За всеми этими событиями зорко следил Феофил александрийский и его агенты подкупом и наговорами усиливали и раздували вражду против Иоанна. С особенным торжеством он видел, что во главе этой вражды стала сама императрица, которая для достижения своих целей не пренебрегала никакими средствами. Дворец ея сделался открытым для всех врагов и клеветников на святителя и в ея палатах собирались все те великосветския Иезавели, которые считали себя оскорбленными Иоанном, так безпощадно изобличавшим их низкое лицемерие, наглую хищность, безумную роскошь и нравственную распущенность, и в их тайных совещаниях строились ковы против святителя и сочинялись самыя оскорбительныя для него клеветы и грязные наветы. Обо всем этом знал и император Аркадий. Лично он уважал и любил великаго святителя и в душе горевал о вздымавшейся против него злобе. Но он был слаб и нерешителен и, зная злой, неукротимый нрав царицы, предпочитал молчать, как будто ничего не зная. Все это было на руку Феофилу, и он, наконец убедившись в том, что почва подготовлена, порешил отправиться в Константинополь, но уже не как подсудимый, а как судия, порешивший так или иначе погубить ненавистнаго ему архиепископа. В этом убеждении он окончательно утвердился, когда получил от самой Евдоксии письмо, в котором она просила его немедленно прибыть в Константинополь и ничего не бояться. "Я, писала она, упрошу и царя о тебе и всем твоим противникам загражду уста, только немедленно приходи, собери возможно больше епископов, чтобы изгнать врага моего Иоанна". Теперь Феофил мог уже быть вполне спокоен за успех своего дела и он отправился в столицу - с целой флотилией, нагруженной разными драгоценностями: индийскими ароматами, великолепными плодами и овощами, многоценными египетскими материями - шелковыми и златотканными, - и все это для того, чтобы блеснуть своим богатством в столице и подарками подкупить в свою пользу возможно больше влиятельных лиц. С своей флотилией Феофил прибыл в Константинополь в августе 403 года и на пристани был восторженно встречен большой сворой своих агентов и подкупленнаго ими разнаго уличнаго сброда. Император, узнав о его прибытии, не хотел принять его, смотря на него как на подсудимаго; зато Евдоксия разсыпалась пред ним в знаках уважения и, принимая его тайно в своих палатах, торопила поскорее приступить к делу. По ея настоянию, Феофил порешил созвать собор - для суда над Иоанном, и так как в столице этот беззаконный суд чинить было неудобно и небезопасно, то местом его был избран Халкидон, находившийся по другую сторону пролива, на азиатском берегу, тем более, что и епископом Халкидона был некий Кирин, египтянин, соумышленник и даже родственник Феофила. Так как у Феофила наготове был и необходимый для собора запас епископов, отчасти привезенных им с собою из Египта, а отчасти захваченных по пути и прельщенных подарками и во всяком случае послушных и преданных ему, то действительно и открыт был собор, в загородном помещении, в предместьи Халкидона, известном под названием "При дубе".
Собор составился из 23 епископов, и это незаконное сборище, открывшее двери всем клеветникам и недоброжелателям Иоанна, начало производить суд над святейшим архиепископом, златословесным учителем вселенной! Выслушав показания разных проходимцев, отрешенных от должности диаконов и разстриженных монахов, изливавших свою злобу на подвергшаго их заслуженной каре святителя, собор составил обвинительный акт в 29 пунктов и потребовал от Иоанна, чтобы он явился для ответа. Иоанн с горечью видел, что злоба его врагов начала увенчиваться успехом, и простодушно удивлялся, как все это могло случиться и как Феофил, сам вызванный в качестве обвиняемаго, успел так скоро изменить положение дела и сам выступал обвинителем и судьей. Собрав вокруг себя преданных ему епископов, в числе сорока, он обратился к ним с трогательною речью. "Молите Бога о мне, братие, говорил он, и если любите Христа, не отходите от церквей ваших; для меня уже приблизилось время бед, и приняв много скорбей, я должен отойти из жизни сей. Вижу, что сатана, не вынося моего учения, созвал уже против меня соборище. Но вы не скорбите обо мне, но поминайте меня в молитвах ваших". Эта глубокотрогательная речь привела их в ужас и они заплакали. Утешив их, Иоанн выработал план действия и полный сознания своей правоты порешил не признавать законности и правоспособности придубскаго собора и, не смотря на неоднократный вызов его на этот собор в качестве обвиняемаго, отказался явиться на него. Разъяренные этим отказом, члены придубскаго собора даже избили посланных им с ответом епископов и пресвитеров, ввергнув одного из них в железныя кандалы, уже заготовленныя для Иоанна, и затем подкрепив себя новыми лжесвидетелями, продолжали заочно судить ни в чем неповиннаго и чистаго сердцем святителя. А он в то же время, заседая с своим собором, с полным спокойствием смотрел в лицо надвигавшейся на него бури бедствий и, вполне сознавая свою невинность, говорил: "пусть пенится и ярится море, но камня оно не может сокрушить; пусть вздымаются волны, но Иисусова корабля не могут потопить. Чего нам бояться? Смерти ли? - Но мне еже жити -Христос, и еже умрети - приобретение. Изгнания ли бояться? - Но Господня есть земля и исполнение ея! Бояться ли отнятия имений? - Но всем известно, что мы ничего не принесли с собой в мир, как ничего не может и взять с собою. Я ни нищенства не боюсь, ни богатства не желаю, ни смерти не страшусь; молю только об одном, заключил он, чтобы вы преуспевали в добром". Такия речи могли вытекать только из сердца праведника, вся жизнь котораго сосредоточивалась во Христе, и для него безстрашны были все ковы врагов. Не имея возможности вызвать Иоанна на суд, незаконное сборище порешило осудить его заочно, и действительно на основании всех выслушанных клевет и обвинений, оформленных в 32 пунктах, Иоанн был объявлен достойным низвержения и состоявшееся постановление было отправлено на утверждение императора. Малодушный император, видя теперь пред собою не только страшный для него нрав злорадствующей царицы, но и целое соборное определение, и опасаясь, что ему угрожает масса всяких хлопот и неприятностей в случае сопротивления, порешил лучше пожертвовать святителем, и утвердив постановление, дал приказ об удалении Иоанна. Уже отправлены были воины с наказом взять его и отправить в ссылку. Но лишь только слух об этом разнесся по городу, как народ заволновался и массами двинулся на защиту своего любимаго архипастыря. Угрожало кровопролитие между народом и войском. Тогда невинно осужденный праведник, желая избегнуть безполезнаго смятения и неповинных жертв человеческих страстей, сам тайком вышел из своего дома и отдал себя в руки воинам, которые немедленно отвели его на пристань, посадили на корабль и отправили в Пренет, близ Никомидии.
Все это случилось под покровом ночи, и когда на утро народ узнал, что его возлюбленный святитель, безстрашный проповедник правды, защитник сирых, бедных, труждающихся и обремененных, златословесный Иоанн уже удален и сослан, то в столице началось страшное смятение. По улицам начались схватки и буйства, во время которых многие были изувечены и даже убиты и городу угрожали разныя бедствия. Народ заволновался как разъяренное море и повсюду - и в церквах и на площадях - только и было речи, что о вопиющей неправде состоявшагося над Иоанном суда. Среди толпы поднимались даже шумные голоса, требовавшие, чтобы главный виновник этого горестнаго события, Феофил александрийский был побит камнями, и это несомненно и случилось бы, если бы он, узнав об угрожающей ему опасности, тайно не выехал из столицы. Тогда не имея возможности излить свою ярость на Феофила, народ огромной массой двинулся к дворцу и там с криками и рыданиями просил, чтобы ему возвращен был святитель Иоанн. Слыша эти угрожающие крики, Евдоксия испугалась; но продолжала настаивать на своем, надеясь, что пустые народные вопли пронесутся и смолкнут как ветер. Тем не менее сердце ея дрогнуло и она в тайнике души уже начала раскаяваться во всем совершившемся. Когда она таким образом колебалась, вдруг произошло страшное землетрясение, и особенно грозный удар потряс покой самой императрицы. Тогда она объята была ужасом и, уваренная, что это гнев Божий, карающий ее за причиненное великому святителю оскорбление, бросилась в ноги императору и стала умолять его отменить свой приказ и возвратить Иоанна. Получив согласие императора, она немедленно собственноручно написала Иоанну письмо, в котором, призывая его возвратиться в столицу, всячески старалась оправдаться пред ним, уверяя его, что лично не имеет против него ничего и введена была в заблуждение коварством негодных людей. С этим письмом и приказом императора гонцы поскакали во все стороны и сначала не знали, где искать святителя. Наконец царедворцу Врисону удалось напасть на следы его пребывания в Пренете и он, найдя его там, умолял святителя поскорее возвратиться в город и успокоить до крайности перепуганную царицу. И великий святитель, забыв о всех нанесенных ему оскорблениях и со всепрощением праведника, возвратился в город, где уже несметныя массы народа и на берегу пролива, и на многочисленных лодках и судах, покрывших весь Босфор, приготовились встретить своего возлюбленнаго архипастыря. Иоанн сначала не хотел было вступать в самый город, желая, чтобы предварительно созван был собор епископов, который отменил бы состоявшееся над ним осуждение придубскаго собора. Но народ не хотел и слышать об этих формальностях и, почти силою взяв Иоанна, в торжественной процессии со всевозможными выражениями радости и восторга, повел его прямо в кафедральный собор и поставил на том амвоне, с котораго привык услаждаться его златословесными беседами и поучениями, и хотя св. Иоанн был до крайности утомлен и подавлен волновавшими его чувствами, однако произнес краткую, но сильную речь, в которой от глубины сердца возблагодарил Бога, благодеющаго всем, и народ за его преданность своему пастырю. Народ ликовал и многие плакали от радости, а темная свора его врагов, видя этот неудержимый порыв народной радости, поспешила разсеяться и укрыться.
