность 73,3 тысяч человек; ритульцы, живущие на юге Дагестана, численность – 19 тысяч человек; таты, живующие в Дагестане и других республиках Северного Кавказа, численность – 13 тысяч человек; цахуры, живущие в Дагестане, численность – 14 тысяч человек; черкесы, живующие в западных областях северного склона Большого Кавказского хребта, в Карачаево-Черкесской Республике, численность – 50,8 человек; чеченцы, живущие в Чеченской республике, численность 899 тысяч человек; андо-цезские народы, живующие в Республике Адыгея, численность – 17,7 тысяч человек.
Кроме перечисленных народов, ислам исповедуют также часть осетин и проживающие в России выходцы из других государств СНГ: казахи, азербайджанцы, узбеки, киргизы, туркмены, крымские татары, таджики. Все мусульмане России, за исключением азербайджанцев и татов-шиитов, являются суннитами ханифитского мазхаба. Лишь среди народов Дагестана (главным образом аварцев), а также чеченцев и ингушей распространенм шифиитский мазхаб. Среди мусульман России на первом месте по численности находятся народы тюркского языкового корня, в который входят балкарцы, башкиры, казахи, карачаевцы, крымские татары, киргизы, кумыки, ногайцы, татары, узбеки, туркмены; на втором месте находятся народы северокавказской языковой группы, в которую входят аварцы, абазины, агулы, адыгейцы, даргинцы, ингуши, кабардинцы, лезгины, ругульцы, андо-цезы, цахуры, черкесы, чеченцы; на третьем месте находятся индоевропейцы иранского языкового корня – осетины, таты, таджики. Общая численность населения, исповедующего ислам, насчитывает примерно 25 миллионов человек.
В XV – XVII веках ислам проникает к чеченцам, ингушам, адыгейцам, черкесам, кабардинцам, абазинам, затем к осетинам, балкарцам и карачаевцам.
В Москве татарская община находилась с XVI века, когда в Замоскворечье располагалась Татарская слобода. В 1782 году в Татарской слободе была возведена деревянная мечеть, а в 1805 году началось строительство постоянной каменной мечети. 22 сентября 1788 года вышел указ императрицы Екатерины II, в котором говорилось об учреждении центрального духовного ведомства российских мусульман – Оренбургского духовного собрания (муфтият). Глава духовного собрания именовался «шейх аль-ислам» и назначался поначалу указом императора, а впоследствии – по представлению министра внутренних дел.
Мусульманское население в Санкт-Петербурге появилось уже при основании города, так как среди его строителей было немало татар. Татарское урочище было известно с 1751 года. В XIX веке в Санкт-Петербурге жили представители мусульманской знати, многие из которых служили в гвардии. Однако до начала XX века постоянной мечети в городе не было и мусульманские приходы располагались в частных домах. Лишь в 1909 году, благодаря ходатайству Эмира Бухарского началось строительство Санкт-Петербургской соборной мечети, которая стала крупнейшей на Европейском континенте. Однако в дальнейшем правительство Российской империи стало всерьез опасаться усиления политического влияния мусульманского духовенства и консолидации мусульманских народов России под знаменем ислама.
Несмотря на объявленные ранее запреты, в XVII веке в Росии начинают строительство новых мечетей. Особенно много мечетей появляется в татарских селах Башкирии. Причиной этому послужило массовое переселение казанских татар в Башкирию со второй половины XVI века после разгрома Казанского ханства.
Первые попытки изучения ислама делались при Петре I. В начале XVIII века впервые осуществляется перевод Корана на русский язык. Покровительствовала исламу императрица Екатерина II, за что среди татарского населения получила почетное наименование «Эби пашта» («Бабушка-царица»). После посещения Казани Екатерина II в 1766 году лично дала разрешение купцам Юнусовым на строительство в городе каменной мечети. В екатерининские времена начинается строительство мечетей и в других российских городах. Строительство мечетей в России продолжалось и при приемниках Екатерины II. Так, при Николае I на государственном уровне был утвержден Образцовый проект строительства мечетей в Нижнем Новгороде, в Казани, в Пермской области (г. Оса). К середине XIX века относится сооружение Белой, Черной и Персидской мечетей в Астрахани. Одним из наиболее значительных памятников мусульманского культового зодчества XIX века явлилась мечеть Караван-Сарая в Оренбурге, построенная в 1837 – 1846 гг. по проекту петербургского архитектора А. Брюллова, в духе романтической трактовки средневековой восточной архитектуры.
После присоединения Крымского ханства численность мусульманских подданых Российской империи в царствование Екатерины II значительность увеличилось. Императрица взяла под защиту их храмы и веру, стараясь интегрировать мусульман в сословную структуру Российской империи путем предоставления татарским мурзам и башкирским старшинам права российского дворянства, а также права владения населенными имениями. Мусульманским купцам, ведующим торговлю с Персией, Туркестаном, Китаем и Индией были предоставлены значительные льготы. Особенно много сделала Екатерина II для утверждения прав мусульманского духовенства.
К 1864 году были ликвидированы последние очаги сопротивления кавказских горцев Северного Кавказа, которые с 20-х годов XIX века вели длительную, упорную исламо-религиозную войну. Горские феодальные правители, чтобы расширить свое влияние над вольными горскими общинами, для закрепления своих прав обращались за поддержкой к правительству России, переходя в Российское подданство. Российская империя, чьи интересы требовали закрепления на Кавказе, стремились таким образом утвердить здесь свое прямое господство. Возглавлявший борьбу горцев за независимость в течении двадцати пяти лет имам Шамиль, создал в восточной части Северного Кавказа исламское государство – Имамат, которое находилось на большей части Дагестана и Чечни. Имам – «повелитель правоверных» являлся светским и духовным главой государства. Его власть основывалась на высшем духовном авторитете, подтвержденном горскими общинами и мюридскими наставниками. Шамиль родился в горном ауле в конце XVIII века в аварской семье, был учеником (мюридом) известных, видных наставников. В исламских науках он проявил большие способности, однако ученым (алимом) не стал, а выбрал путь религиозного вождя. На съезде горцев Шамиль был избран имамом.
